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Análise de redes metabólicas em Saccharomyces cerevisiae.; Metabolic network analysis of Saccharomyces cerevisiae.

Gombert, Andreas Karoly
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 17/05/2001 PT
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Análise de Redes Metabólicas foi aplicada à cepa de Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D, e a alguns mutantes interrompidos em genes que codificam para proteínas regulatórias envolvidas no fenômeno de repressão por glicose. Todas as cepas foram cultivadas em aerobiose, em meio mínimo contendo [1-13C]glicose como substrato limitante. As células eram recolhidas em situação de crescimento balanceado e submetidas à hidrólise, seguida de derivação e posterior injeção da amostra resultante num cromatógrafo gasoso acoplado a um espectrômetro de massa, para análise da marcação em alguns fragmentos de metabólitos intracelulares. Estes dados serviram como base para a identificação da atividade de algumas vias metabólicas no metabolismo central de S. cerevisiae. Além disto, utilizando-os juntamente com um modelo estequiométrico, foi possível obter uma estimativa para os fluxos no metabolismo central na cepa referência e nos mutantes estudados. Num primeiro momento, a metodologia foi validada para cultivos contínuos e descontínuos. Calculou-se um desvio padrão para a medida da marcação em cada fragmento de metabólito detectado pela metodologia empregada. Na cepa referência, observou-se que o ciclo de Krebs opera de forma cíclica em células que respiram e de forma não cíclica em células que apresentam metabolismo respiratório-fermentativo. Verificou-se que uma maior parte da glicose consumida é desviada para a via das pentoses fosfato no primeiro caso...

Análise estrutural e funcional de cofatores do exossomo em Saccharomyces cerevisiae e Pyrococcus; Structural and functional analysis of exosome cofactors in Saccharomyces cerevisiae and Pyrococcus

Luz, Juliana Silva da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 25/08/2006 PT
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A síntese ribossomal é uma das maiores atividades em células eucarióticas. Este processo inicia-se no nucléolo e é finalizado após a exportação das subunidades 40S e 60S para o citoplasma. Três dos RNAs ribossomais de eucariotos (18S, 5.8S e 25S) são sintetizados como um transcrito primário de 35S, o qual é processado através de uma complexa e ordenada série de modificações nucleotídicas e clivagens endo e exonucleolíticas. Estas reações dependem de aproximadamente 170 proteínas, 80 small nucleolar RNAs e de seqüências no pré-rRNA. Os fatores trans-atuantes envolvidos no processamento podem ser agrupados como RNA-helicases, endonucleases, snoRNPs (small nucleolar ribonucleoprotein complexes) e exonucleases, que incluem o complexo exossomo. O exossomo de levedura é formado por 10 proteínas essenciais que atuam na maturação de rRNAs, snRNAs, snoRNAs, além da degradação de mRNAs incorretamente processados. A estrutura do exossomo de archaea foi descrita recentemente, mas ainda não existem muitas informações sobre a regulação deste complexo e sobre a participação de cofatores que interagem de forma transiente com o exossomo. Diante disso, este trabalho visou a caracterização funcional das proteínas que formam o anel de RNases PH em Saccharomyces cerevisiae...

Caracterização funcional da proteína Cwc24p de Saccharomyces cerevisiae; Functional characterization of Cwc24p in Saccharomyces cerevisiae

Goldfeder, Mauricio Barbugiani
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 22/09/2008 PT
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Em eucariotos, a formação das subunidades ribossomais envolve múltiplos fatores, responsáveis pelas etapas de maturação dos rRNAs e por sua associação a proteínas ribossomais. A via de processamento de pré-rRNA é bastante complexa e inclui várias etapas de modificação de nucleotídeos e clivagens endo- e exonucleolíticas. As modificações de nucleotídeos são dirigidas por snoRNPs, formados por snoRNAs e proteínas, que são divididos em duas classes gerais, de box H/ACA (pseudouridilação) e de box C/D (metilação). Dentre os snoRNP de box C/D está o U3, que embora apresente as seqüências características e se associe a proteínas desse grupo de snoRNPs, não dirige metilações no rRNA, mas sim as clivagens iniciais no pré-rRNA 35S. O snoRNA U3 de Saccharomyces cerevisiae é codificado por dois genes que contêm introns, snR17A e snR17B. Embora a via de montagem do snoRNP U3 ainda não tenha sido determinada com precisão, sabe-se que algumas proteínas do core de box C/D ligam-se ao pré-snoRNA U3 co-transcricionalmente, afetando o splicing e o processamento da extremidade 3´ deste snoRNA. A proteína Cwc24p, cuja caracterização funcional foi o objetivo deste trabalho, foi isolada em nosso laboratório interagindo com Nop17p...

