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Clonagem, caracterização da expressão gênica e do transporte intra-organelar da protease FtsH-p1 de tomate (Lycopersicon esculentum Mill. cv. MicroTom). ; Molecular cloning, characterization of the gene expression and intra-organellar transport of tomato (Lycopersicon esculentum Mill. cv. Microtom).

Barata, Reinaldo Montrazi
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 02/09/2003 PT
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16.72%
A protease FtsH pertence à superfamília das proteínas AAA (ATPases Associadas à diversas Atividades celulares) cujos membros estão amplamente distribuídos entre procariotos e eucariotos. Nas plantas superiores, elas são codificadas por genes nucleares e sintetizadas por ribossomos citosólicos com uma seqüência de direcionamento na extremidade amino-terminal responsável pela translocação da pré-proteína para o interior das organelas, notadamente mitocôndrias e cloroplastos. Com o objetivo de caracterizar o processo de translocação da proteína aos tilacóides e sua regulação gênica em plantas, isolou-se um cDNA de frutos de tomate (Lycopersicon esculentum Mill. cv. MicroTom), cuja seqüência de aminoácidos revela a presença de todos os motivos clássicos pertencentes a uma protease do tipo FtsH-p1. A caracterização inicial da proteína indicou a presença de um típico peptídeo de trânsito cloroplástico em sua extremidade amino-terminal. A fim de definir qual região da proteína madura está envolvida no direcionamento da protease às membranas, foram realizadas construções gênicas contendo diferentes comprimentos da região amino-terminal da FtsH-p1 de tomate fusionados ao gene repórter GFP (green fluorescent protein). Estudos realizados a partir de frações enriquecidas de cloroplastos...

Caracterização da função da proteína Nop53p de Saccharomyces cerevisiae; Study of the function of the protein Nop53p in Saccharomyces cerevisiae

Granato, Daniela Campos
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 07/12/2007 PT
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16.72%
Em eucariotos, o processamento de pré-rRNA depende de vários fatores como endonucleases, exonucleases, RNA helicases, enzimas modificadoras de rRNA e componentes de snoRNPs. Com o objetivo de caracterizar novas proteínas envolvidas no processamento de pré-rRNA, foi identificada a proteína Nop53p interagindo com a proteína nucleolar Nop17p a partir de uma varredura da biblioteca de cDNAs de Saccharomyces cerevisiae. A cepa condicional contendo a seqüência da ORF NOP53 sob controle do promotor de galactose não cresce em meio contendo glicose, indicando que Nop53p seja uma proteína essencial para a viabilidade celular. Os resultados deste trabalho demonstram que Nop53p está envolvida nas etapas iniciais de clivagem do pré-rRNA, assim como nas clivagens responsáveis pela formação dos rRNAs maduros 5.8S e 25S. Análise mais detalhada do processamento de pré-RNA por Northern blot e "pulse-chase labeling", revelou também que Nop53p afeta principalmente o processamento do rRNA intermediário 27S, que origina os rRNAs maduros 5.8S e 25S. Nop53p participa do processamento desses rRNAs afetando a poliadenilação dos precursores dos rRNAs 5.8S e 25S. Experimentos de co-imunoprecipitação de RNA com a proteína de fusão ProtA-Nop53p confirmaram o envolvimento de Nop53p no processamento do 27S rRNA...

Pulchellina: uma potente toxina vegetal inativadora de ribossomos - RIP tipo 2. estudos in vitro e in vivo; Pulchellis: a patent vegetal toxin ribosome inactivating - type 2 RIP. in vitro and in vivo studies

