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Isolation and structural characterization of a new fibrin(ogen)olytic metalloproteinase from Bothrops moojeni snake venom

BERNARDES, Carolina P.; SANTOS-FILHO, Norival A.; COSTA, Tassia R.; GORNES, Mario S. R.; TORRES, Fernanda S.; COSTA, Junia; BORGES, Marcia H.; RICHARDSON, Michael; SANTOS, Daniel M. dos; PIMENTA, Adriano M. de Castro; HOMSI-BRANDEBURGO, Maria I.; SOARES,
Fonte: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD Publicador: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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558.96652%
A proteinase, named BmooMP alpha-I, from the venom of Bothrops moojeni, was purified by DEAE-Sephacel, Sephadex G-75 and heparin-agarose column chromatography. The enzyme was purified to homogeneity as judged by its migration profile in SDS-PAGE stained with coomassie blue, and showed a molecular mass of about 24.5 kDa. Its complete cDNA was obtained by RT-PCR and the 615 bp codified for a mature protein of 205 amino acid residues. The multiple alignment of its deduced amino acid sequence and those of other snake venom metalloproteinases showed a high structural similarly, mainly among class P-IB proteases. The enzyme cleaves the A alpha-chain of fibrinogen first, followed by the B beta-chain, and shows no effects on the gamma-chain. On fibrin, the enzyme hydrolyzed only the beta-chain, leaving the gamma-dimer apparently untouched. It was devoid of phospholipase A(2), hemorrhagic and thrombin-like activities. Like many venom enzymes, it is stable at pH values between 4 and 10 and stable at 70 degrees C for 15 min. The inhibitory effects of EDTA on the fibrinogenolytic activity suggest that BmooMP alpha-I is a metalloproteinase and inhibition by beta-mercaptoethanol revealed the important role of the disulfide bonds in the stabilization of the native structure. Aprotinin and benzamidine...

New Ni(II)-sulfonamide complexes: Synthesis, structural characterization and antibacterial properties. X-ray diffraction of [Ni(sulfisoxazole)(2)(H2O)(4)] center dot 2H(2)O and [Ni(sulfapyridine)(2)]

MONDELLI, Melina; BRUNE, Vernica; BORTHAGARAY, Graciela; ELLENA, Javier; NASCIMENTO, Otaciro Rangel; LEITE, Clarice Q.; BATISTA, Alzir A.; TORRE, Maria H.
Fonte: ELSEVIER SCIENCE INC Publicador: ELSEVIER SCIENCE INC
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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555.34992%
The synthesis, structural characterization, voltammetric experiments and antibacterial activity of [Ni(sulfisoxazole)(2)(H2O)(4)] center dot 2H(2)O and [Ni(sulfapyridine)(2)] were studied and compared with similar previously reported copper complexes. [Ni(sulfisoxazole)(2)(H2O)(4)] center dot 2H(2)O crystallized in a monoclinic system, space group C2/c where the nickel ion was in a slightly distorted octahedral environment, coordinated with two sulfisoxazole molecules through the heterocyclic nitrogen and four water molecules. [Ni(sulfapyridine)(2)] crystallized in a orthorhombic crystal system, space group Pnab. The nickel ion was in a distorted octahedral environment, coordinated by two aryl amine N from two sulfonamides acting as monodentate ligands and four N atoms (two sulfonamidic N and two heterocyclic N) from two different sulfonamide molecules acting as bidentate ligands. Differential pulse voltammograms were recorded showing irreversible peaks at 1040 and 1070 mV, respectively, attributed to Ni(II)/Ni(III) process. [Ni(sulfisoxazole)(2)(H2O)(4)] center dot 2H(2)O and [Ni(sulfapyridine)(2)] presented different antibacterial behavior against Staphylococcus aureus and Escherichia coli from the similar copper complexes and they were inactive against Mycobacterium tuberculosis. (c) 2007 Elsevier Inc. All rights reserved.

Caracterização funcional e estrutural de uma fosfolipase A2 ácida isolada do veneno de Bothrops pirajai; Functional and structural characterization of acidic phospholipase A2 isolated from Bothrops pirajai snake venom.