Caracterização funcional e estrutural do sistema Tiorredoxina mitocondrial de Saccharomyces cerevisiae; Functional and structural characterization of the mitochondrial thioredoxin system from Saccharomyces cerevisiae

Nakamatsu, Eduardo Hiroshi
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 14/09/2012 PT
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NADPH, tiorredoxina e tioredoxina redutase compõem o sistema tiorredoxina, estão envolvidos na redução de ligações específicas de dissulfetos que desempenham um grande número de funções biológicas, tais como: síntese de DNA, defesa contra o estresse oxidativo, apoptose e sinalização redox. Tem sido demonstrado que as interações tioredoxina redutase-tiorredoxina são espécies específicas, sendo assim, investigamos aqui a especificidade dos substratos da tioredoxina redutase 2 mitocondrial (ScTrxR2) de Saccharomyces cerevisiae frente a outras tioredoxinas. ScTrxR2 especificamente reduziu as tiorredoxinas de levedura (tiorredoxina 1 = ScTrx1, tiorredoxina 2 = ScTrx2 e tiorredoxina = ScTrx3), mas não conseguiu reduzir a tiorredoxina de Homo sapiens e a de Escherichia coli. Além disso, ScTrxR2 exibiu eficiência catalítica semelhante para ScTrx3, que está localizado na mitocôndria e ScTrx1 e ScTrx2 que estão localizadas no citosol. Para compreender as características deste fenômeno, resolvemos a estrutura cristalográfica da ScTrxR2 a 1,9 Å de resolução por meio de substituição molecular utilizando as coordenadas de ScTrxR1 (PDB Id = 3ITJ) como modelo (Oliveira et al., 2010). A ScTrxR2 é uma proteína de dois domínios (domínio de ligação do NADPH e domínio de ligação do FAD). As tiorredoxinas redutases de baixo peso molecular podem adotar duas conformações: flavina oxidada (FO) e flavina reduzida (FR)...

Estudo do papel de Rrp43p na montagem e estabilização do complexo do exossomo em Saccharomyces cerevisiae; The role of Rrp43p on assembly and stabilization of Saccharomyces cerevisiae exosome complex

Paiva, Germano Alves
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 16/04/2012 PT
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O exossomo é um complexo constituído por até 11 subunidades (Rrp4p, Rrp6p, Rrp40p, Rrp41p, Rrp42p, Rrp43p, Rrp44p, Rrp45p, Rrp46p, Csl4p, Mtr3p) que possui atividade exorribonucleolítica 3`→5` e está envolvido no processamento e degradação de vários tipos de RNAs na célula eucariótica. O complexo tem sido estudado em diversos organismos, como leveduras, insetos, plantas, humanos e também em várias espécies de archaea. Apesar da conservação da estrutura do exossomo ao longo da evolução e de oito subunidades do exossomo eucariótico apresentarem domínios de RNase, apenas duas proteínas, Rrp6p e Rrp44p têm atividade catalítica. A despeito da importância do exossomo para a célula, ainda não está claro o papel de cada subunidade na atividade do complexo. Neste trabalho foram utilizados mutantes da subunidade Rrp43p a fim de avaliar como mutações pontuais nesta subunidade afetam a montagem e estabilização do complexo do exossomo de Saccharomyces cerevisiae. Ensaios de purificação do exossomo com TAP-Rrp43p revelaram que os mutantes co-purificam Mtr3p e Rrp44p menos eficientemente. Além disso, os mutantes também apresentam atividade exorribonucleolítica 3`→5` reduzida, indicando que o defeito na montagem do complexo pode afetar a sua atividade enzimática.; The exosome is a protein complex comprised of up to eleven subunits (Rrp4p...