Silva, Andre Luis Coelho da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 25/05/2005 PT
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37.7%
Pulchellina é uma proteína inativadora de ribossomo (RIP) isolada de sementes de Abrus pulchellus fragmento que codifica a cadeia A da pulchellina (PAC) foi clonado e inserido no vetor pGEX-5X para expressar a cadeia A recombinante (rPAC) como uma proteína de fusão em Escherichia coli. A análise da seqüência de aminoácidos mostrou que a rPAC apresenta uma alta identidade seqüencial (> 86%) com a cadeia A da abrina-c. A habilidade que a rPAC possui para depurinar rRNA em ribossomos de levedura também foi demonstrada em testes in vitro. Objetivando verificar a atividade tóxica do produto heterólogo, nós promovemos a associação in vitro da rPAC com a cadeia B recombinante da pulchellina (rPBC). Ambas as cadeias foram incubadas na presença de um sistema de redução/oxidação, originando um heterodímero ativo (rPAB). O rPAB apresentou uma massa molecular aparente de aproximadamente 60 kDa, similar a pulchellina nativa. As atividades tóxicas do rPAB e da pulchellina nativa foram comparadas através da injeção intraperitonial em camundongos, usando diferentes diluições de cada proteína. O rPAB foi capaz de matar 50% dos animais testados com doses de 45μg.kg-1. Nossos resultados mostraram que o heterodímero recombinante apresenta tanto toxicidade quanto um padrão conformacional similar a pulchellina nativa. Estudos usando cultura de tecidos também foram realizados com o objetivo de investigar a presença da pulchellina em calos obtidos a partir de sementes de A. pulchellus. Segmentos de cotilédones de sementes imaturas foram inoculados em meio MS suplementado com diferentes concentrações de auxina...

Proteínas inativadoras de ribossomos: identificação de novas proteínas e estudos de interação da cadeia-A da pulchellina (PAC) com monocamada de Langmuir; Ribosome inactivating proteins: identification of new members and studies of the interaction of pulchellin A-chain (PAC) with Langmuir monolayers

Reyes, Luis Fernando
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 29/03/2011 PT
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27.7%
Proteínas Inativadoras de Ribossomos (RIPs) são rRNA N-glicosilases capazes de inibir a síntese protéica pela remoção de uma adenina específica do RNA ribossomal. São geralmente classificadas em tipo 1 e tipo 2, sendo as últimas divididas em altamente tóxicas e não tóxicas. A maior parte das RIPs tipo 2 identificadas pertence a espécies de dicotiledôneas, como é o caso da pulchellina. As cadeias tóxicas das RIPs possuem uma região C-terminal hidrofóbica conservada, a qual se atribui a capacidade de interação com a membrana do retículo endoplasmático (RE), durante o transporte retrógrado da toxina para o citosol. Neste trabalho duas abordagens diferentes foram aplicadas para o estudo das RIPs tipo 2: identificação e caracterização de novos integrantes desta família de proteínas, e investigação da interação da cadeia-A da pulchellina (PAC) com sistemas miméticos da membrana celular. Na primeira abordagem, uma busca in silico em bancos de dados genéticos públicos permitiu identificar quatro novas RIPs do tipo 2 de monocotiledôneas. A análise da estrutura primária das proteínas identificadas mostrou a ocorrência de mutações em alguns dos principais aminoácidos que formam o sítio ativo nas RIPs...

Arquitetura da cromatina na região organizadora do nucléolo e o seu papel no controle da expressão dos genes ribossomais; Nucleolus Organizer Regions chromatin architecture and its role in ribosomal genes expression

Andrade, Larissa Mara de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/09/2011 PT
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16.72%
O nucléolo é uma organela nuclear responsável pela produção dos ribossomos, através das Regiões Organizadoras do Nucléolo (NORs). Espécies que possuem mais de um par de cromossomos contendo NORs terão, obrigatoriamente, pelo menos um par ativo, sendo as demais NORs funcionais de acordo com a demanda celular. O mecanismo de compensação de dose é visualizado e bem estabelecido em híbridos interespecíficos, conhecido como dominância nucleolar, com a inativação de NORs de um dos parentais por outras homeólogas ativas que as dominam. A arquitetura da cromatina nas NORs e o controle da sua expressão foram estudados com o objetivo de se entender os mecanismos envolvidos no fenômeno da dominância nucleolar em espécies diplóides que possuem múltiplas NORs. A espécie modelo utilizada neste estudo foi Crotalaria juncea (Leguminosae-Papilionoideae), caracterizada por conter 2n=2x=16, e NORs no braço curto do cromossomo 1, sendo este o principal organizador do nucléolo, e no braço longo do cromossomo 4 adjacente à heterocromatina centromérica, sendo este um sítio adicional (sítio menor) e de expressão facultativa, previamente determinada. Nas raízes de C. juncea sincronizadas, observou-se que a nucleologênese tem seu início durante o final da telófase...

