Página 1 dos resultados de 2405 itens digitais encontrados em 0.006 segundos

Genetic variations among passion fruit species using rapd markers

Aukar, Ana Paula de Andrade; Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo; Oliveira, João Carlos
Fonte: Sociedade Brasileira de Fruticultura Publicador: Sociedade Brasileira de Fruticultura
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 738-740
ENG
Relevância na Pesquisa
37.12%
Foram avaliadas as variações genéticas através de marcadores moleculares RAPD, as seguintes espécies de maracujá: Passiflora amethystina, P. caerulea, P. cincinnata, P. coccinea, P. serrato digitata, P. foetida, P. maliformis, P. alata, P. giberti, P. laurifolia, P. macrocarpa, P. nitida, P. setacea, P. suberosa, P. ligularis, P. capsularis, P. edulis Sims e sua variedade botânica P. edulis Sims f. flavicarpa Deg. Neste estudo, a análise dos produtos da amplificação ao acaso do DNA polimórfico (RAPD) foi usada para estimar a diversidade genética e as relações taxonômicas entre as espécies. Foram utilizados 21 primers, que produziram um total de 270 bandas polimórficas. Verificou-se que as espécies de Passiflora apresentaram uma média de similaridade de 17,3%, e entre Passiflora edulis Sims e Passiflora edulis Sims f. flavicarpa, de 34,35%. Pode-se perceber que o valor de similaridade dentro da espécie edulis é baixo, ilustrando a grande variação entre a forma amarela e a roxa de Passiflora edulis.; It has been evaluated the genetic variability through the use of RAPD molecular markers on the following passionflower species: Passiflora amethystina, P. caerulea, P. cincinnata, P. coccinea, P. serrato digitata, P. foetida...

Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD

Colauto, Nelson Barros; Dias, Eustáquio Souza; Gimenes, Marcos Aparecido; Eira, Augusto Ferreira da
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 131-133
ENG
Relevância na Pesquisa
37.12%
Determinou-se a divergência genética entre cinco isolados do fungo Agaricus blazei pela técnica de RAPD. Dos cinco isolados três não apresentaram qualquer divergência, sendo caracterizados como isolados de uma mesma origem, embora obtidos em locais diferentes do país. Outros dois isolados mostraram-se diferentes do primeiro grupo e divergentes entre si.; The genetic divergence of five isolates of Agaricus blazei was determined based on RAPD data. Results indicate that there is little genetic variability among the commercialized strains and that RAPD is a feasible and low cost technique that can be used to characterize this fungus.

Similaridade genética pelo RAPD-PCR de cepas de Staphylococcus sp isolados de portadores humanos e de camas de uma unidade hospitalar

Fabiano, Telma Luciana Trovó
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: xii, 63 f. : il.
POR
Relevância na Pesquisa
37.12%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV; Foram coletadas 143 amostras de mãos de humanos e camas hospitalares, através de suabes em caldo BHI (Brain Heart Infusion), em um Hospital Escola de Ribeirão Preto, SP. Este trabalho teve como objetivo caracterizar as cepas de Staphylococcus sp e verificar o grau de similaridade genética entre as cepas pelo RAPD-PCR e analisar o perfil de resistência a diversos antimicrobianos. As amostras coletadas foram incubadas a 37º C por 24 horas e após este período as culturas foram semeadas em placas de Petri contendo agar “Staphylococcus Médium 110”. As colônias típicas do gênero Staphylococcus foram coletadas e estocadas a 4º C até o momento de elaboração das provas de produção de catalase e coagulase, fermentação do manitol, DNAse e hemólise. As cepas isoladas foram analisadas através da técnica de RAPD-PCR para verificar o grau de similaridade. A sensibilidade das cepas isoladas foi testada frente a 11 diferentes antibióticos. Foram isoladas 92 cepas de Staphylococcus sp sendo 67 (72,8%) cepas de Staphylococcus coagulase negativas e 25 (27,2%) cepas de Staphylococcus coagulase positivas. A análise de similaridade mostrou heterogeneidade genética entre as cepas. Foram encontradas oito (8.7%) cepas de Staphylococcus sp resistentes à vancomicina...

