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Assessing the genetic structure of Oryza glumaepatula populations with isozyme markers

VEASEY, Elizabeth Ann; CARDIN, Daruska; SILVA, Rainério Meireles; BRESSAN, Eduardo de Andrade; VENCOVSKY, Roland
Fonte: Tecpar Publicador: Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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36.22%
To assess the genetic diversity and genetic structure parameters, nine populations of Oryza glumaepatula from the Amazon biome, four from the Pantanal biome, and one collected at Rio Xingu, Mato Grosso, totaling 14 populations and 333 individuals were studied with isozyme markers. Six loci were evaluated showing a moderate allozyme variability (A = 1.21, P = 20.7%, Ho = 0.005, He = 0.060). The populations from the Pantanal biome showed higher diversity levels than the Amazon biome. High genetic differentiation among the populations, expected for self-fertilizing species, was observed (F ST=0.763), with lower differentiation found among the Pantanal populations (F ST=0.501). The average apparent outcrossing rate was higher for the Pantanal populations (t a = 0.092) than for the Amazonian populations (t a = 0.003), while the average for the 14 populations was 0.047, in accordance with a self-fertilization mating system.; Utilizando marcadores isoenzimáticos, foram avaliadas nove populações de Oryza glumaepatula originárias da Amazônia, quatro do bioma do Pantanal, e uma coletada no Rio Xingu, Mato Grosso, totalizando 14 populações e 333 indivíduos, com o objetivo de avaliar a diversidade genética e a estrutura genética dessas populações. Seis locos foram avaliados...

Mating system parameters at hierarchical levels of fruits, individuals and populations in the Brazilian insect-pollinated tropical tree, Tabebuia roseo-alba (Bignoniaceae)

Feres, J. M.; Sebbenn, A. M.; Guidugli, M. C.; Mestriner, M. A.; Moraes, M. L. T.; Alzate-Marin, A. L.
Fonte: SPRINGER; DORDRECHT Publicador: SPRINGER; DORDRECHT
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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36.22%
For many tree species, mating system analyses have indicated potential variations in the selfing rate and paternity correlation among fruits within individuals, among individuals within populations, among populations, and from one flowering event to another. In this study, we used eight microsatellite markers to investigate mating systems at two hierarchical levels (fruits within individuals and individuals within populations) for the insect pollinated Neotropical tree Tabebuia roseo-alba. We found that T. roseo-alba has a mixed mating system with predominantly outcrossed mating. The outcrossing rates at the population level were similar across two T. roseo-alba populations; however, the rates varied considerably among individuals within populations. The correlated paternity results at different hierarchical levels showed that there is a high probability of shared paternal parentage when comparing seeds within fruits and among fruits within plants and full-sibs occur in much higher proportion within fruits than among fruits. Significant levels of fixation index were found in both populations and biparental inbreeding is believed to be the main cause of the observed inbreeding. The number of pollen donors contributing to mating was low. Furthermore...

Caracterização genética de populações de cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex. Spreng.) Schum., por marcadores microssatélites e descritores botânico-agronômicos.; Genetic characterization of cupuassu theobroma grandiflorum (willd. ex. spreng.) schum. populations by microsatellite markers and botanic-agronomic descriptors.

Alves, Rafael Moyses
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/02/2003 PT
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36.22%
Este trabalho teve por objetivo caracterizar e comparar a estrutura genética de sete populações de cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., uma fruteira nativa da Amazônia brasileira, utilizando marcadores microssatélites e descritores botânico-agronômicos. Visou também conhecer, preliminarmente, o sistema reprodutivo do cupuaçuzeiro. A estrutura genética das sete populações, sendo três populações naturais, coletadas na suposta área de máxima diversidade da espécie, três populações estabelecidas em Banco Ativo de Germoplasma (BAG), e uma população coletada em plantios comerciais do município de Tomé açu - PA, foi analisada com auxílio de marcadores microssatélites. Foi observada alta variabilidade genética na espécie, ressaltado pelo elevado número de alelos por loco, alto nível de heterozigosidade e divergência entre as populações. A divergência foi mais acentuada entre as populações naturais, em comparação com as populações do Banco de Germoplasma. Essa divergência pode indicar um processo preliminar de diferenciação. Porém, foi mais acentuada entre as populações oriundas de Tucuruí e Nova Ipixuna, corroborando com as indicações que consideram essa região como o centro de máxima diversidade de T. grandiflorum. Estes resultados sugerem...