Diversidade de Bacteria e Archaea em solos de Mata Atlântica no estado de São Paulo; Bacterial and archaeal diversity in soil from Atlantic forest of São Paulo State

Lima, Júlia Elidia de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/01/2012 PT
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16.72%
A Mata Atlântica é um bioma constituído de vários ecossistemas e considerado um hotspot da biodiversidade mundial. Sua extensão vai do Rio Grande do Sul até o Piauí, compondo cerca de 15% do território nacional. Porém, aproximadamente 93% da formação original da Mata atlântica já foi devastada. Seus solos são comumente pobres (baixa disponibilidade de nutrientes), mas apresenta alta taxa de decomposição do material orgânico, baixas perdas de nutrientes por lixiviação e grande ciclagem de nutrientes. Portanto, esse ambiente é composto por comunidades microbianas complexas e eficientes nestes processos, apesar do papel delas ser ainda pouco descrito. Desta maneira, no presente trabalho foram avaliados vários fatores que estão diretamente relacionados com a composição da comunidade de bactérias e arquéias em três áreas presentes num gradiente altitudinal de Mata Atlântica; Santa Virgínia, Picinguaba e Restinga. Com base em análises independentes de cultivo, foi demonstrado por PCR-DGGE que a estruturação da comunidade de bactérias e arquéias nestas áreas é mais dependente da vegetação do que das características físicas e químicas do solo. Adicionalmente, a abundância de tais comunidades, determinada por PCR em tempo real mostrou-se similar nas três áreas amostradas...

Efeito inseticida de proteínas inativadoras de ribossomo tipo 1 e do Jaburetox-2Ec em lipidópteros

Vargas, Lúcia Rosane Bertholdo
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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17.36%
As plantas possuem um arsenal de substâncias utilizadas como defesa contra patógenos e predadores. A possibilidade de utilizar tais substâncias como biopesticidas revolucionou o estudo das proteínas tóxicas. Proteínas inativadoras de ribossomos (RIPs) e as ureases estão entre as proteínas que são abundantes em plantas. RIPs tipo 2 como a ricina, são muito tóxicas, e podem despurinar ribossomos de várias espécies e induzir lesão em DNA, levando à interrupção da síntese protéica e morte de células. Menos tóxicas que a ricina, a maior parte das RIPs conhecidas são do tipo 1 com apenas uma cadeia polipeptídica de 25 - 32 kDa. As ureases (EC 3.5.1.5) são metaloenzimas dependentes de níquel, que catalisam a hidrólise da uréia para formar amônia e dióxido de carbono. A semente do feijão-de-porco, Canavalia ensiformis, é fonte rica de isoformas de urease, entre elas, a canatoxina (CNTX). A proteína CNTX apresenta atividade inseticida contra diferentes espécies de insetos, e sua toxicidade depende da liberação de um peptídeo interno de 10kDa (pepcanatox), que ocorre por ação das catepsinas do sistema digestivo dos insetos suscetíveis. Um peptídeo equivalente ao pepcanatox foi obtido por expressão heteróloga em Escherichia coli - Jaburetox-2Ec...

Caracterização filogenética das proteínas inativadoras de ribossomos (RIPs) de mamona (Ricinus communis L.) e análise da expressão dos genes Rcom RIPs durante o desenvolvimento da semente

