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Estudo da dinâmica molecular em copolímeros em bloco compostos de poli(metacrilato de metila), poli(ácido acrílico) e poli(acrilato de chumbo) por técnicas de ressonância magnética nuclear e análise térmica; Study of Molecular Dynamics in Copolymers of Poly (methyl methacrylate), poly (acrylic acid) and Poly (acrylate lead) by nuclear magnetic resonance and thermal analyses

Silva, André Luis Bonfim Bathista e
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 07/07/2009 PT
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67.345728%
Esta tese envolveu o estudo da dinâmica molecular em copolímeros em bloco compostos de poli(metacrilato de metila) (PMMA), poli(ácido acrílico) (PAA) e Poli(acrilato de chumbo) (PAPb) por técnicas de Ressonância Magnética Nuclear e de análise térmica (DSC e DMTA). Estes copolímeros em bloco foram sintetizados visando a obtenção de compostos para serem utilizados, tanto como lentes oftálmicas com maiores índices de refração, como materiais dedicados à proteção radiológica, sendo estas duas propriedades de emprego individual ou integrado. Para o estudo destes materiais, as amostras foram confeccionadas com várias composições, incluindo aquelas nas formas puras contendo apenas um bloco, resultantes da combinação de dois blocos, e as triblocos, com diferentes quantidades relativas de PAPb, variando de 1 a 40%. Para o caso do PMMA, a dinâmica molecular é bem conhecida, sendo caracterizada por uma relaxação β, que envolve mais especificamente movimentos de seus ramos laterais e que ocorre dentro de um amplo intervalo de temperatura centrado em torno da ambiente, e pela transição vítrea, que envolve, predominantemente, movimentos da cadeia principal que ocorrem para temperaturas em torno de 100oC. Devido à extensão destes dois eventos em grandes intervalos de temperatura...

Estudo espectroscópico da dinâmica molecular e empacotamento em semicondutores orgânicos; Spectroscopic study of molecular dynamics and packing in organic semiconductors

Bernardinelli, Oigres Daniel
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 22/07/2011 PT
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67.17575%
Neste trabalho estudamos a dinâmica molecular e o empacotamento em semicondutores orgânicos com diferentes tamanhos de cadeias conjugada usando uma estratégia de multi-técnicas, em particular Ressonância Magnética Nuclear (RMN), espalhamento de Raios-X de alto ângulo (WAXS), Calorimetria Exploratória Diferencial (DSC), espectroscopia Raman e espectroscopias Ópticas de absorção UV-Vis e fluorescência. Nestes estudos utilizamos oligômeros de fluorenos, com 3, 5 e 7 unidades repetitivas e copolímeros multibloco conjugados/não-conjugados com as unidades conjugadas constituídas por unidades de fenileno de vinileno (PV) e as não-conjugadas formadas por unidades metilênicas. No estudo com oligômeros, foi mostrado que a capacidade e a forma de ordenamento das cadeias dependem do número de unidades repetitivas, com o Pentâmero possuindo uma tendência muito maior de cristalização. Essa conclusão foi suportada por cálculos teóricos ab-initio, que mostraram que a conformação de menor energia do pentâmero favorece as interações intercadeias e, portanto, o ordenamento de longo alcance. Os resultados referentes aos estudos de dinâmica molecular corroboraram essas características e mostraram que a ativação dos movimentos moleculares nas fases amorfas dos oligômeros são predominantemente dependentes dos comprimentos das cadeias oligoméricas...

Structure and dynamics of poly(9,9-dioctylfluoren-2,7-co-benzothiadiazole) (F8BT) and correlations with its electrical properties; Estrutura e dinâmica molecular do poly (9,9-dioctylfluoren-2,7-diyl-co-benzothiadiazole) (F8BT) e correlações com suas propriedades elétricas.

