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Phylogeny of Lundia (Bignoniaceae) based on ndhF and PepC sequences

Kaehler, Miriam; Michelangeli, Fabian A.; Lohmann, Lucia G.
Fonte: INT ASSOC PLANT TAXONOMY-IAPT; BRATISLAVA Publicador: INT ASSOC PLANT TAXONOMY-IAPT; BRATISLAVA
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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The circumscription of genera belonging to tribe Bignonieae (Bignoniaceae) has traditionally been complex, with only a few genera having stable circumscriptions in the various classification systems proposed for the tribe. The genus Lundia, for instance, is well characterized by a series of morphological synapomorphies and its circumscription has remained quite stable throughout its history. Despite the stable circumscription of Lundia, the circumscription of species within the genus has remained problematic. This study aims to reconstruct the phylogeny of Lundia in order to refine species circumscriptions, gain a better understanding of relationships between taxa, and identify potential morphological synapomorphies for species and major clades. We sampled 26 accessions representing 13 species of Lundia, and 5 outgroups, and reconstructed the phylogeny of the genus using a chloroplast (ndhF) and a nuclear marker (PepC). Data derived from sequences of the individual loci were analyzed using parsimony and Bayesian inference, and the combined molecular dataset was analyzed with Bayesian methods. The monophyly of Lundia nitidula, a species with a particularly complex circumscription, was tested using Shimodaira-Hasegawa (SH) test and the approximately unbiased test for phylogenetic tree selection (AU test). In addition...

Caracterização e filogenia moleculares de Acanthamoeba.; Molecular characterization and phylogeny of Acanthamoeba.

Alves, João Marcelo Pereira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 17/05/2001 PT
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Neste trabalho foram caracterizadas molecularmente e inferidas as relações filogenéticas de 14 isolados brasileiros de Acanthamoeba, provenientes de casos de ceratite, e 8 isolados da ATCC (4 de ceratite e 4 ambientais). Foram utilizados inicialmente os métodos de RAPD, RFLP de DNA genômico total e RFLP do SSU rDNA. Apesar de revelar a alta variabilidade genética em Acanthamoeba, estes métodos permitiram estabelecer grupos bem definidos de isolados mais similares geneticamente. O seqüenciamento do SSU rDNA permitiu a inferência da filogenia entre os isolados utilizados nesse estudo em relação àqueles presentes na literatura, que estão distribuídos em doze tipos de seqüência deste gene. Dentre os 17 isolados de ceratite presentes em nosso estudo, 16 apresentaram SSU rDNA tipo T4 (anteriormente já fortemente correlacionado à ceratite) e um deles constitui um novo tipo de seqüência. Dois dos 4 isolados ATCC (ambientais) cujas seqüências ainda não haviam sido determinadas também apresentaram novos tipos de SSU rDNA, enquanto outros 2 apresentaram o tipo T4.; In this work we performed the molecular phylogeny and characterization of 22 Acanthamoeba isolates, 14 Brazilian keratitis isolates and 8 from ATCC, 4 keratitis and 4 environmental isolates. In spite of the extensive genetic variability disclosed by RAPD...

Filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines) e filogeografia de Paroaria dominicana; Phylogeny of the genus Paroaria (Aves: Passeriformes; Oscines) and phylogeography of Paroaria dominicana

Nodari, Fernando
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/08/2008 PT
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A presente Dissertação apresenta dados sobre dois estudos complementares: a filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines; Capítulo 2) e a filogeografia de Paroaria dominicana (Capítulo 3). O estudo filogenético do gênero Paroaria utilizou como fonte de dados seqüências do ND2 (1041 pb) obtidas a partir de indivíduos das cinco espécies desse gênero (exceto P. baeri com 925 pb) e de seis espécies de diferentes tribos da subfamília Emberizinae como grupos externos. As reconstruções filogenéticas obtidas indicam que: 1) táxons da atual tribo Emberizini não formam um grupo monofilético; 2) Gubernatrix cristata pertence à tribo Thraupini; 3) dentre as espécies amostradas, G. cristata é a mais próxima ao gênero Paroaria; 4) o gênero Paroaria é monofilético; 5) o gênero Paroaria está dividido em dois clados principais: (P. coronata, P. dominicana) e (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). Para auxiliar a interpretação dos resultados, as distribuições dos registros das espécies do gênero Paroaria foram obtidas por meio da compilação de informações de localidades de coleta de onze instituições. O clado (P. coronata, P. dominicana) sugere que as florestas abertas dos arredores do Chaco e da Caatinga estão relacionadas. Já o clado (P. baeri (P. gularis...