Diversidade genética e sistema de cruzamento em populações naturais de duas espécies pioneiras arbóreas. ; Genetic diversity and mating systems in natural populations of two pioneers tree species.

Ribas, Luciano Arruda
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/09/2003 PT
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36.21%
O conhecimento sobre o sistema de cruzamento e a forma como a diversidade genética está distribuída em populações de espécies arbóreas é de fundamental importância para se planejar seu manejo e conservação. Espécies arbóreas pioneiras estão cada vez mais freqüentes dentro e fora dos fragmentos florestais remanescentes. Trema micrantha é uma das primeiras espécies a se estabelecer em áreas abandonadas e Cecropia pachystachya é uma espécie pioneira dióica e seletivamente higrófita. Ambas são polinizadas pelo vento e produzem muitas sementes que são dispersas por animais. Estudou-se a diversidade e estrutura genética e o sistema de cruzamento em populações de ambas espécies e, para T. micrantha, avaliou-se também o banco de sementes como um potencial tampão gênico para a espécie. As populações foram amostradas na Estação Ecológica dos Caetetus (Gália-S.P.) e na Reserva Florestal de Santa Genebra (Campinas-S.P.), onde se amostrou 177 indivíduos de T. micrantha, distribuídos em 6 e 5 subpopulações, e 178 indivíduos de C. pachystachya, em 2 e 3 subpopulações, nos respectivos fragmentos. Os sistemas de cruzamento foram avaliados com base em 24 progênies de 10 indivíduos por progênie de cada espécie. As estimativas para os parâmetros de diversidade genética nas populações de plantas do dossel foram obtidas a partir do polimorfismo de oito locos isoenzimáticos...

Estrutura genética de populações de Euterpe edulis Mart. submetidas à ação antrópica utilizando marcadores alozímicos e microssatélites. ; Genetic structure of Euterpe edulis Mart. populations submitted to human exploitation using allozymic and microsatellite markers.

Conte, Rudimar
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 22/04/2004 PT
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36.27%
O palmiteiro (Euterpe edulis Mart.) é uma espécie nativa da Mata Atlântica cujas populações naturais encontram-se degradadas pelo extrativismo. Considerando a escassez de informações relativas às conseqüências genéticas da exploração de palmito, o objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do processo de exploração sobre os níveis de diversidade, estrutura genética e tamanho efetivo de populações da espécie. Também foram estudados aspectos genéticos do recrutamento de plantas e o sistema reprodutivo da espécie. O estudo foi realizado em duas localidades do Estado de Santa Catarina, nos municípios de São Pedro de Alcântara e Ibirama. Em cada localidade foram escolhidas duas áreas de ocorrência natural de E. edulis, uma sem influência antrópica e outra que sofreu exploração de palmito, totalizando quatro populações. Os sistemas de exploração foram: (i) extrativismo - onde todos os indivíduos acima de 2 m de altura são cortados, incluindo plantas reprodutivas; and (ii) manejo - onde somente indivíduos acima de 9 cm de DAP são cortados, com a manutenção de 50 plantas reprodutivas por hectare. Em cada população foram examinadas plântulas, jovens e adultos, usando oito locos microssatélites e dez locos alozímicos. Os resultados revelaram que a espécie se reproduz por alogamia ( m tˆ = 0...

Diversidade genética de populações de Cedro (Cedrela fissilis Vell. (Meliaceae)) no Centro-Sul do Brasil; Genetic diversity of populations of Cedro (Cedrela fissilis Vell. (Meliaceae)) in Southerncenter Brazil