Faria, Gregório Couto
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/09/2011 EN
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67.103994%
The PHD project has two main goals. The first one is specifically related to investigations on molecular dynamics, structural conformations and packing of polyfluorene-based polymers. For this purpose, Wide Angle X-Ray Diffraction (WAXD), Solid-State Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and Dynamical-Mechanical Thermal Analysis (DMTA) are being used as the main techniques. The second goal is to correlate molecular phenomena, as characterized in the first part, with opto-electronic properties of polyfluorene when used as active layer in an electronic device, such as a Polymer Light-Emitting Diode (PLED). In the second part, fabrication of devices and their electrical characterization as a function of temperature are the main objectives. Impedance Spectroscopy, Current-Voltage characterization of the devices and Time-Of-Flight (TOF) techniques are among the main techniques to be used in the second part of the project. Therefore, the project combines fundamental studies on molecular dynamics with technological performance of organic electronic.; O projeto de doutorado entitulado "Correlação das Propriedades Óticas e Elétricas com a Estrutura Física e Dinâmica Molecular de Filmes e Dispositivos de Polifluorenos e Derivados". O primeiro é especificamente ligado a investigação da dinâmica molecular...

Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I; Integrated experimental biophysics and molecular dynamics simulations of biomolecules in solution - the interaction of nuclear receptors with DNA response elements and the inter-domain dynamics of Cellobiohydrolase I

Lima, Leonardo Henrique França de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 26/09/2011 PT
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67.25703%
Movimentos coletivos prestam um papel fundamental na dinâmica e energética de biomoléculas em solução. Estes movimentos permitem o acoplamento de regiões significativamente distantes, apresentando considerável influência, por exemplo, no alosterismo para a formação de complexos macromoleculares e no funcionamento integrado de proteínas multidomínios como "máquinas moleculares". Neste trabalho de doutoramento, serão apresentados os resultados referentes à aplicação conjunta de técnicas experimentais biofísicas, de modelagem estrutural e de dinâmica molecular no estudo de dois sistemas para os quais estes movimentos coletivos demonstram considerável importância funcional. Para a interação do receptor nuclear do ácido 9-cis-retinóico com seu elemento responsivo específico no DNA (HRE), a comparação de estudos de dinâmica molecular com ensaios de afinidade por anisotropia de fluorescência sugere que a resistência inicial para a associação do monômero, seguida da acentuada colaboratividade na associação do dímero é regida por um impedimento da associação do domínio de ligação ao DNA (DBD) para o primeiro à sequência responsiva devido, em última análise, a uma não complementaridade dos modos coletivos mútuos. Este impedimento para a associação monomérica inicial é mais acentuado para o monômero 5' (para o qual a menor especificidade de ligação à seqüência específica já é bem documentada)...

Mobilidade da hélice 12 de receptores nucleares: comparação entre simulações de dinâmica molecular e experimentos de anisotropia de fluorescência; Nucler receptor's helix 12 mobility: comparison between molecular dynamics simulations and fluorescence anisotropy experiments

Batista, Mariana Raquel Bunoro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 15/02/2013 PT
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67.094824%
Receptores nucleares formam uma superfamília de proteínas responsáveis pela regulação da expressão de genes. Estruturalmente, são formados por três domínios: um domínio N-terminal bastante variável, um domínio altamente conservado de ligação com o DNA e um domínio C-terminal, menos conservado, denominado domínio de ligação com o ligante (LDB). Diversos experimentos mostram que a interação com o ligante afeta a estrutura e a mobilidade da hélice C-terminal dos receptores nucleares (hélice 12 do domínio de ligação com o ligante), sendo o principal mecanismo de ativação e repressão da transcrição. As primeiras estruturas de LBDs de receptores nucleares revelaram importantes diferenças entre estruturas contendo ligantes (holo) e estruturas apo, principalmente no que diz respeito a posição da hélice 12: em estruturas apo, foi observada a H12 em uma conformação aberta, expondo o sítio de ligação com o ligante, enquanto que em estruturas holo, foi observada a H12 em uma conformação fechada, dobrada sobre o corpo do LBD e envolvendo completamente o ligante. Essa diferença sugeriu um mecanismo para a entrada e saída de ligantes do sítio de ligação denominado modelo da ratoeira, entretanto, esse modelo apresenta diversas inconsistências e tem sido desacreditado. Estudos experimentais e teóricos recentes mostram que a hélice 12 é mais móvel na ausência de ligantes...

