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Genetic polymorphism in brazilian microcystis spp. (Cyanobacteria) toxic and non-toxic through RFLP-PCR of the cpcBA-IGS

BITTENCOURT-OLIVEIRA, Maria do Carmo; CUNHA, Maristela Casé Costa; MOURA, Ariadne do Nascimento
Fonte: Tecpar Publicador: Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica
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36.79%
The escalating occurrence of cyanobacterial toxic blooms demands a better understanding of genetic variability as an auxiliary expedient in species identification, collaborating with the monitoring of water destined to public supply. This study aimed at the unraveling of genetic polymorphism in the toxic and nontoxic strains of Microcystis (Cyanobacteria) species, isolated from diverse Brazilian localities through the RFLP-PCR technique applied to the c-phycocyanin encoding operon and its intergenic spacer (cpcBA-IGS). Eighteen strains belonging to M. aeruginosa, M. panniformis, M. protocystis and M. wesenbergii, plus two other unidentified strains, were analyzed by means of the morphological and molecular data. The molecular data constituted three groups with low similarity values unrelated to the geographical origin, toxicity or morphospecies. A high genetic variability among the studied populations was unveiled by the results. Brazilian populations of Microcystis spp. displayed high genetic diversity when compared to those from Australia, Japan, United States and Europe. This ample genetic diversity could be observed through the diverse eletrophoretic profiles obtained among the strains from a single species. The presence of toxic and non-toxic strains was observed in the same species...

Determination of flagellar types by PCR-RFLP analysis of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) and Shiga toxin-producing E. coli (STEC) strains isolated from animals in Sao Paulo, Brazil

Ayala, Claudia de Oliveira; Moreno, Ana Carolina Ramos; Martinez, Marina Baquerizo; Burgos, Ylanna Kelner; Castro, Antonio Fernando Pestana de; Bando, Silvia Yumi
Fonte: ELSEVIER SCI LTD; OXFORD Publicador: ELSEVIER SCI LTD; OXFORD
Tipo: Artigo de Revista Científica
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36.87%
This study evaluated the polymerase chain reaction- restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of fliC for typing flagella antigen (H) of Shiga toxin-producing Escherichia coil (STEC) and enteropathogenic E. coli (EPEC) strains isolated from different animals. The molecular typing of the H type was efficient in the determination of 93 (85%) strains. Two nonmotile (H-) E. coil strains showed a PCR-RFLP electrophoretic profile that did not match known H type patterns. The fliC nucleotide sequence of strains B2N and 4a revealed a nucleotide substitution at the restriction site and a nucleotide insertion that generated a stop codon, respectively. The results of this study showed that PCR-RFLP analysis of fliC is faster, less laborious and as efficient for the determination of H type E. coli isolated from animals, compared to serotyping and that it is useful in determining H type in nonmotile strains and strains expressing non-reactive H antigens. Moreover, the fliC sequence of strain B2N suggests that we could have found a new flagellin antigen type. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

"Pesquisa de sítios de restrição enzimática em segmento da ORF K1 do genoma de herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) em isolados clínicos de São Paulo: relação com subtipos virais e implantação da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analyses) para determinar subtipos virais"; "Research of the restriction enzymatic sites in segment from ORF K1 genome HHV-8, isolates from KS-AIDS patients of São Paulo. Standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis for HHV-8 subtyping"

Moreira, Abdiel Aparecido
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 22/08/2003 PT
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37.13%
A epidemia da Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS) fez aumentar a incidência de sarcoma de Kaposi (SK) em todos os países e o SK passou a ser considerado doença definidora de AIDS. Desde a descoberta de seu agente etiológico, o herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8), vários estudos vêm sendo realizados com o objetivo de caracterizar subtipos virais presentes em todas as formas de SK: clássica, endêmica, iatrogênica e epidêmica. Os sistemas rotineiramente usados na subtipagem do HHV-8 têm usado o seqüenciamento de um gene que contém regiões hipervariáveis e que codifica uma glicoproteína de membrana viral (ORF K1). O presente trabalho apresenta um sistema de subtipagem alternativo que se baseia na presença de sítios de restrição enzimática em um pequeno segmento do gene ORF K1, região hipervariável 1 (VR1) e que permite discriminar subtipos virais. A análise de 68 seqüências; 50 que pertenciam a 36 pacientes com sarcoma de Kaposi infectados e não infectados pelo HIV-1 de São Paulo e 18 a protótipos dos subtipos A a E, mostraram mapas de restrição enzimática característicos dos principais subtipos virais descritos até o momento. Tomando como base apenas as enzimas disponíveis comercialmente, foram selecionadas cinco que se mostraram úteis para a subtipagem de HHV-8: Taq I...

