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Expression of transcription factors NF-kappa B and AP-1 in nasal polyposis

VALERA, F. C. P.; QUEIROZ, R.; SCRIDELI, C.; TONE, L. G.; ANSELMO-LIMA, W. T.
Fonte: BLACKWELL PUBLISHING Publicador: BLACKWELL PUBLISHING
Tipo: Artigo de Revista Científica
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Background The treatment and prognosis of nasal polyposis (NP) may be influenced by transcription factors, but their expression is poorly understood. Objective To determine the expression of transcription factors [(nuclear factor-kappa B) NF-kappa B and (activator protein) AP-1], cytokines [IL-1 beta, TNF-alpha and (granulocytes and macrophage colony-stimulating factor) GM-CSF], growth factor (b-FGF), chemokine (eotaxin-2) and adhesion molecule (ICAM-1) in NP in comparison with nasal mucosa controls. Methods Cross-sectional study. Twenty biopsies of nasal polyps were compared with eight middle turbinate biopsies. p65, c-Fos, IL-1 beta, TNF-alpha, ICAM-1, b-FGF, eotaxin-2 and GM-CSF were analysed through RQ-PCR, and p65 and c-Fos were also analysed through Western blotting. Results NF-kappa B expression was increased in patients with NP when compared with control mucosa (P < 0.05), whereas AP-1 expression did not differ significantly between groups. Expressions of IL-1 beta, eotaxin-2 and b-FGF were also increased in patients with NP compared with controls (P < 0.05). Conclusions The transcription factor NF-kappa B is more expressed in NP than in control mucosa. This is important in NP because NF-kappa B can induce the transcription of cytokines...

Sympathetic outflow activates the venom gland of the snake Bothrops jararaca by regulating the activation of transcription factors and the synthesis of venom gland proteins

LUNA, Milene S. A.; HORTENCIO, Thiago M. A.; FERREIRA, Zulma S.; YAMANOUYE, Norma
Fonte: COMPANY OF BIOLOGISTS LTD Publicador: COMPANY OF BIOLOGISTS LTD
Tipo: Artigo de Revista Científica
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The venom gland of viperid snakes has a central lumen where the venom produced by secretory cells is stored. When the venom is lost from the gland, the secretory cells are activated and new venom is produced. The production of new venom is triggered by the action of noradrenaline on both alpha(1)- and beta-adrenoceptors in the venom gland. In this study, we show that venom removal leads to the activation of transcription factors NF kappa B and AP-1 in the venom gland. In dispersed secretory cells, noradrenaline activated both NF kappa B and AP-1. Activation of NF kappa B and AP-1 depended on phospholipase C and protein kinase A. Activation of NF kappa B also depended on protein kinase C. Isoprenaline activated both NF kappa B and AP-1, and phenylephrine activated NF kappa B and later AP-1. We also show that the protein composition of the venom gland changes during the venom production cycle. Striking changes occurred 4 and 7 days after venom removal in female and male snakes, respectively. Reserpine blocks this change, and the administration of alpha(1)- and beta-adrenoceptor agonists to reserpine-treated snakes largely restores the protein composition of the venom gland. However, the protein composition of the venom from reserpinized snakes treated with alpha(1)- or beta-adrenoceptor agonists appears normal...

O diabetes altera a expressão do RNAm do GLUT2 em fígado e rim: participação dos fatores transcricionais Hepatic Nuclear Factor - (HNF-) 1a, 3b e 4a.; The diabetes alters the mRNA expression of GLUT2 in liver and kidney: involvement of transcription factors Hepatic Nuclear Factor-(HNF)-1a, 3b, and 4a.

Silva, Aline David
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 07/07/2011 PT
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A homeostasia glicêmica requer uma estreita regulação quantitativa e temporal do fluxo de glicose em diferentes órgãos. O fluxo de glicose no fígado e no rim depende de um transportador específico, o GLUT2. Neste estudo demonstramos que em rim, o GLUT2 está aumentado no diabetes e que os fatores transcricionais HNF-1a, HNF-3b e HNF-4a são importantes reguladores do GLUT2, uma vez que apresentaram aumento de expressão e da atividade de ligação no promotor do SLC2A2 (gene do GLUT2). Esses efeitos foram revertidos pelo tratamento com insulina durante 6 dias. No fígado, o diabetes induziu aumento da expressão do GLUT2, HNF-1a, 3b e 4a, assim como aumento na atividade de ligação destes fatores transcricionais no promotor do SLC2A2. Estes resultados evidenciam os HNF- 1a, 3b e 4a como reguladores da expressão do GLUT2 também em fígado de animais diabéticos. No fígado, a insulina reverteu estas alterações aos 4 e 6 dias de tratamento. Os fatores transcricionais SREBP-1c e C/EBP-b não foram alterados em fígado e rim de ratos diabéticos...