Localização e dinâmica de sondas fluorescentes em modelos de membranas: estudos por dinâmica molecular e anisotropia de fluorescência resolvida no tempo; Location and dynamics of fluorescent probes in model membranes: study by Molecular Dynamics and Time-resolved Fluorescence Anisotropy.

Preza, Sérgio Leandro Espindola
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/08/2013 PT
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67.197397%
As moléculas AHBA (2-Amino-N-hexadecil-benzamida) e DPH (1,6-Difenil-1,3,5- hexatrieno) são sondas fluorescentes com características particulares, comumente utilizadas para monitorar diferentes regiões das bicamadas lipídicas, no entanto, pouco se sabe sobre a mobilidade e dinâmica destas sondas em membranas e quais os principais fatores que influenciam as suas interações com solventes polares e apolares. Esta tese teve por objetivo estudar essas sondas em diferentes ambientes, para ampliar o entendimento de suas estruturas, mobilidade e dinâmicas rotacionais em diferentes solventes e em bicamadas lipídicas. Utilizou-se a técnica de Dinâmica Molecular (DM) para obter as trajetórias das sondas em caixas com diferentes proporções de água e 1,4-dioxano e também nas membranas de POPC (1-palmitoil-2-oleoil-sn-glicerol-3-fosfocolina) e DMPC (1,2-dimiristoil-sn-glicerol-3-fosfocolina). Com as trajetórias geradas, foram analisadas a estrutura, a solvatação e a dinâmica rotacional das sondas em misturas de solventes e membranas modelo. Para as DM em solventes, os resultados indicaram um comportamento atípico das duas moléculas, com a diminuição da interação com a água a medida que diminuía-se a proporção de 1...

Simulações por dinâmica molecular aplicadas ao estudo de defeitos em cristais coloidais bidimensionais; Simulações por dinâmica molecular aplicadas ao estudo de defeitos em cristais coloidais bidimensionais

Silva, Línder Cândido da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 29/08/2008 PT
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67.116113%
Suspensões coloidais de microesferas de poliestireno carregadas proporcionam um sistema experimental excelente para estudar muitos problemas em física da matéria condensada. Sob condições apropriadas as partículas nessas suspensões podem se auto-organizar em um cristal com ordem de longo alcance, o chamado cristal coloidal. Neste trabalho apresentamos resultados de simulações por Dinâmica Molecular relacionados a defeitos pontuais, vacâncias e interstícios, em um cristal coloidal 2D. Calculamos a energia de formação e a interação destes defeitos pontuais, mostrando que um interstício é mais provável de ser criado do que uma vacância e que a interação entre os defeitos (vacância-vacância e interstício-interstício) é atrativa. Em conjunto esses resultados apontaram que os defeitos pontuais podem afetar o mecanismo de fusão do cristal coloidal 2D. Com relação à dinâmica dos defeitos, o foco foi sobre as vacâncias. Calculamos as entalpias de migração deste defeito de uma forma original, baseada na troca de topologias. Concluímos que a vacância não difunde de acordo com um único mecanismo, mas sim um misto de dois comportamentos, são eles: relação de Arrhenius corrigida e relação de potência com a temperatura. Calculamos também as entalpias e entropias relativas de formação das topologias da vacância...