Sorologia de antígenos flagelares de amostras de Escherichia coli Enteropatogênicas (EPEC) e E. coli produtoras da Toxina de Shiga (STEC) isoladas de diferentes animais e análise comparativa do gene fliC por PCR-RFLP.; Serology of flagellar antigens from strains of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) and Shiga Toxin producing E. coli (STEC) isolated from different animals and comparative analysis of the fliC gene by PCR-RFLP.

Ayala, Claudia de Oliveira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 19/11/2009 PT
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37.11%
A espécie Escherichia coli constitui um grupo de bactérias tipicamente não patogênicas e que fazem parte do trato intestinal de humanos e animais. As amostras são sorotipadas com base em seus antígenos de superfície O (somático), H (flagelar) e K (capsular). O antígeno flagelar correspondente ao filamento é formado pela polimerização da flagelina, codificada pelo gene fliC. O presente trabalho empregou a técnica de PCR-RFLP para analisar os padrões de antígenos flagelares de 112 amostras de EPEC e STEC. Quatorze amostras não amplificaram o gene fliC, 17 tiveram seu antígeno flagelar determinado apenas por PCR-RFLP e 75 amostras tiveram seus antígenos flagelares confirmados por esta técnica. Três antígenos H com padrões irregulares foram clonados e sequenciados. Após o sequenciamento, inserções e remoções de nucleotídeos foram encontradas. Até o momento, poucos estudos utilizam um número abrangente de amostras de STEC e EPEC provenientes de diferentes animais para a determinação do antígeno H empregando a técnica de PCR-RFLP do gene fliC. De acordo com os resultados encontrados neste estudo, podemos concluir que a técnica de PCR-RFLP do gene fliC é mais rápida, menos trabalhosa e mais eficiente que a metodologia de sorotipagem clássica.; The Escherichia coli species consists of a group of typically non-pathogenic bacteria present in the intestinal tract of humans and animals. Strains are serotyped according to their O (somatic)...

Monitoramento temporal e espacial de contaminações bacterianas na produção de bioetanol: caracterização molecular por T-RFLP e detecção quantitativa por qPCRde comunidades formadoras de biofilmes; Temporal and spatial monitoring of bacterial contamination in bioethanol production: a molecular characterization by T-RFLP and quantitative detection by qPCR of community-formers biofilms

Campana, Felippe Buck
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 14/09/2012 PT
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37.02%
A contaminação bacteriana por espécies dos gêneros Lactobacillus, Bacillus e Leuconostoc entre outras bactérias lácticas é um dos principais fatores que afetam o rendimento da fermentação alcoólica. A formação de biofilmes acaba protegendo as bactérias e é uma fonte permanente de contaminação. Objetivando caracterizar tais contaminações em (1) biofilmes de centrífuga, dorna, trocador de calor e tubulação de água e (2) melaço, mosto, levedo, levedo tratado (com H2SO4) e vinho, amostras foram coletadas em diferentes períodos de um sistema fermentativo de alto teor alcoólico (16%). As enzimas de restrição AluI, BstUI, HaeIII, HinfI, MseI e MspI utilizadas nas análises de T-RFLP foram definidas por análises in silico com sequências do gene 16S rRNA de contaminantes freqüentes. Essas enzimas geram uma maior quantidade de T-RFs únicos entre 30 e 650 pb. Os DNAs extraídos das amostras foram submetidos às análises de T-RFLP para obtenção do perfil molecular das comunidades microbianas dos pontos de coleta. Os índices de diversidade de Shannon foram calculados com base no número dos T-RFs. Foram realizadas as análises dos componentes principais (PCA) e a inferência filogenética dos contaminantes com base nos perfis dos T-RFs. A quantificação dos principais táxons contaminantes foi feita por qPCR utilizando primers específicos delineados neste estudo e considerando a média de cópias do gene 16S rRNA presentes no genoma de cada táxon bacteriano. Na primeira coleta o biofilme de água apresentou maior índice de diversidade microbiana e na segunda...