Sinalização retrógrada RTG-dependente controla a atividade mitocondrial e resistência a estresse em Saccharomyces cerevisiae; RTG-dependent retrograde signaling controls mitochondrial activity and stress resistance in Saccharomyces cerevisiae.

Torelli, Nicole Quesada
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 12/12/2014 PT
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A sinalização retrógrada mitocondrial é uma via de comunicação entre a mitocôndria e o núcleo que regula a expressão de uma série de genes nucleares que codificam proteínas mitocondriais, em resposta a disfunções mitocondriais. Em Saccharomyces cerevisiae, a via depende de Rtg1p e Rtg3p, que juntos formam o fator de transcrição que regula a expressão gênica, e de Rtg2p, um ativador da via. Aqui, nós mostramos novos estudos direcionados à investigação do impacto da sinalização retrógrada RTG-dependente na fisiologia mitocondrial. Verificamos que mutantes incapazes de realizar sinalização retrógrada RTG-dependente apresentam consumo de oxigênio mais elevado e menor produção de peróxido de hidrogênio em fase estacionária quando comparados a células selvagens. Interessantemente, mutantes RTG são menos capazes de decompor peróxido de hidrogênio assim como manter-se viáveis quando desafiados com peróxido. Nossos resultados indicam que a sinalização por RTG está envolvida na indução hormética de defesas antioxidantes e de resistência a estresse, função ainda não descrita para este sistema.; Mitochondrial retrograde signaling is a communication pathway between the mitochondrion and the nucleus which regulates the expression of a subset of nuclear genes that codify mitochondrial proteins...

Funções da proteína Pso9/Mec3 no controle do ciclo celular e reparação de DNA em Saccharomyces cerevisiae

Cardone, Jacqueline Moraes
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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A manutenção da estabilidade do material hereditário das células requer fidelidade na replicação do DNA, precisão na segregação dos cromossomos e a capacidade de evitar mutações herdáveis, causadas por injúrias espontâneas e induzidas no genoma. Para enfrentar estes desafios, as células possuem processos evolutivamente conservados, incluindo reparação do DNA e mecanismos de checkpoint. Falhas no cumprimento destes mecanismos podem resultar em morte celular, no acúmulo de mutações herdáveis e na indução de instabilidade genômica, a qual é uma característica predominante de células tumorais. Em Saccharomyces cerevisiae, a visão mais recente dos estágios iniciais da resposta de checkpoint indica que dois complexos de proteínas, Mec1-Ddc2 e Rad17- Mec3-Ddc1, são recrutados à região de lesão no DNA. Rad17p, Mec3p, e Ddc1p (os homólogos humanos são Rad1, Hus1, e Rad9, respectivamente) formam um complexo heterotrimérico estruturalmente relacionado ao antígeno nuclear de proliferação celular (PCNA), o fator de processividade das DNA polimerases δ e ε. Recentemente, identificamos um alelo mutante de MEC3 – pso9-1 – o qual é fortemente sensível a vários agentes indutores de danos no DNA e apresenta baixa mutabilidade induzida. Para prosseguir nas investigações dos efeitos da proteína mutante Pso9-1...

Estudos de complementação fenotípica do mutante pso2-1 de Saccharomyces cerevisiae pelos genes uvr de Escherichia coli

Lenzi, Cassius Frosi
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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66.23%
O mecanismo de reparação de DNA por excisão de nucleotídeos (NER) é o mais universal e conservado sistema de reparação encontrado em organismos procarióticos e eucarióticos. Em bactérias, a via NER é mediada pelos produtos dos genes uvrA, uvrB e uvrC, conhecido como complexo UvrABC. A atuação das proteínas Uvr pode ser dividida em quatro passos básicos: reconhecimento do dano e verificação da lesão; incisão; excisão do fragmento danificado; síntese de reparo e ligação. O mutante pso2-1 de Saccharomyces cerevisiae foi um dos primeiros mutantes isolados sensíveis especificamente aos tratamentos com agentes indutores de pontes intercadeias (ICLs), tais como 8-MOP+UVA e mustarda nitrogenada (HN2). O exato mecanismo de participação da proteína Pso2p no reparo de ICLs ainda permanece desconhecido e, portanto, a continuidade da sua caracterização é essencial para compreender melhor os mecanismos e produtos gênicos envolvidos na reparação de ICLs em S. cerevisiae. Além disso, alguns estudos recentes com os mutantes de Escherichia coli uvrA, uvrB e uvrC mostraram uma hipersensibilidade do mutante uvrB à 8-MOP + UVA, bem como a incapacidade de reconstituir DNA de alta massa molecular, característica esta semelhante ao fenótipo do mutante pso2-1 de S. cerevisiae. Neste trabalho...