Novos modelos para cálculo de energia livre de solvatação em simulações de dinâmica molecular

Goncalves, Paulo Fernando Bruno
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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67.092646%
Combinando métodos computacionais da eletrostática e dinâmica molecular, este trabalho teve como objetivo descrever processos de solvatação em sistemas quimicamente importantes. Foram obtidas propriedades termodinâmicas necessárias para o entendimento do processo de solvatação. Estão descritos e testados modelos para descrever a interação soluto-solvente, possibilitando, assim, aprimorar a descrição físico-química dos processos de solvatação. Utilizaram-se programas desenvolvidos em nosso grupo e programas comerciais que permitem os cálculos de dinâmica molecular e química quântica. Uma nova abordagem para o cálculo de energia livre de solvatação foi desenvolvida proporcionando a obtenção acurada e eficiente dessa propriedade, dentro do enfoque da dinâmica molecular. Nessa nova abordagem, novas metodologias para a geração de cavidades moleculares foram propostas e avaliadas. As energias livres de solvatação obtidas estão em boa concordância com os valores experimentais.

Análise computacional da interação entre novas bases de tröger fluorescentes e o oligonucleotídeo(B-DNA) via docking e dinâmica molecular.

Oliveira, Tiago Espinosa de
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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67.094824%
Nesse trabalho, o docking e a dinâmica molecular foram utilizados como métodos de investigação das formas de interação entre um oligonucleotídeo de B-DNA e duas novas Bases de Tröger fluorescentes, com o propósito de verificar sua potencialidade como sondas biológicas. Para o docking molecular foi utilizado o protocolo descrito por Ricci et. al. (2009), que demonstrou ser um método promissor para reconhecer os modos de ligação e descrever a interação entre as Bases de Tröger e os oligonucleotídeos. Os complexos obtidos a partir dos docking foram utilizados como ponto de partida para as simulações de dinâmica molecular usando o programa GROMACS e o campo de força AMBER03, como descrito por Ricci et. al. (2010). A análise dos resultados das simulações mostraram a possibilidade, de que as Bases de Tröger podem interagir de maneiras diferentes com o oligonucleotídeo com preferência pela interação com sulco menor desse receptor. Durante todas as simulações os ligantes mantiveram-se com uma forte interação com o oligonucleotídeo, sem causar a desnaturação do mesmo. Globalmente, os resultados sugerem que as Bases de Tröger podem interagir com o sulco menor do oligonucleotídeo mas também são capazes de interagir como intercaladores. Devido as fortes interações...

Propriedades termodinâmicas em ligas binárias de metais alcalinos via dinâmica molecular

Flavio Djanikian
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 21/02/1997 PT
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67.092646%
Utilizou-se a técnica da Dinâmica molecular associada à Dinâmica de Rede para uma estimativa dos efeitos da anarmonicidade do potencial entre pares de íons às grandezas termodinâmicas em ligas de RbK. A mesma técnica foi utilizada para se calcular o fator de estrutura estático total em ligas de NaCs. Os potencias efetivos de interação nestas ligas foram obtidos através de uma extensão do formalismo de pseudo-potencial aplicado aos metais alcalinos, em uma forma apropriada para as ligas. Os potenciais se revelaram bastante satisfatórios à medida que reproduziram, com o auxílio da simulação computacional, para RbK, dados experimentais das frequencias de vibração dos modos normais da liga e de modos locais associados aos íons potásiio, e os espectros experimentais do fator de estrutura estático total para duas concnetrações distintas da liga NaCs; The technique of molecular dynamics together with lattice dynamics was used to estimate the effects of the anharmonicity of the ion-ion pair potential to hermodynamics functions in RbK alloys. The same technique was used to calculated the total static structure factor in NaCs alloys. The effective ion-ion pair potentials in these alloys was calculated by an extension of the pseudo-potential formalism applied to the alkali metals...