Morais, Guilherme Loss de
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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37.7%
As Proteínas Inativadoras de Ribossomos (RIPs) compreendem uma família de enzimas que inibem a síntese protéica através da depurinação de uma adenina específica do RNA ribossomal. Os membros desta família são classificados como RIPs do tipo I, quando possuem somente o RNA-N-Glicosidase e RIPs do tipo II quando além do domínio glicosidase, também apresentam um domínio de lectina. As RIPs foram mais estudadas em plantas, onde a ricina e a aglutinina, ambas RIP do tipo II de mamona (Ricinus communis), estão entre as primeiras descritas. O presente trabalho teve o objetivo de identificar parálogos da ricina e aglutinina, bem como RIPs do tipo I de mamona e analisar as suas relações filogenéticas. Além disso, validar o uso de 14 potenciais genes de referência para qRT-PCR em cinco estádios do desenvolvimento da semente de mamona. O padrão de expressão gênica por RT-qPCR de todas RIPs de mamona identificadas, também foram analisados nestes mesmos estádios. Um total de 18 genes de RIPs foi identificado em mamona (Rcom RIPs), dos quais 10 foram classificados como do tipo II e 8 do tipo I. As topologias das árvores filogenéticas sugerem que as Rcom RIPs foram originadas a partir de múltiplos eventos de duplicação gênica. Dois modelos evolutivos foram propostos para a radiação das Rcom RIPs...

Estudo comparativo da atividade antiinflamatória e anti-tumoral de proteínas inativadoras de ribossomos extraídas de plantas

Matos, Djamile Cordeiro de
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 128 f.
POR
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27.36%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR; O câncer é a segunda maior causa de morte em países industrializados, sendo superado somente para as doenças cardíacas. Os dois tipos de cânceres de maior incidência no homem são o de próstata e de pulmão, e entre as mulheres são de mama e de cólon do útero. Abrina, ricina e pulchelina são proteínas inativadoras de ribossomos do tipo II (RIPs), possuidoras de duas cadeias polipeptídicas, uma com atividade enzimática N-glicosidase e a outra lectínica. Neste trabalho, a resposta imune desencadeada pelas RIPs e a atividade anti-proliferativa contra células tumorais de mama (LM3) e de pulmão (LP07) foram avaliadas. Abrina, ricina e pulchelina mostraram-se muito tóxicas aos macrófagos (IC50 = 6,4 ± 1,53, 11,8 ± 1,66 e 19,3 ± 4,0, respectivamente), sendo a abrina a mais tóxica de todas, seguida pela ricina e esta pela pulchelina. As proteínas não estimularam a produção de NO e H2O2 em células do exsudato peritoneal, mas causaram leve inibição da produção de NO estimulada por LPS e uma forte inibição da produção de H2O2 estimulada pelo PMA. As proteínas testadas estimularam resposta do tipo Th1 e Th2...

Estudo da atividade anti-tumoral de abrina em tumor mamário murino e sua influência no sistema imune

Matos, Djamile Cordeiro de
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 114 f. : il., gráfs.
POR
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27.36%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR; O termo “câncer” corresponde ao conjunto de cerca de 100 doenças que têm em comum uma divisão celular desordenada invadindo os tecidos e órgãos, podendo metastatisar para outras regiões do corpo. Os tumores de mama e de colo do útero são os tipos mais frequentes no sexo feminino, e as estimativas para 2012, no Brasil, são de 52.680 e 17.540 novos casos, respectivamente. Abrina, obtida de sementes de Abrus precatorius é uma proteína inativadora de ribossomos (RIPs) do tipo 2, compostas por duas cadeias peptídicas, uma apresentando atividade enzimática N-glicosidase e a outra atividade lectínica com afinidade a β-D-galactose. Neste estudo, avaliamos o potencial antitumoral contra o câncer de mama de abrina em um modelo de câncer mamário murino já estabelecido em nosso laboratório, concomitante à avaliação dos efeitos imunológicos do tumor e da proteína testada no animal. Para isso avaliamos a partir dos tumores e células do sistema imunológico retirados dos animais do estudo, o percentual de inibição do crescimento e angiogênese tumorais, o percentual de células imunes e de células apoptóticas no peritôneo e baço...