A influência dos íons cálcio e magnésio na toxicidade do cádmio e o envolvimento da proteína Pmr1 no uso da via secretora para desintoxicação de cádmio em Saccharomyces cerevisiae

Lauer Júnior, Cláudio Marcos
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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66.27%
O cádmio é um metal pesado com propriedades tóxicas e carcinogênicas. A toxicidade deste metal pode ser resultado da sua habilidade de (i) formar complexos com a glutationa, gerando aumento do estresse oxidativo, (ii) competir com o zinco por sítios de ligação em proteínas, (iii) causar quebras de fita simples no DNA e (iv) inibir a via associada ao reparo de erros no emparelhamento de bases do DNA. A absorção de cádmio para o interior celular pode ser feita por proteínas que transportam metais essenciais como zinco, cálcio, manganês e ferro, tal como a proteína Zrt1 de leveduras (transportador de alta afinidade para zinco). Em Saccharomyces cerevisiae, o mecanismo de desintoxicação de cádmio mais conhecido envolve a conjugação do metal com glutationa, formandos complexos Cd.[GS]2, que são transportados para o interior do vacúolo pela proteína Ycf1. Além disso, sabe-se que alguns poucos metais essenciais são capazes de reduzir a toxicidade do cádmio. O objetivo do presente estudo foi verificar o efeito protetor de íons de magnésio e cálcio contra os danos causados pelo cádmio em linhagens de S. cerevisiae mutantes para proteínas envolvidas com a homeostase de cádmio (gsh1 , ycf1 e zrt1 ). Além disso...

Análise de duas possíveis nitrorredutases codificadas pelos genes FRM2 e HBN1 em Saccharomyces cerevisiae e suas funções na resposta ao estresse oxidativo

Oliveira, Iuri Marques de
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
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66.3%
As nitrorredutases compreendem uma família de proteínas conservadas evolutivamente e originalmente identificadas em eubactérias. São enzimas capazes de catalisar a redução do grupo nitro e utilizam FMN (flavina mononucleotideo) ou FAD (flavina adenina dinucleotídeo oxidado) como grupo prostético e NADPH (nicotinamida adenina dinucleotídeo fosfato reduzido) ou NADH (nicotinamida adenina dinucleotídeo reduzido) como agentes redutores. As nitrorredutases podem ser encontradas em bactérias e em menor extensão em eucariotos. Dois subgrupos de nitrorredutases foram caracterizados em bactérias: oxigênio-insensível ou tipo I e oxigênio-sensível ou tipo II. Na levedura Saccharomyces cerevisiae duas prováveis nitrorredutases, Frm2p/Hbn1p foram identificadas. Em relação às enzimas pertencentes à família das nitrorredutases não se tem conhecimento sobre a sua função biológica, bem como em relação à sua posição filogenética. Tendo isso em vista, o objetivo deste trabalho é esclarecer a possível função das proteínas Frm2 e Hbn1 de Saccharomyces cerevisiae na resposta ao estresse oxidativo, bem como determinar a posição filogenética e a sua presença em outros organismos procariotos e eucariotos. Os resultados da análise filogenética mostram que bactérias possuem seqüências similares a Frm2p/Hbn1p (denominadas Nr1Ap) que formam um clado distinto dentro da família Frm2p/Hbn1p. Análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA) e modelagem tri-dimensional foram realizadas para comparar regiões conservadas entre proteínas Nr1Ap e Frm2p/Hbn1p. A nitrorredutase Frm2p possivelmente esteja atuando na via de sinalização lipídica...