Revisão, filogenia, evolução e biogeografia de Lundia DC. (Bignonieae, Bignoniaceae); Taxonomic revision, phylogeny, evolution, and Biogeography of Lundia DC. (Bignonieae, Bignoniaceae)

Kaehler, Miriam
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 01/02/2011 PT
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Lundia DC. (Bignoniaceae, tribo Bignonieae) se caracteriza pelo hábito lianescente, pelas glândulas interpeciolares, anteras e ovários vilosos, e pelos tricomas simples na margem do estigma. Além disso, o gênero não apresenta o disco nectarífero que está localizado na base do ovário da maior parte dos representantes da tribo Bignonieae. Neste trabalho são reconhecidas 13 espécies de Lundia, das quais uma é nova (L. laevis). Para a compreensão do parentesco filogenético entre as espécies do gênero, foi reconstruída a filogenia de Lundia com base em um marcador de cloroplasto (ndhF), um marcador nuclear ( PepC), e caracteres morfológicos. Os dados foram analisados utilizando parcimônia e metodologia bayesiana, os quais reconstruíram topologias congruentes. Em todas as análises, Lundia emergiu como grupo monofilético, com alta sustentação de caracteres morfológicos e moleculares. Além disso, todas as espécies amostradas múltiplas vezes também formaram grupos monofiléticos, exceto no caso de L. nitidula a qual emergiu como parafilética, com L. obliqua inserida no clado L. nitidula; no entanto, o parentesco entre os indivíduos inseridos no clado L. nitidula + L. obliqua apresentou baixa resolução. A filogenia de Lundia contribuiu com informações importantes para uma melhor circunscrição das espécies e elaboração de uma revisão taxonômica do gênero que incluiu descrições...

Filogenia da tribo Callitrichini Thomas, 1903 (Primates, Platyrrhini, Callitrichinae), com base em caracteres morfológicos; A morphological phylogeny of Callitrichini Thomas, 1903 (Primates, Platyrrhini, Callitrichinae)

Garbino, Guilherme Siniciato Terra
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 31/10/2013 PT
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Quatro gêneros compõem a tribo Callitrichini: Callibella (monotípico), Callithrix (com seis espécies), Cebuella (monoespecífico) e Mico (com 13 espécies, recentemente desmembrado de Callithrix por filogenias moleculares). As espécies da tribo ocorrem desde o sudeste do Brasil (estado de São Paulo), até o sul da Colômbia (departamento de Putumayo). Atualmente, morfologistas não reconhecem a validade de Mico, e Callibella não é reconhecido em algumas filogenias moleculares. Com o objetivo de testar a validade desses quatro gêneros, estabelecer hipóteses de relacionamento entre eles e entre as espécies que os compõem, realizei uma filogenia morfológica incluindo todas 21 espécies atualmente reconhecidas para o grupo. O grupo-externo é constituído por Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. Foram obtidos 80 caracteres, 34 considerados multiestado. Desse total, quatro são morfológicos quantitativos, 21 tegumentares e 51 osteológicos quantitativos, um cariológico e três vocais. Para comparar os caracteres osteológicos e tegumentares, duas análises utilizando somente caracteres desses sistemas foram realizadas. Na análise tegumentar...

