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Redução do crescimento e resistência celular de carcinoma mamário após silenciamento do gene PIF/DCD (Proteolysis-Inducing Factor) via shRNAi.; Reduction of growth and resistance cellular of mammary carcinoma after silencing of gene PIF/DCD (Proteolysis-inducing Factor) by shRNAi.

Moreira, Dayson Friaça
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 15/08/2007 PT
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27.93%
A expressão do PIF/DCD em tumores tem sido relacionada ao crescimento e resistência à morte celular e à indução de caquexia em camundongos. O objetivo deste estudo foi investigar o papel do PIF/DCD nestes processos. Foram construídos três PIF/DCD-RNAi chamados de IBC-I, II, III e pKLO (controle), compreendendo diferentes áreas do mRNA, geramos clones celulares PIF/DCD-RNAi e comparamos a expressão do mRNA por RT-PCR em tempo real. Depois, foi avaliado o crescimento e formação de colônias dos clones RNAi in vitro e a progressão tumoral in vivo em camundongo Nude. Os RNAi IBC-I, II e III reduziram a expressão em 93,25% dos transcritos do PIF/DCD, alem de reduzir em 61,7% a capacidade de formação de colônias em comparação ao controle (p<0.001). Nos experimentos in vivo, os camundongos 2 meses do grupo pKLO tiveram um retardo no desenvolvimento muscular. O grupo pKLO de 8 meses apresentou uma redução de 35% do seu peso. Ambos mostraram diminuição da massa muscular (p<0,05). Estes resultados confirmam o papel do PIF/DCD na progressão tumoral.; The PIF/DCD expression in tumors has been related to the growth and resistance to cellular death and induction of cachexia in mice. The aim of this study was to investigate the role of PIF/DCD in these processes. It was designed three PIF/DCD-RNAi named IBC-I...

"Expressão gênica do fator de indução de proteólise (PIF) e de sua forma variante (PIF-SV) em células normais e malignas"; Genetic expression of proteolsys-inducing factor (PIF) and its splicing form (PIF-SV) in normal and tumor cells

Markovic, Jasna
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 19/02/2004 PT
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O fator de indução de proteólise (proteolysis-inducing factor) ou PIF é uma glicoproteína de 24 kDa encontrada no plasma de pacientes com câncer e responsável pelo catabolismo de proteínas musculares associado a caquexia neoplásica. O presente trabalho investigou pelas técnicas de RT-PCR, RACE-PCR e Real-time PCR a presença de formas de expressão de mensagens do PIF em vários tipos celulares derivados de tecido normal e tumoral. A expressão de mRNA do gene foi testada em 37 amostras de tumores e 4 tecidos normais, sendo detectada em 7 de 20 linhagens tumorais de mama, uma linhagem tumoral de cólon e no tecido normal da mama, placenta e testículo. A expressão significativa do gene PIF entre as linhagens metastáticas da mama foi confirmada pela técnica de Real-time PCR. Uma nova variante da mensagem (PIF-SV), contendo um novo éxon de 64 bp, inserido entre os éxons 4 e 5, foi identificada em tecido normal de mama pela técnica de RACE-PCR. Esta forma variante de PIF é expressa concomitante com a forma principal de PIF em tumores primários da mama, linhagens tumorais de mama e nos tecidos normais da mama e placenta. Parece que o PIF exerce funções fisiológicas nos tecidos normais.; Proteolysis-inducing factor (PIF) is a 24 kDa glycoprotein identified in plasma of cancer patients and responsible for muscle catabolism associated with the process of cancer cachexia. The present study has investigated...

Pif Paf

Rocha, Lygia Maria Silva
Fonte: Florianópolis, SC Publicador: Florianópolis, SC
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 206 p.| il.
POR
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Comunicação e Expressão. Programa de Pós-Graduação em Jornalismo; A presente pesquisa analisa a revista Pif Paf, publicada por Millôr Fernandes em 1964, e o espaço ocupado por essa publicação no campo jornalístico brasileiro. A partir da constatação de que a linguagem humorística da revista entra em choque com a padronização do texto jornalístico # baseada no ideal da objetividade # implementada pela grande imprensa brasileira na década de 50, busca-se compreender a trajetória histórica da formatação da linguagem jornalística. Para isso, a pesquisa se baseia nas análises de Pierre Bourdieu sobre o mercado de bens simbólicos, o campo de produção erudita e o campo da indústria cultural (onde se insere o jornalismo) e nos trabalhos de John Hartley e Michael Shudson sobre a formação do campo jornalístico, sua função social e linguagem.