Influência da desnutrição proteica sobre a expressão de fatores de transcrição envolvidos no processo de diferenciação da célula tronco mesenquimal medular; Influence of protein malnutrition on the expression of transcription factors involved in differentiation of bone marrow mesenchymal stem cell

Cunha, Mayara Caldas Ramos
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 15/06/2012 PT
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Dados da literatura e do nosso grupo evidenciam que a desnutrição protéica compromete órgãos linfo-hematopoéticos e modifica a resposta imune. Sabendo que animais desnutridos apresentam hipoplasia severa de órgãos hematopoéticos e que o microambiente medular apresenta distintos moduladores que atuam sinergicamente para influenciar a sobrevivência, proliferação e o desenvolvimento das células hematopoéticas em todos os seus níveis de diferenciação, avaliamos em um modelo de desnutrição, alguns aspectos da complexa regulação do microambiente medular avaliando a expressão de fatores de transcrição envolvidos no processo de diferenciação da Célula Tronco Mesenquimal (CTM) e capacidade de produção de citocinas importantes para o controle da hematopoese. Camundongos Balb/C machos, adultos, adaptados em gaioleiros metabólicos foram separados nos grupos controles e desnutridos recebendo, respectivamente, ração normoprotéica (12% de proteínas) e hipoprotéicas (2% de proteínas). Após o grupo desnutrido perder cerca de 20% do peso inicial, os animais foram sacrificados para a avaliação nutricional e hematológica caracterizando a desnutrição. As células mesenquimais foram isoladas da medula óssea (MO) e caracterizadas imunofenotipicamente por citometria de fluxo mostrando populações de células em ambos os grupos com marcação positiva para CD90...

Fatores de transcrição no desenvolvimento inicial do tubo neural posterior.; Transcription factors in the development of the early posterior neural tube.

Vieceli, Felipe Monteleone
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/03/2015 PT
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O início da neurogênese e diferenciação neural no sistema nervoso do embrião é controlado pela expressão orquestrada de fatores de transcrição. A caracterização de novos reguladores transcricionais nestes processos é importante para o entendimento dos mecanismos responsáveis pela formação de neurônios. Neste trabalho, nós investigamos a função do fator de transcrição Scrt2 na medula espinhal do embrião de galinha. Nossos resultados indicam que Scrt2 é expresso imediatamente após a saída do ciclo celular e em conjunto com Ngn2 e NeuroM, sugerindo uma função em neurônios recém-nascidos. Para identificar potenciais alvos de Scrt2, realizamos experimentos de eletroporação in ovo no tubo neural posterior e analisamos os fenótipos transcriptômicos com RNA-Seq. Por fim, apresentamos também uma caracterização do transcriptoma do tubo neural posterior selvagem entre HH18 e HH29 (E6), provendo uma extensa base de dados de expressão gênica para futuras investigações. Com base em nossa experiência, nós discutimos o uso de RNA-Seq em diferentes abordagens experimentais.; The onset of neurogenesis and neural differentiation in the embryonic nervous system is controlled by the coordinated expression of transcription factors. Identification of novel transcriptional regulators in these processes is essential for our understanding of the mechanisms underlying neuronal differentiation. Here...

Analise, classificação, anotação e perfil de expressão de fatores de transcrição no endosperma de milho (Zea mays L.); Analysis, classification, annotation and expression pattern of transcription factors in maize (Zea mays L.) endosperm