Typing class I HLA-A gene using a nested PCR-RFLP procedure

Castelli, E.C.; Gil, D.S.; Veiga, L.C.S.; de Camargo, J.L.V.
Fonte: Associação Brasileira de Divulgação Científica (ABRADIC) Publicador: Associação Brasileira de Divulgação Científica (ABRADIC)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 837-842
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36.93%
In order to detect several new HLA-A class I alleles that have been described since 1998, the original PCR-RFLP method developed to identify the 78 alleles recognized at that time at high resolution level was adapted by us for low and medium resolution levels using a nested PCR-RFLP approach. The results obtained from blood samples of 23 subjects using both the PCR-RFLP method and a commercial kit (MicroSSP1A®, One Lambda Inc.) showed an agreement higher than 95%. The PCR-RFLP adapted method was effective in low and medium resolution histocompatibility evaluations.

Detection of the single nucleotide polymorphism (rs2227307) in the human interleukin 8 gene using a pcr-rflp assay

Kim, Yeon Jung; Viana, Aline Cavalcanti; Tfaile Corbi, Samia Cruz; de Carvalho Curtis, Karen Maria; Renzi, Rivelto; Perez Orrico, Silvana Regina; Cirelli, Joni Augusto; Scarel-Caminaga, Raquel Mantuaneli
Fonte: Universidade Federal de Uberlândia (UFU) Publicador: Universidade Federal de Uberlândia (UFU)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 136-142
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36.93%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Processo FAPESP: 03/10424-0; Processo FAPESP: 05/03231-7; Processo FAPESP: 05/04553-8; Processo FAPESP: 06/04492-1; Interleukin 8 (IL-8) is a chemokine that acts as a potent chemoattractant for neutrophils. Single nucleotide polymorphisms ( SNPs) in the human IL8 gene have been investigated in many disease association studies. We have developed a different PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment of Length Polymorphism) assay for genotyping the SNP (rs2227307) in the IL8 gene. This method was used for typing 147 white healthy Brazilian individuals, whose DNA was obtained from buccal epithelial cells and extracted with phenol: chloroform: isoamyl alcohol. Genomic DNA was amplified by PCR using a conventional thermal cycler. The PCR products ( 573 bp) were submitted to RFLP reactions. The RFLP fragments were analyzed in a 4% agarose gel stained with ethidium bromide. The genotype distribution observed in this study was consistent with the assumption of Hardy-Weinberg equilibrium and was similar (p=0.30) to those reported for other white populations in the SNP Database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Because the PCR-RFLP method presented here was efficient...

Genetic grouping of avian infectious bronchitis virus isolated in Brazil based on RT-PCR/RFLP analysis of the S1 gene

Montassier, Maria de Fátima S.; Brentano, Liana; Montassier, Helio Jose; Richtzenhain, Leonardo J.
Fonte: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA Publicador: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 190-194
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Doze isolados de campo do Brasil e uma estirpe de referência vacinal do vírus da bronquite infecciosa das aves (VBI) foram propagadas em ovos embrionados SPF. O gene S1 dessas amostras foi analisado por RT-PCR seguido de RFLP, empregando-se as enzimas de restrição HaeIII, XcmI e BstyI. Observou-se a existência de cinco genotipos diferentes: M (Massachusetts), A , B, C e D. Cinco dos doze isolados de campo do VBI foram classificados no genótipo Massachusetts e os sete vírus restantes foram classificados em quatro genotipos diferentes; A (2), B (2), C (2) ou D (1). Os resultados desta genotipagem concordam com os dados obtidos na análise imunológica previamente realizada para a maior parte destes vírus, destacando a ocorrência de uma variabilidade marcante entre os isolados do VBI que estão circulando nas granjas avícolas comerciais do Brasil.; Twelve Brazilian isolates and one reference vaccine strain of avian infectious bronchitis virus (IBV) were propagated in embryonating chicken eggs. The entire S1 glycoprotein gene of these viruses was analysed by reverse-transcriptase-polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (RT-PCR-RFLP)...