Mendes, Flávio Bertin Gandara
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/10/2009 PT
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36.23%
Cedrela fissilis Vell. é árvore alta (10 a 30 m) por 40 a 50 cm de diâmetro. Tronco retilíneo com sapopemas pouco desenvolvidas ou ausentes, mas quando atacado pela broca do ponteiro, Hypsipila grandela, é tortuoso. Casca grossa, dura, fissurada, de marrom a pardo - acinzentada. Folhas alternas com 8 a 24 pares de folíolos. Flores actinomorfas, unissexuadas, de 5 a 10 mm de comprimento reunidas em tirsos axilares. Os frutos são cápsulas lenhosas deiscentes de 3 a 10 cm de comprimento, que encerram de 30 a 300 sementes aladas, com até 35 mm de comprimento por 15 mm de largura. A polinização é realizada por insetos, possivelmente mariposas e abelhas e a dispersão de sementes é anemocórica. C. fissilis é uma das espécies arbóreas mais ameaçadas pelo corte seletivo e destruição da Mata Atlântica no centro-sul do Brasil, sua principal área de ocorrência, tornando a conservação dos seus recursos genéticos extremamente ameaçada pela redução populacional que vem sofrendo. Por outro lado, esta espécie tem um grande potencial para produção de madeira de alta qualidade, principalmente em plantios mistos, que estão se tornando economicamente viáveis pela escassez de madeira no mercado nacional e internacional...

Estudos de DNA mitocondrial em populações remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira - São Paulo; Mitochondrial DNA investigations in African-derived quilombo populations of the Ribeira River Valley - São Paulo

Rincon, Daniel
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/11/2009 PT
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36.29%
O Vale do Ribeira é uma área que ocupa cerca de 10% da região sul do estado de São Paulo e abriga pelo menos 30 remanescentes de quilombos. Dessas, 24 já foram oficialmente reconhecidos ou estão em fase de reconhecimento. Com a finalidade de contribuir para o conhecimento da estrutura populacional e da história de formação dessas comunidades afro-descendentes, estudamos o DNA mitocondrial de 939 indivíduos adultos de doze populações de quilombos: Abobral Margem Esquerda (100), Abobral Margem Direita (41), Galvão (59), São Pedro (65), Pedro Cubas (100), Pilões (49), Maria Rosa (19), André Lópes (110), Nhunguara (123), Sapatu (95), Ivaporunduva (133), Poça (51), além de uma amostra de 104 indivíduos da cidade de São Paulo. As estratégias empregadas para a determinação dos haplogrupos de DNA mitocondrial se basearam em PCR-RFLP (sítio 3592 com a enzima Hpa I), estudo da deleção de 9pb (entre os genes da COII e RNAtLys) e sequenciamento da região hipervariável I do DNA mitocondrial (HVS-I). Nas doze populações de quilombos, importante contribuição ameríndia (com 49,3% de linhagens) e africana (49,2% das linhagens) foram detectadas e poucas linhagens européias foram observadas. Resultados de estudos sobre a origem dos cromossomo Y...

Genética de populações em genes de função imunológica: um estudo em populações Ameríndias; Population genetics of immune function genes: a study of Amerindian populations

Pincerati, Márcia Regina
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 02/08/2011 PT
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36.21%
Sinais de pressão seletiva têm sido descritos em vários genes. Dentre esses, os genes do sistema imune parecem ser um importante alvo de seleção natural. Diversos estudos têm demonstrado a atuação de pressões seletivas também modulando o padrão de diversidade de regiões reguladoras. Populações Ameríndias possuem uma história evolutiva relativamente recente, com processos demográficos marcantes e novos desafios ambientais trazendo diferentes pressões seletivas. Dessa forma, elas oferecem ótimas oportunidades para estudos de seleção natural. Com o intuito de ampliar os conhecimentos sobre como a seleção natural vem atuando nas populações humanas, o presente estudo propôs uma análise populacional de três loci de função imunológica, caracterizados previamente como alvos de seleção, em populações Ameríndias: dois pertencentes ao complexo KIR (KIR2DL4 e KIR3DL1/S1) e regiões regulatórias do gene HLA-G. Evidências de ação de seleção balanceadora em populações Ameríndias foram encontradas para os genes KIR2DL4 e KIR3DL1/S1. Para KIR3DL1/S1 foram observadas evidências de seleção natural atuando em dois níveis diferentes de variação: (1) para a ausência e presença dos alótipos KIR3DL1 e KIR3DL1/S1 e (2) para a manutenção de diferentes linhagens do alótipo KIR3DL1/S1. Comparações da diversidade do gene KIR2DL4 com marcadores autossômicos mostram que os processos demográficos têm um importante papel na modulação da variabilidade genética observada nessas populações...

