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A noção de estrutura lingüística e de processo de estruturação e sua influência no conceito e na elaboração de linguagens documentárias; The notion of linguistic structure and of structuration process and the influence of both on the concept and on the development of documentary languages.

Vogel, Michely Jabala Mamede
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 07/05/2007 PT
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Estudo apoiado em revisão bibliográfica sobre a evolução das Linguagens Documentárias tendo como foco a apropriação da noção de estrutura da Lingüística Estrutural pela Documentação. A revisão compreende parte das pesquisas desenvolvidas na Europa, notadamente por Jean-Claude Gardin, García Gutiérrez e Hutchins, e no Brasil, pelo Grupo Temma. A partir da análise das reflexões apresentadas, propõe-se um quadro das principais características das Linguagens Documentárias. Para referendar a observação concreta das Linguagens Documentárias, explora-se o conceito de estrutura lingüística e das propostas iniciais de seu desenvolvimento, realizando um breve apanhado sobre a apropriação da Lingüística pela Documentação. Discute-se o significado do termo linguagem na Documentação e estabelece-se o cotejamento entre as características da Linguagem Documentária, da linguagem artificial e da linguagem natural. Em seguida, a partir da constatação de que a Terminologia opera com a noção de estrutura e de estruturação, procura-se verificar como se concretiza esse apoio para efeito de organização sistêmica das Linguagens Documentárias e, finalmente, a partir dos conceitos e reflexões reunidas anteriormente...

Análise do comportamento térmico da estrutura intra-ocular humana durante procedimento cirúrgico de remoção de catarata.; Thermal behavior analysis of human intra-ocular structure during surgical procedure of cataract removing.

Donato, Juliana Nosé
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 23/04/2008 PT
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O presente trabalho apresenta uma análise do comportamento térmico da estrutura intra-ocular humana durante a cirurgia de remoção de catarata. O procedimento cirúrgico em estudo, conhecido por facoemulsificação, baseia-se em destruir o cristalino opaco, removê-lo da estrutura intra-ocular e substituí-lo por uma lente artificial. A destruição do cristalino é realizada por aplicação de energia ultra-sônica, resultante da vibração do cristal piezoelétrico existente na ponteira do equipamento cirúrgico. O campo acústico imposto à estrutura intra-ocular aquece a mesma, elevando sua temperatura até valores críticos. Pelo fato da córnea poder atingir valores entre 40oC e 115oC durante este procedimento, inúmeras complicações pós-operatórias podem ser diagnosticadas, tais como: danos ao estroma e endotélio da córnea, formação de fístula, astigmatismo residual e impossibilidade de autoselamento da incisão, sendo necessário suturar a esclera. Para o estudo deste superaquecimento identificado como crítico, foi realizada a modelagem do comportamento térmico da estrutura intra-ocular humana durante a facoemulsificação. Foram desenvolvidos modelos para quantificar o campo acústico imposto à estrutura pelo equipamento...

A proteína ligadora dos ácidos graxos Sm14 de Schistosoma mansoni: estrutura gênica, polimorfismo, expressão heteróloga em E. coli e significado estrutural e funcional das suas formas polimórficas e mutantes; The Sm14 Schistosoma mansoni fatty acid binding protein: gene structure, polymorphism, heterologus expression in E. coli and structure-functional study of her polymorphic and mutant forms