Condições para detecção e expressão do fator killer produzido por linhagens de Saccharomyces cerevisiae; Conditions for detection and expression of killer factor produced by Saccharomyces cerevisiae strains

Poli, Jandora Severo
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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66.28%
Saccharomyces cerevisiae é uma levedura que possui papel fundamental na transformação do mosto em vinho. Durante a fermentação, a levedura selecionada transfere para o meio, componentes resultantes de seu metabolismo como etanol, aldeídos, enzimas, proteínas, entre outros. Existem algumas que possuem ação definida, como a proteína killer. Este trabalho teve como objetivo determinar as condições necessárias para a detecção e expressão do fator killer produzido por linhagens de levedura Sacch. cerevisiae isoladas de mosto de uva. Como linhagens killer, foram utilizadas as linhagens Sacch. cerevisiae Embrapa 91B, Sacch. cerevisiae Embrapa 1B, e uma linhagem comercial Sacch. cerevisiae K1 (Lallemand). Como linhagem sensível, foi empregada Sacch. cerevisiae Embrapa 26B. Para detecção do fator killer foram avaliados meios de cultura sólidos, preparados com diferentes concentrações de mosto de uva e extrato de levedura não comercial (ELNC). Para a produção do fator killer foram avaliados meios líquidos com diferentes concentrações de mosto de uva, ELNC e sacarose. Foi avaliada a produção do fator em condições aeróbicas e anaeróbicas de crescimento. O meio de cultura definido para detecção do fator killer foi o meio contendo 80 % de mosto de uva e 20 % de ELNC em sua composição. O meio líquido que proporcionou melhores condições de síntese do fator killer foi o meio preparado com 5% de mosto e 95 % de ELNC contendo 100 g/L de sacarose. A expressão do fator killer foi inibida em condições aeróbicas...

Estudo da interação entre remodeladores de cromatina e vias de reparação de DNA em resposta ao dano induzido por agentes antineoplásicos e ditelureto de difenila em Saccharomyces cerevisiae

Cruz, Lavínia Almeida
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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66.26%
Interstrand DNA crosslinks (ICLs) são importantes lesões genotóxicas que podem causar morte celular se não for devidamente reparadas. Diversas drogas antitumorais atuam através da indução de ICLs no DNA, e a resistência a essas drogas está muitas vezes relacionada à maior capacidade de células tumorais para reparar tais lesões. As ICLs são lesões complexas que requerem o envolvimento de diferentes vias de reparação, tais como BER NER, TLS e vias de reparação de DSBs (RH e NHEJ). Além disso, foi demonstrado que Pso2p desempenha um papel importante na reparação de ICLs. Muitos estudos também apontam para as alterações epigenéticas como essenciais para a sobrevivência da célula em resposta ao dano genotóxico, através da indução de checkpoints de ciclo celular e da modulação da eficiência (e, possivelmente, da escolha) das vias de reparação de DNA. Assim, a primeira parte desta Tese apresenta uma revisão dos mecanismos envolvidos na citotoxicidade dos ICLs induzidos pela furocumarina bifuncional 8-metoxipsoraleno (8-MOP) em Saccharomyces cerevisiae. A abordagem adotada discute a ação integrada de proteínas que atuam em vias de reparação de DNA envolvidas na remoção de ICLs, em combinação com fatores envolvidos no remodelamento da cromatina dependente de ATP. A fim de investigar o papel do remodelamento da cromatina em resposta a danos ao DNA induzidos pelo tratamento com furocumarinas mono e bifuncionais fotoativadas e ditelureto de difenila (DTDF)...