Application of RAPD DNA fingerprinting in taxonomic identification of amphipods: a case-study with Gammarus species (Crustacea : Amphipoda)

Costa, Filipe O.; Cunha, Marina R.; Neuparth, Teresa; Theodorakis, Christopher W.; Costa, M. Helena; Shugart, Lee R.
Fonte: Cambridge University Press Publicador: Cambridge University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
Relevância na Pesquisa
37.18%
In this study randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting is proposed for species identification of Gammarus, based on the electrophorestic position of amplified DNA bands. Three common marine amphipods of European estuaries-G. chevreuxi, G insensibilis and G. locusta were profiled using ten RAPD primers, accompanied by a careful morphological identification. Nine of these primers produced a very distinct species-specific RAPD profile, allowing unambiguous differentiation of amphipod species assayed. The RAPD fingerprints were here characterized by 8-12 amplicons for each primer. Each amplicon was visualized as a band of known molecular length, with characteristic band thickness mid density. A total of 78 diagnostic bands, based on the most robust and evident amplicons found for each primer and species, are proposed for identification of the Gammarus species analysed. These results allowed us to identify an unknown amphipod species from a previous study as G. insensibilis, only based on the RAPD fingerprint. One primer was sufficient for this identification. A taxonomic identification system integrating molecular and morphological tools is proposed for Gammarus.; FCT-PRAXIS/P/BIA/10225/98; FCT-BD/11575/97; FCT-BD/21613/99

Analysis of genetic diversity in Portuguese Ceratonia siliqua L. cultivars using RAPD and AFLP markers

Barracosa, Paulo; Lima, M. B.; Cravador, A.
Fonte: Universidade do Algarve Publicador: Universidade do Algarve
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2008 ENG
Relevância na Pesquisa
37.12%
Although carob (Ceratonia siliqua L.) is of great economic importance little is still known about the pattern of genetic variation within this species. Morphological characteristics based on 31 fruit and seeds of continuous characters determinant for agro-industrial uses, were compared with RAPD and AFLP markers for assessing genetic distances in 68 accessions of carob trees, from different cultivars, varieties and eco-geographic regions of Algarve. Eighteen selected RAPD primers applied to the 68 accessions produced a total of 235 fragments ranging from 200 to 2000 bp, of which 93 (40%) were polymorphic. Four AFLP selective primer combinations generated a total of 346 amplification fragments of which 110 were polymorphic. The average level of polymorphism based on four primer combinations was 31.8%. The phenetic trees based on RAPD and AFLP analyses gave high co-phenetic correlation values, and were found to be consistent in general with the analysis of morphological data, carried out on the same accessions. A number of RAPD and AFLP markers were found to be diagnostic for ‘Canela’ cultivar and 13 wild ungrafted trees.

Análise de RAPD na identificação de cultivares: uma metodologia útil?

Binneck,Eliseu; Nedel,Jorge Luiz; Dellagostin,Odir A
Fonte: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes Publicador: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2002 PT
Relevância na Pesquisa
37.18%
Caracteres morfológicos têm sido utilizados tradicionalmente como assinaturas da identidade e pureza varietal e genética. Esses descritores se constituem em uma base pobre, por ser uma medida indireta da composição genética do material. Uma vez que caracteres moleculares revelam diferenças genéticas mais rapidamente, com maior precisão e sem o obscurecimento causado pelo efeito ambiental, oferecem vantagens significantes em termos de discriminação, confiabilidade, rapidez e custo reduzido. Um método molecular relativamente novo, DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD), baseado na reação em cadeia da polimerase (PCR), tem sido adotado por alguns pesquisadores envolvidos no desenvolvimento de métodos de identificação de cultivares principalmente por ser uma técnica simples que não requer nenhuma informação prévia sobre seqüências de nucleotídeos do genoma da espécie, além de ser bastante acessível e de custo relativamente baixo. Mas, infelizmente, a análise de RAPD apresenta sérios problemas, principalmente em relação à reprodutibilidade e caracterização da homologia dos produtos. Se esses problemas podem ser efetivamente resolvidos então a análise de RAPD pode se tornar um método eficiente e aplicável...