Divergência genética e relacionamento filogenético em espécies de morcegos das famílias Molossidae, Phyllostamidae, Vespertilionidae e Emballonuridae baseado em análise de PCR-RFLP

Marchesin, Sandra Regina de Carvalho
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 134 f. : il.
POR
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36.93%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Pós-graduação em Genética - IBILCE; A proposta do presente trabalho foi analisar as relações de proximidade genética e evolutiva entre espécies de Chiroptera, a partir da utilização da técnica PCR-RFLP para a obtenção de dados moleculares para os genes mitocondrial 12/16S e nuclear RAG2. A variabilidade detectada no presente estudo para as diferentes espécies é extremamente importante e poderá orientar ou subsidiar estudos com diferentes finalidades. A complexidade dos táxons de Chiroptera observada em outras análises, como citogenética e morfológica também foi revelada pela análise de RFLP, reforçando a importância dessa metodologia nos estudos evolutivos do grupo.; The aim of this study was to assess the relationships of genetic and evolutive proximity among Chiroptera species, through the obtention of molecular data through mitochondrial (12/16S) and nuclear (RAG2) genes by PCR-RFLP technique. The variability detected by this study to the different species is extremely important and can direct or subsidize studies with different purposes. The complexity of Chiroptera taxa observed in cytogenetic and morphologic analyses was also revealed by the RFLP technique...

RFLP analysis of a PCR-amplified fragment of the 16S rRNA gene as a tool to identify Enterococcus strains

Scheidegger,EMD; Fracalanzza,SAP; Teixeira,LM; Cardarelli-Leite,P
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/11/2009 EN
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36.87%
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of a PCR-amplified fragment of the 16S rRNA gene was performed on reference strains belonging to 21 different enterococcal species and on 75 Enterococcus isolates recovered from poultry meat, pasteurised milk and fresh cheese. PCR amplification generated a 275 bp fragment, which was digested with three restriction endonucleases (DdeI, HaeIII, HinfI). The strains were divided into five groups (groups A-E) on the basis of their restriction patterns. Five biochemical tests (arabinose, arginine, manitol, methyl-β-D-glucopyranoside and raffinose) were then performed in addition to RFLP analysis to narrow the identification of enterococcal strains to the species level. PCR-RFLP, in conjunction with the selected biochemical tests, allowed the precise identification of the 21 species of Enterococcus included in the present study. This proposed method is relatively simple and rapid and can be useful as an adjunct tool for accurate identification of Enterococcus.

Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods

Moura,Cláudia de; Tiba,Monique Ribeiro; Silva,Marcio José da; Leite,Domingos da Silva
Fonte: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Publicador: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2013 EN
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36.87%
Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen invitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

Typing class I HLA-A gene using a nested PCR-RFLP procedure

Castelli,E.C.; Gil,D.S.; Veiga,L.C.S.; de Camargo,J.L.V.
Fonte: Associação Brasileira de Divulgação Científica Publicador: Associação Brasileira de Divulgação Científica
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2005 EN
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36.93%
In order to detect several new HLA-A class I alleles that have been described since 1998, the original PCR-RFLP method developed to identify the 78 alleles recognized at that time at high resolution level was adapted by us for low and medium resolution levels using a nested PCR-RFLP approach. The results obtained from blood samples of 23 subjects using both the PCR-RFLP method and a commercial kit (MicroSSP1A®, One Lambda Inc.) showed an agreement higher than 95%. The PCR-RFLP adapted method was effective in low and medium resolution histocompatibility evaluations.