Ramos, Celso Raul Romero
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 26/03/2002 PT
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A esquistossomose é a mais importante das doenças helmínticas humanas em termos de morbidez e mortalidade. A proteína Sm14 de Schistosoma mansoni, que pertence à família de proteínas ligadoras de ácidos graxos (fatty acid-binding proteins, FABPs) (Moser et al., 1991), mostrou um bom nível de proteção (65%) contra a esquistossomose em animais experimentais (Tendler et al., 1996). No presente trabalho foram desenvolvidos sistemas de expressão que possibilitará a produção da proteína Sm14 em larga escala em E.coli. Com o intuito de conhecer a estrutura do gene da proteína Sm14, foi clonado um fragmento de DNA genômico de S. mansoni que contém a seqüência codificante da proteína Sm14. Como os outros membros da família gênica das FABP, o gene para a proteína Sm14 contém quatro "exons" separados por três "introns" de 674, 585 e 42 bp. Esta é a primeira descrição da estrutura gênica de um membro das FABP correspondente a um helminto. A Sm14 é uma proteína que pode ser potencialmente usada como vacina. Estudamos a existência de polimorfismo em duas linhagens de S. mansoni endêmicas do Brasil: LE e BH. Para a análise de polimorfismo, a ORF correspondente à proteína Sm14 foi amplificada por RT-PCR do RNA total de vermes adultos de S. mansoni. Os produtos de amplificação independentes foram clonados no vetor pGEM-T e seqüenciados. As análises de seqüências mostraram duas isoformas principais para a proteína Sm14: Sm14-M20...

Os verbos de transferência/movimento no PB e a expressão do objeto indireto. Revisitando a noção de estrutura argumental à luz da morfologia distribuída; Verbs of transfer/movement in the brazilian portuguese and the expression of indirect object. Revisiting the concept of argument structure in the light of distributed morphology

Moretti, Fabiana Cristina Baldim Lopes
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 04/02/2011 PT
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Os verbos que expressam eventos de transferência/movimento no PB são formados a partir de Raízes que envolvem, em sua semântica, um agente, um elemento transferido/movido e um recebedor/alvo. Geralmente, esses verbos formam construções sintáticas ditransitivas, em que o agente é expresso por meio do sujeito, o elemento transferido/movido por meio de um objeto direto e o recebedor/alvo por meio de um objeto indireto. Nesses contextos sintáticos, o objeto indireto tem suscitado, na literatura pertinente, algumas discussões sobre sua natureza, como: argumento ou adjunto, e, ainda, complemento dativo ou complemento oblíquo. Essas discussões demonstram a indefinição do estatuto sintático-semântico desse elemento para as teorias linguísticas. Entendemos que essas discussões estão ligadas à concepção de estrutura da gramática assumida pelos diferentes pesquisadores e, também, ao modo como estes entendem que as noções de estrutura argumental e de estrutura sintática interagem dentro dessa concepção. Em outras palavras, o debate surge, pois, na caracterização da relação gramatical do objeto indireto com o verbo, é fundamental que o pesquisador disponha de uma teoria da estrutura argumental que lhe permita estabelecer o mapeamento e o licenciamento dos argumentos na sintaxe. Assumimos...

Estudo da estrutura populacional em cana-de-açúcar usando marcadores do tipo SNP; Evaluation of population structure in sugarcane using SNP markers

Silva, Renato Rodrigues
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 22/03/2013 PT
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Embora já existam estudos anteriores a respeito da estrutura de população em cana-deaçúcar, até o momento nenhum estudo foi feito usando marcadores SNPs gerados a partir de plataformas de genotipagem de larga escala, como por exemplo, Sequenom iPLEX MassARRAY. No presente trabalho, foi investigada a estrutura populacional no painel brasileiro de variedades de cana-de-açúcar. Esse painel é formado por materiais elites, ancestrais importantes e cultivares utilizados em programa de melhoramento. Um total de 1033 marcadores SNPs foram utilizados para genotipar os acessos do painel. A classificação dos dados feita usando o software SuperMASSA. A estrutura de população foi analisada por meio de análise de componentes principais (ACP), análise de agrupamentos e usando o software STRUCTURE. Devido ao fato que no software STRUCTURE não é possível dados de marcadores moleculares provenientes de espécies poliploides com aneuplodia frequente, o conjunto de dados foi separado e analisado de acordo com nível de ploidias dos SNPs. Com a finalidade de comparar os resultados, foi feita uma análise de coordenadas principais na matriz de distância, com os elementos definidos por 1 - coeficiente de parentesco. A análise de componentes principais revelou presença de estrutura de população. O primeiro componente separou o acesso IN84-58 (S. spontaneum) dos outros acessos que por sua vez estão separados em três grupos: o primeiro grupo formado pelos acessos que são S. sinense...

