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Molecular and phylogenetic analysis of bovine coronavirus based on the spike glycoprotein gene

Martinez, Nadia; Brandao, Paulo E.; de Souza, Sibele Pinheiro; Barrera, Maritza; Santana, Nelson; Diaz de Arce, Heidy; Perez, Lester J.
Fonte: ELSEVIER SCIENCE BV; AMSTERDAM Publicador: ELSEVIER SCIENCE BV; AMSTERDAM
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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Bovine coronavirus has been associated with diarrhoea in newborn calves, winter dysentery in adult cattle and respiratory tract infections in calves and feedlot cattle. In Cuba, the presence of BCoV was first reported in 2006. Since then, sporadic outbreaks have continued to occur. This study was aimed at deepening the knowledge of the evolution, molecular markers of virulence and epidemiology of BCoV in Cuba. A total of 30 samples collected between 2009 and 2011 were used for PCR amplification and direct sequencing of partial or full S gene. Sequence comparison and phylogenetic studies were conducted using partial or complete S gene sequences as phylogenetic markers. All Cuban bovine coronavirus sequences were located in a single cluster supported by 100% bootstrap and 1.00 posterior probability values. The Cuban bovine coronavirus sequences were also clustered with the USA BCoV strains corresponding to the GenBank accession numbers EF424621 and EF424623, suggesting a common origin for these viruses. This phylogenetic cluster was also the only group of sequences in which no recombination events were detected. Of the 45 amino acid changes found in the Cuban strains, four were unique. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.; CAPES program from the Brazilian government; CAPES program from the Brazilian government

Genes de cisteíno proteases (Catepsina L-like) de Trypanosoma rangeli: polimorfismo, relações filogenéticas e alvos para diagnóstico e genotipagem.; Cathepsin L-like genes of Trypanosoma rangeli: phylogenetic analysis and polymorphic sequences as markers for lineage genotyping and diagnosis.

Vargas, Paola Andrea Ortiz
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 19/02/2009 PT
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Nós isolamos e seqüenciamos genes que codificam Catepsina L-like em diversos isolados de T.rangeli de humano, mamíferos silvestres e Rhodnius spp., do centro e sul da América. Análises filogenéticas de seqüências que codificam a proteína madura de T. rangeli, outras espécies de Trypanosoma e Leishmania e duas espécies de bodonídeos, posicionaram T.rangeli próximo a T.cruzi de acordo com a ordem de divergência determinada em filogenias baseadas em SSUrDNA. Uma análise de 17 seqüências do domínio catalítico de CatL-like de isolados representativos da diversidade filogenética e distribuição geográfica de T. rangeli, apoiaram as mesmas linhagens filogenéticas previamente definidas. Seqüências do gene CatL-like também foram usados para padronizar ensaios de PCR para diagnóstico de T. cruzi e T. rangeli. Além disso, um método de genotipagem por PCR multiplex segregou os isolados de T. rangeli nas principais linhagens previamente estabelecidas. Este é o primeiro estudo usando um gene codificador de proteína para comparar isolados de T. rangeli de linhagens distintas.; We have isolated and sequenced genes encoding cathepsin L-like (CatL-like) cysteine proteases from isolates of T. rangeli from human, wild mammals and Rhodnius spp....

Análise filogenética de ralídeos Neotropicais (Aves: Rallidae) com base em caracteres osteológicos; Phylogenetic analysis of the Neotropical rails (Aves: Rallidae) based on osteological characters

Alves, Thiago Rodrigues
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 10/07/2012 PT
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A família Rallidae é representada por aves cosmopolitas popularmente conhecidas como saracuras, sanãs, carquejas, galinhas-d`água e frangos-d`água. Compreende cerca de 135 espécies distribuídas em 33 gêneros, dos quais 13 são monotípicos. As relações filogenéticas baseadas em caracteres morfológicos e dados moleculares indicam diferentes afinidades entre os membros da família, principalmente na posição dos gêneros Rallus, Porphyrio, Gallinula e Fulica. Neste estudo, focado em espécies Neotropicais da família, uma nova análise filogenética baseada em caracteres osteológicos é proposta. Uma amostra de 100 esqueletos de 13 gêneros e 31 espécies foi analisada. No total 50 caracteres foram codificados, dos quais 17 são cranianos e 33 pós-cranianos para a construção de uma matriz e subseqüente análise filogenética de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados árvores de consenso estrito e consenso de maioria. A primeira gerou 151 árvores igualmente parcimoniosas com 99 passos. A análise com método de pesagem sucessiva dos caracteres obteve melhores resoluções entre as espécies amostradas. A topologia do cladograma permite a validade de determinados gêneros como entidades monofiléticas...