Teixeira, Sabrina Schaaf
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 04/03/2009 PT
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561.21008%
A caracterização proteômica de venenos de serpentes contribui significativamente para o avanço das Ciências na área Biomédica. Várias destas moléculas, utilizadas como instrumentos de investigação de mecanismos celulares e moleculares, estão envolvidas em diversos processos fisiopatológicos e de intoxicação. No entanto, os venenos de serpentes ainda requerem caracterização funcional e/ou biológica adicionais. As fosfolipases A2s (PLA2s) são enzimas que induzem vários efeitos farmacológicos, e geralmente, correspondem a maior porcentagem do conteúdo protéico dos venenos de serpentes. Desta forma, o isolamento e a caracterização bioquímica, funcional e estrutural de PLA2s poderão gerar informações importantes para o melhor entendimento dos efeitos farmacológicos e de intoxicação ocasionados por estas proteínas. Este trabalho descreve o isolamento e a caracterização bioquímica, enzimática, funcional e estrutural da primeira PLA2 Asp49 ácida, denominada Bpir-I-PLA2, isolada do veneno da serpente Bothrops pirajai, espécie endêmica da região Sul do Estado da Bahia e atualmente, integrante da Lista Nacional das Espécies da Fauna Brasileira Ameaçadas de Extinção. O isolamento da Bpir-I-PLA2 foi realizada através de dois passos cromatográficos...

Caracterização funcional e estrutural de inibidores de fosfolipases A2 isolados do plasma de serpente Bothrops jararacussu; Functional and structural characterization of phospholipase A2 inhibitors from Bothrops jararacussu snake plasma

Oliveira, Clayton Zambeli
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 23/04/2009 PT
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557.66016%
As fosfolipases A2 (PLA2s) de peçonhas de serpentes compreendem um grupo de enzimas de massas moleculares variáveis entre 14.000 e 18.000, e são responsáveis por vários efeitos tóxicos induzidos pela peçonha destes animais, tornando-se necessária a busca por inibidores naturais de PLA2¬s. O presente trabalho propôs a caracterização bioquímica, farmacológica e estrutural de duas proteínas inibitórias isoladas do plasma da serpente Bothrops jararacussu (BjussuMIPs), que neutralizam as atividades enzimáticas, tóxicas e farmacológicas de diferentes PLA2s. Estes inibidores foram isolados por cromatografia de afinidade em miotoxina-Sepharose, demonstrando que ambos são glicoproteínas com massas moleculares de 24.000 (BjussuMIP) e 23.500 (BjussuMIP) para os monômeros e de 120.000 (BjussuMIP) e 160.000 (BjussuMIP) para os oligômeros. O tratamento dos BjussuMIPs com a N-glicosidase F reduziram os seus pesos moleculares para aproximadamente 18.000, mas não afetaram suas atividades inibitórias sobre PLA2s, sugerindo que os carboidratos tem pouco ou nenhum papel na associação dos BjussuMIPs com estas enzimas. A análise do BjussuMIP por dicroísmo circular mostrou 44% de -hélice, 18% de folhas , 10% de voltas e 28% de estruturas aleatórias. O cDNA obtido por PCR a partir do fígado desta serpente revelou 432 pb (BjussuMIP) e 543 pb (BjussuMIP) que codificam para 144 e 181 resíduos de aminoácidos...

Caracterização funcional e estrutural de fosfolipases A2 isoladas da peçonha da serpente Bothrops asper do Panamá; Functional and structural characterization of phospholipases A2 isolated of Bothrops asper snake venom from Panamá.

Rueda, Aristides Quintero
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 04/11/2009 PT
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555.34992%
Os envenenamentos causados pelas serpentes do gênero Bothrops são os mais importantes do ponto de vista médico e econômico na América Central. Dentre estas, a serpente Bothrops asper é responsável por 90% dos envenenamentos ofídicos registrados no Panamá anualmente. Apesar da relevância médica e econômica, só a peçonha de populações de B. asper da Costa Rica e Guatemala tem sido estudadas em detalhes. Neste trabalho apresentamos a caracterização da peçonha da B. asper do Panamá e o isolamento, a caracterização funcional e estrutural de quatro fosfolipases A2 básicas denominadas MTX-I, MXT-II, MTX-III e MXT-IV e de uma fosfolipase A2acídica denominada Basp-I-PLA2. As fosfolipases A2 foram isoladas da peçonha em duas etapas usando cromatografia de troca iônica em CM-Sepharose (0,05 M NH4HCO3 pH 8,1), e cromatografia hidrofóbica em Fenil-Sepharose (0,05 M Tris-HCl pH 7,4) seguida de gradiente de concentração de 4 a 0 M NaCl no mesmo tampão a temperatura ambiente (25°C). A isoforma acídica demonstrou maior atividade catalítica que as isoformas básicas, quando atuou sobre fosfatidilcolina e fosfatidilglicerol. A focalização isoelétrica evidencia pIs de 8,1 a 8,3 para as MTXs e 4,6 para isoforma Basp-I-PLA2. A determinação da massa molecular por espectrometria de massa mostrou que MTX-1 14...