Estrutura genética e fluxo gênico em populações naturais de tucumã-do-Amazonas por meio de microssatélites visando o manejo e conservação da espécie; Genetic structure and gene flow in natural populations of tucum palm by microsatellite aiming at the management and conservation of the species

Ramos, Santiago Linorio Ferreyra
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/07/2014 PT
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O tucumã-do-Amazonas (Astrocaryum aculeatum), da família Arecaceae, é uma espécie com ocorrência na Amazônia Ocidental e Central brasileira. Seu fruto é muito apreciado na região amazônica que consome a polpa na forma fresca. Sua produção é feita pelos agricultores extrativistas. Não existem informações dos parâmetros de diversidade e estrutura genética das populações naturais desta espécie, fundamental para o estabelecimento de estratégias adequadas no uso deste recurso genético, e para aumentar a eficiência da domesticação e seleção para um programa de melhoramento genético. Não é conhecido também como este extrativismo pode estar influenciando a diversidade entre estas populações ao nível dos genitores e progênies, o fluxo gênico e a estrutura genética espacial. Assim, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar a estrutura e a diversidade genética de populações de A. aculeatum no Estado do Amazonas, utilizando marcadores microssatélites. Como objetivos específicos o estudo visou desenvolver iniciadores de microssatélites para A. aculeatum; avaliar a diversidade e a estrutura genética; determinar o fluxo gênico, bem como o grau de parentesco, a estrutura genética espacial (EGE) e o coeficiente de coancestria numa população. Os iniciadores de microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida e caracterizados usando 40 amostras provenientes de duas populações selvagens. Foram identificados 14 iniciadores de microssatélites...

A estrutura argumental da língua Dâw; The argument structure of the Dâw language

Costa, Jéssica Clementino da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 09/06/2014 PT
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Esta dissertação descreve e analisa a estrutura argumental e as classes verbais da língua Dâw (família Nadahup, Amazonas). Estudamos os verbos dessa língua do ponto de vista semântico e sintático, identificando classes e subclasses de acordo com o comportamento morfossintático das raízes verbais. Além disso, avaliamos as hipóteses descritivas e explicativas das classes verbais identificadas por Martins (2004), primeira pesquisadora a abordar a morfossintaxe Dâw. Nosso arcabouço teórico é a teoria de estrutura argumental desenvolvida por Hale & Keyser (2002), que propõe uma análise da sintaxe e da semântica dos itens lexicais por meio da estrutura argumental sistema de relações estruturais estabelecidas entre o núcleo e seus argumentos, dentro de estruturas sintáticas projetadas pelo próprio núcleo. Por meio de testes linguísticos variados, incluindo alternância de valência e julgamento de (a)gramaticalidade, reclassificamos as nove classes verbais identificadas por Martins (2004) em três classes de acordo com a valência do verbo: classe dos verbos intransitivos, classe dos verbos transitivos e classe dos verbos bitransitivos. Martins (2004) afirma que, na sentença, os verbos podem mudar de tom devido à presença de um morfema tonal transitivizador ou intransitivizador. Contudo...

Algoritmos de estimação de distribuição para predição ab initio de estruturas de proteínas; Estimation of distribution algorithms for ab initio protein structure prediction