PRP8 intein in cryptic species of Histoplasma capsulatum: Evolution and phylogeny

Theodoro, Raquel Cordeiro; Scheel, Christina M.; Brandt, Mary E.; Kasuga, Takao; Bagagli, Eduardo
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 174-182
ENG
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The PRP8 intein is the most widespread intein among the Kingdom Fungi. This genetic element occurs within the prp8 gene, and is transcribed and translated simultaneously with the gene. After translation, the intein excises itself from the Prp8 protein by an autocatalytic splicing reaction, subsequently joining the N and C terminals of the host protein, which retains its functional conformation. Besides the splicing domain, some PRP8 inteins also have a homing endonuclease (HE) domain which, if functional, makes the intein a mobile element capable of becoming fixed in a population. This work aimed to study (1) The occurrence of this intein in Histoplasma capsulatum isolates (n=. 99) belonging to different cryptic species collected in diverse geographical locations, and (2) The functionality of the endonuclease domains of H. capsulatum PRP8 inteins and their phylogenetic relationship among the cryptic species. Our results suggest that the PRP8 intein is fixed in H. capsulatum populations and that an admixture or a probable ancestral polymorphism of the PRP8 intein sequences is responsible for the apparent paraphyletic pattern of the LAmA clade which, in the intein phylogeny, also encompasses sequences from LAmB isolates. The PRP8 intein sequences clearly separate the different cryptic species...

Biologia floral, reprodução e filogenia do genêro Cirrhaea Lindl. (Orchidaceae) e evolução dos sistemas de polinização em Stanhopeinae; Floral biology, reproduction and phylogeny of genus Cirrhaea Lindl. (Orchidaceae) and the evolution of pollination sytems in Stanhopeinae

Ludmila Mickeliunas Pansarin
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 14/02/2011 PT
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O gênero Cirrhaea Lindl. (Orchidaceae) inclui sete espécies distribuídas principalmente pela região Sudeste do Brasil. Neste trabalho foram estudadas a fenologia, a biologia floral e reprodutiva das espécies de Cirrhaea, bem como a morfologia e a anatomia de suas estruturas secretoras. Para isso, observações de campo foram realizadas para investigar os polinizadores e os mecanismos de polinização. Flores frescas foram coletadas e fixadas para os estudos morfo-anatômicos e tratamentos de polinização manual foram feitos para verificar o sistema reprodutivo. Também foi determinada a quantidade de sementes potencialmente viáveis obtidas em cada tratamento e analisadas as fragrâncias. Os estudos de filogenia de Cirrhaea e de evolução dos sistemas de polinização de Stanhopeinae foram realizados a partir do seqüenciamento das regiões trnL-F e matK do DNA de cloroplasto e ITS do DNA nuclear. Os dados obtidos para as espécies de Cirrhaea foram acrescidos aos publicados para os demais gêneros de Stanhopeinae para a elaboração de um estudo sobre a evolução dos sistemas de polinização da subtribo. A filogenia das Stanhopeinae foi comparada com uma hipótese filogenética de abelhas da tribo Euglossini (Apidae) a fim de obter informações sobre a evolução dos sitemas de polinização para a subtribo. Cirrhaea...

Filogenia, estudos micromorfológicos e revisão taxonômica de Mimosa ser. Leiocarpae Benth. (Leguminosae-Mimosoideae) = : Phylogeny, micromorphological studies and taxonomic revision of Mimosa ser. Leiocarpae Benth. (Leguminosae-Mimosoideae); Phylogeny, micromorphological studies and taxonomic revision of Mimosa ser. Leiocarpae Benth. (Leguminosae-Mimosoideae)

Juliana Santos Silva
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 18/07/2013 PT
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Mimosa L. é o segundo maior gênero de Mimosoideae, com distribuição pantropical e mais de 500 espécies. Entre as cinco seções do gênero, Mimosa sect. Batocaulon DC., com 190 espécies, é uma das seções mais diversificadas morfologicamente. Dentre as suas 25 séries, Mimosa ser. Leiocarpae Benth. é a maior, com 31 espécies distribuídas principalmente nos ambientes xéricos sulamericanos. Caracteriza-se pelos diferentes tipos de tricomas e pelas flores tetrâmeras, diplostêmones agrupadas em espigas. Muitas das suas espécies são mal definidas, o que é agravado pela ausência de ilustrações para maioria delas e pela escassez de coleta de alguns táxons. Estudos filogenéticos moleculares têm sustentado o monofiletismo de Mimosa, mas têm demonstrado que suas categorias infragenéricas, precisam de melhor esclarecimento, haja vista o seu para- ou polifiletismo. O objetivo deste trabalho foi a realização de estudos filogenéticos, micromorfológicos e a revisão taxonômica de M. ser. Leiocarpae, visando contribuir com taxonomia e a delimitação desse grupo. O estudo filogenético baseou-se em marcadores moleculares derivados do DNA do nuclear (ITS) e do cloroplasto (matK/trnK, trnD-trnT e trnL-trnF), analisadas através dos métodos de máxima parcimônia e análise Bayesiana...