Caracterização de estado sólido de fármacos: Cloridrato de Mebendazol Monohidratado e Estradiol 17β Valerato; Solid state characterization of the drugs: Mebendazole Hydrochloride Monohydrate and 17β Estradiol Valerate

Paula, Karina de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 01/08/2012 PT
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565.06742%
Os Insumos farmacêuticos ativos (IFA) são em sua maioria produzidos e comercializados na forma de formulações sólidas. A eficácia terapêutica de cada IFA, no entanto, está diretamente relacionada com suas características no estado sólido. Desta forma, o controle e o entendimento da química das características físico-químicas de estado sólido dos IFAs, como produtos formulados ou substâncias puras, é uma importante parte do processo de desenvolvimento de novos medicamentos. Dentro deste marco, o presente trabalho tem o intuito de obter e caracterizar novas formas sólidas de dois compostos farmacêuticos, sendo eles, o fármaco anti-helmíntico Mebendazol e o hormônio Estradiol 17β Valerato. A caracterização destes compostos foi realizada por meio da técnica de difração de raios X de monocristais e complementada com dados provenientes de outras técnicas tais como espectroscopia Infravermelho e Raman e análise térmica. A partir da amostra de mebendazol obteve-se um novo sal, o mesilato de mebendazol monohidratado que cristaliza no grupo espacial triclínico P1. A unidade assimétrica deste composto apresenta uma molécula de MBZ, uma molécula de mesilato (metil sulfonato) e uma molécula de água. A análise estrutural mostrou que a molécula do principio ativo apresenta ligação de hidrogênio intramolecular assistida por ressonância. No que diz respeito às interações intermoleculares...

Complexos de oxovanádio(V) com ligantes hidrazonas bioativos: síntese, caracterização estrutural e estudo da potencial atividade tripanocida; Oxovanadium(V) complexes with bioactive hydrazones ligands: synthesis, structural characterization and study of the potencial trypanocidal activity

Carroccia, Murilo César
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 11/04/2014 PT
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555.21234%
A doença de Chagas, também chamada de tripanossomíase americana é a terceira doença parasítica mais presente no mundo, perdendo apenas para malária e esquistossomose. As terapias existentes atualmente para essa tripanossomíase são insatisfatórias e pouca atenção tem sido dada para o desenvolvimento de novos fármacos. Os medicamentos utilizados atualmente apresentam boa atividade apenas na fase inicial da doença e geram efeitos colaterais severos nos pacientes.
As hidrazonas representam uma classe de compostos imínicos de grande versatilidade estrutural e importante atividade biológica em diversos níveis, sendo observados resultados de atividade tripanocida interessantes de hidrazonas coordenadas a rutênio. Por outro lado, complexos com oxovanádio coordenado a derivados de quinoxalinas apresentam melhores atividades do que os ligantes na forma livre e que complexos formados por essas quinoxalinas com outros metais.
Esse trabalho buscou unir as propriedades biológicas das hidrazonas e vanádio de forma a obter complexos com boa atividade tripanocida. Foram sintetizados dois ligantes hidrazonas derivados da 2-tiofenofenohidrazida, e através dos mesmos foram desenvolvidos dez novos complexos de oxovanádio (V). Os produtos foram caracterizados por ponto de fusão...

Metodologia para estudo da caracterização estrutural de painéis de madeira laminada colada cruzada; Methodology for the study of structural characterization of wood panels of cross laminated timber (CLT)