Análise filogenética de Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares; Phylogenetic analysis of Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) based on morphological and molecular characters

Almeida, Julia Calhau
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 04/04/2013 PT
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A subfamília Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) ocorre somente nas Américas e é composta por 12 gêneros e 84 espécies, sendo a grande maioria das espécies de Mydidae pertencentes a essa subfamília. Mydinae é atualmente dividida em quatro tribos: Dolichogastrini, Mydini, Phylomydini e Messiasiini. A monofilia da subfamília, assim como de suas tribos e gêneros, ainda não havia sido testada por análises filogenéticas, o que justifica os objetivos deste trabalho, que são: 1)testar a monofilia da subfamília Mydinae; 2)verificar o relacionamento filogenético dos Mydinae com outras subfamílias de Mydidae; 3)testar a monofilia das tribos, subtribos e gêneros de Mydinae, assim como a monofilia dos grupos de espécies do gênero Mydas; 4)propor uma nova classificação para a subfamília, baseada nos resultados filogenéticos. A partir de dados da morfologia externa de adultos, e também de sequência de DNA do gene COI, dois métodos de análise foram empregados: análises de parcimônia, com pesagem igual dos caracteres, e análises probabilísticas bayesianas. Para cada um dos métodos, foram analisados os dados morfológicos e moleculares separadamente, e também em conjunto. A monofilia de Mydinae, conforme delimitada na classificação vigente...

Análise filogenética das abelhas corbiculadas (Hymenoptera, Apidae, Apinae): uma análise de evidência total; Phylogenetic analysis of corbiculate bees (Hymenoptera, Apidae, Apinae): an analysis of total evidence

Galeano, Zioneth Judith Garcia
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 23/05/2014 PT
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66.08%
Este trabalho avaliou as relações de parentesco entre as abelhas corbiculadas (Apini) utilizando a evidência total disponível: dados morfométricos tradicionais, dados de morfometria geométrica, dados morfológicos, dados comportamentais e dados moleculares. Fontes que historicamente se mostraram incongruentes. Os problemas metodológicos que cada fonte de caracteres oferece foram investigados e corrigidos na análise filogenética de evidencia total. Todos os dados foram analisados com métodos de parcimônia. Vinte e quatro espécies de Apini e quatro espécies dos grupos externos foram analisadas. As análises filogenéticas de onze medidas corporais tradicionais sugeriram grande interferência do tamanho corporal das espécies nos resultados. Ao corrigir esse efeito do tamanho, os dados morfométricos puderam ser utilizados como caracteres filogenéticos confiáveis. O caráter obtido a partir da morfometria geométrica foi altamente convergente na análise filogenética, apesar da relação entre a forma da asa e do tamanho do corpo das espécies aparentemente terem uma restrição filogenética. As análises dos dados moleculares sugeriram a interferência da escolha dos grupos externos nos resultados, diferentes hipóteses filogenéticas surgiram quando se incluiram duas especies mais distantes de Apini nos grupos externos. Com os grupos externos mais distantes...

Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009; Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009

Garcia, Andrea Isabel Estevez
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 14/08/2013 PT
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66.02%
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira...