Caracterização estrutural e funcional das glutarredoxinas ditiolicas de Saccharomyces cerevisiae

karen Fulan Discola
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 12/08/2009 PT
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66.16%
Glutarredoxinas (Grxs) são pequenas oxidorredutases que possuem pelo menos um resíduo de cisteína conservado em seus sítios ativos e têm atividade dissulfeto redutase dependente de tiol. Embora Grxs estejam envolvidas em diversos processos celulares, como enovelamento protéico e proteção contra espécies reativas de oxigênio, poucos substratos biológicos dessas enzimas são conhecidos. Na levedura Saccharomyces cerevisiae, oito Grxs foram identificadas (ScGrx1-8); destas ScGrx1-2 são ditiólicas e possuem o motivo Cys-Pro-Tyr-Cys em seus sítios ativos. Ambas Grxs ditiólicas são citosólicas, embora ScGrx2 também seja encontrada na mitocôndria. Neste trabalho, mostramos que ScGrx2 possui atividade específica como oxidorredutase quinze vezes maior do que ScGrx1, embora estas enzimas compartilhem 64% de identidade e 85% de similaridade de seqüência. A análise cinética bi-substrato mostrou que ScGrx2 possui tanto um menor KM para glutationa quanto um maior turnover que ScGrx1. Com o intuito de compreender melhor estas diferenças bioquímicas, determinamos os valores de pKa da cisteína N-terminal (Cys27) dos sítios ativos destas duas proteínas e demonstramos que estes parâmetros não justificam a diferença de atividade observada. Tentando identificar características estruturais relacionadas a essa diferença de atividade...

Expressão da xilose isomerase de Propionibacterium acidipropionici em Saccharomyces cerevisiae visando a produção de etanol de segunda geração; Expression of a xylose isomerase from Propionibacterium acidipropionici in Saccharomyces cerevisiae aiming the production of lignocellulosic ethanol

Beatriz Temer
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/02/2014 PT
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66.23%
Um dos principais desafios a serem superados para que a produção de etanol lignocelulósico seja viável é a obtenção de um micro-organismo capaz de fermentar pentoses e hexoses de maneira eficiente. A levedura Saccharomyces cerevisiae é o principal micro-organismo utilizado nas fermentações industriais, devido à sua alta eficiência no consumo de glicose e tolerância às altas concentrações de etanol. Entretanto, linhagens selvagens dessa levedura não são capazes de consumir pentoses naturalmente. Desta maneira, a expressão heteróloga de genes que possibilitem o consumo de pentoses em S. cerevisiae é uma abordagem interessante que vem sendo desenvolvida por diversos grupos de pesquisa. A xilose é o açúcar de cinco carbonos presente em maior porcentagem nos materiais lignocelulósicos e é consumida pelos organismos através de duas vias principais, a via da xilose isomerase (XI) e a via oxi-redutiva. A bactéria Propionibacterium acidipropionici, industrialmente interessante por produzir ácido propiônico, foi estudada neste trabalho com relação à sua capacidade de consumir xilose. A partir dos ensaios de fermentação realizados, foi possível comprovar que ela é capaz de consumir este açúcar na msma proporção que a glicose. A análise de dados genômicos de P. acidipropionici indicou que a via da XI é a utilizada para o consumo de xilose. Assim...

Untersuchung der Mikroautophagocytose in Saccharomyces cerevisiae; Studies of microautophagy in Saccharomyces cerevisiae

Dangelmayr, Claudia Vera
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
DE_DE
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66.31%
Einen der wichtigsten Mechanismen zur Anpassung an widrige Bedingungen für eukaryotische Zellen stellt die Autophagocytose dar. Sie bietet den Zellen die Möglichkeit, durch gezieltes Recycling cytosolischen Materials die Zelle auf eine Überdauerung des Nahrungsmangels vorzubereiten. Bei der Mikroautophagocytose handelt es sich um einen Aspekt der Autophagocytose, der bislang im Modellorganismus Saccharomyces cerevisiae durch bildgebende Verfahren und durch Etablierung eines in vitro Nachweises beschrieben wurde. Es konnte noch nicht gezeigt werden, welche Zellkomponenten direkt an der Einstülpung der Vakuolenmembran beteiligt sind und wie die Abschnürung von Vesikeln ins Innere eines Organells hinein erfolgen kann. In dieser Arbeit wurde durch Expression des Phosphatidylinositol-3-Phosphat bindenden Proteins FYVE2 der erste Nachweis für eine direkte Einstülpung der Vakuolenmembran und für den Abbau dieses Membranabschnitts im Vakuolenlumen erbracht. Durch Einsatz von Makroautophagocytose-Mutanten in diesem Assay konnte gezeigt werden, dass Mikro- und Makroautophagocytose mechanistisch unterscheidbar sind, dass aber das Ausmaß des mikroautophagischen Membranabbaus abhängig ist vom makroautophagischen Membrantransport zur Vakuole. Die für die Mikroautophagocytose nötige Maschinerie ist unabhängig von Komponenten der Sortierung am „Multivesicular Body“. Es konnte nachgewiesen werden...