Prospecção de genes pif (per os infectivity factor) em variantes genotípicos de Anticarsia gemmatalis MNPV e construção de recombinante com interrupção do gene pif-1

Ferreira, Briana Cardoso
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Dissertação
PT_BR
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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2008.; Os baculovirus são vírus patogênicos a insetos, principalmente aos da ordem Lepidoptera. É comum o aparecimento de mutantes defectivos em populações de campo, com ausência de genes essenciais, que são mantidos pela co-infecção de células por diferentes genótipos virais. Esses genótipos quando purificados podem perder a capacidade de infectar a larva hospedeira, devido a deleções em genes pif (per os infectivity factor), essenciais para a infecção por via oral. Sabe-se que as proteínas PIF estão associadas ao envelope da partícula ODV, necessária para o estabelecimento da infecção primária no inseto. O genoma do Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) foi recentemente seqüenciado sendo então relatada a presença dos genes pif-1 e pif-2 no vírus. Neste trabalho, genótipos de AgMNPV derivados do isolado de campo AgMNPV-79 foram selecionados e, através de análise de perfil de restrição do DNA viral, foi confirmada a existência de variantes genotípicos na população. Para a investigação da possível presença de mutantes defectivos, amplificações das regiões de pif-1 e pif-2 por PCR foram realizadas em cada variante sendo que todos os clones da população apresentaram amplificações dos dois genes. Todos os clones mostraram-se altamente infecciosos por ingestão oral...

Análise da diversidade genética de genes responsáveis pela infecção per os (pif) e de fatores associados à virulência de Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus

Ferreira, Briana Cardoso
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Tese
POR
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Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2013.; Os baculovírus são patogênicos a insetos e têm sido efetivos no controle de pragas em áreas agrícolas e florestais. No Brasil, o baculovírus anticarsia (AgMNPV) tem sido empregado como inseticida biológico desde o início da década de oitenta para o controle da lagarta da soja, Anticarsia gemmatalis, uma das principais pragas dessa cultura. A principal rota de infecção do vírus se dá através da ingestão dos corpos de oclusão (OB) que, uma vez no intestino médio altamente alcalino, libera as partículas ODV (Occluded Derived Virus). A ligação, fusão e entrada dessas partículas nas células intestinais são mediadas por proteínas virais localizadas na membrana do ODV. Essas proteínas são codificadas por genes denominados pif (per os infectivity factors) os quais são fatores essenciais para infectividade oral, com consequente desenvolvimento da doença no corpo do inseto. Esse trabalho teve como objetivos: avaliar a estabilidade dos genes pif de isolados temporais e geográficos de AgMNPV; construir antissoros policlonais das proteínas PIF; construir vírus recombinantes com deleção de genes pif e analisar as sequências genômicas de dois clones de AgMNPV com grande diferença na virulência. Entre os genes pif dos isolados analisados...

Relação entre apresentação clínica, carga viral e a titulação de anticorpos na peritonite infecciosa felina