Entropia vibracional em ligas metálicas : determinação de parâmetros termodinâmicos em ligas metálicas via ligação adiabática e dinâmica molecular

Caetano Rodrigues Miranda
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/04/1999 PT
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67.092646%
As propriedades termodinâmicas das ligas foram calculadas usando o método de Ligação Adiabática no formalismo da Dinâmica Molecular. Nós estudamos a aplicação do método da Ligação Adiabática na investigação do fenômeno ordem-desordem e defeitos pontuais na liga Ni3Al. Para as simulações de Dinâmica molecular usamos a dinâmica da Cadeia Massiva de Nosé-Hoover e o método de Andersen e para descrever as interações entre os átomos da liga usamos o potencial do tipo tight-binding de Cleri-Rosato. Quanto ao fenômeno ordem-desordem foram calculadas as diferenças ordem-desordem da energia livre e entropia vibracional da liga Ni3Al. Nós encontramos que a diferença ordem-desordem da entropia vibracional aumenta com a temperatura variando de 0,14 kb/átomo em 300 K até 0,21 kb/átomo em 1200 K. Estes resultados estão em concordância com os resultados experimentais. Os cálculos sugerem que o principal fator no aparecimenteo desta diferença ordem-desordem da entropia vibracional é a diferença entre os volumes da liga nas fases ordenada e desordenada. Calculamos as energias livres e entropias de fornmação das vacâncias e as energias de formação de vacâncias e anti-sítios para a liga Ni3Al na fase ordenada...

Dinamica molecular de articaina em membranas POPC; Molecular dynamics of articaine in POPC membranes

Erica Teixeira Prates
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 03/08/2009 PT
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67.094824%
Neste trabalho foi feito o estudo das interações da articaína, um anestésico local de ampla aplicação médico-odontológica, com membranas modelo de POPC (palmitoil-oleil-fosfatidilcolina) em condições próximas às biologicamente relevan- tes empregando-se simulações computacionais de dinâmica molecular. Em uma primeira etapa, empregamos métodos quânticos para modelar a articaína com base no campo de força CHARMM. Das simulações de equilíbrio da articaína em POPC, foi possível obter informações como o seu comportamento conformacional e sua posi- ção transversal na bicamada, assim como suas interações especícas com os lipídios. Os estudos foram realizados para os estados neutro e protonado da articaína, consi- derando também seus isômeros ópticos. Estas análises, em conjunto com resultados experimentais de H-RMN realizados pela Prof. Eneida de Paula (IB-UNICAMP) e pelo Prof. Leonardo F. Fraceto (Dpto. de Eng. Ambiental - UNESP, Sorocaba - SP), demonstram que a articaína, em sua forma neutra, posiciona-se preferencial- mente na interface membrana/água, onde interage frequentemente com os lipídios através de ligações de hidrogênio. Através de ferramentas como perfil de densidade eletrônica do sistema...

Dinâmica molecular de zeólitos com matriz flexível; Molecular dynamics of zeolites with flexible framework

Tatiana Mello da Costa Faro
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 21/02/2011 PT
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67.094824%
Zeólitos são aluminossilicatos cuja estrutura consiste em tetraedros TO4 (com T=Si,Al) que compartilham todos os seus vértices com os tetraedros vizinhos, formando uma rede tridimensional altamente porosa e de baixa densidade. A substituição de Si por Al na matriz zeolítica leva à formação de uma carga total negativa, contrabalanceada pela presença de cátions trocáveis no material. Os zeólitos são objetos de estudo importantes por serem muito usados na indústria como peneiras moleculares, trocadores iônicos e catalisadores. A localização dos cátions trocáveis nos sítios cristalográficos de um zeólito e a identidade desses cátions são fatores que governam a adsorção de gases e outras moléculas pequenas no zeólito e o comportamento catalítico dos zeólitos. Embora várias técnicas experimentais sejam usadas para caracterizar tais cátions, é comum ocorrerem situações nas quais alguns dos cátions trocáveis não conseguem ser localizados com exatidão pelos métodos experimentais; nesses casos, estudos computacionais por simulações de Dinâmica Molecular (DM) são bastante úteis para ajudar a elucidar o posicionamento dos cátions trocáveis na estrutura zeolítica e as suas respectivas mobilidades. Neste trabalho...