Use of pcr-rflp of thefla a gene for detection and subtyping of Campylobacter jejuni strains Potentially related to Guillain-barré syndrome, isolated from humans and animals

Scarcelli,E.; Piatti,R.M.; Harakava,R.; Miyashiro,S.; Campos,F.R.; Souza,M.C.A.; Cardoso,M.V.; Teixeira,S.R.; Genovez,M.E.
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2009 EN
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36.93%
The objectives of the present study were the subtyping of Campylobacter jejuni subsp. jejuni strains obtained from humans and different animal species using PCR-RFLP, and the detection, by means of the same technique, of strains related to serotype PEN O19:LIO 7, the main C. jejuni serotype linked to Guillain-Barré Syndrome (GBS). Seventy C. jejuni strains isolated from human feces (n=33), primates (n=15), dogs (n=5), swine (n=2), bovines (n=1), abortion material from goats (n=2) and poultry carcasses (n=12), all collected in the state of São Paulo, were subtyped by means of PCR-RFLP of fla A gene, using restriction endonucleases Hae III, Afa I and Mbo I. Seven subtypes were observed when using the enzyme Hae III; eight when using Mbo I; and seven when using Afa I. The combination of the three endonucleases led to 16 fla-RFLP subtypes, from which ten subtypes shared strains of human and animal origin. From these, seven subtypes were observed in human and broiler strains. In eight subtypes, the other animal species shared patterns with human strains. It was inferred that, besides broilers, swine, goats, dogs and primates may be sources of infection for human in São Paulo. PCR-RFLP is a highly discriminatory technique that may be applied to molecular epidemiology studies of samples from different origins. Besides...

Caracterização molecular de Mycobacterium tuberculosis isolados de pacientes atendidos na cidade de Goiânia-GO, pela técnica de RFLP-IS6110; Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates from patients in the city of Goiânia-GO by the technique of RFLP-IS6110

SANTOS, Lorena Cristina
Fonte: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Medicina Tropical; Medicina Publicador: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Medicina Tropical; Medicina
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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37.14%
Tuberculosis is a serious public health problem all over the world. It has been demonstrated that different M. tuberculosis strains, characterized by the RFLP-IS6110 standard technique, have different virulence properties and antibiotic resistance. The aim of this study was to characterize M. tuberculosis strains isolated from patients attending two state reference hospitals of Goiânia-Goiás, using the RFLP-IS6110 technique. Positive cultures of M. tuberculosis sampled and isolated from January 2006 to June 2007 had their DNA extracted. A total of 142 viable DNA samples were analyzed, of which 126 samples presented an RFLP-IS6110 profile. Similarities comparisons between samples, as well as with literature reported profiles, were done with Bionumerics software (version 4.0). Forty three percent of the samples could be grouped in 24 clusters, when analyzed by the RFLP method, suggesting recent transmission among individuals belonging to the same cluster, however those patients did not present any epidemiological relationship, suggesting possible casual transmission between members of the same cluster. When compared with strain profile of the MDR-TB, three samples had grouped in the clade formed by families virulent. This study strengthens the importance of determining transmission routes not only within the state of Goiás but in the entire country...

Advances in the use of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis of 16S rRNA genes to characterize microbial communities

Schutte, U.; Abo, Z.; Bent, S.; Shyu, C.; Williams, C.; Pierson, J.; Forney, L.
Fonte: Springer-Verlag Publicador: Springer-Verlag
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2008 EN
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37.02%
Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis is a popular high-throughput fingerprinting technique used to monitor changes in the structure and composition of microbial communities. This approach is widely used because it offers a compromise between the information gained and labor intensity. In this review, we discuss the progress made in T-RFLP analysis of 16S rRNA genes and functional genes over the last 10 years and evaluate the performance of this technique when used in conjunction with different statistical methods. Web-based tools designed to perform virtual polymerase chain reaction and restriction enzyme digests greatly facilitate the choice of primers and restriction enzymes for T-RFLP analysis. Significant improvements have also been made in the statistical analysis of T-RFLP profiles such as the introduction of objective procedures to distinguish between signal and noise, the alignment of T-RFLP peaks between profiles, and the use of multivariate statistical methods to detect changes in the structure and composition of microbial communities due to spatial and temporal variation or treatment effects. The progress made in T-RFLP analysis of 16S rRNA and genes allows researchers to make methodological and statistical choices appropriate for the hypotheses of their studies.; Ursel M. E. Schütte...