Bonetti, Daniel Rodrigo Ferraz
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/03/2015 PT
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As proteínas são moléculas que desempenham funções essenciais para a vida. Para entender a função de uma proteína é preciso conhecer sua estrutura tridimensional. No entanto, encontrar a estrutura da proteína pode ser um processo caro e demorado, exigindo profissionais altamente qualificados. Neste sentido, métodos computacionais têm sido investigados buscando predizer a estrutura de uma proteína a partir de uma sequência de aminoácidos. Em geral, tais métodos computacionais utilizam conhecimentos de estruturas de proteínas já determinadas por métodos experimentais, para tentar predizer proteínas com estrutura desconhecida. Embora métodos computacionais como, por exemplo, o Rosetta, I-Tasser e Quark tenham apresentado sucesso em suas predições, são apenas capazes de produzir estruturas significativamente semelhantes às já determinadas experimentalmente. Com isso, por utilizarem conhecimento a priori de outras estruturas pode haver certa tendência em suas predições. Buscando elaborar um algoritmo eficiente para Predição de Estruturas de Proteínas livre de tendência foi desenvolvido um Algoritmo de Estimação de Distribuição (EDA) específico para esse problema, com modelagens full-atom e algoritmos ab initio. O fato do algoritmo proposto ser ab initio é mais interessante para aplicação envolvendo proteínas com baixa similaridade...

Geographic Variation in Network Structure of a Nearctic Aquatic Food Web

Baiser, Benjamin H.; Gotelli, Nicholas J.; Buckley, Hannah L.; Miller, Thomas E.; Ellison, Aaron M.
Fonte: Blackwell Publishing Ltd Publicador: Blackwell Publishing Ltd
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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Aim: The network structure of food webs plays an important role in the maintenance of diversity and ecosystem functioning in ecological communities. Previous research has found that ecosystem size, resource availability, assembly history and biotic interactions can potentially drive food web structure. However, the relative influence of climatic variables that drive broad-scale biogeographic patterns of species richness and composition has not been explored for food web structure. In this study, we assess the influence of broad-scale climatic variables in addition to known drivers of food web structure on replicate observations of a single aquatic food web, sampled from the leaves of the pitcher plant (Sarracenia purpurea), at different geographic sites across a broad latitudinal and climatic range. Location: Using standardized sampling methods, we conducted an extensive ‘snapshot’ survey of 780 replicated aquatic food webs collected from the leaves of the pitcher plant S. purpurea at 39 sites from northern Florida to Newfoundland and westward to eastern British Columbia. Methods: We examined correlations of 15 measures of food web structure at the pitcher and site scales with geographic variation in temperature and precipitation...

RNA Structure Prediction:Advancing Both Secondary and Tertiary Structure Prediction

Seetin, Matthew G. ; Mathews, David H. (1971 - )
Fonte: Universidade de Rochester Publicador: Universidade de Rochester
Tipo: Tese de Doutorado
ENG
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Thesis (Ph.D.)--University of Rochester. School of Medicine & Dentistry. Dept. of Biochemistry and Biophysics, 2011.; RNAs can function without being translated into proteins. These RNAs adopt a structure or structures to perform these functions, and accurate prediction of structure is a valuable tool for understanding these functions. RNA structure is hierarchical, beginning with the primary sequence, then the secondary structure, i.e. the set of canonical pairs, and ultimately the tertiary structure, i.e. the three-dimensional structure. One significant tool for prediction of secondary structure is the nearest neighbor model. This assumes the free energy change of forming a base pair depends on the identities of the pair and the adjacent pairs. Parameters were previously derived from optical melting on RNA duplexes where it was assumed all strands would be completely duplex or single-stranded. When individual base pairs are allowed to break as a function of temperature, the model does not agree with experiment. A new treatment of the data is presented. The probabilities of individual base pairs are calculated using a partition function, allowing internal loops and frayed ends. The parameters of the nearest neighbor model are recalculated using a nonlinear fit to the original data. These new parameters better fit the data and should provide improved structure prediction. Homologous RNAs adopt similar structures. One important structural motif is the pseudoknot...