Mota, Ana Luísa Deodato Ribeiro
Fonte: Universidade Técnica de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária Publicador: Universidade Técnica de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária
Tipo: Trabalho de Conclusão de Curso
Publicado em 30/11/2010 POR
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Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária; A Peritonite Infecciosa Felina (PIF) é uma doença sistémica, mais frequente em animais jovens e gatos provenientes de gatis, provocada pelo Coronavírus Felino (FCoV), um vírus RNA cadeia simples sentido positivo com envelope. A proteína S viral permite a diferenciação entre os dois serótipos do FCoV. O vírus é transmitido por via fecal-oral, atinge os enterócitos, onde se multiplica. O modo peculiar de replicação viral facilita o surgimento da mutação essencial, que cria a forma virulenta do FCoV, o vírus da Peritonite Infecciosa Felina (FIPV). A resposta imunitária celular é a única eficaz contra o FIPV. A resposta humoral não o é, podendo mesmo contribuir para o desenvolvimento da doença. A presença de derrames é característica da forma exsudativa da PIF, manifestando-se por dilatação abdominal e dispneia. Outros sinais menos específicos, como palidez das mucosas, icterícia, febre moderada ou anorexia e prostração costumam estar presentes. Na forma seca são comuns os sinais oculares e neurológicos, e também outros sinais inespecíficos. A PIF não induz alterações analíticas, sendo mais frequentemente notado anemia ligeira...

Controlos veterinários nos postos de inspeção fronteiriços

Leite, Joana Filipa Siquenique
Fonte: Universidade Técnica de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária Publicador: Universidade Técnica de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em 14/12/2012 POR
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Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária; O comércio de produtos animais, de origem animal e animais vivos entre a União Europeia (UE) e países terceiros, bem como as trocas intracomunitárias, estão assentes num vasto conjunto de diretivas, decisões e regulamentos que permitem uma abordagem harmonizada por parte das autoridades veterinárias dos vários Estados Membros. À chegada à UE, tais produtos e animais são controlados em pontos de entrada específicos e aprovados, denominados Posto de Inspeção Fronteiriço (PIF). Estes encontram-se sob responsabilidade dos médicos veterinários oficiais, os quais realizam os controlos veterinários e asseguram que os animais e produtos que entram na UE são seguros e satisfazem as condições específicas de importação estabelecidas na legislação europeia. O PIF de Lisboa é o maior e o principal posto de inspeção fronteiriço em Portugal, tendo um papel fundamental no controlo das remessas/lotes introduzidas na UE através do território português. No entanto, estas representam apenas uma pequena fração do total de remessas/lotes que entram diariamente na UE. Dois dos principais PIF europeus localizam-se na Holanda, no porto de Roterdão e no aeroporto de Amesterdão...

Controlos veterinários nos postos de inspeção fronteiriços : duas realidades

Fernandes, Diogo Antas Botelho Lobo
Fonte: Universidade de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária Publicador: Universidade de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em 08/01/2014 POR
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Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária; As importações de produtos de origem animal de países terceiros para a União Europeia (UE), devem respeitar uma série de regras específicas impostas pela legislação comunitária tendo em vista a salvaguarda da respetiva segurança sanitária, no momento da sua entrada no mercado único europeu. A verificação desses requisitos está a cargo das autoridades veterinárias de cada Estado Membro (EM) em pontos de entrada específicos devidamente aprovados, denominados Postos de Inspeção Fronteiriços (PIF). Nestes locais, são efetuados controlos oficiais sob responsabilidade de uma equipa composta por médicos veterinários que certifica o cumprimento das condições impostas referentes à higiene pública veterinária e à sanidade animal em cada remessa. Para garantir a lealdade nas relações comerciais é fundamental portanto, que existam, entre todos os PIF dispersos pelo território da UE, procedimentos harmonizados quando são executados os controlos veterinários, antecedidos de uma uniformização do processo de aprovação de cada PIF. O PIF de Roterdão, localizado dentro do maior porto europeu, faz parte da lista oficial de Postos de Inspeção aprovados pela Comissão Europeia (CE)...

Cloning of the pif region of the F sex factor and identification of a pif protein product.

Rotman, G S; Cooney, R; Malamy, M H
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /07/1983 EN
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This paper reports a detailed investigation of the pif region of the F factor responsible for inhibition of development of T7 and related "female-specific" phages. We have mapped a series of pif::Tn5 insertions to a region between 39.6 and 42.8 kilobases on the physical map of F. All pif::Tn5 insertions plated T7 at full efficiency; most were clustered in a 1.8-kilobase interval on both sides of the EcoRI site located at F coordinate 40.3 kilobases. A 5.2-kilobase Pst-I fragment with F coordinates 38.9 to 44.1 has been cloned into a pSC101 vector to create the Pif+ plasmid pGS103. A series of Pif- deletion mutants and nonsense mutants were isolated from pGS103. Using minicells carrying pGS103 or its derivatives, we have identified a 70,000-dalton pif protein.