Índice baseado em RFLPs para seleção de linhagens visando sintéticos de milho;;; RFLP marker index for selection of inbred lines aimed at synthetic maize populations

Rumin, Glauce Cristina Ricardo; Vencovsky, Roland
Fonte: Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Publicador: Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/06/2001 POR
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36.93%
Molecular markers have been suggested as useful tools in breeding programmes. The purpose of this work was to propose and apply an index for inbred line selection to be used for generating synthetic maize populations. It is based on field data and the RFLP genotypes of seed parents. Index usefulness was examined, considering its efficiency for generating synthetics with high QTL frequencies, in contrast with line selection based solely on topcross performance. Seed parents were genotyped for 157 RFLP marker loci with an average distance between loci of 15.30 cM. Sixty-eight S2 lines, stemming from an F2 population derived from a cross between two homozygous inbred lines, were topcrossed and evaluated in four locations in Iowa, USA, in 1996. From these 157 loci, 18 were identified as significantly associated with yield QTLs explaining 74.70 % of the genetic variance among topcross progenies. The proposed index included measures which are function of the per se line behaviour and the genetic complementarity between lines, and led to a diallel table homologue for all parental lines. These properties cannot be accomplished using only the topcross selection criterion. The index led to synthetic populations which are expected to be superior to the best synthetic population selected by topcross performance alone. However...

Detection of the mosquitocidal toxin genes encoding Cry11 proteins from Bacillus thuringiensis using a novel PCR-RFLP method

Sauka,D. H.; Monella,R. H.; Benintende,G. B.
Fonte: Revista argentina de microbiología Publicador: Revista argentina de microbiología
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2010 EN
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36.87%
A polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method for detection of cry11 genes from Bacillus thuringiensis was established. Based on the analysis of conserved regions of the cry11 genes, 2 oligonucleotide primers were designed to amplify a 1459-bp fragment of the cry11Aa gene, and a 1471-bp of the cry11Ba and cry11Bb genes. The amplification products were digested with restriction endonuclease HinfI. Exotic B. thuringiensis strains and native isolates collected from soils, leaves and stored product dust of Argentina were analyzed to study the distribution of cry11 genes. The PCR-RFLP patterns revealed the detection of cry11 genes in 3 of 64 exotic strains and in 10 of 107 native B. thuringiensis isolates tested. Just the cry11Aa gene subclass was detected among these bacteria. Since the methodology was also developed to detect cry11Ba and cry11Bb genes, an experimental future confirmation will be required. Based on the results obtained, the PCR-RFLP method presented may be a valuable tool for specific detection of the mosquitocidal toxin genes encoding Cry11 proteins from B. thuringiensis.

Detección y tipificación de virus del papiloma humano (VPH) mediante PCR- RFLP

Quintero Vega,Militza; Cruz Gómez,Jhon Fredy; Bastidas,Marco; Márquez,Lusmary; Puig Pons,Juan
Fonte: Sociedad de Obstetricia y Ginecología de Venezuela Publicador: Sociedad de Obstetricia y Ginecología de Venezuela
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2008 ES
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36.93%
Objetivo: Estandarizar una técnica de PCR-RFLP para la detección y tipificación de VPH en mujeres con diagnóstico clínico previo de infección por VPH. Método: Estudio descriptivo de corte transversal donde se procesaron 189 muestras del área genital de mujeres que acudieron para extracción de ADN, diagnóstico y tipificación por técnicas moleculares: PCR-RFLP. Ambiente: Facultad de Ciencias, Laboratorio de Biología y Medicina Experimental LABIOMEX, Universidad de Los Andes. Mérida, Estado Mérida, Venezuela. Resultados: La PCR-RFLP permitió detectar el virus y su identificación. El 16,8 % de las muestras presentó VPH de alto riesgo tipos 16, 31, 33, 35, 56, 59 y 68; el 6,8 % presentó VPH de riesgo intermedio tipos 51, 53, 58, 61 y 83; y el 18 % los tipos de bajo riesgo 6, 32, 53, 54, y 81. Conclusiones: La técnica PCR-RFLP estandarizada fue adecuada para el diagnóstico y la tipificación de VPH en muestras del área genital. El 51,9 % del total de las muestras resultaron positivas para VPH, siendo VPH 16 el subtipo de alto riesgo más común (20,0 %), y VPH 6 el de bajo riesgo más frecuente (23,8 %).