Population structure and connectivity in a small woodland snake

Jamison, Caroline
Fonte: Quens University Publicador: Quens University
Tipo: Tese de Doutorado
EN
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A heterogeneous landscape contributes to the genetic structure of natural populations by aiding or impeding the dispersal of individuals across it, affecting gene flow between local populations. Traditional population genetics methods (e.g. FST ) do not account for landscape factors into account when assessing genetic structure, the emerging discipline of landscape genetics looks specifically at how landscape features affect population structure and connectivity. I used a landscape genetics approach to investigate genetic population structure in the ringneck snake (Diadophis punctatus), a small-bodied snake of temperate forests, in the Georgian Bay region of Central Ontario, Canada. Because of its small size, putative preference for forested habitat and presumed low dispersal ability I expected to find marked population structure at a fine scale within the study area and further expected that open habitat and roads would act as partial barriers to gene flow. To test these hypotheses I used genotypic data from five microsatellite loci and a spatial assignment test, spatial autocorrelation, and isolation by landscape resistance analyses to determine the extent of population structure and the effect of landscape features on genetic structure. Contrary to my hypotheses...

Verb alternations and event structure in children with specific language impairment compared with typically developing children. What can we learn from the story of Cinderella?

Whelan, Jennifer; Murphy, Carol-Anne
Fonte: University of Limerick Publicador: University of Limerick
Tipo: info:eu-repo/semantics/masterThesis; all_ul_research; ul_theses_dissertations
ENG
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non-peer-reviewed; Background: Children with Specific Language Impairment (CwSLI) demonstrate difficulties with verb knowledge, verb argument production and sentence structure. There is a lack of evidence around the processing and production of event structure by CwSLI and research is equivocal whether CwSLI demonstrate difficulty with verb alternations. Aims: The study aimed to establish whether verb alternations and event structure complexity are contributing to the aforementioned difficulties in CwSLI, and whether verb knowledge has a role in event structure complexity. The study also aimed to investigate the usefulness of a Cinderella narrative for assessment. Methods and Procedures: Secondary data analysis of Cinderella narratives from 65 typically developing children (TDC) (3; 02 – 10; 09) and 17 CwSLI (6; 05 – 10; 01) was undertaken. A between-groups comparison on verb alternations and the complexity of event structure produced was run between CwSLI and subgroups of younger and older TDC and a verb comprehension matched group. Outcomes and Results: The number of alternations was insufficient to warrant statistical analysis. Older TDC used a significantly higher number of simple event structures than CwSLI, but there was no difference in complex event structures produced. No significant difference was found between CwSLI and the verb comprehension control group in event structure produced. All children used more simple event structure verbs overall. Conclusions and Implications: The results of the event structure analyses indicate that all children may be using the most parsimonious way of describing events. The results support the idea that poor verb knowledge and event structure complexity are related in CwSLI. Difficulty with event conceptualisation may have a cascading effect onto the lexical representation of a verb and consequently limit the range of syntactic structures available. The Cinderella narrative is a useful clinical tool for investigating verb production...

Antibody Modeling and Structure Analysis. Application to biomedical problems.

CHAILYAN, ANNA
Fonte: La Sapienza Universidade de Roma Publicador: La Sapienza Universidade de Roma
Tipo: Tese de Doutorado
EN
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35.88%
Background The usefulness of antibodies and antibody derived artificial constructs in various medical and biochemical applications has made them a prime target for protein engineering, modelling, and structure analysis. The huge number of known antibody sequences, that far outpaces the number of solved structures, raises the need for reliable automatic methods of antibody structure prediction. Antibodies have a very characteristic molecular structure that is reflected in their modelling technique. Currently, the most accurate models are produced using a quite peculiar modelling strategy, developed among others by our group: the framework regions are modelled with a standard comparative modelling approach, whereas the hypervariable loops are predicted using the ad-hoc “canonical structure method”, historically based on expert analysis of the available antibody solved structures. More than thirty years passed since this modelling method was initially developed, nonetheless there is still a huge effort in the academic and pharmaceutical communities to improve its accuracy. The reason for this lies in several error sources in the current modelling process. First of all, given the large amount of available structures, it was impossible to manually update “canonical structure” classes and rules. Moreover...