Revisão da família Baurusuchidae e seu posicionamento filogenético dentro do clado Mesoeucrocodylia; Revision of the Baurusuchidae family and its phylogenetic affinities within Mesoeucrocodylia

Nascimento, Paulo Miranda
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 26/05/2014 PT
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55.94%
A família Baurusuchidae é composta por crocodiliformes de médio porte do Cretáceo Superior da América do Sul, que apresentam oreinirrostria e dentição zifodonte, e outras características muito peculiares, como por exemplo: ectopterigóide fazendo parte da borda das coanas; redução drástica da fórmula dentária pra menos de seis dentes maxilares e menos de onze dentes mandibulares; uma depressão semicircular na lateral do quadrado; frontal dorsalmente deprimido em relação aos pré-frontais e parietal; contato entre nasal e frontal quase ausente; nasais fusionados posteriormente. Nas filogenias presentes na literatura, sua posição dentro de Mesoeucrocodylia costuma ser como grupo-irmão de Sebecus ou outros sebecídeos, e geralmente é incluída na irradiação notossúquia. A descrição de novas espécies de baurussuquídeos nos últimos anos deixou o gênero Baurusuchus sem uma definição precisa, uma vez que suas diagnoses originais agora se confundem com as da família como um todo. Neste trabalho foi feita a redescrição anatômica craniana da família Baurusuchidae, bem como uma análise filogenética através de uma matriz de 386 caracteres contendo 81 táxons, entre eles todos os baurussuquídeos conhecidos até o momento. Esta análise encontrou Baurusuchidae como um clado monofilético...

Molecular characterization and phylogenetic analysis of JussuMP-I: A RGD-P-III class hemorrhagic metalloprotease from Bothrops jararacussu snake venom

Mazzi, Mauricio V.; Magro, Angelo J.; Amui, Saulo F.; Oliveira, Clayton Z.; Ticli, Fabio K.; Stabeli, Rodrigo G.; Fuly, Andre L.; Rosa, Jose C.; Braz, Antnio S. K.; Fontes, Marcos R. M.; Sampaio, Suely V.; Soares, Andreimar M.
Fonte: Elsevier B.V. Publicador: Elsevier B.V.
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 69-85
ENG
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Snake venom metalloproteases (SVMPs) embody zinc-dependent multidomain enzymes responsible for a relevant pathophysiology in envenomation. including local and systemic hemorrhage. The molecular features responsible for hemorrhagic potency of SVMPs have been associated with their multidomains structures which can target these proteins them to several receptors of different tissues and cellular types. BjussuMP-I. a SVMP isolated from the Bothrops jararacussu venom, has been characterized as a P-III hemorrhagic metalloprotease. The complete cDNA sequence of BjussuMP-I with 1641bp encodes open reading frames of 547 amino acid residues, which conserve the common domains of P-III high molecular weight hemorrhagic metalloproteases: (i) pre-pro-peptide, (ii) metalloprotease, (iii) disintegrin-like and (iv) rich cysteine domain. BjussuMP-I induced lyses in fibrin clots and inhibited collagen- and ADP-induced platelet aggregation. We are reporting, for the first time, the primary structure of an RGD-P-III class snake venom metalloprotease. A phylogenetic analysis of the BjussuMP-1 metalloprotease/catalytic domain was performed to get new insights into the molecular evolution of the metalloproteases. A theoretical molecular model of this domain was built through folding recognition (threading) techniques and refined by molecular dynamics simulation. Then...

Phylogenetic analysis of flatfish (order pleuronectiformes) based on mitochondrial 16s rDNA sequences

Pardo, Belén G.; Machordom, Annie; Foresti, Fausto; Porto-Foresti, Fábio; Azevedo, Marisa F.C.; Bañon, Rafael; Sánchez, Laura; Martínez, Paulino
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 531-543
ENG
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55.99%
The phylogenetic relationships of the order Pleuronectiformes are controversial and at some crucial points remain unresolved. To date most phylogenetic studies on this order have been based on morpho-anatomical criteria, whereas only a few sequence comparisons based studies have been reported. In the present study, the phylogenetic relationships of 30 flatfish species pertaining to seven different families were examined by sequence analysis of the first half of the 16S mitochondrial DNA gene. The results obtained did not support percoids as the sister group of pleuronectiforms. The monophyletic origin of most families analyzed, Soleidae, Scophthalmidae, Achiridae, Pleuronectidae and Bothidae, was strongly supported, except for Paralichthyidae which was clearly subdivided into two groups, one of them associated with high confidence to Pleuronectidae. The analysis of the 16S rRNA gene also suggested the monophyly of Pleuronectiforms as the most probable hypothesis and consistently supported some major interfamily groupings.