Atividade antitumoral e imunológica de abrina e pulchelina em tumor mamário murino

Bergo, Aline Caffarelli
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Trabalho de Conclusão de Curso Formato: 45 f.
POR
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27.36%
O termo “câncer” corresponde ao conjunto de cerca de 100 doenças que têm em comum o crescimento desordenado de células que invadem os tecidos e órgãos, podendo metastatisar para outras regiões do corpo. Os tumores de mama e colo do útero são os mais frequentes no sexo feminino. Neste estudo, avaliou-se o efeito tóxico de injeções intratumorais de abrina e pulchelina com ou sem β-D-galactose sobre o desenvolvimento do tumor mamário murino, verificando sua influência sobre o sistema imune. Proteínas inativadoras de ribossomos (RIPs) abrina, obtida de sementes de Abrus precatorius, e pulchelina, de sementes maduras de Abrus pulchellus subsp. tenuiflorus, foram utilizadas e como droga controle foi usada a Doxorrubicina. As RIPs foram administradas em camundongos fêmeas Balb/c. A partir dos tumores retirados dos animais em estudo, verificou-se o percentual de inibição do crescimento tumoral, medindo-se o tamanho e os pesos dos tumore. A partir de culturas de macrófagos obtidos dos animais de estudo, avaliou-se a produção de NO, TNF-α e IL-12 pelas RIPs na presença ou ausência de β-D-galactose. A IL-10 foi quantificada a partir de linfócitos esplênicos. A viabilidade celular foi verificada quando as células foram sujeitas às ações das RIPs. Com base nos resultados obtidos...

Morfogenese em acetabularia calyculus (Quoy e Gaimard) : fatores relacionados com a diferenciaçãodo chapeu

Dirce Mithico Yamaoka Yano
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 04/12/1990 PT
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17.36%
Variações morfológicas do núcleo da alga marinha Acetabularia calyculus (Quoy e Gaimard) foram analisadas com emprego do marcador fluoresoente DAPI em células de diferentes estágios de crescimento dentro de uma cultura sincronizada. Os resultados indicaram que o aumento do volume nuclear correspondia à um grande desenvolvimento dos nucléolos durante o crescimento celular. No estádio que antecede a formação de chapéu (12 mm de comprimento) os nucléolos chegavam a ocupar quase que 80% do núcleo, apresentando estruturas típicas conhecidas como "sausage-like shapes" ; indicando que neste estádio está ocorrendo a síntese de precursores de rRNA em grande escala. Paralelamente, os cromossomos apresentavam-se mais soltos, descondensados, assemelhando-se a cromossomos plumosos, sendo que neste estádio observou-se aIta taxa de síntese de mRNA. Esses resultados foram confirmados com as observações ultraestruturais de células com ápices em crescimento e ápices com início de diferenciação do chapéu. Foram observadas formações de ribossomos ligados às membranas do retículo endoplasmático, ribossomos livres, aparelho de Golgi, vesículas secretoras, cloroplastos e mitocôndrias, indicando grande metabolismo celular resultando na intensa síntese de proteínas. A diferenciação do chapéu está relacionada com a formação de novas paredes celulares. Para tanto há uma necessidade de produção maciça de substâncias precursoras da parede celular. As observações ultraestruturais de ápices de células com início de formação de chapéu evidenciaram a presença de vesiculas secretoras voltadas em direção aos locais de síntese de novas paredes celulares. Essas substâncias precursoras necessárias para síntese de novas paredes celulares...

Estudo funcional e estrutural de Nip7p, uma proteina conservada envolvida na sintese de ribossomos; Functional and structural analysis of Nip7p, a conserved protein involved in ribosome biogenesis