Advanced methods for structural characterization and structure-property correlation for functional materials of layered compounds

Dürrschnabel, Michael Thomas
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
EN
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35.88%
A large number of functional materials have layered structures yielding anisotropic physical properties and an exciting physics of extended defects. For the understanding of both phenomena extensive computational methods are necessary for calculating anisotropic physical properties in an ab-initio approach. Calculating high-energy electron scattering is essential to yield quantitative results on defect structures by electron microscopy and spectroscopy. In this thesis superconducting ReBa2Cu3O7-x (ReBCO, Re = rare earth) coated conductors and thermoelectric Bi2Te3-related device-relevant materials were analyzed in detail. For both compounds various computational methods were applied to yield a quantitative structure-property correlation. The microstructure and the chemical composition of a material affecting its macroscopic physical properties is referred to as structure-property correlation. Coated conductors consist of multilayer thin film structures and are high-temperature superconducting (HTS) wires of the second generation. The analyzed coated conductors were grown by two methods: (i) chemical solution deposition (CSD) and (ii) inclined substrate deposition (ISD). In this work both materials were analyzed and compared to each other...

How the Republic of Korea's Financial Structure Affects the Volatility of Four Asset Prices

Hong G. Min; Park, Jong-goo
Fonte: World Bank, Washington, DC Publicador: World Bank, Washington, DC
Tipo: Working Paper; Publications & Research; Publications & Research :: Policy Research Working Paper
ENGLISH; EN_US
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35.87%
The authors explore how Koreas financial structure affects the volatility of asset prices. Documented empirical evidence of the relationship between financial structure and financial crisis, sheds light on the relationship between asset price volatility - extreme variations in price - and financial structure. And the volatility of financial and non-financial asset prices provides an indirect link between an economys financial structure and the likelihood of financial crisis. Using time-series data on a se of indicators measuring financial structure, the authors examine how Koreas financial structure affects the volatility of the real effective exchange rate, the money market rate, government bond yields, and stock prices. They find: 1) There is a stable long-term relationship between financial structure and volatility in the real effective exchange rate, the money market rate, stock prices, and the yield on government housing bonds. 2) Financial structure affects asset price variables asymmetrically. Some variables volatility increases...

Resource for benchmarking the applicability of protein structure models

CARBAJO, DANIEL
Fonte: La Sapienza Universidade de Roma Publicador: La Sapienza Universidade de Roma
Tipo: Tese de Doutorado
EN
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The function of a protein is closely related to the structure it attains. The sequence of a protein is of limited biological relevance without some knowledge of both its structure and its function; protein structures provide a wealth of information that cannot be deduced from their primary sequence alone; therefore, we can get a complete understanding of protein roles by analyzing them in structural terms. Structure-based methodologies are consequently regarded as more robust than sequence-based ones. The limiting step for these structure-based methodologies is actually having the structure of a protein at hand. Due to the ever-increasing gap between known protein sequences and structures and the ever-growing number of protein structure prediction methods available, which are becoming more and more accurate over time, the use of protein structure models is mandatory. However, and in spite of progress in the field of protein structure prediction, computed models often contain structural inaccuracies in both backbone and side-chain spatial coordinates; instead of being discarded, these models can provide important insights into the function of the native counterpart; this, in turn, demands the existence of robust methods that can effectively make use of computed models in the midrange and low range of accuracy...

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

St-Onge, Karine
Fonte: Université de Montréal Publicador: Université de Montréal
Tipo: Thèse ou Mémoire numérique / Electronic Thesis or Dissertation
FR
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35.91%
Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel...