Identification of a pocket in the PDK1 kinase domain that interacts with PIF and the C–terminal residues of PKA

Biondi, Ricardo M.; Cheung, Peter C.F.; Casamayor, Antonio; Deak, Maria; Currie, Richard A.; Alessi, Dario R.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/03/2000 EN
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The 3-phosphoinositide-dependent protein kinase–1 (PDK1) phosphorylates and activates a number of protein kinases of the AGC subfamily. The kinase domain of PDK1 interacts with a region of protein kinase C–related kinase–2 (PRK2), termed the PDK1-interacting fragment (PIF), through a hydrophobic motif. Here we identify a hydrophobic pocket in the small lobe of the PDK1 kinase domain, separate from the ATP- and substrate-binding sites, that interacts with PIF. Mutation of residues predicted to form part of this hydrophobic pocket either abolished or significantly diminished the affinity of PDK1 for PIF. PIF increased the rate at which PDK1 phosphorylated a synthetic dodecapeptide (T308tide), corresponding to the sequences surrounding the PDK1 phosphorylation site of PKB. This peptide is a poor substrate for PDK1, but a peptide comprising T308tide fused to the PDK1-binding motif of PIF was a vastly superior substrate for PDK1. Our results suggest that the PIF-binding pocket on the kinase domain of PDK1 acts as a ‘docking site’, enabling it to interact with and enhance the phosphorylation of its substrates.

Evidence for the Presence of Nontranslated T7 Late mRNA in Infected F′(PIF+) Episome-Containing Cells

Blumberg, Daphne D.; Malamy, Michael H.
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /02/1974 EN
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27.8%
The inability of T7 to develop in cells of Escherichia coli containing F+ or substituted F′ episomes is a result of the failure to synthesize late proteins; no in vivo translation of mRNA species synthesized by the T7 RNA polymerase occurs. Further experiments have been performed to measure the amount of late mRNA in T7-infected F′(PIF+) cells. (We have designated the property of phage inhibition of F factors as PIF; the wild-type episome is therefore F′[PIF+].) T7 late proteins were synthesized in vitro by using a system programed with RNA extracted from T7-infected F− and F′(PIF+) cells. The T7 lysozyme, product of gene 3.5, and the gene 10 head protein were assayed. The following results were obtained: (i) mRNA capable of supporting in vitro synthesis of lysozyme and the gene 10 head protein is present in T7-infected F′(PIF+) cells; (ii) lysozyme mRNA extracted from T7-infected F′(PIF+) cells is present at 70 to 75% of the level found in T7-infected F− cells; (iii) gene 10 mRNA is present at 35 to 78% of the level found in T7-infected F− cells. No in vivo synthesis of either lysozyme or gene 10 protein can be detected in T7-infected F′(PIF+) cells although normal synthesis of these proteins occurs in F− cells. These findings confirm that the block in T7 development in F′(PIF+) cells results from the failure to translate late classes of T7 RNA.

pif mutation blocks recombination between mitochondrial rho+ and rho- genomes having tandemly arrayed repeat units in Saccharomyces cerevisiae.

Foury, F; Kolodynski, J
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /09/1983 EN
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27.87%
Three allelic nuclear mutants affected in the recombination of mtDNA have been characterized in Saccharomyces cerevisiae and assigned to the PIF locus. In the mutants, the general recombination measured by the recombination frequency between linked or unlinked alleles is normal. However, the pif mutations prevent the integration into the rho+ genome of the markers (oli1, oli2, diu1, ery, oxi1, oxi2) of those rho- genomes that have tandemly arrayed repeat units. Therefore, these rho- genomes characterize a PIF-dependent recombination system. The pif mutations have also revealed the existence of a PIF-independent recombination system used by those rho- genomes that have an inverted organization of their repeat units. The markers of such palindromic rho- genomes exhibit high integration frequency into the rho+ genome even in the presence of the pif mutation. In addition, the pif mutations greatly increase suppressiveness in crosses between pif rho+ strains and PIF-dependent as well as PIF-independent rho- clones. We conclude that the recombination between rho+ and rho- genomes involves at least two distinct systems that depend on the organization of the rho- genome.