Simulações de dinâmica molecular do receptor ativado de proliferadores de peroxissomos isoforma y; Molecular dynamics simulations of the peroxisome proliferator-activated receptor isoform y

Rodrigo Leandro Silveira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/07/2010 PT
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67.14775%
O Receptor Ativado de Proliferadores de Peroxissomos Isoforma g (PPARg ) é uma proteína pertencente à superfamília dos Receptores Nucleares. Através da ligação de pequenas moléculas, o PPARg controla a transcrição de genes ligados à diferenciação de adipócitos e ao metabolismo de glicose e de lipídeos. O PPARg tem uma enorme cavidade de ligação que permite a ligação de várias moléculas estruturalmente distintas que geram respostas fisiológicas também distintas. O PPARg é o receptor de uma classe de drogas antidiabéticas cujo principal representante é a rosiglitazona. Além disso, diversos ligantes naturais ativam o receptor e, recentemente, foi descoberto que ácidos graxos de cadeia média podem se ligar e ativar o PPARg . A estrutura cristalográfica do PPARg na presença de ácido nonanóico mostrou que havia 3 ligantes simultaneamente ligados ao receptor. Neste trabalho, utilizamos simulações de dinâmica molecular para investigar a dinâmica do PPARg ligado à rosiglitazona e aos ácidos nonanóico, cáprico e láurico. Observamos que a rosiglitazona não ocupa todo o sítio de ligação, havendo uma complementaridade entre o ligante e o receptor na base do domínio de ligação. Os ácidos graxos, por outro lado...

Dinâmica molecular e peridynamics aplicadas a nanotecnologia : um estudo sobre filmes finos e nanofios metálicos; Molecular dynamics and peridynamics applied to nanotechnology : a study of thin films and metallic nanowires

Zenner Silva Pereira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/10/2013 PT
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67.27398%
Nas últimas décadas uma geração de nanodispositivos foi desenvolvida. Estes dispositivos nanoeletrônicos são fabricados por novas técnicas fundamentadas em física, química e engenharia. Muitos desses nanomateriais têm suas propriedades físicas alteradas pelo efeito de tamanho, por causa desses novos efeitos é importante entender como estes dispositivos trabalham propriamente a fim de encontrarmos formas de obter novas aplicações baseadas nestes novos efeitos. Nanofios metálicos estão sendo largamente estudados tanto teoricamente como experimentalmente. Recentemente uma nova possibilidade de soldagem foi mostrada experimentalmente entre nanofios de ouro em temperatura ambiente, sem necessidade de aplicação de calor adicional e com baixa pressão, chamada de solda fria (cold welding). Usando Dinâmica Molecular (MD) com potenciais efetivos, nós simulamos o processo de soldagem fria em nanofios de ouro, prata e ouro-prata com diâmetros de 4.3nm em 300 K. Nós mostramos que a soldagem fria é um processo possível até mesmo quando os nanofios sofrem fortes deformações e defeitos antes do processo de soldagem. Durante o processo de soldagem os nanofios resultaram com poucos defeitos. Pequenas pressões foram necessárias para que a soldagem fosse atingida. Nós também realizamos cálculos de Dinâmica Molecular com embedded-atom-method para modelar o crescimento de filmes-finos de paládio depositados em um substrato de ouro para um sistema de aproximadamente 100 mil átomos. Nós mostramos que o filmes-finos de paládio cresceu sob stress sobre o substrato de ouro. Após a deposição de 9 monocamadas o stress armazenado no filmes de paládio relaxou formando defeitos na estrutura do cristal. Defeitos do tipo falhas de empilhamento surgiram nos filmes de paládio formando um padrão de deformação no mesmo. Para quantificar o stress nós também calculamos a evolução do tensor de stress durante o crescimento. Existem fenômenos físicos como fraturas em materiais que são caracterizados pela quebra das ligações atômicas que levam a efeitos macroscópicos. Para estudarmos este tipo de problema...