Natalia Cristina Verza Ferreira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 12/05/2006 PT
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O seqüenciamento de ESTs (etiquetas de seqüências expressas) e a sua organização em bancos de dados constituem poderosas ferramentas para identificar genes de interesse expressos em determinados tecidos e/ou tipos celulares. Neste trabalho criou-se um banco de seqüências expressas chamado MAIZESTdb, que contém ESTs de diversos tecidos de milho, porém enriquecido com seqüências provenientes do endosperma de milho em desenvolvimento. O MAIZESTdb contém 227.431 ESTs vindos de mais de 30 órgãos e tecidos de milho diferentes, 30.531 seqüenciados em nosso laboratório a partir de bibliotecas construídas com RNA mensageiro de endosperma. Estas seqüências representam uma grande contribuição na identificação de novos genes expressos no endosperma. A análise deste banco de ESTs possibilitou a identificação de 4.032 transcritos preferencialmente expressos no endosperma, e a sua anotação revelou uma ampla variedade de prováveis genes novos envolvidos no desenvolvimento e no metabolismo do endosperma. O banco MAIZESTdb foi utilizado neste trabalho para a identificação de fatores de transcrição (TFs) expressos no endosperma de milho, e, especialmente, na identificação de fatores preferencialmente expressos no endosperma...

Expressão, purificação e caracterização estrutural dos fatores de transcrição bZIP SCF12 e SCF5 de cana-de-açucar; Expression, purification and structural characterization of the sugarcane bZIP transcription factors SCF12 and SCF5

Eduardo Kiyota
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/08/2008 PT
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Os fatores de transcrição do tipo bZIP estão presentes em organismos eucariotos e estão envolvidos na regulação da expressão gênica e no controle de muitos processos intracelulares. Esses fatores se ligam a seqüências específicas no DNA e são capazes de reconhecer seqüências reguladoras no promotor de um gene. As bZIPs são caracterizadas por uma região conservada rica em resíduos de aminoácidos básicos, e um zíper de leucinas, que possui repetições de uma seqüência de aminoácidos hidrofóbicos onde há uma leucina que ocupa a mesma posição a cada 7 resíduos. Estudos estruturais com bZIPs mostraram que essas proteinas enovelam-se na forma de uma extensa hélice-a e são capazes de formar dímeros através de um arranjo do tipo coiled- coil. Neste trabalho, a parte correspondente à região básica e ao zíper de leucinas de duas bZIPs, SCF5 e SCF12 de cana-de-açúcar, pertencentes a sub-famílias diferentes, foram clonadas, expressas e purificadas para estudos estruturais. O DNA correspondente a SCF12 foi clonado em pET28a e a proteína recombinante foi produzida em E. coli BL21 (DE3) pRil. A SCF12 purificada por cromatografia de afinidade (IMAC) teve sua estrutura secundária caracterizada por dicroísmo circular. A SCF5...

Análise do perfil de expressão de fatores de transcrição e miRNAs em reticulócitos de pacientes com talassemia beta intermediária e anemia falciforme; Expression of micoRNAs and transcription factors in reticulocytes from beta thalassemia intermedia and sickle cell disease patientes

Regiane Aparecida Ferreira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/08/2010 PT
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As variantes de hemoglobina e as Talassemias estão entre as hemoglobinopatias hereditárias mais frequentes no Brasil. A hemoglobina S é resultante de uma mutação de ponto no gene que codifica a cadeia beta da globina e que em homozigose caracteriza a Anemia Falciforme. Outras variantes neste gene podem ocasionar redução parcial ou completa da síntese de uma ou mais cadeias da globina, originando as Talassemias do tipo beta. Recentemente, alguns estudos relacionaram a interação de fatores de transcrição e microRNAs que mediam, em conjunto, mecanismos regulatórios transcricionais e pós transcricionais e promovem a diferenciação, proliferação e maturação de células eritroides. Dessa maneira, alterações no perfil de expressão de fatores transcricionais e de pequenos RNAs podem ocasionar manifestações clínicas envolvidas na eritropoese de pacientes com Talassemia beta intermediária e com Anemia Falciforme. Este trabalho analisou o perfil de expressão dos fatores transcricionais GATA-1, TAL1, NFE-2, LDB1, SPI-1, LMO2 e EKLF e dos miRNAs miR24, miR144, miR155, miR210, miR221, miR222, miR223 e miR451 em reticulócitos de 9 pacientes com Talassemia beta intermediária e 8 pacientes com Anemia Falciforme, através da PCR quantitativa em tempo real. Os resultados apresentaram alterações significativas no perfil de expressão dos FTs GATA-1...