Ontogênese e filogênese em Freud : uma visão de conjunto; Ontogeny and phylogeny in Freud : an overview

Marcelo Galletti Ferretti
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 24/03/2014 PT
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Neste trabalho, traçamos um panorama do desenvolvimento das noções de ontogênese e de filogênese ao longo da obra freudiana, isto é, desde os primeiros artigos publicados no final dos anos 1870 até as últimas investigações do final dos anos 1930. Numa primeira etapa, buscamos nos deter no processo de incorporação dessas noções ¿ oriundas da biologia evolucionária ¿ no pensamento de Freud. Numa segunda etapa, procuramos examinar o processo que as consolida na teoria psicanalítica e o sentido que elas adquirem, dando destaque aos vários estatutos conferidos à noção de filogênese em especial. Por meio desse itinerário, buscamos mostrar, em primeiro lugar, que um enfoque genético e evolucionário dos fenômenos psíquicos e culturais é um traço basal da teoria freudiana, estando nela presente desde o início; em segundo lugar, que esse enfoque se assenta sobre uma articulação entre os domínios da ontogênese e da filogênese a qual se opera por meio de uma diretriz metodológica engendrada no período inaugural da referida teoria; e, por fim, que tal enfoque deve muito à teoria darwiniana da evolução.; In this work, we trace an overview of the notions of ontogeny and phylogeny throughout Freud¿s work, i.e. from his first publications in the late 1870s to his final investigations in the late 1930s. Initially...

Filogenia do gênero Erythrina L. (Leguminosae, Papilionoideae, Phaseoleae) e revisão taxonômica das espécies ocorrentes no Brasil; Phylogeny of the genus Erythrina L. (Leguminosae, Papilionoideae, Phaseoleae) and taxonomic revision of the species found in Brazil

Milena Ventrichi Martins
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/08/2014 PT
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Erythrina L. é o terceiro maior gênero da tribo Phaseoleae, com 120 espécies, tradicionalmente subdivididas em cinco subgêneros e 27 seções. Possui distribuição pantropical, com 70 espécies na região neotropical, 38 espécies na África e Madagascar e 12 espécies na Ásia e Austrália. O gênero é caracterizado pelo hábito arbóreo a arbustivo, ramos e/ou caule armados, estipelas glandulares e tricomas ramificados, além da grande diversidade morfológica das flores. Muitas espécies de Erythrina apresentam importância econômica, sobretudo na indústria farmacêutica. No Brasil, a identidade das espécies utilizadas como medicamento nem sempre é confiável, devido ao uso do nome popular "mulungu" que pode se referir a qualquer das espécies do gênero. Estudos filogenéticos moleculares têm sustentado o monofiletismo de Erythrina, mas têm demonstrado que suas categorias infragenéricas precisam de maior esclarecimento. O objetivo deste trabalho foi à realização de estudos filogenéticos e a revisão taxonômica das espécies que ocorrem no Brasil, visando contribuir com a taxonomia e filogenia do gênero. O estudo filogenético baseou-se em sequências do marcador molecular ITS do DNA nuclear, analisadas através dos métodos de análise de máxima parcimônia e de análise bayesiana; enquanto que os estudos taxonômicos revisionais e morfológicos fundamentaram-se nos procedimentos tradicionais. O capitulo 1 trata da filogenia do gênero Erythrina...