Simulações de dinamica molecular dos receptores do hormonio tireoidiano; Molecular dynamics simulations of thyroid hormone receptors

Leandro Martinez
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 29/03/2007 PT
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67.14775%
Receptores nucleares (NRs) formam uma superfamília de fatores de transcrição. Os receptores de hormônios mais conhecidos são os receptores do ácido retinóico, do estrógeno, da progesterona, os dos glucocorticóides e os receptores do hormônio tireoideano (TRs). Os NRs são formados por três domínios: um domínio N-terminal que contém um fator de transcrição, um domínio de ligação com o DNA e um domínio ao qual os hormônios se ligam (LBD). O domínio de ligação com os hormônios é o maior dos três, sendo formado por cerca de 260 resíduos, 12 a-hélices e poucas e pequenas folhas-b. Aqui apresentamos estudos da dinâmica dos LBDs dos TRs. Os TRs são responsáveis pelo controle do metabolismo basal, pelo consumo de gorduras e ácidos graxos, e pelo controle da atividade cardíaca. Há fundamentalmente duas isoformas de TRs: TRa e TRb. Ligantes seletivos para uma das isoformas têm um grande valor farmacológico. As estruturas cristalográficas dos LBDs, no entanto, têm permitido apenas uma apreciação parcial das relações entre a estrutura e a função dos TRs. Aspectos dinâmicos dos LBDs parecem ter uma importância fundamental em vários mecanismos fisiológicos. Neste trabalho, apresentamos estudos de vários aspectos da dinâmica molecular dos LBDs dos receptores do hormônio tireoideano. Técnicas não-convencionais de simulações de dinâmica molecular são usadas...

Dinâmica molecular ab initio:aplicações ao estudo de propriedades electrónicas de sistemas moleculares

Martiniano, Hugo Filipe de Mesquita Costa, 1978-
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Tese de Doutorado
Publicado em //2013 POR
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67.205195%
Tese de doutoramento, Química (Química-Física), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2013; O método da dinâmica molecular ab initio exibe vantagens significativas para o estudo da estrutura e propriedades electrónicas de sistemas moleculares complexos. No entanto, uma das suas desvantagens é o elevado custo computacional, quando comparado com os métodos de dinâmica molecular clássicos. Um dos modos de resolver este problema é adoptar uma abordagem sequencial, na qual a dinâmica é gerada a um dado nível teórico e, com as configurações assim obtidas são realizados cálculos a posteriori com métodos mais precisos. Nesta tese são apresentadas algumas aplicações de metodologia sequencial BOMD/QM : i) Um estudo da influência de flutuações térmicas no espectro de ionização da porfirina livre e da porfirina complexada com um átomo de magnésio, e da influência de distorções específicas na posição das bandas do espectro de ionização destes compostos. ii) Um estudo da estrutura e de algumas propriedades electrónicas do cianeto de hidrogénio líquido, no qual também foi aplicado um método com base na combinação do método dos incrementos com uma aproximação baseada no hamiltoniano efectivo de Frenkel...