Nucleotide and phylogenetic analysis of human papillomavirus types 6 and 11 isolated from recurrent respiratory papillomatosis in Brazil

de Matos, Renata Prandini Adum; Sichero, Laura; Mansur, Isabela Mazuco; do Bonfim, Caroline Measso; Bittar, Cíntia; Nogueira, Rodrigo Lacerda; Küpper, Daniel Salgado; Valera, Fabiana Cardoso Pereira; Nogueira, Maurício Lacerda; Villa, Luisa Lina; Calmo
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 282-289
ENG
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66.06%
There are few studies about the distribution of natural molecular variants of low-risk HPVs. Our aim was to evaluate the E6 early gene variability among HPV-6 and HPV-11 isolates detected in recurrent respiratory papillomatosis (RRP) samples obtained in a cohort of Brazilian patients. We also performed a phylogenetic analysis in order to compare nucleotide sequences identified in our study with previously reported isolates from different anatomic sites (laryngeal papillomas, genital warts, cervical cancer and anal swabs) obtained from other parts of the world to determine the phylogenetic relationships of variants detected in Brazil. The complete coding region of the E6 gene of 25 samples was cloned and sequenced: 18 isolates of HPV-6 (72%) and 7 isolates of HPV-11 (28%). A total of four different HPV-6 genomic variants and two HPV-11 genomic variants was identified. It was not possible to correlate specific variants with disease severity. Phylogenetic trees for both HPV types were constructed enclosing both E6 sequences detected in our study and formerly published sequences. In both phylogenetic trees, the sequences from Brazil did not group together. We could not establish a geographical association between HPV-6 or HPV-11 variants...

Diversidade e prospecção de metagenoma microbiano em fermentadores de biogás produzindo H2; Diversity analysis and bioprospection of microbial metagenome in a H2-producing biogas fermenter

Geizecler Tomazetto
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 30/04/2013 PT
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56.05%
O hidrogênio é apontado como o candidato mais promissor para substituição do combustível fóssil devido a sua maior eficiência na conversão de energia útil e ausência de emissão de substâncias tóxicas. A produção de hidrogênio a partir de resíduos orgânicos é realizada por meio de digestão anaeróbica, tornando-se uma alternativa ecologicamente correta para atender à futura demanda por hidrogênio. No entanto, os micro-organismos e os processos metabólicos envolvidos estão longe de serem exaustivamente caracterizados. Nesse trabalho, amostras de uma planta de tratamento de esgoto doméstico foram analisadas em dois estudos complementares visando à caracterização de sua diversidade filogenética e a descrição de novas hidrogenases. O primeiro trabalho combinou a análise dos genes de RNAr 16S e FeFehidrogenase (hydA) com ferramentas estatísticas para estimar a riqueza e diversidade da comunidade procariótica em nível filogenético e funcional. As análises filogenéticas e de diversidade das bibliotecas gênicas demonstraram que todas as sequências de arquéias foram afiliadas a Euryarchaeota não cultivadas e, com relação ao Dominio Bactéria, Proteobacteria foi grupo filogenético predominante apresentando os maiores índices de diversidade e riqueza. As sequências putativas de hydA foram identificadas como sequências de genes de FeFehidrogenases ainda não descritas. Na segunda abordagem...