Caracterização de genes de fatores de transcrição expressos em corona de Passiflora edulis Sims. (Passifloraceae); Characterization of genes of transcription factors expressed in corona in Passiflora edulis Sims. (Passifloraceae)

Conrado de Campos Gonçalves
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 14/02/2014 PT
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A corona floral é uma estrutura típica das flores da família Passifloraceae. A elucidação dos mecanismos responsáveis pela formação da corona é de extrema importância para a compreensão dos processos evolutivos que permitiram a diversificação das interações com polinizadores nas espécies desta família. Este trabalho teve por objetivo identificar e caracterizar fatores de transcrição (FT) preferencialmente expressos na corona em Passiflora spp. Para tal, o banco de etiquetas de genes expressos (ESTs) PASSIOMA foi investigado e 139 cDNAs foram identificados: 69 derivados de bibliotecas florais de P. edulis, 68 de P. suberosa e 2 de P. pohlii. No intuito de atribuir identidades às sequências realizou-se uma análise de parcimônia, com a obtenção de cladogramas que permitiram a identificação de membros de 31 famílias gênicas de fatores de transcrição em Passiflora spp. Experimentos de macroarranjo mostraram que 9 genes putativos, codificadores de fatores de transcrição, apresentaram expressão nos filamentos da corona. Para a caracterização mais completa desses fatores de transcrição, foram realizados experimentos de RT-PCR em 5 destes 9 genes e hibridização in situ com dois dos 5 genes analisados por RT-PCR. Os resultados obtidos com RT-PCR indicaram que estes genes são expressos nos tecidos da corona mas também em folhas e outros órgãos florais. Os resultados da hibridização in situ confirmaram que os genes encontrados não são especificamente expressos na corona.; The corona is a floral structure typical from the Passifloraceae family. The elucidation of the mechanisms responsible for the formation of the corona is of great importance to the comprehension of the evolutionary processes that allowed the diversification of the interactions with pollinators among the species of this family. This work aimed the identification and characterization of transcription factors (FT) preferentially expressed in the corona of Passiflora spp. For that...

Tunable and Multifunctional Eukaryotic Transcription Factors Based on CRISPR/Cas

Farzadfard, Fahim; Perli, Samuel D.; Lu, Timothy K.
Fonte: American Chemical Society Publicador: American Chemical Society
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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Transcriptional regulation is central to the complex behavior of natural biological systems and synthetic gene circuits. Platforms for the scalable, tunable, and simple modulation of transcription would enable new abilities to study natural systems and implement artificial capabilities in living cells. Previous approaches to synthetic transcriptional regulation have relied on engineering DNA-binding proteins, which necessitate multistep processes for construction and optimization of function. Here, we show that the CRISPR/Cas system of Streptococcus pyogenes can be programmed to direct both activation and repression to natural and artificial eukaryotic promoters through the simple engineering of guide RNAs with base-pairing complementarity to target DNA sites. We demonstrate that the activity of CRISPR-based transcription factors (crisprTFs) can be tuned by directing multiple crisprTFs to different positions in natural promoters and by arraying multiple crisprTF-binding sites in the context of synthetic promoters in yeast and human cells. Furthermore, externally controllable regulatory modules can be engineered by layering gRNAs with small molecule-responsive proteins. Additionally, single nucleotide substitutions within promoters are sufficient to render them orthogonal with respect to the same gRNA-guided crisprTF. We envision that CRISPR-based eukaryotic gene regulation will enable the facile construction of scalable synthetic gene circuits and open up new approaches for mapping natural gene networks and their effects on complex cellular phenotypes.

In vivo homo- and heterodimerization of Thi1 and Thi5: Zn(II)2Cys6 transcription factors in Schizosaccharomyces pombe

Ferrant, Harriet Ann
Fonte: Quens University Publicador: Quens University
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 602752 bytes; application/pdf
EN
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Transcription factors regulate gene transcription by binding with high specificity to promoter sequences which either activate or repress transcription. Members of the fungal family of Zn(II)2Cys6 transcription factors, have been known to dimerize while regulating gene expression. Thi1 and Thi5 are two Zn(II)2Cys6 transcription factors in Schizosaccharomyces pombe which have been shown to regulate the same promoter, however it is not currently known if these transcription factors interact to form hetero and homodimers. The goal of this study was to build plasmids that would fuse Thi1 and Thi5 proteins with the fluorescent proteins, CFP and YFP, in order to observe possible dimerization using FRET. Three of the four plasmids containing the fluorescent protein containing vectors were successfully built and an internal Nde1 site in thi5 was successfully mutagenized in order to use Nde1 to clone thi5 into the vector containing CFP or YFP.