Pereira, Marcos Cesar de Moraes
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/01/2015 PT
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568.08457%
O CLT (Cross Laminated Timber) ou MLCC (Madeira Laminada Colada Cruzada) é um painel compósito estrutural formado por lamelas de madeira unidas com adesivos próprios para uso estrutural, com as camadas montadas de maneira perpendicular à camada anterior. É utilizado como elemento estrutural principal em edificações térreas e multipavimentos por ter características estruturais semelhantes ao concreto armado. Os objetivos gerais deste trabalho foram desenvolver uma metodologia de ensaios para a caracterização estrutural de painéis de MLCC visando a contribuição para a normatização do produto no Brasil e o estudo da rigidez de um painel modelo. Foi fabricado um painel com dimensões estruturais utilizando madeira de Pinus elliotti e adesivo estrutural à base de melamina-ureia formaldeído. Os ensaios mecânicos realizados foram adequados para caracterização estrutural de painéis de MLCC e podem compor uma futura normatização. Os valores de rigidez para o painel avaliado apresentaram módulo de elasticidade abaixo dos especificados pela norma americana ANSI/APA PGR 320 e pela especificação técnica europeia ETA06/0138, porém os módulos de rigidez do rolling shear e de compressão obtiveram valores similares aos recomendados.; The CLT (Cross Laminated Timber) is a structural composite panel formed by wooden slats together with own stickers for structural use...

Structural characterization of a tin oxyhydroxide gel and its precursor sol

Vollet, D. R.; Hiratsuka, R. S.; Pulcinelli, S. H.; Santilli, C. V.; Craievich, A. F.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Outros Formato: 181-184
ENG
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555.21234%
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); The structures of a tin oxyhydroxide colloidal gel and that of its precursor sol were studied by small-angle X-ray scattering. The experimental data were analyzed on the basis of a structural model of fractal geometry. The gel is concluded to be a mass fractal which is a modification of the fractal structure of the aggregates in the precursor sol. © 1992 Elsevier Science Publishers B.V. All rights reserved.

Structural characterization of a new dextran with a low degree of branching produced by Leuconostoc mesenteroides FT045B dextransucrase

Vettori, Mary Helen Palmuti Braga; Franchetti, Sandra Mara Martins; Contiero, Jonas
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 1440-1444
ENG
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559.2252%
This paper offers the physical and chemical characterization of a new dextran produced by Leuconostoc mesenteroides FT045B. The chemical structure was determined by Fourier Transform Infrared spectroscopy and 1H Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy. The dextran was hydrolyzed by endodextranase; the products were analyzed using thin layer chromatography and compared with those of commercial B-512F dextran. The number-average molecular weight and degree of polymerization of the FT045B dextran were determined by the measurement of the reducing value using the copper bicinchoninate method and the measurement of total carbohydrate using the phenol-sulfuric acid method. The data revealed that the structure of the dextran synthesized by FT045B dextran sucrase is composed of d-glucose residues, containing 97.9% α-(1,6) linkages in the main chains and 2.1% α-(1,3) branch linkages compared with the commercial B-512F dextran, which has 95% α-(1,6) linkages in the main chains and 5% α-(1,3) branch linkages. © 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Study of a series of cobalt(II) sulfonamide complexes: Synthesis, spectroscopic characterization, and microbiological evaluation against M. tuberculosis. Crystal structure of [Co(sulfamethoxazole)2(H 2O)2]·H2O

Mondelli, Melina; Pavan, Fernando; De Souza, Paula C.; Leite, Clarice Q.; Ellena, Javier; Nascimento, Otaciro R.; Facchin, Gianella; Torre, María H.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 180-187
ENG
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557.66016%
Nowadays, the research for new and better antimicrobial compounds is an important field due to the increase of immunocompromised patients, the use of invasive medical procedures and extensive surgeries, among others, that can affect the incidence of infections. Another big problem associated is the occurrence of drug-resistant microbial strains that impels a ceaseless search for new antimicrobial agents. In this context, a series of heterocyclic- sulfonamide complexes with Co(II) was synthesized and characterized with the aim of obtaining new antimicrobial compounds. The structural characterization was performed using different spectroscopic methods (UV-Vis, IR, and EPR). In spite of the fact that the general stoichiometry for all the complexes was Co(sulfonamide)2·nH2O, the coordination atoms were different depending on the coordinated sulfonamide. The crystal structure of [Co(sulfamethoxazole)2(H2O)2]·H 2O was obtained by X-ray diffraction showing that Co(II) is in a slightly tetragonal distorted octahedron where sulfamethoxazole molecules act as a head-to-tail bridges between two cobalt atoms, forming polymeric chains. Besides, the activity against Mycobacterium tuberculosis, one of the responsible for tuberculosis, and the cytotoxicity on J774A.1 macrophage cells were evaluated. © 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.