Comparative analysis of genetic diversity among the maize inbred lines (Zea mays L.) obtained by RAPD and SSR markers

Souza,Silvia Graciele Hülse de; Carpentieri-Pípolo,Valéria; Ruas,Claudete de Fátima; Carvalho,Valdemar de Paula; Ruas,Paulo Maurício; Gerage,Antônio Carlos
Fonte: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar Publicador: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/02/2008 EN
Relevância na Pesquisa
37.18%
The RAPD and SSR markers were used to compare the genetic diversity among the 16 maize inbred lines. Twenty-two primers were used in the RAPD reactions, resulting in the amplification of 265 fragments, while 16 pairs of SSR primers resulted in 75 fragments. The similarity based on Dice coefficient for the RAPD ranged from 53 to 84% and for the SSR from 11 to 82%. The dendrogram obtained by the RAPD showed five groups, while dendrogram obtained by the SSR showed three groups and one isolated line. The association constructed from the markers and the principal coordinate’s analysis separated lines into two groups according to endosperm color, either orange or yellow. The RAPD were effective to validate pedigree data, while the SSR were effective to recognize the differences between the quantitative characters. Because they assess the distinct regions of the genome, the selection of one or other marker would depend on the characteristics of the material used and the objectives of the project.

Efficiency of RAPD and ISSR markers in assessing genetic variation in Arthrocnemum macrostachyum (Chenopodiaceae)

Saleh,Basel
Fonte: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar Publicador: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2011 EN
Relevância na Pesquisa
37.18%
The goal of this study was to investigate the molecular characterization of A. macrostachyum genotypes grown in the Western coast of Syria using RAPD and ISSR techniques. PCR amplifications with 20 RAPD primers gave an average of 9.25 selected markers/ primer, with a maximum of 17 (OPG05) and a minimum of four (OPA02). Percentage of polymorphic bands ranged from 40 to 100% according to RAPD primers tested. Among the 185 selected bands, 160 (84.96%) were polymorphic. The amplification with seven ISSR primers generated 88 bands, and 80 (90.91%) were polymorphic. (CA)8RG and (AG)8GTG ISSR primers tested in this study yielded highly informative patterns. RAPD and ISSR fragment sizes ranged from 0.2-3 kb. Based on this study, the use of RAPD and ISSR fingerprints could be a powerful tool to assess the genetic diversity in A. macrostachyum. Both the techniques gave similar results regarding the degree of relatedness among the genotypes tested, with genotype 2 being suggested to represent a distinct subspecies from that of genotypes 1 and 3.

Molecular genetic differentiation of avian Escherichia coli by RAPD-PCR

Salehi,Taghi Zahraei; Madani,Seyed Ahmad; Karimi,Vahid; Khazaeli,Fatemeh Arab
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/09/2008 EN
Relevância na Pesquisa
37.18%
Escherichia coli is one of the most important bacterial avian pathogens and a common inhabitant of the gastrointestinal tract of animals. Most pathogenic E. coli can not be differentiated biochemically or by classic microbiologic methods. Molecular typing methods, particularly PCR, facilitated epidemiological and ecological studies of bacteria. Here we describe the application of a random amplified polymorphic DNA- polymerase chain reaction (RAPD-PCR) for molecular genetic differentiation of E. coli isolates in Iran. In this study 58 E. coli isolates including 4 standard strains, 3 food originated isolates, 33 avian isolates, 8 isolates form diarrheic calves and 10 isolates from unweaned diarrheic lambs were analyzed by RAPD-PCR using primer 1247(5/-AAG AGC CCG T-3/). The RAPD analysis showed that these isolates could be grouped into 33 RAPD types and avian isolates were discriminated into 29 genotypes. It was shown that the primer could not differentiate E. coli isolated from lambs. Discriminatory index for entire isolates was 0.912 and for avian isolates was 0.990. We concluded that RAPD-PCR can be used as a method for molecular differentiation of E. coli isolates.