Complex regulation by Apetala2 domain-containing transcription factors revealed through analysis of the stress-responsive TdCor410b promoter from durum wheat

Eini Gandomani, O.; Yang, N.; Pyvovarenko, T.; Pillman, K.; Bazanova, N.; Tikhomirov, N.; Eliby, S.; Shirley, N.; Sivasankar, S.; Tingey, S.; Langridge, P.; Hrmova, M.; Lopato, S.
Fonte: Public Library of Science Publicador: Public Library of Science
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2013 EN
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65.87%
Expression of the wheat dehydrin gene Cor410b is induced several fold above its non-stressed levels upon exposure to stresses such as cold, drought and wounding. Deletion analysis of the TdCor410b promoter revealed a single functional C-repeat (CRT) element. Seven transcription factors (TFs) were shown to bind to this CRT element using yeast one-hybrid screens of wheat and barley cDNA libraries, of which only one belonged to the DREB class of TFs. The remaining six encoded ethylene response factors (ERFs) belong to three separate subfamilies. Analysis of binding selectivity of these TFs indicated that all seven could bind to the CRT element (GCCGAC), and that three of the six ERFs could bind both to the CRT element and the ethylene-responsive GCC-box (GCCGCC). The TaERF4 subfamily members specifically bound the CRT element, and did not bind either the GCC-box or DRE element (ACCGAC). Molecular modeling and site-directed mutagenesis identified a single residue Pro42 in the Apetala2 (AP2) domain of TaERF4-like proteins that is conserved in monocotyledonous plants and is responsible for the recognition selectivity of this subfamily. We suggest that both DREB and ERF proteins regulate expression of the Cor410b gene through a single, critical CRT element. Members of the TaERF4 subfamily are specific...

SEDLIN forms homodimers: characterisation of SEDLIN mutations and their interactions with transcription factors MBP1, PITX1 and SF1

Jeyabalan, Jeshmi; Nesbit, M. Andrew; Galvanovskis, Juris; Callaghan, Richard; Rorsman, Patrik; Thakker, Rajesh V.
Fonte: Public Library of Science Publicador: Public Library of Science
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 10 pages
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65.98%
BACKGROUND SEDLIN, a 140 amino acid subunit of the Transport Protein Particle (TRAPP) complex, is ubiquitously expressed and interacts with the transcription factors c-myc promoter-binding protein 1 (MBP1), pituitary homeobox 1 (PITX1) and steroidogenic factor 1 (SF1). SEDLIN mutations cause X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda (SEDT). METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS We investigated the effects of 4 missense (Asp47Tyr, Ser73Leu, Phe83Ser and Val130Asp) and the most C-terminal nonsense (Gln131Stop) SEDT-associated mutations on interactions with MBP1, PITX1 and SF1 by expression in COS7 cells. Wild-type SEDLIN was present in the cytoplasm and nucleus and interacted with MBP1, PITX1 and SF1; the SEDLIN mutations did not alter these subcellular localizations or the interactions. However, SEDLIN was found to homodimerize, and the formation of dimers between wild-type and mutant SEDLIN would mask a loss in these interactions. A mammalian SEDLIN null cell-line is not available, and the interactions between SEDLIN and the transcription factors were therefore investigated in yeast, which does not endogenously express SEDLIN. This revealed that all the SEDT mutations, except Asp47Tyr, lead to a loss of interaction with MBP1, PITX1 and SF1. Three-dimensional modelling studies of SEDLIN revealed that Asp47 resides on the surface whereas all the other mutant residues lie within the hydrophobic core of the protein...

Estudo de regiões evolutivamente conservadas e de fatores de transcrição possivelmente envolvidos na regulação da expressão do gene da 'Miostatina' em vertebrados; Study of evolutionary conserved regions and transcription factors possibly involved in the regulation of the Myostatin gene expression in vertebrates

Carolina Stefano Mantovani
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 27/03/2015 PT
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65.93%
A Miostatina (MSTN) é uma proteína que regula negativamente a formação de musculatura esquelética, e sua estrutura e função são conservadas em diversas espécies, incluindo humanos. O nocaute de seu gene causa hiperplasia e hipertrofia das fibras musculares, o que despertou grande interesse médico e agropecuário desde a descoberta deste gene. Trabalhos anteriores descrevem a função da proteína, mas ainda faltam dados sobre a regulação da sua expressão gênica. Recentemente, o promotor do gene da Mstn foi identificado e caracterizado pelo nosso grupo de pesquisa, a partir de uma abordagem filogenética. Entretanto, além do promotor, também existem outros elementos cis-reguladores que podem atuar como estimuladores ou silenciadores do processo de transcrição gênica. Em conjunto com o promotor gênico, esses elementos controlam a taxa de transcrição e conferem especificidade espacial e temporal para sua expressão. Sendo assim, a proposta deste trabalho foi identificar e caracterizar possíveis elementos cis-reguladores da Mstn a fim de ampliar o conhecimento sobre a sua regulação transcricional. Para tal, análises de genômica comparativa, semelhantes àquelas empregadas na identificação do promotor gênico da Mstn...