Patterns of genetic diversity in southern and southeastern Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze relict populations

Souza, Maria Isabel Ferreira de; Salgueiro, Fabiano; Carnavale-Bottino, Mariana; Felix, Durvalina Benedita; Ferreira, Márcio Alves; Bittencourt, Juliana Vitoria Messias; Margis, Rogerio
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: application/pdf
ENG
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36.22%
Habitat fragmentation and a decrease in population size may lead to a loss in population genetic diversity. For the first time, the reduction in genetic diversity in the northernmost limit of natural occurence (southeastern Brazil) of Araucaria angustifolia in comparison with populations in the main area of the species continuous natural distribution (southern Brazil), was tested. The 673 AFLPs markers revealed a high level of genetic diversity for the species (Ht = 0.27), despite anthropogenic influence throughout the last century, and a decrease ofH in isolated populations of southeastern Brazil (H = 0.16), thereby indicating the tendency for higher genetic diversity in remnant populations of continuous forests in southern Brazil, when compared to natural isolated populations in the southeastern region. A strong differentiation among southern and southeastern populations was detected (AMOVA variance ranged from 10%-15%). From Bayesian analysis, it is suggested that the nine populations tested form five “genetic clusters” (K = 5). Five of these populations, located in the northernmost limit of distribution of the species, represent three “genetic clusters”. These results are in agreement with the pattern of geographic distribution of the studied populations.

Red deer gender and populations analysis using scats’ volatile profile; Perfil volátil de excrementos de veado

Oliveira, Maria João Saraiva de
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Dissertação de Mestrado
ENG
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36.22%
Current populations of red deer (Cervus elaphus) in Portugal derive from recent reintroduction processes and natural dispersion movements from Spain. These movements promote the expansion of the species and reproduction among different populations, increasing the need for more sophisticated methodologies able to differentiate populations and determine sex-ratio, two demographic parameters used in the management of populations. Headspace solid phase microextraction and comprehensive two-dimensional chromatography coupled to mass spectrometry for time of flight gas phase mode (HS-SPME/GC×GC– ToFMS) arises as a possible solution to the determination of these parameters. Thus, this work aims to test for differences between red deer populations, using scats from natural fenced red deer populations as a model to distinguish between sexes. The obtained volatiles are an attempt to determine specific sets of compounds or chemical families’ markers for males, females and for each population, targeting the use in wildlife approaches. In fact, results showed that populations and gender successful differentiation was based on a sub-set of probably, diet and chemical communication compounds, respectively. The mechanism underling this differentiation is probably the interaction of genetics and environment leading to changes in animals’ physiology...

Patterns of genetic diversity in southern and southeastern Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze relict populations

Souza,Maria Isabel Ferreira de; Salgueiro,Fabiano; Carnavale-Bottino,Mariana; Félix,Durvalina Benedita; Alves-Ferreira,Marcio; Bittencourt,Juliana Vitoria Messias; Margis,Rogério
Fonte: Sociedade Brasileira de Genética Publicador: Sociedade Brasileira de Genética
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2009 EN
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36.22%
Habitat fragmentation and a decrease in population size may lead to a loss in population genetic diversity. For the first time, the reduction in genetic diversity in the northernmost limit of natural occurence (southeastern Brazil) of Araucaria angustifolia in comparison with populations in the main area of the species continuous natural distribution (southern Brazil), was tested. The 673 AFLPs markers revealed a high level of genetic diversity for the species (Ht = 0.27), despite anthropogenic influence throughout the last century, and a decrease of H in isolated populations of southeastern Brazil (H = 0.16), thereby indicating the tendency for higher genetic diversity in remnant populations of continuous forests in southern Brazil, when compared to natural isolated populations in the southeastern region. A strong differentiation among southern and southeastern populations was detected (AMOVA variance ranged from 10%-15%). From Bayesian analysis, it is suggested that the nine populations tested form five "genetic clusters" (K = 5). Five of these populations, located in the northernmost limit of distribution of the species, represent three "genetic clusters". These results are in agreement with the pattern of geographic distribution of the studied populations.