Análise molecular da variabilidade genética entre genótipos de Ricinus communis L. revelada por marcadores RAPD.

Cunha, Muciana Aracely da Silva
Fonte: Universidade Federal de Alagoas; BR; Agronomia; Produção vegetal; Proteção de plantas; Programa de Pós-Graduação em Agronomia; UFAL Publicador: Universidade Federal de Alagoas; BR; Agronomia; Produção vegetal; Proteção de plantas; Programa de Pós-Graduação em Agronomia; UFAL
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
Relevância na Pesquisa
37.25%
The high world energy demand requires a search for renewable sources which are less harmful to environment. Castor bean (Ricinus communis L.) cultivation is an excellent alternative to compound the national energy matrix due to its traditional small and intermediate producers, standing out as a culture with high economical and social appeal, especially in Northeast region. There is a lack of information, especially at molecular level, related to the amount of high genetic variability available in this oil crop. The objective of this work was to characterize the genetic diversity within ten genotypes of Ricinus communis L. by using RAPD molecular markers. A total of seven lines and three cultivars were evaluated, which included five lines from Germplasm Bank of Embrapa Algodão, two lines from Costa Rica and three Northeastern cultivars. Genomic DNA extraction was performed according both to Graham et al. (1994) and an alternative protocol proposed in this study. Seven arbitrary oligonucleotides employed in the RAPD-PCR amplification permitted to evaluate the efficiency of the genomic DNA extraction protocols, DNA banding profiles and calculation of similarity indexes. Similarity and cluster analysis were conducted using both Jaccard and Dice coefficient and the unweighted pair group method. The similarity data matrix was converted into a dendrogram. The amplified fragments yielded a total of 58 polymorphic bands ranging from 2394 to 3386 bp. On the basis of the performed analysis...

RAPD Profile among Candida albicans isolates by using different primers; Perfil de amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD) de isolados de

COSTA, Carolina Rodrigues; SILVA, Maria do Rosário Rodrigues; SOUZA, Lúcia Kioko Hasimoto e; EL ASSAL, Flávio Ezzedinne; ATAÍDE, Fábio Silvestre; PAULA, Claudete Rodrigues de
Fonte: Universidade Federal de Goiás Publicador: Universidade Federal de Goiás
Tipo: Artigo publicado em periódico científico
EN
Relevância na Pesquisa
37.22%
v. 39, n. 1 , P. 41-47, jan./mar. 2010; By using RAPD method, a total of 28 primers were screened for discrimination among Candida albicans isolates. Seven of these primers were selected because they presented reproducible DNA banding patterns for all the strains of C. albicans. The same genetic profile was obtained by RAPD method using OPG 14 (5’-GGATGAGACC-3’) while the OPG 17 (5’- ACGACCGACA-3’) demonstrated capacity to differentiate the isolates of C. albicans in 4 genotypes. According to the results obtained, we concluded that by using these primers, the RAPD analysis may be useful in providing genotypic characteristics for C. albicans in epidemiological investigation. _______________________________________________________________________________________________________________________ RESUMO _________________________________________________________________________________________________________________________ Usando o método de amplificação randômica de DNA polimórfico (Randomly Amplified Polymorphic DNA analysis, RAPD), um total de 28 iniciadores (primers) foi estudado para discriminar entre os isolados de Candida albicans. Sete destes primers foram selecionados porque apresentaram padrões de banda de DNA reprodutíveis para todos os isolados de C. albicans. O mesmo perfil genético foi obtido usando OPG 14 (5’-GGATGAGACC-3’)...