Caracterização reologica e estrutural de polimeros supramoleculares em fases aquosa e organica; Rheological and structural characterization of supramolecular polymers in aqueous and organic phases

Kelly Roberta Francisco Muruci de Paula
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 13/04/2010 PT
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555.21234%
É bem conhecido que certas moléculas pequenas se agregam através de interações específicas, formando espontaneamente estruturas poliméricas supramoleculares em solução aquosa e orgânica. A formação destas macroestruturas pode alterar significativamente a viscoelasticidade da solução. Essas estruturas diferem dos polímeros por serem sistemas que estão num processo constante de quebra e recombinação numa escala finita de tempo que é dependente das propriedades físico-químicas dos sistemas. No regime semi-diluído verificamos que a adição de pequenas quantidades de álcool benzílico, benzeno, PVA parcialmente hidrolisado e PPO promovem uma perda nas propriedades viscoelásticas dos sistemas de micelas gigantes formadas por brometo de hexadeciltrimetilamônio e salicilato de sódio (CTAB/NaSal). Em solventes orgânicos, estudamos a auto-estruturação de moléculas 2,4-bis(2-etilexilureido) tolueno (EHUT). A adição de etanol e álcool benzílico aos sistemas de EHUT em octano confere a solução uma maior fluidez, que deve estar associada com a destruição parcial de algumas cadeias do polímero supramolecular, devido às interações específicas (ligações de hidrogênio, no caso do grupo OH dos álcoois e entre anéis aromáticos no caso do álcool benzílico). Apesar da significativa alteração reológica...

Resolução estrutural de proteínas hipotéticas, chaperonas de secreção, da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri; Structural insights on hypothetical proteins, secretion chaperones from Xanthomonas axonopodis pv. citri

Juliana Fattori
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/09/2011 PT
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561.19215%
O presente estudo teve por objetivo a caracterização estrutural de quatro possíveis chaperonas de secreção da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac). Esta caracterização é importante para entender as funções destas proteínas e consequentemente compreender os mecanismos de virulência da Xac que é a causadora do cancro cítrico. Das quatro proteínas estudadas, a XACb0033 é considerada uma possível chaperona de secreção do sistema de secreção do tipo IV; a XAC1346 são possíveis chaperonas de secreção do sistema de secreção do tipo III e a XAC1990, foi identificada em 2007 como uma proteína do sistema flagelar (FlgN). As quatro proteínas, clonadas em pET23a, foram expressas em E. coli, purificadas e obtidas enoveladas conforme as análises de dicroísmo circular (CD). Por CD também se observou um alto conteúdo helicoidal na estrutura secundária das proteínas. Elas foram caracterizadas por filtração em gel analítica, espectrometria de massas, técnicas de difusão de ressonância magnética nuclear (DOSY-NMR) e espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS). Por SAXS obteve-se um modelo do envelope molecular de duas proteínas que foi condizente com a estrutura tridimensional obtida por bioinformática. Baseando-se nos resultados obtidos foi possível especular a classificação da XAC0419 como provável chaperona secretória da classe I e a FlgN (XAC1990) foi classificada como uma chaperona flagelar (classe III); e para a XACb0033 observou-se similaridade estrutural com a VirE1...

Proteômica estrutural por espectrometria de massas : caracterização estrutural do complexo proteico FAK/Miosina ao nível molecular; Mass spectrometry based structural proteomics : structural characterization of FAK/Myosin complex at molecular level

Mariana Fioramonte
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 10/02/2012 PT
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562.69984%
Ligação cruzada acoplada à espectrometria de massas (MS) é uma técnica que permite a caracterização estrutural de proteínas e complexos proteicos, especialmente nos casos em que estes não são passíveis de serem analisados por técnicas de alta resolução. O experimento baseia-se na reação de uma proteína ou no complexo proteico com um reagente bifuncional (agente de ligação cruzada, ALC) seguido de análise proteômica shotgun por MS. Isso trás para a técnica todas as vantagens da MS, como alta sensibilidade, rapidez de análise e facilidade de uso. Somente resíduos de aminoácidos espacialmente próximos podem ser ligados covalentemente pelo ALC, de forma que os peptídeos contendo a ligação cruzada, identificadas por MS, servem como restrições de distância entre os aminoácidos na estrutura nativa da proteína ou complexo proteico. O conjunto de peptídeos contendo a ligação cruzada fornece, assim, um conjunto de restrições de distâncias entre os aminoácidos que pode ser utilizado para montar um modelo molecular da proteína ou do complexo. O objetivo principal deste trabalho foi a aplicação da técnica de ligação cruzada acoplada a espectrometria de massas no mapeamento da interação entre as proteínas quinase de adesão focal (FAK)...