Phylogenetic relationships among Trichodorus and Paratrichodorus species

Duarte, I. M.; Almeida, M. T. M.; Brown, D. J. F.; Oliveira, C. M. G.; Riga, E.; Karanastasi, E.; Neilson, R.
Fonte: Universidade do Minho Publicador: Universidade do Minho
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
Publicado em //2004 ENG
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55.97%
Resumo do poster apresentado no XXVII ESN International Symposium, Rome, 2004.; Trichodorid nematodes of the genera Trichodorus and Paratrichodorus are known natural vectors of Tobacco Rattle Virus (TRV) to many agronomically important crops. Previous taxonomic studies have reported several trichodorids, including virus-vector species, from Portugal. The trichodorid group is well defined taxonomically but little is known regarding the molecular phylogenetic relationships of species belonging to these two genera. The aim of this study is therefore to determine the phylogenetic relationships among many of the trichodorid species occurring in continental Portugal and six non-indigenous trichodorid species, based on 18S rDNA gene sequences. A comprehensive survey for trichodorids was carried out in Portugal and ten species (five Trichodorus and five Paratrichodorus) were identified using classical taxonomy. Representative specimens from each species were selected for molecular studies. DNA was extracted from individual nematodes, a minimum of two per population, and using appropriate primer sets the 18S rDNA gene was isolated and subsequently sequenced. The 18S rDNA gene from six non-indigenous trichodorid species was also sequenced. A multiple sequence alignment was produced and used as a basis of a Maximum Likelihood phylogenetic analysis. With one exception...

Genome-wide identification and phylogenetic analysis of the ERF gene family in cucumbers

Hu,Lifang; Liu,Shiqiang
Fonte: Sociedade Brasileira de Genética Publicador: Sociedade Brasileira de Genética
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2011 EN
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66.03%
Members of the ERF transcription-factor family participate in a number of biological processes, viz., responses to hormones, adaptation to biotic and abiotic stress, metabolism regulation, beneficial symbiotic interactions, cell differentiation and developmental processes. So far, no tissue-expression profile of any cucumber ERF protein has been reported in detail. Recent completion of the cucumber full-genome sequence has come to facilitate, not only genome-wide analysis of ERF family members in cucumbers themselves, but also a comparative analysis with those in Arabidopsis and rice. In this study, 103 hypothetical ERF family genes in the cucumber genome were identified, phylogenetic analysis indicating their classification into 10 groups, designated I to X. Motif analysis further indicated that most of the conserved motifs outside the AP2/ERF domain, are selectively distributed among the specific clades in the phylogenetic tree. From chromosomal localization and genome distribution analysis, it appears that tandem-duplication may have contributed to CsERF gene expansion. Intron/exon structure analysis indicated that a few CsERFs still conserved the former intron-position patterns existent in the common ancestor of monocots and eudicots. Expression analysis revealed the widespread distribution of the cucumber ERF gene family within plant tissues...

Live history evolution in Serpulimorph polychaetes: a phylogenetic analysis

Kupriyanova, Elena
Fonte: Springer Publicador: Springer
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2003 EN
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56%
The widely accepted hypothesis of plesiomorphy of planktotrophic, and apomorphy of lecithotrophic, larval development in marine invertebrates has been recently challenged as a result of phylogenetic analyses of various taxa. Here the evolution of planktotrophy and lecithotrophy in Serpulimorph polychaetes (families Serpulidae and Spirorbidae) was studied using a hypothesis of phylogenetic relationships in this group. A phylogenetic (parsimony) analysis of 36 characters (34 morphological, 2 developmental) was performed for 12 selected serpulid and 6 spirorbid species with known reproductive/developmental strategies. Four species of Sabellidae were used in the outgroup. The analysis yielded 4 equally parsimonious trees of 78 steps, with a consistency index (CI) of 0.654 (CI excluding uninformative characters is 0.625). Under the assumption of unweighted parsimony analysis, planktotrophic larvae are apomorphic and non-feeding brooded embryos are plesiomorphic in serpulimorph polychaetes. The estimated polarity of life history transitions may be strengthened by further studies demonstrating an absence of a unidirectional bias in planktotrophy-lecithotrophy transition in polychaetes.; Elena K. Kupriyanova; The original publication can be found at www.springerlink.com

Parallel implementation of a quartet-based algorithm for phylogenetic analysis

Zhou, B B; Chu, D; Tarawmeh, M; Wang, P; Wang, C; Zomaya, Albert Y; Brent, Richard
Fonte: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE Inc) Publicador: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE Inc)
Tipo: Conference paper
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65.89%
This paper describes a parallel implementation of our recently developed algorithm for phylogenetic analysis on the IBM BlueGene/L cluster [15]. This algorithm constructs evolutionary trees for a given set of DNA or protein sequences based on the topologi