Caracteriza??o gen?tica de avestruzes (Struthio camelus) usando marcadores RAPD

FERREIRA, Silvaney Fonseca
Fonte: Universidade Federal do Pará Publicador: Universidade Federal do Pará
Tipo: Dissertação de Mestrado
POR
Relevância na Pesquisa
37.18%
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade gen?tica de popula??es de avestruzes (Struthio camelus) por meio de marcadores RAPD (Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso). Foram coletadas 121 amostras de indiv?duos procedentes dos estados do Par?, Maranh?o, Tocantins e Minas Gerais. O DNA gen?mico foi extra?do a partir de sangue total. A triagem de iniciadores permitiu a sele??o de 15 entre os 60 analisados que foram amplificados pelo m?todo PCR. Os produtos da PCR foram visualizados em gel de agarose 1,5% e foi gerada uma matriz bin?ria para os fragmentos amplificados com presen?a (1) e aus?ncia (0) de banda. Para a verifica??o do n?mero ?timo de bandas polim?rficas foi realizada a an?lise de bootstrap por meio do software GQMOL. Para a an?lise dos dados foi utilizado o programa NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem), vers?o 2.02. A similaridade entre as amostras foi analisada atrav?s do coeficiente de Jaccard. Foi gerada uma matriz de dist?ncia cofen?tica, usando o m?dulo Sahncof, do programa NTSYS 2.2. Para realiza??o da estrutura??o g?nica o procedimento empregado foi a an?lise de vari?ncia molecular (AMOVA), processada no software Arlequin 2.0 (Schneider et al., 2000). Os 15 iniciadores geraram um total de 109 bandas polim?rficas. A an?lise de bootstrap mostrou que a partir de 100 bandas o trabalho j? se torna mais confi?vel...

Identificação de parentais e híbridos entre Vitis vinifera e Vitis rotundifolia utilizando polimorfismo enzimático e marcador RAPD

Sawazaki,Haiko Enok; Pommer,Celso Valdevino; Passos,Ilene Ribeiro Da Silva; Terra,Maurilo Monteiro; Pires,Erasmo José Paioli
Fonte: Instituto Agronômico de Campinas Publicador: Instituto Agronômico de Campinas
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/1996 PT
Relevância na Pesquisa
37.18%
Identificaram-se parentais e híbridos entre Vitis vinifera (videiras comuns) e V. rotundifolia (muscadínias), utilizando-se o polimorfismo enzimático e marcador RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Os sistemas GOT (glutamato-oxalo-acetato-transaminase), IDH (isocitrato desidrogenase) e PGI (fosfoglucose isomerase) diferenciaram a muscadínia, sendo observadas cinco aloenzimas para o GOT, duas para o LAP (leucina aminopeptidase) e quatro para o EST (esterase). Os sistemas PGI e IDH apresentaram-se como diméricos com o fenótipo de quatro aloenzimas em duas regiões e três em uma região respectivamente. O marcador RAPD apresentou polimorfismo que permitiu a diferenciação entre todos os cultivares. Os dendrogramas UPGMA (unweighted pair-group method with aritmetic mean) obtidos pelas isoenzimas e pelo marcador RAPD foram semelhantes, sendo a aproximação mais forte entre 'Itália' e 'Rubi' que se ligaram aos cultivares Patrícia e A Dona. Os cultivares Piratininga e Eugênio, também bastante próximos, foram os seguintes a se ligarem às demais viníferas. Pelo polimorfismo enzimático e marcador RAPD, a muscadínia ficou bastante isolada dos outros grupos. Pelo método RAPD, aplicado às muscadínias, ao híbrido da Carolina do Norte NC66 C203-9...

Diversidad filogenética de los linajes kp1 (+) y kp1 (-) de trypanosoma rangeli, mediante marcadores rapd y secuencias del gen mini-exon