Hybrid GRASP heuristics for the phylogeny problem combining path-relinking and genetic algorithm as an intensification strategy

Vianna,Dalessandro Soares; Vianna,Marcilene de Fátima Dianin
Fonte: Associação Brasileira de Engenharia de Produção Publicador: Associação Brasileira de Engenharia de Produção
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/09/2014 EN
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A phylogeny is a tree that relates taxonomic units based on their similarity over a set of characteristics. The phylogeny problem under the parsimony criterion consists in finding a phylogeny with a minimum number of evolutionary steps. We propose hybrid heuristic methods - based on GRASP, path-relinking and genetic algorithm methodologies - to build a phylogeny while minimizing parsimony. Computational experiments using benchmark conditions are reported, and the results obtained by the proposed hybrid heuristics are compared with the solutions obtained by a traditional GRASP (without hybridization) heuristic and with previously reported solutions in the literature. The experimental results illustrate that the proposed heuristics are efficient in terms of solution quality and time-to-target-value.

Resolving the phylogeny of lizards and snakes (Squamata) with extensive sampling of genes and species

Wiens, John J.; Hutter, Carl R.; Mulcahy, Daniel G.; Noonan, Brice P.; Townsend, Ted M.; Sites, Jack W.; Reeder, Tod W.
Fonte: The Royal Society Publicador: The Royal Society
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN
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Squamate reptiles (lizards and snakes) are one of the most diverse groups of terrestrial vertebrates. Recent molecular analyses have suggested a very different squamate phylogeny relative to morphological hypotheses, but many aspects remain uncertain from molecular data. Here, we analyse higher-level squamate phylogeny with a molecular dataset of unprecedented size, including 161 squamate species for up to 44 nuclear genes each (33 717 base pairs), using both concatenated and species-tree methods for the first time. Our results strongly resolve most squamate relationships and reveal some surprising results. In contrast to most other recent studies, we find that dibamids and gekkotans are together the sister group to all other squamates. Remarkably, we find that the distinctive scolecophidians (blind snakes) are paraphyletic with respect to other snakes, suggesting that snakes were primitively burrowers and subsequently re-invaded surface habitats. Finally, we find that some clades remain poorly supported, despite our extensive data. Our analyses show that weakly supported clades are associated with relatively short branches for which individual genes often show conflicting relationships. These latter results have important implications for all studies that attempt to resolve phylogenies with large-scale phylogenomic datasets.

Phylogeny and evolution of Lerista (Lygosominae, Scincidae, Squamata).

Skinner, Adam
Fonte: Universidade de Adelaide Publicador: Universidade de Adelaide
Tipo: Tese de Doutorado
Publicado em //2008
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36.96%
In this thesis, I investigate the phylogeny and evolution of Lerista, a clade of more than 75 species of scincid lizards, distributed in arid, semi-arid, and seasonally dry habitats throughout Australia. Among extant tetrapods, Lerista is exceptional in comprising a large number of closely-related species displaying prodigious variability of body form; several species possessing well-developed, pentadactyl limbs resemble typical non-fossorial scincids in body proportions, while many other species exhibit varying degrees of limb reduction and body elongation, including two that are highly elongate and entirely limbless. The extensive variation in limb morphology observed among species, incorporating at least 20 distinct phalangeal configurations, has prompted some authors to identify Lerista as the best available model for studying limb reduction in squamates. Nonetheless, lack of a well-resolved phylogeny has impeded investigation of the pattern and mode of limb reduction and loss within the clade. The primary goal of my research was to furnish a comprehensive phylogenetic hypothesis for Lerista, enabling more sophisticated study of the evolution of limb morphology and body form in this clade than has previously been possible. A recent phylogenetic analysis of mitochondrial DNA sequences for a series of Australian Sphenomorphus group scincids (including two species of Lerista) recovered several well-supported...

Looks can deceive: Molecular phylogeny of a family of flatworm ectoparasites (Monogenea: Capsalidae) does not reflect current morphological classification

Perkins, E.; Donnellan, S.; Bertozzi, T.; Chisholm, L.; Whittington, I.
Fonte: Academic Press Inc Elsevier Science Publicador: Academic Press Inc Elsevier Science
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2009 EN
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The morphological based taxonomy of highly derived parasite groups is likely to poorly reflect their evolutionary relationships. The taxonomy of the monogenean family Capsalidae, which comprises approximately 180 species of flatworm parasites that predominantly attach to external surfaces of chondrichthyan and teleost fishes, is based mainly on six morphological characters. The phylogenetic history of the family is largely unknown. We reconstructed the phylogenetic relationships of 47 species in 20 genera from eight of the nine subfamilies, from nucleotide sequences of three unlinked nuclear genes, 28S ribosomal RNA, Histone 3 and Elongation Factor 1 α. Our phylogeny was well corroborated, with 75% of branches receiving strong support from both Bayesian posterior probabilities and maximum likelihood bootstrap proportions and all nodes showed positive partitioned likelihood support for each of the three genes. We found that the family was monophyletic, with the Gyrodactylidae and Udonellidae forming the sister group. The Capsalinae was monophyletic, however, our data do not support monophyly for the Benedeniinae, Entobdellinae and Trochopodinae. Monophyly was supported for Capsala, Entobdella, Listrocephalos, Neobenedenia and Tristoma...