Assessing the genetic structure of Oryza glumaepatula populations with isozyme markers

Veasey,Elizabeth Ann; Cardin,Daruska; Silva,Rainério Meireles; Bressan,Eduardo de Andrade; Vencovsky,Roland
Fonte: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar Publicador: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2008 EN
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36.22%
To assess the genetic diversity and genetic structure parameters, nine populations of Oryza glumaepatula from the Amazon biome, four from the Pantanal biome, and one collected at Rio Xingu, Mato Grosso, totaling 14 populations and 333 individuals were studied with isozyme markers. Six loci were evaluated showing a moderate allozyme variability (A = 1.21, P = 20.7%, Ho = 0.005, He = 0.060). The populations from the Pantanal biome showed higher diversity levels than the Amazon biome. High genetic differentiation among the populations, expected for self-fertilizing species, was observed (F ST=0.763), with lower differentiation found among the Pantanal populations (F ST=0.501). The average apparent outcrossing rate was higher for the Pantanal populations (t a = 0.092) than for the Amazonian populations (t a = 0.003), while the average for the 14 populations was 0.047, in accordance with a self-fertilization mating system.

Differential Admixture Shapes Morphological Variation among Invasive Populations of the Lizard Anolis sagrei

Larson, Allan; Kolbe, Jason J.; Losos, Jonathan
Fonte: Blackwell Publishing Publicador: Blackwell Publishing
EN_US
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36.28%
The biological invasion of the lizard Anolis sagrei provides an opportunity to study evolutionary mechanisms that produce morphological differentiation among non-native populations. Because the A. sagrei invasion represents multiple native-range source populations, differential admixture as well as random genetic drift and natural selection, could shape morphological evolution during the invasion. Mitochondrial DNA (mtDNA) analyses reveal seven distinct native-range source populations for 10 introduced A. sagrei populations from Florida, Louisiana and Texas (USA), and Grand Cayman, with 2-5 native-range sources contributing to each non-native population. These introduced populations differ significantly in frequencies of haplotypes from different native-range sources and in body size, toepad-lamella number, and body shape. Variation among introduced populations for both lamella number and body shape is explained by differential admixture of various source populations; mean morphological values of introduced populations are correlated with the relative genetic contributions from different native-range source populations. The number of source populations contributing to an introduced population correlates with body size, which appears independent of the relative contributions of particular source populations. Thus...

Caracterização genética de populações naturais de araticunzeiro (Annona crassiflora Mart.) pela análise de cpDNA; Genetic characterization of natural populations of araticunzeiro (Annona crassiflora Mart.) by cpDNA sequence analysis

BLANCO, Angel José Vieira
Fonte: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Agronomia; Ciências Agrárias Publicador: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Agronomia; Ciências Agrárias
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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36.23%
The araticunzeiro (Annona crassiflora Mart.) is a tropical fruit tree species from the Cerrado (Brazilian Savannah) with high economic potential. The strong degradation of the Cerrado, allied to the predatory extractivism that threatens the species, points out to the necessity of development of research to support future conservation programs. With the aim to furnish information about the genetic status of this species and to guide future conservation strategies, 82 individuals from 11 natural populations were submitted to genetic analysis. The coalescent based analysis of the polymorphism present in the trn-L cpDNA allowed the detection of high levels of genetic diversity in the species. In spite of the high level of genetic similarity among different populations the results produced suggested that, , there is an incipient, but statistically significant, increasing differentiation process taking place due to current status of geographical isolation and genetic drift. The genetic differentiation coefficient estimated was equal to 7.3%. The spatial genetic divergence analyses suggested that the genetic distances are not associated to geographical distances between populations, evidencing the absence of current gene flow between adjacent populations. The coalescent based approach allowed the identification of different evolutionary scenes to the investigated populations. Among sampled populations cases from well conserved status to dangerous low levels of genetic diversity were detected. Results obtained by the use of coalescent models to infer the divergence time between populations suggested that natural populations of A. crassiflora were...