Patricia Pereira Coltri
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/12/2007 PT
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37.91%
A síntese de ribossomos é um processo conservado em eucariotos e se inicia com a transcrição dos rRNAs no nucléolo. Mais de 170 fatores atuam de forma transitória no processamento dos precursores para gerar os rRNAs maduros que formarão as subunidades ribossomais no citoplasma. Entre as proteínas envolvidas na síntese de ribossomos está a Nip7p, uma proteína nucleolar de 21 kDa associada ao complexo pré-60S em Saccharomyces cerevisiae. Nip7p é conservada e possui ortólogas em eucariotos e em Archaea. A análise da seqüência primária revela a presença de um domínio conservado na região C-terminal, denominado PUA, encontrado em diversas proteínas associadas a modificações no RNA. Neste trabalho, foram realizadas análises estruturais e funcionais com o objetivo de investigar a função molecular da proteína Nip7 no processamento e modificação do rRNA. A estrutura tri-dimensional de PaNip7, ortóloga de Nip7p em Pyrococcus abyssi foi resolvida por difração de raios-X até 1,8Å de resolução, utilizando o método SIRAS. Comparação estrutural seguida por ensaios in vitro confirmaram o envolvimento do domínio PUA na interação com RNA. Além disso, tanto Nip7p como suas ortólogas PaNip7 e HsNip7 interagem com seqüências ricas em uridina...

Estudo radioautografico, histoquimico e ultraestrutural dos ganglios simpaticos toraco-lombares de camundongos

Cassio Odnei Garcia Munhoz
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Livre Docência Formato: application/pdf
Publicado em //1983 PT
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17.36%
Os gânglios simpáticos tõraco-lombares de camundongos foram descritos ao microscópio Óptico e eletrônico. Ao nível do microscópio óptico fez-se, ainda, um estudo histoquímico de carboidratos e lípides, bem como da biossíntese de macromoléculas sulfatadas através da radioautografia após i n-j e cão de Na235 SO4. A substancia de Nissl apresentou-se composta de cisternas do REr e ribossomos. Algumas cisternas apresentaram-se com extremidades livres de ribossomos e contendo constricções entre as partes lisa e rugosa, o que, sugere a liberação de vesículas e ou túbulo s envolvidos na transferência de material do REr para o Golgi. 0 aparelho de Golgi, formado de vários dictios somos ao redor do núcleo, não apresentou nenhum material eléctron-denso nos seus sáculos. Nas proximidades destes foram encontradas numerosas vesículas, de diferentes aspectos, das quais, aquelas contendo grânulos parecem ser as grandes vesículas de transporte e armazenamento de monoaminas. Corpos densos de tamanho e forma variáveis, pos sivelmente lisossomos secundários, contendo substancia de natureza lipídica complexa no seu interior encontraram-se espalhados pelo pericário. Estas estruturas parecem corresponder aos grânulos basófilos...

Caracterização funcional das proteínas NIP7 e FTSJ3 no processamento do RNA ribossomal em células humanas; Functional characterization of proteins NIP7 and FTSJ3 in ribosomal RNA processing in human cells

Luis Gustavo Morello
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 20/06/2012 PT
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27.91%
Estudos prévios realizados em nosso laboratório demonstraram a interação entre as proteínas humanas SBDS e NIP7. SBDS participa da biogênese de ribossomos e sua deficiência está associada à síndrome de Shwachman- Bodian-Diamond. NIP7 é uma proteína conservada e já foi caracterizada em levedura, onde participa da formação da subunidade ribossomal 60S. Neste trabalho, nós investigamos o papel de NIP7 na síntese de ribossomos em células humanas. A depleção de NIP7 revelou defeitos no processamento do pré-rRNA associado à produção do rRNA 18S, causando déficit na formação da subunidade ribossomal 40S. Essa divergência de resultados entre a função de NIP7 em levedura e células humanas é consistente com o fato de que NIP7 humana não complementa levedura deficiente em Nip7p. Ainda, um rastreamento em sistema de duplo-híbrido tendo NIP7 humana como isca revelou parceiros de interação diferentes daqueles reportados para Nip7p em levedura. FTSJ3 foi a parceira isolada com maior frequência. FTSJ3 é a provável ortóloga de Spb1p em levedura, a qual está envolvida na formação da subunidade ribossomal 60S. A associação entre FTSJ3 e NIP7 foi demonstrada por ensaios de pull-down e imunoprecipitação, como sendo dependente de RNA. A co-localização nucleolar e co-sedimentação dessas proteínas em fracionamento em gradiente de sacarose corroboram a associação. Além disso...