Phylogeny and divergence times of filesnakes (Acrochordus): Inferences from morphology, fossils and three molecular loci

Sanders, K.; Mumpuni; Hamidy, A.; Head, J.; Gower, D.
Fonte: Academic Press Inc Elsevier Science Publicador: Academic Press Inc Elsevier Science
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2010 EN
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Acrochordus is a species-poor but highly distinctive aquatic snake genus currently distributed from India to the western edge of the Pacific. We provide the first phylogeny for the three extant species using Bayesian and parsimony analyses of one mitochondrial and two nuclear gene sequences. Acrochordus javanicus is strongly recovered as sister to A. arafurae+A. granulatus, counter to expectations from superficial ecology, external phenotype and former taxonomy. We review and revise key fossil calibrations for dating snake divergences. Bayesian relaxed-clock analysis of the two nuclear loci yields deep interspecific divergences among extant species that occurred during the Miocene approximately 16 and approximately 20Mya (million years ago), pre-dating at least two of the three other living marine snake lineages. New morphological data for A. arafurae, and our molecular timescale, provide support for the placement of fossil taxon A. dehmi within the Acrochordus crown group, as sister to A. javanicus among nominate species. Finally, Acrochordus phylogeny provides an improved basis for taxon selection and character polarization in higher snake phylogenetics. Our study highlights the three Acrochordus species as old and highly distinct lineages that comprise an important component of the threatened Indo-Australian biodiversity.; Kate L. Sanders...

Miocene–Pleistocene planktic foraminifers from D. S. D. P. Sites 208 and 77, and phylogeny and classification of Cenozoic species

Fordham, Barry G.
Fonte: University of Chicago; http://press.uchicago.edu/index.html Publicador: University of Chicago; http://press.uchicago.edu/index.html
Tipo: Book; Published Version Formato: 200 pages + 25 plates
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Rich assemblages of tropical and subtropical planktic foraminifers from two coarsely sampled upper-Cenozoic deep-sea sequences suggest the need for changes in taxonomic method with a corresponding reclassification which includes all Cenozoic species. This is necessitated by the observation that representative collections of assemblages from phylogenetic lineages exhibit unexpectedly high degrees of variation in test morphology both within assemblages and through sequences of assemblages, and so much more inclusive concepts of many species are required. Also, speciation events in many of these species lineages appear to have been preserved by the appearance of discontinuities in variation within sequences of assemblages. These observations combined with the extensive literature which documents stratigraphic distribution of infraspecific taxa are used to revise the phylogeny of late-Cenozoic species with regard to the branching sequence. This method of phylogeny reconstruction has been termed stratophenetic analysis by P.O. Gingerich. Because the common ancestry of most of these clades appears to lie in the early Cenozoic, the branching sequence is extended to the beginning of the Cenozoic based on the work of W.H. Blow. Two complementary suprageneric classifications of Cenozoic species are offered...