Estandarización de la técnica PCR-RFLP del gen mitocondrial cyt bcomo herramientapara la identificación de fuentes de alimentación de insectos hematófagos

Chena,L; Nara,E; Sánchez,Z; Espínola,E; Russomando,G
Fonte: Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud Publicador: Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2014 ES
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36.87%
La identificación de la fuente de alimentación de insectos hematófagos puede proporcionar información sobre la capacidad vectorial, patrones de alimentación en condiciones naturales y proveer indirectamente datos sobre probables reservorios de enfermedades. Varias técnicas de identificación son empleadas, entre ellas las más utilizadas son las basadas en reacciones antígeno-anticuerpo. Actualmente, se han desarrollado ensayos moleculares, algunos de ellos permiten detectar e identificar solo sangre humana. Otros como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) del gen mitocondrial citocromo b (cyt b), que ha mostrado alto grado de sensibilidad y especificidad, permite detectar e identificar otras especies de vertebrados. El objetivo del trabajo fue estandarizar la técnica PCR-RFLP del gen mitocondrial citocromo b(cyt b) para determinar la fuente de alimentación sanguínea de insectos. Inicialmente se realizó un análisis bioinformático para la búsqueda y alineamiento de secuencias del gen cyt bde los potenciales huéspedes, con secuencias que están disponible en el GenBank. Se utilizaron 10 muestras de sangre de potenciales huéspedes vertebrados (humano, perro, gallina y roedor) y para la reacción de PCR se empleó un par de cebadores universales que amplifican una región del gen cyt b...

Caracterización de cepas de Leishmania, por medio de la técnica de PCR-RFLP de la región del Spliced Leader Miniexon (SLME), aisladas de humanos y caninos en Paraguay

Chena,L; Nara,E; Canese,A; Oddone,R; Morán,M; Russomando,G
Fonte: Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud Publicador: Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2012 ES
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La leishmaniosis es una enfermedad parasitaria con varias formas clínicas, desde lesiones cutáneas leves hasta enfermedades fatales con comprometimiento visceral. Existen varias técnicas moleculares como por ejemplo la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que amplifica diferentes secuencias blanco, una de ellas es la región SLME (spliced leader miniexon), el producto se corta con enzimas de restricción (PCR-RFLP), permitiendo la identificación de las especies de Leishmania. Este trabajo fue realizado con el objetivo de caracterizar las cepas de Leishmania, empleando una PCR-RFLP de la región SLME, aisladas de humanos y caninos, provenientes de distintas zonas del país. Se analizaron 12 aislados de humanos y 40 de caninos debidamente codificados. Se empleó un par de cebadores para la región SLME, los productos amplificados fueron cortados con las enzimas Hae III y Nco I (RFLP) y los patrones de bandas analizados. Se detectó en un primer paso la presencia de parásitos del subgénero Viannia en 7 aislados de humanos y correspondientes al subgénero Leishmania en 5 aislados de humanos y 40 de caninos. La RFLP según los patrones de bandas permitió identificar a L. braziliensis en aislados de leishmaniosis tegumentaria y L. chagasi en los casos de leishmaniosis visceral. Es importante resaltar que este trabajo es el primero en el país en realizar la caracterización molecular a nivel de especies de Leishmania y los hallazgos descritos tienen una implicación a nivel epidemiológico...