The small GTPase Arf1p from Saccaromyces cerevisiae goes new ways - Novel roles in mRNA transport and in the formation of specialized vesicles from the Golgi -; Die kleine GTPase Arf1p aus Saccharomyces cerevisiae geht neue Wege - Neue Funktionen im mRNA Transport und bei der Bildung von spezialisierten Golgi-Vesikeln -

Trautwein, Mark
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
EN
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66.27%
The small GTPase Arf1 is a crucial regulator of vesicle formation at many steps of the secretory pathway in the yeast Saccharomyces cerevisiae as well as in higher eukaryotes. Currently best understood is the role of Arf1 in the formation of COPI-coated vesicles at different levels of the Golgi apparatus. In addition, there is growing evidence of Arf1 being involved in actin cytoskeleton rearrangements as well as in lipid metabolism. The variety of already known regulators and effectors of Arf1 is, however, still insufficient to explain the multiple functions of the same molecule at different cellular locations. Furthermore, it is likely that new Arf1-dependent pathways await discovery in both yeast and mammals. In this study, a differential affinity chromatography approach was used to identify new interactors of Arf1p from Saccharomyces cerevisiae cytosol. One of the new interactors of activated Arf1p that was identified was the polyA-binding protein Pab1p, which binds to the polyA-tail of mRNA. Pab1p was found to associate with purified COPI-coated vesicles generated from Golgi membranes in vitro. The stability of the Arf1p-Pab1p complex depends on the presence of mRNA. Both symmetrically distributed mRNAs as well as the asymmetrically distributed ASH1 mRNA are found in association with Arf1p. Remarkably...

Altruistischer Zelltod und neue Wege der Caspase vermittelten Apoptose in Saccharomyces cerevisiae; Altruistic cell death and new ways of caspase-dependent apoptosis in Saccharomyces cerevisiae

Herker, Eva
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
DE_DE
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66.21%
In den letzten Jahren konnte der Einzeller Saccharomyces cerevisiae als Modellorganismus für apoptotische Prozesse etabliert werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein altruistischer Aspekt des apoptotischen Zelltodes der Hefe aufgeklärt. Im chronologischen Altern, also unter physiologischen Bedingungen, sterben die meisten Zellen einer klonalen Kultur mit den phänotypischen Markern der Apoptose. Dieser apoptotische Zelltod ist abhängig von der Hefecaspase Yca1p und reaktiven Sauerstoffspezies (ROS). Verhindert bzw. verzögert man aber den Zelltod im chronologischen Altern durch die Deletion der Hefecaspase Yca1p birgt dies auf lange Sicht Selektionsnachteile für die Population, denn gealterte Mutantenzellen sind im adaptiven Wachstum behindert. Außerdem überlebt der Wildtyp die Mutanten in einem kompetitiven Überlebensassay, hat also im direkten Vergleich langfristig Selektionsvorteile. Es konnte zudem gezeigt werden, dass alternde Hefezellen Substanzen sezernieren, die das Überleben von anderen alten Zellen fördern. Des Weiteren konnte die durch Lsm4p Mutation ausgelöste Apoptose mechanistisch näher charakterisiert werden. Da Lsm Proteine beim mRNA splicing und decapping involviert sind, wurde untersucht, welche von beiden Funktionen bei einer Fehlregulation Apoptose auslöst. Störungen im mRNA decapping durch Mutationen oder Disruptionen der beteiligten Proteine führen zu einem Zelltod...