A PIF-dependent recombinogenic signal in the mitochondrial DNA of yeast

Foury, Françoise; Dyck, Eric Van
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 16/12/1985 EN
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From their recombination properties, tandem rho- mutants of the mitochondrial genome of Saccharomyces cerevisiae were divided into two categories. In crosses between PIF-independent rho- and rho+ strains, the recombination frequency is low and similar in PIF/pif and pif/pif diploids. In crosses between PIF-dependent rho- and rho+ strains, the recombination frequency is stimulated 10-50 times in PIF/pif diploids and is drastically decreased in pif/pif diploids. These results suggest that a recombinogenic signal is present in the mitochondrial (mt) DNA of PIF-dependent rho- clones. This signal is not recognized in pif mutants. Sequence analysis of a series of small (<300 bp) overlapping tandem rho- genomes located in the ery region of the 21S rRNA gene led us to identify an essential element of this signal within a 41-bp A+T sequence exhibiting over 26 bp a perfect dyad symmetry. However the recombinogenic signal is not sequence-specific since the sequence described above does not characterize PIF-dependent rho- clones located in the oli1 region. Our results rather suggest that the recombinogenic signal is related to the topology of rho- DNA. Denaturated sites in the double helix or cruciform structures elicited by local negative supercoiling might be preferred sites of the initiation of recombination.

Alleles at the PRH1 locus coding for the human salivary-acidic proline-rich proteins Pa, Db, and PIF.

Azen, E A; Kim, H S; Goodman, P; Flynn, S; Maeda, N
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /12/1987 EN
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27.76%
We cloned and sequenced the entire exon and intron structures of Db and Pa genetic determinants at the PRH1 locus. Their derived amino acid sequences and that previously determined for the PIF protein completely explain the electrophoretic phenotypes of the acidic proline-rich proteins (PRPs) Pa, Db, and PIF. Thus, the Cys substitution near Arg 106 in the Pa protein sterically interferes with proteolytic cutting at Arg 106 and accounts for the single-banded phenotype. In contrast, the Db and PIF proteins are proteolytically cut at Arg 106 and show a double-banded phenotype. The Db protein has an extra 21-amino acid repeat that accounts for its larger size compared with the equal sized Pa monomer and PIF proteins. Several amino acid substitutions account for the charge and mobility differences of the Pa, Db, and PIF proteins in isoelectric-focusing gels. These DNA/protein correlations, as well as the extremely similar genomic-DNA sequences that differ by less than 1%, establish that Pa, Db, and PIF are alleles at the PRH1 locus. On the basis of the DNA sequences, we conclude that Db and Pa alleles diverged more recently from a common precursor than did the PIF allele from its precursor.

Activation of ATP-ubiquitin-dependent proteolysis in skeletal muscle in vivo and murine myoblasts in vitro by a proteolysis-inducing factor (PIF)

Lorite, M J; Smith, H J; Arnold, J A; Morris, A; Thompson, M G; Tisdale, M J
Fonte: Nature Publishing Group Publicador: Nature Publishing Group
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /07/2001 EN
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27.71%
Loss of skeletal muscle is a major factor in the poor survival of patients with cancer cachexia. This study examines the mechanism of catabolism of skeletal muscle by a tumour product, proteolysis-inducing factor (PIF). Intravenous administration of PIF to normal mice produced a rapid decrease in body weight (1.55 ± 0.12 g in 24 h) that was accompanied by increased mRNA levels for ubiquitin, the Mr 14 000 ubiquitin carrier-protein, E2, and the C9 proteasome subunit in gastrocnemius muscle. There was also increased protein levels of the 20S proteasome core and 19S regulatory subunit, detectable by immunoblotting, suggesting activation of the ATP-ubiquitin-dependent proteolytic pathway. An increased protein catabolism was also seen in C2C12 myoblasts within 24 h of PIF addition with a bell-shaped dose–response curve and a maximal effect at 2–4 nM. The enhanced protein degradation was attenuated by anti-PIF antibody and by the proteasome inhibitors MG115 and lactacystin. Glycerol gradient analysis of proteasomes from PIF-treated cells showed an elevation in chymotrypsin-like activity, while Western analysis showed a dose-related increase in expression of MSSI, an ATPase that is a regulatory subunit of the proteasome, with a dose–response curve similar to that for protein degradation. These results confirm that PIF acts directly to stimulate the proteasome pathway in muscle cells and may play a pivotal role in protein catabolism in cancer cachexia. © 2001 Cancer Research Campaign http://www.bjcancer.com