Urrea Montes, Daniel Alfonso
Fonte: Ibagué: Universidad del Tolima, 2008.; 170 COL CO Publicador: Ibagué: Universidad del Tolima, 2008.; 170 COL CO
Tipo: Trabajo de grado - Maestría; Text; info:eu-repo/semantics/masterThesis; info:eu-repo/semantics/updatedVersion Formato: application/pdf
SPA
Relevância na Pesquisa
37.32%
194 Páginas; Con el objetivo de evaluar la diversidad filogenética de los linajes KP1 (+) y KP1 (-) de T. rangeli, se realizó un análisis de RAPD y se secuenciaron directamente los productos de amplificación de la región intergénica del gen mini-exón para su análisis filogenético. Los resultados del análisis de secuencias confirman los obtenidos por análisis de RAPD, encontrándose una clara divergencia filogenética entre las cepas de T. rangeli pertenecientes a los linajes KP1 (+) y KP1 (-) e indicando la presencia de al menos 4 subgrupos de cepas, genéticamente diferentes y asociados a vectores derivados de diferentes líneas evolutivas del género Rhodnius, un grupo KP1 (+) asociado al grupo “prolixus” y tres grupos de cepas KP1 (-) asociados a los vectores R. pallescens, R. colombiensis y R. ecuadoriensis pertenecientes al grupo “pallescens”. La alta homología dentro cada subgrupo contrasta con la alta variabilidad encontrada entre los mismo, soportando la posible existencia de una estructura genética de predominancia clonal. Los resultados también sugieren que las cepas denominadas T. rangeli-like, corresponden a cepas de T. rangeli con problemas de identificación taxonómica, debido al poco conocimiento de las interacciones biológicas entre estas cepas y sus vectores específicos. Este trabajo muestra que el estudio de la coevolución entre los diferentes linajes de T. rangeli y las diferentes líneas evolutivas del género Rhodnius...

Analysis of genetic relationships of Central American and Mexican pines using RAPD markers that distinguish species

Furman, Burford J.; Grattapaglia, Dario; Dvorak, William S.; O'Malley, David M.
Fonte: Universidade Católica de Brasília Publicador: Universidade Católica de Brasília
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: Texto
EN
Relevância na Pesquisa
37.18%
Phylogenetic relationships were inferred for six Central American and Mexican pine species by analysing RAPD marker differences among pooled DNA samples. This population level pooling strategy discounts low-frequency allelic variation within taxa, thus obtaining a ‘cumulative genotype’ to compare among taxa. We used the morphologically based taxonomy of pines as the basis for inference concerning molecular marker divergence. Only RAPD polymorphisms that were repeatable and intensely amplified were used. The resulting data set was found to have strong hierarchical structure. Phylogenetic analyses were carried out using both neighbour-joining and maximum parsimony. The phylogenetic relationships indicated by analysis of the pine RAPD data provide new insights on pine taxonomy. The phylogenetic analyses of the RAPD marker data placed Pinus tecunumanii and P. patula clearly into two different subgroups, strongly supporting the classification of P. tecunumanii as a distinct species, and raise a new set of issues concerning the distinctions between Pinus tecunumanii and P. caribaea. Phylogenetically informative RAPD markers will be useful tools to address ex-situ conservation issues that involve taxonomic identification and species admixture.

Genetic linkage maps of eucalyptus grandis and eucalyptus urophylla using a pseudo-testcross: mapping strategy and RAPD markers

Grattapaglia, Dario; Sederoff, Ronald
Fonte: Universidade Católica de Brasília Publicador: Universidade Católica de Brasília
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: Texto
EN
Relevância na Pesquisa
37.22%
We have used a “two-way pseudo-testcross” mapping strategy in combination with the random amplified polymorhic DNA (RAPD) assay to construct two moderate density genetic linkage maps for species of Eucalyptus. In the cross between two heterozygous individuals many singledose RAPD markers will be heterozygous in one parent, null in theother and therefore segregate 1:l in their F, progeny followinga testcross configuration. Meiosis and gametic segregation iena ch individual can be direcatlnyd efficiently analyzed usingR APD markers. We screened 305 primers of arbitrary sequence, and selected 151 to amplify a total of 558 markers. These markers were grouped at LOD 5.0, 0 = 0.25, resulting in the maternal Eucalyptus grandis map having a total of 240 markers into 14 linkage groups (1552 cM) and the paternal Eucalyptus urophylla map with 251 markers in 11 linkage groups (1101 cM) ( n = 11 in Eucalyptus). Framework maps ordered with a likelihood support ?1000:1 were assembled covering 95% of the estimated genome size inb oth individuals. Characterizationo f genome complexity of a sample of 48 mapped random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers indicate that 53% amplify from low copy regions. These are the first reported high coverage linkage mapfso r any species of Eucalyptus and among the first for any hardwood tree species. We propose the combined use of RAPD markers and the pseudo-testcross configuration as a general strategy for the construction of single individual genetic linkage maps in outbred forest trees as well as in any highly heterozygous sexuallrye producing living organism. A survey of the occurrence of RAPD markers in different individuals suggests that the pseudo-testcross/RAPD mapping strategy should also be efficieant the intraspecific level and increasingly so with crosseso f genetically divergent individuals. The ability to quickly construct single-tree genetic linkage maps ina ny forest species opens the way for a shift fromt he paradigm of a species index map ttoh e heterodox proposaol f constructing several maps for individual trees of a population...