Governança corporativa: estrutura de propriedade, desempenho e valor – uma análise de empresas brasileiras; Ownership structure; Corporate Governance; Agency Theory

Dami, Anamélia Borges Tannús
Fonte: Universidade Federal de Uberlândia Publicador: Universidade Federal de Uberlândia
Tipo: Dissertação
POR
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35.87%
A literatura indica que, principalmente em países com alta concentração acionária, a estrutura de propriedade é um importante mecanismo interno de controle da governança corporativa, com efeitos na valorização e desempenho das empresas. No Brasil, a relação existente entre governança corporativa-estrutura de propriedade-desempenho mostra-se ainda inconclusiva. O presente estudo investiga se existe relação entre estrutura de propriedade, desempenho financeiro e valor das empresas brasileiras não-financeiras de capital aberto com ações negociadas na Bolsa de Valores de São Paulo (BOVESPA), entre os anos de 1997 a 2001 (conseqüências da estrutura de propriedade), bem como os determinantes do grau de concentração de propriedade das referidas empresas (causas da estrutura de propriedade). Na investigação empírica foram utilizados os seguintes métodos estatísticos: 1) Análise de Variância Paramétrica (ANAVA); 2) Análise de Variância Não-Paramétrica (Teste de Kruskal-Wallis); e 3) Análise de Regressão Múltipla por meio dos estimadores de Mínimos Quadrados Ordinários (MQO) com erros-padrões consistentes à heterocedasticidade conforme White (1980). Considerando-se a metodologia empregada, os resultados indicam que as variáveis de estrutura de propriedade como definidas não exercem influência sobre o desempenho financeiro e valor das empresas. Sobre aos determinantes da estrutura de propriedade das empresas brasileiras não-financeiras de capital aberto...

Phylogenetic, taxonomical and functional diversity and the structure of anurans communities in coastal plains of São Paulo state, southeastern Brazil = : Diversidade filogenética, taxonômica e funcional e a estrutura de comunidades de anuros nas planícies costeiras do estado de São Paulo, sudeste do Brasil; Diversidade filogenética, taxonômica e funcional e a estrutura de comunidades de anuros nas planícies costeiras do estado de São Paulo, sudeste do Brasil

Thiago Augusto Pires
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 04/06/2014 PT
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Em termos gerais, comunidades biológicas podem ser estruturadas por elementos que ocorrem em escalas espaciais diversas, que incluem fatores bióticos (e.g., competição e predação); fatores abióticos (e.g., heterogeneidade ambiental), históricos (e.g., eventos de extinção e colonização; e dinâmicas neutras (e.g., dispersões e extinções locais e aleatórias). Uma das formas mais interessantes de se estudar a estrutura de comunidades é a partir da investigação de como diferentes processos e mecanismos influenciam diferentes escalas ou componentes da biodiversidade. Por exemplo, o componente da diversidadebeta, uma medida de dissimilaridade entre comunidades, primariamente avaliada através da presença e ausência das espécies em cada comunidade. Outra forma utilizada por ecólogos para compreender a estrutura de comunidades é avaliar a estrutura filogenética das comunidades. Através da avaliação dessas propriedades e quais possíveis fatores a influenciam, se torna possível compreender as regras de montagem e manutenção de comunidades. Nesse contexto, nossos objetivos gerais nessa dissertação foram: estimar a diversidade beta de anuros das planícies costeiras paulistas em seus diferentes componentes: funcional...

Enhanced protein fold recognition using secondary structure information from NMR

Ayers, Daniel; Gooley, P; Widmer-Cooper, Asaph; Torda, Andrew
Fonte: Cold Spring Harbor Laboratory Press Publicador: Cold Spring Harbor Laboratory Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
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35.89%
NMR offers the possibility of accurate secondary structure for proteins that would be too large for structure determination. In the absence of an X- ray crystal structure, this information should be useful as an adjunct to protein fold recognition methods based on low resolution force fields. The value of this information has been tested by adding varying amounts of artificial secondary structure data and threading a sequence through a library of candidate folds. Using a literature test set, the threading method alone has only a one-third chance of producing a correct answer among the top ten guesses. With realistic secondary structure information, one can expect a 60-80% chance of finding a homologous structure. The method has then been applied to examples with published estimates of secondary structure. This implementation is completely independent of sequence homology, and sequences are optimally aligned to candidate structures with gaps and insertions allowed. Unlike work using predicted secondary structure, we test the effect of differing amounts of relatively reliable data.