The Ascomycota Tree of Life: A Phylum Wide Phylogeny Clarifies the Origin and Evolution of Fundamental Reproductive and Ecological Traits

Hewitt, David; Spatafora, Joseph W.; Lutzoni, Francois; Trappe, James M.; Hansen, Karen; Cole, Mariette S.; Crittenden, Peter D.; Dyer, Paul S.; Zuccaro, Alga; Stenroos, Soili; Johnston, Peter; Untereiner, Wendy; Summerbell, Richard C.; Sugiyama, Junta; S
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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We present a 6-gene, 420-species maximum-likelihood phylogeny of Ascomycota, the largest phylum of Fungi. This analysis is the most taxonomically complete to date with species sampled from all 15 currently circumscribed classes. A number of superclass-level nodes that have previously evaded resolution and were unnamed in classifications of the Fungi are resolved for the first time. Based on the 6-gene phylogeny we conducted a phylogenetic informativeness analysis of all 6 genes and a series of ancestral character state reconstructions that focused on morphology of sporocarps, ascus dehiscence, and evolution of nutritional modes and ecologies. A gene-by-gene assessment of phylogenetic informativeness yielded higher levels of informativeness for protein genes (RPB1, RPB2, and TEF1) as compared with the ribosomal genes, which have been the standard bearer in fungal systematics. Our reconstruction of sporocarp characters is consistent with 2 origins for multicellular sexual reproductive structures in Ascomycota, once in the common ancestor of Pezizomycotina and once in the common ancestor of Neolectomycetes. This first report of dual origins of ascomycete sporocarps highlights the complicated nature of assessing homology of morphological traits across Fungi. Furthermore...

Heavy metal resistant strains are widespread along Streptomyces phylogeny

Alvarez, Analia; Catalano, Santiago Andres; Amoroso, Maria Julia del R.
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:ar-repo/semantics/artículo; info:eu-repo/semantics/publishedVersion Formato: application/pdf
ENG
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The genus Streptomyces comprises a group of bacteria species with high economic importance. Several of these species are employed at industrial scale for the production of useful compounds. Other characteristic found in different strains within this genus is their capability to tolerate high level of substances toxic for humans, heavy metals among them. Although several studies have been conducted in different species of the genus in order to disentangle the mechanisms associated to heavy metal resistance, little is known about how they have evolved along Streptomyces phylogeny. In this study we built the largest Streptomyces phylogeny generated up to date comprising six genes, 113 species of Streptomyces and 27 outgroups. The parsimony-based phylogenetic analysis indicated that (i) Streptomyces is monophyletic and (ii) it appears as sister clade of a group formed by Kitasatospora and Streptacidiphilus species, both genera also monophyletic. Streptomyces strains resistant to heavy metals are not confined to a single lineage but widespread along Streptomyces phylogeny. Our result in combination with genomic, physiological and biochemical data suggest that the resistance to heavy metals originated several times and by different mechanisms in Streptomyces history.; Fil: Alvarez...

Molecular Phylogeny of Nycticebus Inferred from Mitochrondrial Genes

Chen, Jing-Hua; Pan, Deng; Groves, Colin; Wang, Ying-Xiang; Narushima, Etsuo; Fitch-Snyder, Helen; Crow, Paul; Thanh, Vu Ngoc; Ryder, Oliver; Zhang, Hong-Wei; Zhang, Ya-Ping
Fonte: Kluwer Academic Publishers Publicador: Kluwer Academic Publishers
Tipo: Artigo de Revista Científica
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Researchers are still discussing the classification of Nycticebus. We established a molecular phylogeny covering all recognized taxa in Nycticebus to provide information for further evaluation. We sequenced partial D-loop (ca. 390 bp) and cytochrome b gen

A molecular phylogeny of enteric bacteria and implications for a bacterial species concept

Wertz, J E; Goldstone, C; Gordon, David; Riley, Margaret A
Fonte: Blackwell Publishing Ltd Publicador: Blackwell Publishing Ltd
Tipo: Artigo de Revista Científica
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A molecular phylogeny for seven taxa of enteric bacteria (Citrobacter freundii, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Hafnia alvei, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, and Serratia plymuthica) was made from multiple isolates per taxa taken from a collection of environmental enteric bacteria. Sequences from five housekeeping genes (gapA, groEL, gyrA, ompA, and pgi) and the 16s rRNA gene were used to infer individual gene trees and were concatenated to infer a composite molecular phylogeny for the species. The isolates from each taxa formed tight species clusters in the individual gene trees, suggesting the existence of 'genotypic' clusters that correspond to traditional species designations. These sequence data and the resulting gene trees and consensus tree provide the first data set with which to assess the utility of the recently proposed core genome hypothesis (CGH). The CGH provides a genetically based approach to applying the biological species concept to bacteria.