Optimización de la técnica de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) para su utilización en la caracterización genética de triatomíneos cubanos; Optimization of random amplified polymorphic DNA techniques for use in genetic studies of Cuban triatominae

Fraga, Jorge; Rodriguez, Jinnay; Fuentes, Omar; Fernandez-Calienes, Aymé; Castex, Mayda
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/10/2005 ENG
Relevância na Pesquisa
37.32%
La técnica de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) es un método simple para detectar el polimorfismo genético del ADN. Diferentes factores afectan los perfiles de amplificación lo que se manifiesta en la presencia de bandas falsas y en la reproducibilidad del ensayo. En nuestro trabajo analizamos los cambios de la concentración de cebador, ADN molde, cloruro de magnesio y de Taq ADN polimerasa con el objetivo de determinar su concentración optima, quedando optimizada la técnica del RAPD para su utilización en estudios genéticos de Triatomíneos cubanos. Empleando una concentración de cebador de 5 pmol, 2.5 mM de MgCl2, 25 ng de ADN molde y 2 U de Taq ADN polimerasa en 25 µL de reacción, se obtuvieron patrones de amplificación reproducibles. Un total de cinco cebadores al azar fueron usados para evaluar la variabilidad genética de T. flavida. Tres de ellos (OPA-1, OPA-2 y OPA-4) produjeron patrones distinguibles y reproducibles de triatomineos. El análisis numérico según la técnica de UPGMA usando el coeficiente de similitud de Jaccard a partir de las 52 bandas de amplificación de RAPD generadas por los cinco cebadores, fue usado en la construcción del dendograma. Se obtuvieron 2 grupos bien definidos según el análisis del RAPD...

Diferenciação de cepas de Trichophyton rubrum por amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD); Strain differentiation of Trichophyton rubrum by random amplification of polymorphic DNA (RAPD)

Baeza, Lilian Cristiane; Giannini, Maria José Soares Mendes
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 04/12/2004 ENG
Relevância na Pesquisa
37.22%
Trichophyton rubrum is an important cause of dermatomycoses. Molecular strain typing methods have recently been developed to address questions about epidemiology and source of relapse following treatment. This report describes the application of RAPD for molecular strain differentiation of this fungus utilizing the primers 1- (5'-d[GGTGCGGGAA]-3') and 6- (5'-d[CCCGTCAGCA]-3'). A total of five RAPD patterns were observed among 10 strains of T. rubrum, with each of the primers used. We conclude that RAPD analysis using primers 1 and 6 can be used in epidemiological studies.; Trichophyton rubrum é um importante agente causal de dermatomicose. Os métodos de tipagem molecular têm sido recentemente desenvolvidos para responder questões sobre epidemiologia e auxiliar no esclarecimento de recidivas, após o tratamento. As seqüências aleatórias 1- (5'-d[GGTGCGGGAA]-3') e 6- (5'-d[CCCGTCAGCA]-3') foram usadas para tipagem molecular deste fungo por RAPD produzindo variabilidade intraespecífica. Cinco padrões foram observados entre os 10 isolados de T. rubrum, com ambas as seqüências. Foi concluído que a análise por RAPD pode ser utilizada para estudos epidemiológicos.