La catégorisation des populations sans logement. Un exemple de prise en charge de populations marginalisées par l’État français à la fin des XIXème et XXème siècles

Godrie, Baptiste
Fonte: Université de Montréal Publicador: Université de Montréal
Tipo: Thèse ou Mémoire numérique / Electronic Thesis or Dissertation
FR
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36.22%
Ce mémoire porte sur les processus de catégorisation et les modes de prise en charge des populations sans logement par l’État français à deux époques que sont la fin du XIXème siècle et la fin du XXème siècle (1880-1910 et 1980-2008). Au cours de ces deux périodes charnières, les transformations socio-économiques brouillent les dispositifs traditionnels de prise en charge de populations sans logement et conduisent progressivement l’État à une redéfinition de ces populations sur le plan administratif ainsi qu’à un resserrement sur le plan juridique. L’analyse met en évidence la résistance des discours juridiques et politiques face aux transformations sociales avant d’étudier l’émergence de nouvelles catégories et de nouveaux dispositifs pour appréhender et contrôler ces populations. Les sources utilisées (juridico-politiques et médicales) permettent de nuancer l’analyse dominante proposée jusqu’alors par Castel, qui néglige les sources médicales dans son étude des bouleversements sociaux et de la prise en charge des populations marginalisées aux deux époques. Enfin, le travail de catégorisation des populations marginalisées de la part de l’État s’oppose à une résistance de la part des populations elles-mêmes qui débordent les catégories et les dispositifs mis en œuvre pour les appréhender.

Cutting grass on desert islands: Genetic structure of disjunct coastal and central Australian populations of Gahnia trifida (Cyperaceae)

Clarke, L.; Whalen, M.; Mackay, D.
Fonte: Blackwell Science Ltd Publicador: Blackwell Science Ltd
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2013 EN
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36.24%
AIM Great Artesian Basin (GAB) springs in central Australia support several plant species otherwise not found in the arid zone. Evolutionary theory predicts that isolated populations will experience reductions in gene flow and genetic diversity, and higher levels of inbreeding. Our aim was to test this prediction by comparing the genetic structure of cutting grass, Gahnia trifida, (Cyperaceae) on disjunct GAB springs with coastal populations that have experienced recent fragmentation. LOCATION Naturally isolated GAB springs near Lake Eyre, central Australia, and coastal sites in southern Australia. METHODS We used 13 microsatellite markers to genotype 267 samples from six GAB spring and four coastal G. trifida populations. These data were used to estimate population genetic statistics and contemporary and historical measures of gene flow in the two regions. RESULTS GAB spring populations display lower levels of genetic diversity compared with coastal populations. Furthermore, GAB spring populations displayed much higher levels of genetic differentiation (FST = 0.52) than populations at coastal sites (FST = 0.22). Several coastal populations exhibited historical genetic connectivity, whereas analysis of molecular variation (AMOVA) and contemporary migration rate estimates indicate that populations from GAB spring groups are demographically independent. MAIN CONCLUSIONS Divergence estimates based on microsatellite data suggest restriction of central Australian G. trifida populations to refugial spring habitats since at least 15–28 ka...

Variabilité Génétique des Populations Ouest-Africaines

Gbeha, Elias
Fonte: Université de Montréal Publicador: Université de Montréal
Tipo: Thèse ou Mémoire numérique / Electronic Thesis or Dissertation
FR
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36.24%
Notre patrimoine génétique dévoile, de plus en plus, les passerelles démogénétiques d’une susceptibilité plus accrue de certains individus à des maladies infectieuses complexes. En vue d’une caractérisation de la variabilité génétique des populations ouest-africaines, nous avons analysé 659 chromosomes X au locus dys44 qui comprend, 35 SNPs et un microsatellite distribués sur 2853 pb en amont et 5034 pb en aval de l’exon 44 du gène de la dystrophine en Xp21.3. Les génotypes obtenus, par ASO dynamique et électrophorèse sur gel d’acrylamide, ont servi à la détermination des haplotypes. Des paramètres comme la diversité haplotypique (G) et l'indice de fixation (Fst) ont été calculés. Des analyses en composantes principales ainsi que multidimensionnelles ont été réalisées. Sur 68 haplotypes détectés, 26 sont nouveaux, et cette région, avec une diversité haplotypique moyenne (Gmoy) de 0,91 ± 0,03, se révèle beaucoup plus hétérogène que le reste du continent (Gmoy = 0,85 ± 0,04). Toutefois, malgré l’existence de disparités sous régionales dans la distribution des variants du marqueur dys44, l’AMOVA montre d’une manière générale, une faible érosion de l’éloignement génétique entre les populations subsahariennes (Fst = 1...