Produção e avaliação de vetores retrovirais visando à diferenciação de neurônios olfativos in vitro pela superexpressão de fatores de transcrição definidos; Production and evaluation of retroviral vectors for the differentiation of olfactory neurons in vitro by over-expression of defined transcription factors

Felipe Thadeu Tolentino
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 13/03/2014 PT
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65.95%
O Sistema Sensorial Olfativo de mamíferos é composto por vários subsistemas na cavidade nasal. Dentre estes, destacam-se o sistema olfativo principal e o sistema olfativo acessório ou vomeronasal. O primeiro realiza a detecção geral de odores e parece participar também da detecção de algumas substâncias que levam a respostas comportamentais instintivas (feromônios), enquanto o último é especializado na detecção desta classe de semioquímicos. A detecção dos estímulos sensoriais olfativos resulta em informações importantes que dependem de vias complexas para sua interpretação e para a geração de respostas apropriadas por parte do sistema nervoso central. Existem vários pontos ainda desconhecidos sobre o funcionamento do sistema olfativo, tanto no que diz respeito aos mecanismos moleculares subjacentes à escolha dos receptores a serem expressos por um dado neurônio sensorial - sendo que cada neurônio olfativo expressa apenas um receptor dentro de uma grande família multi-gênica - quanto em relação ao processamento da informação sensorial em centros cerebrais superiores. Neurônios sensoriais olfativos cultivados eficientemente in vitro seriam extremamente úteis, pois poderiam ser utilizados como ferramenta para o estudo destes problemas...

Selective activation of the developmentally regulated Ha hsp17.6 G1 promoter by heat stress transcription factors

Rojas, Anabel; Almoguera, Concepción; Carranco, Raúl; Klaus-Dieter, Scharf; Jordano, Juan
Fonte: American Society of Plant Biologists Publicador: American Society of Plant Biologists
Tipo: Artículo Formato: 276752 bytes; application/pdf
ENG
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65.9%
Using two well-characterized heat stress transcription factors (Hsfs) from tomato (Lycopersicon peruvianum; LpHsfA1 and LpHsfA2), we analyzed the transcriptional activation of the Ha hsp17.6 G1 promoter in sunflower (Helianthus annuus) embryos. In this system, we observed transient promoter activation only with LpHsfA2. In contrast, both factors were able to activate mutant versions of the promoter with improved consensus Hsf-binding sites. Exclusive activation by LpHsfA2 was also observed in yeast (Saccharomyces cerevisiae) without other Hsfs and with a minimal Cyc1 promoter fused to the Ha hsp17.6 G1 heat stress cis-element. Furthermore, the same promoter mutations reproduced the loss of activation selectivity, as observed in sunflower embryos. The results of in vitro binding experiments rule out differential DNA binding of the two factors as the explanation for the observed differential activation capacity. We conclude that the specific sequence of this heat stress cis-element is crucial for Hsf promoter selectivity, and that this selectivity could involve preferential transcriptional activation following DNA binding. In sunflower embryos, we also observed synergistic transcriptional activation by co-expression of LpHsfA1 and LpHsfA2. Mutational analyses of the Ha hsp17.6 G1 promoter...

A statistical model relating transcription factor concentrations to positional information in the early Drosophila embryo