Caracterização estrutural da proteína hipotética XACb0033 da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri; Structural characterization of an hypothetical protein XACb0033 from Xanthomonas axonopodis pv. citri (bacterium)

Paula Fernanda Lacarini Borin
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 13/01/2010 PT
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663.5024%
A Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é uma bactéria Gram-negativa que parasita plantas cítricas e é responsável pela doença conhecida como cancro cítrico, que apresenta grande importância econômica em todo mundo. Acredita-se que a infecção da célula hospedeira ocorre com atuação dos sistemas de secreção, onde fatores macromoleculares de virulência, normalmente proteínas ou complexos de ácidos nucléicos com proteínas, são excretados para o citosol da célula no caso dos sistemas do tipo III e IV, onde irão interferir no processo celular do hospedeiro. O alvo do estudo é a proteína hipotética XACb0033, codificada pelo locus virB do plasmídio pXac64. Ela foi identificada como possível chaperona secretória do sistema de secreção tipo IV, por apresentar diversas características destas proteínas, como baixo peso molecular, pI ácido e propensão a formação de dímeros, entre outras. A XACb0033 foi clonada no vetor de expressão pET23a(+) e expressa na bactéria Escherichia coli utilizando técnicas de biologia molecular de clonagem e expressão. Os resultados da expressão foram satisfatórios, obtendo-se a proteína em quantidade suficiente para sua purificação seguida pela caracterização estrutural. A XACb0033 foi analisada por Espectrometria de Massas (MALDI-Tof MS)...

Synthesis optimization and structural characterization of chitosan-glucose derivative obtained by the Maillard reaction

Montenegro, M. I.; Cardelle-Cobas, A.; Gullón, B.; Ruiz-Matute, A.; Corzo, N.; Pintado, Manuela
Fonte: Universidade Católica Portuguesa Publicador: Universidade Católica Portuguesa
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2014 ENG
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666.57516%
Several strategies have been applied in order to expand the functional properties of chitosan and its applicability. One of the most successful is the introduction of hydrophilic residues in the chitosan molecule via formation of covalent bonds with the reactive amino groups that may provide it higher solubility (allowing application in more diverse food matrices) and more functional properties, namely prebiotic activity (allowing the development of new functional foods). The Maillard reaction is one of the most important used reactions. Several authors have carried out this kind of chitosan modification obtaining new derivatives with better functional properties. For that, the aim of this work was to optimize the synthesis of a chitosan (Chit)-glucose (Glc) derivative by the Maillard reaction as well as to carry out a complete structural characterization of the obtained derivative. Reaction conditions, evaluating the extent of the Maillard reaction, were optimized by varying temperature (40-80 °C), Glc concentration, and reaction time (0-72 h). Assessment of the reaction extent was carried out by measurements of absorbance and fluorescence. Structural characterization of the derivative was performed by different methodologies in order to determine the molecular weight (Mw) of the derivative...

Characterization of water-soluble organic matter from urban aerosols; Caracterização da matéria orgânica solúvel em água de aerossóis urbanos

Freire, Sandra Maria Semedo Carvalho
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Tese de Doutorado
ENG
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558.96652%
Water-soluble organic matter (WSOM) from atmospheric particles comprises a complex array of molecular structures that play an important role on the physic-chemical properties of atmospheric particles and, therefore, are linked to several global-relevant atmospheric processes which impact the climate and public health. Due to the large variety of sources and formation processes, adequate knowledge on WSOM composition and its effects on the properties of atmospheric aerosol are still limited. Therefore, this thesis aims at providing new insights on the molecular composition of WSOM from fine atmospheric aerosols typical of an urban area (Aveiro, Portugal). In a first step, adsorption phenomena of semivolatile organic compounds on quartz fibre filters employed in the collection of atmospheric aerosols were assessed. Afterwards, atmospheric aerosol samples were collected during fifteen months, on a weekly basis. A mass balance of aerosol samples was performed in order to set the relative contribution of elemental carbon, WSOM and water-insoluble organic matter to the aerosol mass collected at the urban area of Aveiro, with a special focus on the assessment of the influence of different meteorological conditions. In order to assess the chemical complexity of the WSOM from urban aerosols...