Efeito da temperatura na enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis em complexo com o NADH: um estudo por simulação pela dinâmica molecular

Gargano, Furia
Fonte: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Publicador: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; Porto Alegre
Tipo: Tese de Doutorado
PORTUGUêS
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67.12376%
Esta pesquisa refere-se a um estudo computacional via simulação por dinâmica molecular (DM) que investiga os efeitos da temperatura na InhA, enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase do Mycobacterium tuberculosis (MTB). A temperatura pode interferir na estrutura e função protéicas, na habilidade de ligação de uma proteína, na distribuição dos microestados, na conformação molecular média e nas reações enzimáticas. A partir do início do século XX, os experimentos in silico tem sido cada vez mais utilizados para auxiliar na compreensão e comprovação das hipóteses teóricas elaboradas em diversas áreas da ciência. Neste contexto, a simulação por dinâmica molecular (DM) tem sido uma das técnicas da biofísica molecular computacional utilizadas no estudo da variação das propriedades estruturais do estado nativo das proteínas e no planejamento e design de fármacos. Esta pesquisa investigou o efeito da temperatura sobre a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (InhA) através de um estudo por simulação pela DM (SDM). A enzima InhA é um importante alvo para a isoniazida (INH), um dos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose (TBC). O complexo enzimático InhA-NADH foi submetido a uma SMD a 25 ºC (298 K) e outra a 37 ºC (310 K) durante um período de 20 ns. A temperatura de 37 ºC foi escolhida por corresponder à temperatura corporal humana. Por outro lado...

Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o receptor ativador da proliferação de peroxissomo; Molecular dynamics simulations of the peroxisome proliferator-activated receptors

Clarisse Gravina Ricci
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 06/10/2014 PT
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Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomo. O Receptor Nuclear conhecido como PPAR possui um papel central na regulação do metabolismo da glicose e dos ácidos graxos, e, por esta razão, está intimamente relacionado às chamadas ‘doenças modernas’ – tais como obesidade e diabetes tipo II. Este trabalho de doutorado teve como objetivo usar a dinâmica molecular, entre outras ferramentas computacionais, para estudar em nível molecular aspectos estruturais e dinâmicos dos PPARs, que possam fornecer informações relevantes para a compreensão dos seus mecanismos de ação. Neste contexto, foram abordados quatro problemas específicos: 1) Estudo dos movimentos correlacionados e da dinâmica essencial descrita pelo heterodímero intacto PPAR/RXR ancorado ao DNA, cuja estrutura foi apenas recentemente publicada. Este estudo revelou a existência de correlações mecânicas entre regiões distantes do complexo, que ajudam a explicar comunicações alostéricas demonstradas experimentalmente. 2) Estudo comparativo do efeito do estado oligomérico para a dinâmica do LBD do PPAR e para os caminhos de dissociação do ligante. Neste trabalho, mostramos que o estado complexado afeta a formação de pontes salinas importantes para o processo de dissociação do ligante. 3) Estudo da importância da ocupação do -pocket no PPAR subtipo...

Experimental measurement and molecular dynamics simulation of diffusivities in supercritical mixtures; Medição experimental e simulação de dinâmica molecular de difusividades em misturas supercríticas

Vaz, Graça Raquel Veiga
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Tese de Doutorado
ENG
Relevância na Pesquisa
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This work focuses diffusivities due to their importance in the design and simulation of rate-controlled processes. Three approaches are followed: phenomenological modeling through the development of predictive macroscopic models, molecular dynamics simulations, and experimental measurement by the chromatographic peak broadening technique. Self-diffusion coefficients of model and real fluids were firstly studied using entropy based scaling laws. Rosenfeld, Dzugutov and Bretonnet expressions were tested using a large database previously compiled, involving 1727 data points. It was shown that they fail in the entire range of density and temperature, and that diffusivity depends not only on residual entropy but also on the size/geometry of the molecule (through a chain size parameter). For these reasons, a new universal correlation using artificial neural networks was proposed, which relates self-diffusivities with residual entropy and chain size parameter. It is valid for both model and real fluids, whether spherical or asymmetrical, polar or non-polar (global AARD = 9.13%). Moreover, a simple analytical expression was devised for spherical systems, and provides only 4.61% of error based uniquely on residual entropy. Three modified hydrodynamic expressions were proposed to accurately estimate tracer diffusivities (D12) in supercritical carbon dioxide (SC-CO2)...