Variabilidad genética de Triatoma flavida y Triatoma bruneri (Hemiptera: Reduviidae) mediante la técnica de RAPD-PCR; Genetic variability of Triatoma flavida and Triatoma bruneri (Hemiptera: Reduviidae) by RAPD-PCR technique

Fraga, Jorge; Rodriguez, Jinnay; Fuentes, Omar; Hernández, Yenin; Castex, Mayda; Gonzalez, Raul; Fernández-Calienes, Aymé
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/02/2011 ENG
Relevância na Pesquisa
37.18%
La subfamilia Triatominae (Hemiptera: Reduviidae) agrupa a los vectores principales y potenciales de la Enfermedad de Chagas, presente en México, Centroamérica y Sudamérica, Triatoma flavida y T. bruneri son especies autóctonas cubanas. Estas especies están muy relacionadas desde el punto de vista morfológico y por ello fueron consideradas sinonimas hasta el 1981, cuando fueron separadas teniendo en cuenta los caracteres externos del cuerpo y la morfología de la genitalia del macho. El presente trabajo pretende confirmar el polimorfismo genético entre las poblaciones selváticas de T. flavida y domiciliadas de T. bruneri utilizando la técnica de RAPD-PCR. Un total de 10 cebadores al azar fueron usados para evaluar la variabilidad genética entre las especies usando la técnica de RAPD-PCR, calculándose el flujo genético entre las especies. El dendrograma obtenido, basado en la distancia genética de Jaccard, mostró dos grupos que coinciden con las especies estudiadas. Dentro de cada especie estudiada se encontró una moderada diferenciación genética (Fst 0.05-015) y tasas de migración (N >; 1) que revelan flujo genético y homogeneidad genética. Entre las especies estudiadas los valores de Fst muestran una alta diferenciación genética y tasas de migración insuficientes para mantener homogeneidad genética y confirman la ausencia de flujo genético entre ellas. Estos resultados confirman la variabilidad genética entre ambas especies.; The Triatominae (Hemiptera:Reduviidae) contains the principal and potential Chagas disease vectors present in Mexico...

Análise do polimorfismo genético do Paracoccidioides brasiliensis e Paracoccidioides cerebriformis "Moore" pela técnica de amplificação aleatória do polimorfismo do DNA (RAPD) e sequenciamento do DNA ribossomal 28S: Paracoccidioides cerebriformis revisitado; Analysis of the genetic polymorphism of Paracoccidioides brasiliensis and Paracoccidioides cerebriformis "Moore" by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and 28S ribosomal DNA sequencing: Paracoccidioides cerebriformis revisited

Cavalcanti, Sarah Desirée Barbosa; Levi, José Eduardo; Dantas, Kátia Cristina; Martins, José Eduardo Costa
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/06/2005 ENG
Relevância na Pesquisa
37.18%
Nosso propósito foi comparar o polimorfismo genético de seis amostras de P. brasiliensis (113, 339, BAT, T1F1, T3B6, T5LN1), com quatro amostras de P. cerebriformis (735, 741, 750, 361) do laboratório de micologia do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, utilizando a técnica de Amplificação Aleatória do Polimorfismo de DNA (RAPD). O perfil de bandas do RAPD diferenciou claramente os isolados de P. brasiliensis de P. cerebriformis. Entretanto, ocorreu uma variação significativa no padrão de bandas das amostras de P. cerebriformis. O sequenciamento do gene ribossomal 28S revelou seqüências de nucleotídeos bastante conservadas entre os isolados de P. cerebriformis, fornecendo subsídio para o agrupamento taxonômico destas amostras, diferenciando estas de P. brasiliensis e mostrando que de fato são espécies distintas. A seqüência de DNA sugere que P. cerebriformis pertence ao gênero Aspergillus.; Our purpose was to compare the genetic polymorphism of six samples of P. brasiliensis (113, 339, BAT, T1F1, T3B6, T5LN1), with four samples of P. cerebriformis (735, 741, 750, 361) from the Mycological Laboratory of the Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, using Random Amplified Polymorphic DNA Analysis (RAPD). RAPD profiles clearly segregated P. brasiliensis and P. cerebriformis isolates. However...