The biological and structural characterization of Mycobacterium tuberculosis UvrA provides novel insights into its mechanism of action

Rossi, Franca; Khanduja, Jasbeer Singh; Bortoluzzi, Alessio; Houghton, Joanna; Sander, Peter; Güthlein, Carolin; Davis, Elaine O.; Springer, Burkhard; Böttger, Erik C.; Relini, Annalisa; Penco, Amanda; Muniyappa, K.; Rizzi, Menico
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN
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557.43797%
Mycobacterium tuberculosis is an extremely well adapted intracellular human pathogen that is exposed to multiple DNA damaging chemical assaults originating from the host defence mechanisms. As a consequence, this bacterium is thought to possess highly efficient DNA repair machineries, the nucleotide excision repair (NER) system amongst these. Although NER is of central importance to DNA repair in M. tuberculosis, our understanding of the processes in this species is limited. The conserved UvrABC endonuclease represents the multi-enzymatic core in bacterial NER, where the UvrA ATPase provides the DNA lesion-sensing function. The herein reported genetic analysis demonstrates that M. tuberculosis UvrA is important for the repair of nitrosative and oxidative DNA damage. Moreover, our biochemical and structural characterization of recombinant M. tuberculosis UvrA contributes new insights into its mechanism of action. In particular, the structural investigation reveals an unprecedented conformation of the UvrB-binding domain that we propose to be of functional relevance. Taken together, our data suggest UvrA as a potential target for the development of novel anti-tubercular agents and provide a biochemical framework for the identification of small-molecule inhibitors interfering with the NER activity in M. tuberculosis.

Biochemical and structural characterization of the glycosylase domain of MBD4 bound to thymine and 5-hydroxymethyuracil-containing DNA

Moréra, Solange; Grin, Inga; Vigouroux, Armelle; Couvé, Sophie; Henriot, Véronique; Saparbaev, Murat; Ishchenko, Alexander A.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN
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Active DNA demethylation in mammals occurs via hydroxylation of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) by the ten-eleven translocation family of proteins (TETs). 5hmC residues in DNA can be further oxidized by TETs to 5-carboxylcytosines and/or deaminated by the Activation Induced Deaminase/Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex family proteins to 5-hydromethyluracil (5hmU). Excision and replacement of these intermediates is initiated by DNA glycosylases such as thymine-DNA glycosylase (TDG), methyl-binding domain protein 4 (MBD4) and single-strand specific monofunctional uracil-DNA glycosylase 1 in the base excision repair pathway. Here, we report detailed biochemical and structural characterization of human MBD4 which contains mismatch-specific TDG activity. Full-length as well as catalytic domain (residues 426–580) of human MBD4 (MBD4cat) can remove 5hmU when opposite to G with good efficiency. Here, we also report six crystal structures of human MBD4cat: an unliganded form and five binary complexes with duplex DNA containing a T•G, 5hmU•G or AP•G (apurinic/apyrimidinic) mismatch at the target base pair. These structures reveal that MBD4cat uses a base flipping mechanism to specifically recognize thymine and 5hmU. The recognition mechanism of flipped-out 5hmU bases in MBD4cat active site supports the potential role of MBD4...

Synthesis and characterization of sol-gel derived ZrB2-ZrC compounds

Campos, Karina S; Silva, Guilherme Frederico Bernardo Lenz e; Nunes, Eduardo H M; Vasconcelos, Wander L
Fonte: Hanyang University Press; Seul Publicador: Hanyang University Press; Seul
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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In this work ZrB2-ZrC compounds were prepared by sol-gel process. These materials were examined by X-ray diffraction (XRD), thermogravimetric (TG) analysis, laser granulometry, scanning electron microscopy (SEM), energy dispersive spectroscopy (EDS), and nitrogen adsorption tests. Thermodynamic calculations were carried out using the FactSage® thermochemical software and databases. XRD revealed that ZrB2 and ZrC are the major phases present in the materials obtained in this study. It was observed that the relative amount of ZrB2 and ZrC in these samples can be tailored by controlling the concentration of H3BO3 in the starting solution. On one hand, laser granulometry and SEM tests revealed that the ZrB2- ZrC compounds prepared in this work show a coarse particle size distribution. On the other hand, they exhibited remarkable specific surface areas (about 150 m2/g). Key words: Sol-gel, ZrB2-ZrC compounds, Structural characterization; CNPq; CAPES; Magnesita Refratários S.A.