Phytochrome Signaling in Green Arabidopsis Seedlings: Impact Assessment of a Mutually Negative phyB–PIF Feedback Loop

Leivar, Pablo; Monte, Elena; Cohn, Megan M.; Quail, Peter H.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN
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27.87%
The reversibly red (R)/far-red (FR)-light-responsive phytochrome (phy) photosensory system initiates both the deetiolation process in dark-germinated seedlings upon first exposure to light, and the shade-avoidance process in fully deetiolated seedlings upon exposure to vegetational shade. The intracellular signaling pathway from the light-activated photoreceptor conformer (Pfr) to the transcriptional network that drives these responses involves direct, physical interaction of Pfr with a small subfamily of bHLH transcription factors, termed Phy-Interacting Factors (PIFs), which induces rapid PIF proteolytic degradation. In addition, there is evidence of further complexity in light-grown seedlings, whereby phyB–PIF interaction reciprocally induces phyB degradation, in a mutually-negative, feedback-loop configuration. Here, to assess the relative contributions of these antagonistic activities to the net phenotypic readout in light-grown seedlings, we have examined the magnitude of the light- and simulated-shade-induced responses of a pentuple phyBpif1pif3pif4pif5 (phyBpifq) mutant and various multiple pif-mutant combinations. The data (1) reaffirm that phyB is the predominant, if not exclusive, photoreceptor imposing the inhibition of hypocotyl elongation in deetiolating seedlings in response to prolonged continuous R irradiation and (2) show that the PIF quartet (PIF1...

Boto, a class II transposon in Moniliophthora perniciosa, is the first representative of the PIF/Harbinger superfamily in a phytopathogenic fungus.

PEREIRA, J. F.; ALMEIDA, A. P. M. M.; COTA, J.; PAMPHILE, J. A.; SILVA, G. F. da; ARAÚJO, E. F. de; GRAMACHO, K. P.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; QUEIROZ, M. V. de
Fonte: Microbiology, v. 159, 2013. Publicador: Microbiology, v. 159, 2013.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Formato: p. 112-125.
EN
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27.65%
Boto, a class II transposable element, was characterized in the Moniliophthora perniciosa genome. The Boto transposase is highly similar to plant PIF-like transposases that belong to the newest class II superfamily known as PIF/Harbinger. Although Boto shares characteristics with PIF-like elements, other characteristics, such as the transposase intron position, the position and direction of the second ORF, and the footprint, indicate that Boto belongs to a novel family of the PIF/Harbinger superfamily. Southern blot analyses detected 6?12 copies of Boto in C-biotype isolates and a ubiquitous presence among the C- and S-biotypes, as well as a separation in the C-biotype isolates from Bahia State in Brazil in at least two genotypic groups, and a new insertion in the genome of a C-biotype isolate maintained in the laboratory for 6 years. In addition to PCR amplification from a specific insertion site, changes in the Boto hybridization profile after the M. perniciosa sexual cycle and detection of Boto transcripts gave further evidence of Boto activity. As an active family in the genome of M. perniciosa, Boto elements may contribute to genetic variability in this homothallic fungus. This is the first report of a PIF/Harbinger transposon in the genome of a phytopathogenic fungus.; 2013

The Role of Vertical and Horizontal Transfer in the Evolutionary Dynamics of PIF-Like Transposable Elements in Triticeae