Regulação da expressão do gene TcSof1 em Trypanosoma cruzi

Poubel, Saloê Bispo
Fonte: Instituto Carlos Chagas Publicador: Instituto Carlos Chagas
Tipo: Tese de Doutorado
PT_BR
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18.23%
O Trypanosoma cruzi é o agente etiológico da Doença de Chagas. O controle da expressão de genes é fundamental para gerar as mudanças morfológicas durante o ciclo de vida do parasita. Entretanto, os tripanosomatídeos possuem peculiaridades quanto a sua biologia molecular, como por exemplo, a transcrição policistrônica e a ausência de promotores definidos para a RNA polimerase II. Acredita-se, portanto, que grande parte da regulação da expressão gênica nestes parasitas ocorra em nível pós-transcricional por mecanismos que envolvem mudanças na estabilidade e no acesso dos mRNAs aos polissomos. Estudos prévios do nosso grupo mostraram que alguns mRNAs que codificam proteínas do complexo proceossomo (SSU) em T. cruzi são mais abundantes em tripomastigotas metacíclicos que em epimastigotas. No entanto, apesar da grande quantidade de mRNAs da proteína TcSof1 nas formas infectantes, o mRNA de TcSof1, esta imobilizado dentro dos polissomos e não é traduzido. O sequestro de mRNA dentro polissomos é uma maneira de bloquear a tradução, sugerindo um mecanismo de regulação negativa da tradução, provavelmente nas etapas de elongação e terminação. O objetivo do nosso trabalho foi caracterizar os mecanismos de regulação da expressão gênica envolvidos na expressão negativa do gene de TcSof1 na forma tripomastigota metacíclica de T. cruzi. Primeiramente isolamos e analisamos mais de 500 RNAs pequenos na forma metaciclica que pudessem estar regulando negativamente a tradução de TcSof1. Embora...

Ribosome profiling: aplicação no estudo do processo de diferenciação de células-tronco obtidas de tecido adiposo humano

Marcon, Bruna Hilzendeger
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas Publicador: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas
Tipo: Dissertação
PT_BR
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17.36%
As células-tronco (CTs) caracterizam-se por possuírem a capacidade de se autorrenovar e de dar origem a um ou mais tipos celulares diferenciados. Nos últimos anos, diversos trabalhos mostraram a existência de CTs em tecidos adultos, tornando-as uma alternativa interessante para uso em terapias celulares. Contudo, para melhor utilizar as CTs, é preciso primeiramente compreender como ocorre a diferenciação em um tipo celular específico e, principalmente, como é regulada a expressão gênica durante este processo. Em 2009, Ingolia e colaboradores apresentaram uma nova técnica conhecida como ribosome profiling, a qual consiste no isolamento e sequenciamento em larga escala dos fragmentos de RNA associados e protegidos pelos ribossomos, os quais têm um tamanho aproximado de 30 nucleotídeos (conhecido com footprint ribossomal). Ao mapear as sequências obtidas, é possível obter informações não apenas sobre quais sequências estão sendo traduzidas, mas também sobre a cinética da tradução e sua extensiva rede de regulação. Assim, o objetivo deste trabalho foi aplicar a técnica de ribosome profiling ao estudo do processo de diferenciação de CTs adultas. Como modelo de estudo, foram utilizadas CTs obtidas de tecido adiposo antes (t=0) e após a indução para diferenciação adipogênica por 3 dias (t=72h). O primeiro passo do trabalho foi a adaptação do protocolo de ribosome profiling para o estudo de CTs adultas...

Identificação de micrornas associados aos políssomos durante a diferenciação adipogênica das células-tronco derivadas do tecido adiposo