Análisis de las regiones de las proteínas P1 α- y P2 ß que determinan su especificidad estructural y funcional en el tallo ribosómico de Saccharomyces cerevisiae

Briceño, Verónica
Fonte: Universidad Autónoma de Madrid Publicador: Universidad Autónoma de Madrid
Tipo: Tesis Formato: 5295901 bytes; application/pdf
SPA
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66.2%
Tesis doctoral inédita de la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias. Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 15-06-2007; One of the most remarkable features of the large ribosomal subunit is the presence of a highly flexible protuberance called the stalk. This protein complex is universally conserved and plays a central role in the ribosome-mediated translation factor activity. However, the organization and functions of the proteins constituting the stalk remain unclear. In bacteria the stalk is made of one copy of protein L10 and two dimers of the acidic protein L7/L12; while in eukaryotes it is composed by P0 (L10 protein-equivalent) and two heterodimers of the acidic proteins P1 and P2. In Saccharomyces cerevisiae, two additional subgroups are distinguished, P1α/P1β and P2α/P2β which form biologically relevant heterodimers, P1α-P2β and P1β-P2α. The fact that in eukaryotes have two different ribosomal families, while in prokaryotes ones have only one, suggest a specialization of functions between both groups. Some data indicate that P1 and P2 proteins have different roles in the assembly and functions of the stalk. However, nowadays the information is very scarce about the possible roles of the two protein types in the stalk function...

Post-transcriptional regulation of gene expression in response to iron deficiency in Saccharomyces cerevisiae

Vergara, Sandra Viviana
Fonte: Universidade Duke Publicador: Universidade Duke
Tipo: Dissertação Formato: 6203547 bytes; application/pdf
Publicado em //2010 EN_US
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The ability of iron (Fe) to easily transition between two valence states makes it a preferred co-factor for innumerable biochemical reactions, ranging from cellular energy production, to oxygen transport, to DNA synthesis and chromatin modification. While Fe is highly abundant on the crust of the earth, its insolubility at neutral pH limits its bioavailability. As a consequence, organisms have evolved sophisticated mechanisms of adaptation to conditions of scarce Fe availability.

Studies in the baker's yeast Saccharomyces cerevisiae have shed light into the cellular mechanisms by which cells respond to limited Fe-availability. In response to Fe-deficiency, the transcription factors Aft1 and Aft2 activate a group of genes collectively known as the Fe-regulon. Genes in this group encode proteins involved in the high-affinity plasma membrane Fe-transport and siderophore uptake systems, as well as Fe-mobilization from intracellular stores and heme re-utilization. Concomitant with the up-regulation of the Fe-regulon, a large number of mRNAs encoding Fe-dependent proteins as well as proteins involved in many Fe-dependent processes are markedly down regulated. Thus, in response to low Fe-levels the cell activates the Fe-uptake and mobilization systems...

Highly diverged homologs of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial mRNA-specific translational activators have orthologous functions in other budding yeasts.

Costanzo, Maria; Bonnefoy, N; Williams, Elizabeth; Clark-Walker, George; Fox, Thomas
Fonte: Genetics Society of America Publicador: Genetics Society of America
Tipo: Artigo de Revista Científica
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Translation of mitochondrially coded mRNAs in Saccharomyces cerevisiae depends on membrane-bound mRNA-specific activator proteins, whose targets lie in the mRNA 5'-untranslated leaders (5'-UTLs). In at least some cases, the activators function to localize translation of hydrophobic proteins on the inner membrane and are rate limiting for gene expression. We searched unsuccessfully in divergent budding yeasts for orthologs of the COX2- and COX3-specific translational activator genes, PET111, PET54, PET122, and PET494, by direct complementation. However, by screening for complementation of mutations in genes adjacent to the PET genes in S. cerevisiae, we obtained chromosomal segments containing highly diverged homologs of PET111 and PET122 from Saccharomyces kluyveri and of PET111 from Kluyveromyces lactis. All three of these genes failed to function in S. cerevisiae. We also found that the 5'-UTLs of the COX2 and COX3 mRNAs of S. kluyveri and K. lactis have little similarity to each other or to those of S. cerevisiae. To determine whether the PET111 and PET122 homologs carry out orthologous functions, we deleted them from the S. kluyveri genome and deleted PET111 from the K. lactis genome. The pet111 mutations in both species prevented COX2 translation...