Phylogenetic analysis of flatfish (Order Pleuronectiformes) based on mitochondrial 16s rDNA sequences; Análisis filogenético en peces planos (Orden Pleuronectiformes) mediante secuencias de ADNr 16s mitocondrial

Bañon, Rafael; Gómez Pardo, Belén; Machordom, Annie; Foresti, Fausto; Porto-Foresti, Fábio; Azevedo, Marisa F. C.; Sánchez, Laura; Martínez, Paulino
Fonte: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España) Publicador: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España)
Tipo: Artículo
ENG
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55.99%
The phylogenetic relationships of the order Pleuronectiformes are controversial and at some crucial points remain unresolved. To date most phylogenetic studies on this order have been based on morpho-anatomical criteria, whereas only a few sequence comparisons based studies have been reported. In the present study, the phylogenetic relationships of 30 flatfish species pertaining to seven different families were examined by sequence analysis of the first half of the 16S mitochondrial DNA gene. The results obtained did not support percoids as the sister group of pleuronectiforms. The monophyletic origin of most families analyzed, Soleidae, Scophthalmidae, Achiridae, Pleuronectidae and Bothidae, was strongly supported, except for Paralichthyidae which was clearly subdivided into two groups, one of them associated with high confidence to Pleuronectidae. The analysis of the 16S rRNA gene also suggested the monophyly of Pleuronectiforms as the most probable hypothesis and consistently supported some major interfamily groupings.; Las realaciones filogenétics del Orden Pleuronectiformes, son controvertidas, permaneciendo aun en algunos puntos esenciales en discusión. La mayoría de los estudios filogenéticos hechos hasta ahora han estado basados en criterios morfo-anatómicos y soilo unos pocos en la comparación de secuencias. En el presente estudio se han examinado 30 especies de peces planos pertenecientes a 7 familias distintas mediante la secuenciación de l primero mitad del gen 16S del ADN mitocondrial. El análisis de este gen apunta a la monofília del órden Pleuronectiformes.; Peer reviewed

Transferability and polymorphism of barley EST-SSR markers used for phylogenetic analysis in Hordeum chilense

Castillo, Almudena; Budak, Hikmet; Varshney, Rajeev K; Dorado, Gabriel; Graner, Andreas; Hernández Molina, Pilar
Fonte: BioMed Central Publicador: BioMed Central
Tipo: Artículo Formato: 502371 bytes; application/pdf
ENG
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55.94%
[Background] Hordeum chilense, a native South American diploid wild barley, is a potential source of useful genes for cereal breeding. The use of this wild species to increase genetic variation in cereals will be greatly facilitated by marker-assisted selection. Different economically feasible approaches have been undertaken for this wild species with limited direct agricultural use in a search for suitable and cost-effective markers. The availability of Expressed Sequence Tags (EST) derived microsatellites or simple sequence repeat (SSR) markers, commonly called as EST-SSRs, for barley (Hordeum vulgare) represents a promising source to increase the number of genetic markers available for the H. chilense genome.; [Results] All of the 82 barley EST-derived SSR primer pairs tested for transferability to H. chilense amplified products of correct size from this species. Of these 82 barley EST-SSRs, 21 (26%) showed polymorphism among H. chilense lines. Identified polymorphic markers were used to test the transferability and polymorphism in other Poaceae family species with the aim of establishing H. chilense phylogenetic relationships. Triticum aestivum-H. chilense addition lines allowed us to determine the chromosomal localizations of EST-SSR markers and confirm conservation of the linkage group.; [Conclusion] From the present study a set of 21 polymorphic EST-SSR markers have been identified to be useful for diversity analysis of H. chilense...