Markova, Dragomira N.; Mason-Gamer, Roberta J.
Fonte: Public Library of Science Publicador: Public Library of Science
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 10/09/2015 EN
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27.76%
PIF-like transposable elements are members of the PIF/Harbinger superfamily of DNA transposons found in the genomes of many plants, animals, and fungi. The evolution of the gene that encodes the transposase responsible for mobilizing PIF-like elements has been studied in both plants and animals, but the elements' history in flowering plants remains poorly known. In this work, we describe the phylogenetic distribution and evolution of PIF-like elements in the genomes of 21 diploid species from the wheat tribe, Triticeae, and we present the first convincing evidence of horizontal transfer of PIF elements in plant genomes. A phylogenetic analysis of 240 PIF sequences based on the conserved region of the transposase domain revealed at least four main transposase lineages. Their complex evolutionary history can be best explained by a combination of vertical transmission with differential evolutionary success among lineages, and occasional horizontal transfer between phylogenetically distant Triticeae genera. In addition, we identified 127 potentially functional transposase sequences indicating possible recent activity of PIF.

Parvovirus initiation factor PIF: a novel human DNA-binding factor which coordinately recognizes two ACGT motifs.

Christensen, J; Cotmore, S F; Tattersall, P
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /08/1997 EN
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A novel human site-specific DNA-binding factor has been partially purified from extracts of HeLa S3 cells. This factor, designated PIF, for parvovirus initiation factor, binds to the minimal origin of DNA replication at the 3' end of the minute virus of mice (MVM) genome and functions as an essential cofactor in the replication initiation process. Here we show that PIF is required for the viral replicator protein NS1 to nick and become covalently attached to a specific site in the origin sequence in a reaction which requires ATP hydrolysis. DNase I and copper ortho-phenanthroline degradation of the PIF-DNA complexes showed that PIF protects a stretch of some 20 nucleotides, covering the entire region in the minimal left-end origin not already known to be occupied by NS1. Methylation and carboxy-ethylation interference analysis identified two ACGT motifs, spaced by five nucleotides, as the sequences responsible for this binding. A series of mutant oligonucleotides was then used as competitive inhibitors in gel mobility shift assays to confirm that PIF recognizes both of these ACGT sequences and to demonstrate that the two motifs comprise a single binding site rather than two separate sites. Competitive inhibition of the origin nicking assay...

PIF-Pocket as a Target for C. albicans Pkh Selective Inhibitors

Pastor Flores, Daniel; Schulze, Jörg O.; Bahí, Anna; Giacometti, Romina; Ferrer Dalmau, Jofre; Passeron, Susana; Engel, Matthias; Süß, Evelyn; Casamayor, Antonio; Biondi, Ricardo Miguel
Fonte: American Chemical Society Publicador: American Chemical Society
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:ar-repo/semantics/artículo; info:eu-repo/semantics/publishedVersion Formato: application/pdf
ENG
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The phosphoinositide-dependent protein kinase 1, PDK1, is a master kinase that phosphorylates the activation loop of up to 23 AGC kinases. S. cerevisiae has three PDK1 orthologues, Pkh1 −3, which also phosphorylate AGC kinases (e.g., Ypk, Tpk, Pkc1, and Sch9). Pkh1 and 2 are redundant proteins involved in multiple essential cellular functions, including endocytosis and cell wall integrity. Based on similarities with the budding yeast, the Pkh of fungal infectious species was postulated as a novel target for antifungals. Here, we found that depletion of Pkh eventually induces o xi dat ive s tress and DNA do ubl e-strand breaks, l eading to programmed cell death. This finding supports Pkh as an antifungal target since pharmacological inhibition of Pkh would lead to the death of yeast cells, the ultimate goal of antifungals. It was therefore of interest to further investigate the possibility to develop Pkh inhibitors with selectivity for Candida Pkh that would not inhibit the human ortholog. Here, we describe C. albicans Pkh2 biochemically, structurally and by using chemical probes in comparison to human PDK1. We found that a regulatory site on the C. albicans Pkh2 catalytic domain, the PIF-pocket, diverges from human PDK1. Indeed...