Alves, Ana Carolina Origa
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Artigo de Revista Científica
PT_BR
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17.36%
Células-tronco (CT) são células autorrenováveis e não especializadas, com o potencial de diferenciação multidirecional. Células-tronco de tecido adiposo (CT-TA) são um tipo de células-tronco adultas multipotentes, de fácil isolamento e cultura. Nos últimos anos, CT-TA têm mostrado grande potencial para engenharia de tecidos e terapias baseadas em células. Apesar do interesse em aplicações clínicas deste tipo de célula, os mecanismos moleculares fundamentais a sua autorrenovação e diferenciação ainda não foram completamente elucidados. miRNAs são pequenos RNAs não-codificadores, com 21-25 nucleotídeos de comprimento, que tem se mostrado como importantes reguladores da expressão gênica em nível pós-transcricional. miRNAs podem atuar por meio de clivagem direta de mRNAs alvo ou através da repressão da tradução, dependendo da complementaridade entre o mRNA e a sequência do miRNA. Perfis de miRNAs de CT adultas sugerem que estes pequenos reguladores podem contribuir para as propriedades intrínsecas das CT. Para entender melhor os mecanismos de ação dos miRNAs em CT-TA, miRNAs associados ao polissomos de CT-TA foram isolados durante a diferenciação celular. Procurando miRNAs reguladores das etapas iniciais de diferenciação ou envolvidos na autorrenovação de CT...

IDENTIFICAÇÃO DE MICRORNAS ASSOCIADOS AOS POLISSOMOS DURANTE A DIFERENCIAÇÃO ADIPOGÊNICA DAS CÉLULAS-TRONCO DERIVADAS DO TECIDO ADIPOSO

Origa Alves, Ana Carolina
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Dissertação
PT_BR
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Células-tronco (CT) são células autorrenováveis e não especializadas, com o potencial de diferenciação multidirecional. Células-tronco de tecido adiposo (CT-TA) são um tipo de células-tronco adultas multipotentes, de fácil isolamento e cultura. Nos últimos anos, CT-TA têm mostrado grande potencial para engenharia de tecidos e terapias baseadas em células. Apesar do interesse em aplicações clínicas deste tipo de célula, os mecanismos moleculares fundamentais a sua autorrenovação e diferenciação ainda não foram completamente elucidados. miRNAs são pequenos RNAs não-codificadores, com 21-25 nucleotídeos de comprimento, que tem se mostrado como importantes reguladores da expressão gênica em nível póstranscricional. miRNAs podem atuar por meio de clivagem direta de mRNAs alvo ou através da repressão da tradução, dependendo da complementaridade entre o mRNA e a sequência do miRNA. Perfis de miRNAs de CT adultas sugerem que estes pequenos reguladores podem contribuir para as propriedades intrínsecas das CT. Para entender melhor os mecanismos de ação dos miRNAs em CT-TA, miRNAs associados ao polissomos de CT-TA foram isolados durante a diferenciação celular. Procurando miRNAs reguladores das etapas iniciais de diferenciação ou envolvidos na autorrenovação de CT...

Estudos estruturais e funcionais de proteinas da familia SBDS com enfase nas ortologas de Trypanosoma cruzi e humana; Strutural and functional analysis of the SBDS protein family

Juliana Ferreira de Oliveira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 20/08/2009 PT
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Proteínas da família SBOS (Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome) ocorrem largamente na natureza e s.ão bastante conservadas, apresentando ortólogas em Archaea e eucariotos. Estudos de análises genômica e biofísica tem relacionado a SBOS com o metabolismo de RNA e biosíntese de ribossomos. O gene ortólogo da SBOS de Archaea está localizado em um operon conservado que contém genes do processamento de RNA; estudos de perfil de expressão gênica tem agrupado o gene da proteína SBOS de Saccharomyces cerevisiae, Sdo1p, com fatores do processamento de rRNA e estudos de análise proteômica identificaram a interação da proteína Sdo1p com fatores da biossíntese de ribossomos; ortólogas de planta contém um C-terminal estendido apresentando motivo de ligação a RNA. Mutações identificadas no gene SBDS tem sido relacionadas com a síndrome Shwachman-Oiamond (80S), uma doença caracterizada por insuficiência exócrina pancreática e disfunção na medula óssea, cujos pacientes apresentam grandes chances de desenvolver leucemia. SOS representa, portanto, um importante modelo para entender os processos envolvidos no desenvolvimento da leucemia. O objetivo principal desse trabalho consistiu na caracterização estrutural e funcional de proteínas da família SBOS. Foram realizados ensaios de cristalização com ortólogas ; da SBOS de Archaea...