Ilsley, Garth Robert
Fonte: Berkeley Drosophila Transcription Network Project (for associated data file); University of Cambridge; European Bioinformatics Institute Publicador: Berkeley Drosophila Transcription Network Project (for associated data file); University of Cambridge; European Bioinformatics Institute
Tipo: Thesis; doctoral; PhD
EN
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65.89%
The idea of morphogen gradients encoding positional information for a developing organism has long been discussed in the field of developmental biology, but only recently have quantitative models been proposed that relate measured transcription factor concentrations to enhancer activity. However, successful models are typically computationally time-consuming, thus limiting full exploration and interpretation of the data. This thesis addresses these problems using standard statistical techniques applied to a comprehensive data set with the even skipped (eve) locus as a test case. The first part of the thesis introduces the data set. This is the precellular Virtual Embryo from the Berkeley Drosophila Transcription Network project. It comprises expression measurements of almost 100 genes in more than 6,000 individual nuclei at six time points. Different modelling approaches are evaluated in the context of this data set leading to a justification of logistic regression and the methods used to prepare the data set for further analysis. The second part applies logistic regression to describe the response of the eve enhancers to known regulating transcription factors such as Hunchback. Predictions of behaviour under regulator perturbation are consistent with experimental results and the functional form is shown not to be arbitrarily flexible...

Structural analysis of the EGR family of transcription factors: Templates for predicitng protein - DNA internations

Duke, Jamie
Fonte: Rochester Instituto de Tecnologia Publicador: Rochester Instituto de Tecnologia
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 3729082 bytes; application/pdf
EN_US
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65.91%
The EGR family of transcription factors is known to be activated in cells exposed to growth factors in a variety of tissues. The overall structure of the family is highly conserved while the amino acid sequence can be quite diverse allowing for a wide array of DNA recognition sequences. Through homology modeling it is possible to reproduce the structure of the DNA binding domain of EGR proteins, which consists of three zinc fingers. It has also been determined through molecular dynamic simulations that most side chains within the domain reach an equilibrium state. However, residues that are essential for DNA binding are seen throughout the simulation as not reaching an equilibrium state, but constantly sampling available conformational space. Furthermore, through cluster analysis the three recognition residues in each zinc finger are found to have side chain conformations that are optimal for DNA recognition. These studies help to show a possible mechanism for zinc finger recognition of DNA and create homology modeled proteins that are able to be used in protein – DNA interaction prediction.

Functional characterization of small Maf transcription factors MafG and MafK in mammalian lens homeostasis

Agrawal, Smriti Akshay
Fonte: University of Delaware Publicador: University of Delaware
Tipo: Tese de Doutorado
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65.91%
Lachke, Salil A.; In my thesis, I have identified and characterized a new function of the small Maf transcription factors MafG and MafK in regulating gene expression in mouse lens fiber cells, disruption of which causes lens defects including cataract. I used the bioinformatics tool iSyTE (integrated Systems Tool for Eye gene discovery, http://bioinformatics.udel.edu/Research/iSyTE) to first identify MafG as a candidate gene with highly enriched expression in the lens. I analyzed iSyTE for expression of MafG, MafK , and MafF and performed real time quantitative RT-PCR to test expression of these genes in postnatal lens tissue. While MafG exhibits highly enriched expression in embryonic and postnatal lens, MafK is expressed in these stages, albeit at low levels and MafF expression is undetected in the lens, indicating that MafG and MafK may function in lens development or homeostasis. In situ expression analysis of wild type embryonic mouse lens confirmed the highly enriched expression of MafG transcripts in lens fiber cells. Thus, to investigate the function of MafG and MafK in the lens, I bred previously generated germline knock-out mouse mutants to derive various combinations of MafG and MafK compound mutant mice. MafG-/- :MafK +/- compound mouse mutants exhibit fully penetrant lens defects...

The use of sunflower transcription factors as biotechnological tools to improve yield and stress tolerance in crops

Chan,R.L
Fonte: Phyton (Buenos Aires) Publicador: Phyton (Buenos Aires)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2009 EN
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66.02%
Transcription factors (TFs) are proteins able to specifically recognize DNA sequences in the regulatory regions of their target genes. They bind these specific sequences, an event that leads to the activation or repression of whole signal transduction pathways. In plants about 1500 TFs were informatically identified; identification was mainly based in the presence of DNA-binding domains in the translated sequences. They were classified in families and subfamilies according to several features, including the conservation of the DNA binding domain, the genes structures and the functions they exert. Among transcription factors, several seem to be potential powerful biotechnological tools to improve crops via obtaining transgenic plants. Assigned purposes include: yield improvements, abiotic and biotic stress tolerances, and a combination of them. None of them is up to date a product market, since from the gene discovery to the regulation process (which differs in each country) there is a long pipeline to run. Since a few years ago, our research group is devoted to the structural and functional characterization of sunflower transcription factors, especially those belonging to the HD-Zip family. Members of this family exhibit in their structure a homeodomain (HD) associated to a leucine zipper (LZ). This association is unique to plants...