Caracterização genética de populações de jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris), utilizando marcadores microssatélites.; Genetic characterization of broad-snouted caiman (Caiman latirostris) populations by microsatellites markers.

Villela, Priscilla Marqui Schmidt
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/05/2004 PT
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36.27%
Um componente considerado crítico para o manejo bem sucedido de populações silvestres é a manutenção da variação genética. No intuito de avaliar a magnitude e a distribuição da variabilidade genética existente em populações de Caiman latirostris, nove populações distribuídas ao longo do eixo latitudinal da distribuição da espécie no Brasil e uma população em cativeiro foram estudadas com auxílio de onze locos microssatélites. A diversidade gênica média (He=h) e a heterozigosidade média observada (Ho) apresentaram valores elevados, 0,628 e 0,567, respectivamente, denotando existência de elevada variabilidade genética para esta espécie nas regiões de estudo. A população paulista mesmo estando na zona intermediária de distribuição geográfica no Brasil não possui a maior variabilidade genética. O valor FST estimado foi 0,270 e o RST foi 0,342. Ambas as medidas de diferenciação entre as populações foram significativas (P<0,05). As altas estimativas de FST e RST sugerem a ausência ou fluxo gênico restrito entre essas populações, exceção feita entre as populações de Natal (RN) e João Pessoa (PB), onde não houve diferenciação significativa entre as populações, sugerindo assim que há fluxo gênico entre elas...

Genetic diversity in introduced populations with Allee effect

Wittmann, Meike J.; Gabriel, Wilfried; Metzler, Dirk
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
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36.22%
A phenomenon that strongly influences the demography of small introduced populations and thereby potentially their genetic diversity is the Allee effect, a reduction in population growth rates at small population sizes. We take a stochastic modeling approach to investigate levels of genetic diversity in populations that successfully overcame a strong demographic Allee effect, a scenario in which populations smaller than a certain critical size are expected to decline. Our results indicate that compared to successful populations without Allee effect, successful Allee-effect populations tend to 1) derive from larger founder population sizes and thus have a higher initial amount of genetic variation, 2) spend fewer generations at small population sizes where genetic drift is particularly strong, and 3) spend more time around the critical population size and thus experience more drift there. Altogether, the Allee effect can either increase or decrease genetic diversity, depending on the average founder population size. In the case of multiple introduction events, there is an additional increase in diversity because Allee-effect populations tend to derive from a larger number of introduction events than other populations. Finally, we show that given genetic data from sufficiently many populations...

Genetic structure of Sino-Tibetan populations revealed by forensic STR loci

Yao, Hong-Bing; Wang, Chuan-Chao; Wang, Jiang; Tao, Xiaolan; Wen, Shao-Qing; Du, Qiajun; Deng, Qiongying; Xu, Bingying; Huang, Ying; Wang, Hong-Dan; Li, Shujin; Cong, Bin; Ma, Liying; Jin, Li; Krause, Johannes; Li, Hui
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 06/03/2015
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36.23%
The origin and diversification of Sino-Tibetan populations have been a long-standing hot debate. However, the limited genetic information of Tibetan populations keeps this topic far from clear. In the present study, we genotyped 15 forensic autosomal STRs from 803 unrelated Tibetan individuals from Gansu Province (635 from Gannan and 168 from Tianzhu). We combined these data with published dataset to infer a detailed population affinities and admixture of Sino-Tibetan populations. Our results revealed that the genetic structure of Sino-Tibetan populations was strongly correlated with linguistic affiliations. Although the among-population variances are relatively small, the genetic components for Tibetan, Lolo-Burmese, and Han Chinese were quite distinctive, especially for the Deng, Nu, and Derung of Lolo-Burmese. Southern indigenous populations, such as Tai-Kadai and Hmong-Mien populations might have made substantial genetic contribution to Han Chinese and Altaic populations, but not to Tibetans. Likewise, Han Chinese but not Tibetan shared very similar genetic makeups with Altaic populations, which did not support the North Asian origin of Tibetan populations. The dataset generated here are also valuable for forensic identification.; Comment: 11 pages...