Spatial and temporal heterogeneity in high-grade serous ovarian cancer: a phylogenetic reconstruction

Schwarz, Roland F.; Ng, Charlotte; Cooke, Susanna L.; Newmann, Scott; Temple, Jillian; Piskorz, Anna; Gale, Davina; Sayal, Karen; Murtaza, Muhammed; Baldwin, Peter J.; Rosenfeld, Nitzan; Earl, Helena M.; Sala, Evis; Jimenez-Linan, Mercedes; Parkinson, Chr
Fonte: PLOS Publicador: PLOS
Tipo: Article; published version
EN
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55.94%
This is the final published version of a paper first published in PLOS Medicine, 2015, DOI:10.1371/journal.pmed.1001789; Background The major clinical challenge in the treatment of high-grade serous ovarian cancer (HGSOC) is the development of progressive resistance to platinum-based chemotherapy. The objective of this study was to determine whether intra-tumour genetic heterogeneity resulting from clonal evolution and the emergence of subclonal tumour populations in HGSOC was associated with the development of resistant disease. Methods and Findings Evolutionary inference and phylogenetic quantification of heterogeneity was performed using the MEDICC algorithm on high-resolution whole genome copy number profiles and selected genome-wide sequencing of 135 spatially and temporally separated samples from 14 patients with HGSOC who received platinum-based chemotherapy. Samples were obtained from the clinical CTCR-OV03/04 studies, and patients were enrolled between 20 July 2007 and 22 October 2009. Median follow-up of the cohort was 31 mo (interquartile range 22?46 mo), censored after 26 October 2013. Outcome measures were overall survival (OS) and progression-free survival (PFS). There were marked differences in the degree of clonal expansion (CE) between patients (median 0.74...

Phylogenetic analysis of the envelope protein (domain lll) of dengue 4 viruses

Mota,Javier; Ramos-Castañeda,José; Rico-Hesse,Rebeca; Ramos,Celso
Fonte: Instituto Nacional de Salud Pública Publicador: Instituto Nacional de Salud Pública
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2002 EN
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56.03%
Objective. To evaluate the genetic variability of domain III of envelope (E) protein and to estimate phylogenetic relationships of dengue 4 (Den-4) viruses isolated in Mexico and from other endemic areas of the world. Material and Methods. A phylogenetic study of domain III of envelope (E) protein of Den-4 viruses was conducted in 1998 using virus strains from Mexico and other parts of the world, isolated in different years. Specific primers were used to amplify by RT-PCR the domain III and to obtain nucleotide sequence. Based on nucleotide and deduced aminoacid sequence, genetic variability was estimated and a phylogenetic tree was generated. To make an easy genetic analysis of domain III region, a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) assay was performed, using six restriction enzymes. Results. Study results demonstrate that nucleotide and aminoacid sequence analysis of domain III are similar to those reported from the complete E protein gene. Based on the RFLP analysis of domain III using the restriction enzymes Nla III, Dde I and Cfo I, Den-4 viruses included in this study were clustered into genotypes 1 and 2 previously reported. Conclusions. Study results suggest that domain III may be used as a genetic marker for phylogenetic and molecular epidemiology studies of dengue viruses.

Phylogenetic analysis of the envelope protein (domain lll) of dengue 4 viruses

Mota,Javier; Ramos-Castañeda,José; Rico-Hesse,Rebeca; Ramos,Celso
Fonte: Instituto Nacional de Salud Pública Publicador: Instituto Nacional de Salud Pública
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2002 EN
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56.03%
Objective. To evaluate the genetic variability of domain III of envelope (E) protein and to estimate phylogenetic relationships of dengue 4 (Den-4) viruses isolated in Mexico and from other endemic areas of the world. Material and Methods. A phylogenetic study of domain III of envelope (E) protein of Den-4 viruses was conducted in 1998 using virus strains from Mexico and other parts of the world, isolated in different years. Specific primers were used to amplify by RT-PCR the domain III and to obtain nucleotide sequence. Based on nucleotide and deduced aminoacid sequence, genetic variability was estimated and a phylogenetic tree was generated. To make an easy genetic analysis of domain III region, a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) assay was performed, using six restriction enzymes. Results. Study results demonstrate that nucleotide and aminoacid sequence analysis of domain III are similar to those reported from the complete E protein gene. Based on the RFLP analysis of domain III using the restriction enzymes Nla III, Dde I and Cfo I, Den-4 viruses included in this study were clustered into genotypes 1 and 2 previously reported. Conclusions. Study results suggest that domain III may be used as a genetic marker for phylogenetic and molecular epidemiology studies of dengue viruses.