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Sensitivity evaluation of a single-step PCR assay using Ehrlichia canis p28 gene as a target and its application in diagnosis of canine ehrlichiosis; Avaliação da sensibilidade da PCR em uma etapa com base no gene p28 de Ehrlichia canis e sua aplicação no diagnóstico da erliquiose canina

NAKAGHI, Andrea Cristina Higa; MACHADO, Rosangela Zacarias; FERRO, Jesus Aparecido; LABRUNA, Marcelo Bahia; CHRYSSAFIDIS, Andreas Lazaros; ANDRÉ, Marcos Rogério; BALDANI, Cristiane Divan
Fonte: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária Publicador: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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The aim of this study was to optimize a PCR assay that amplifies an 843 pb fragment from the p28 gene of Ehrlichia canis and compare it with two other PCR methods used to amplify portions of the 16S rRNA and dsb genes of Ehrlichia. Blood samples were collected from dogs suspected of having a positive diagnosis for canine ehrlichiosis. Amplification of the p28 gene by PCR produced an 843-bp fragment and this assay could detect DNA from one gene copy among 1 billion cells. All positive samples detected by the p28-based PCR were also positive by the 16S rRNA nested-PCR and also by the dsb-based PCR. Among the p28-based PCR negative samples, 55.3% were co-negatives, but 27.6% were positive in 16S rRNA and dsb based PCR assays. The p28-based PCR seems to be a useful test for the molecular detection of E. canis, however improvements in this PCR sensitivity are desired, so that it can become an important alternative in the diagnosis of canine ehrlichiosis.; O objetivo deste estudo foi aperfeiçoar um ensaio de PCR que amplificasse um fragmento de 843 pares de bases do gene p28 da Ehrlichia canis e compará-lo com outros dois métodos de PCR utilizados para amplificar partes do gene 16S rRNA e dsb do gênero Ehrlichia. Amostras sanguíneas foram colhidas de cães com diagnóstico clínico de erliquiose. A amplificação do gene p28 pela PCR produziu um fragmento de 843pb e esse ensaio permitiu a detecção do DNA de um parasita dentre 1 bilhão de células. Todas as amostras positivas detectadas pela PCR baseada no gene p28 foram também positivas pela nested PCR para detecção do gene 16S rRNA e também pela PCR dsb. Dentre as amostras negativas para a PCR p28...

"Padronização e avaliação de métodos moleculares para detecção de oocistos de Cryptosporidium spp. (Apicomplexa: Cryptosporiidae) em amostras fecais: extração de DNA genômico e PCR (reação em cadeia pela polimerase)" ; Standardization and evaluation of molecular methods to detect oocysts of Cryptosporidium spp (Apicomplexa: Cryptosporiidae) in faecal samples: extraction of genomic DNA and PCR (polymerase chain reaction).

Almeida, Therezinha Travassos Carvalho de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/12/2004 PT
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36.41%
O protozoário parasita Cryptosporidium parvum tem sido reconhecido como um importante patógeno emergente. Para estudos moleculares, a maioria das técnicas para extração do DNA requer o uso de kits importados para concentrar, romper a parede muito resistente do oocisto e purificar o DNA das matrizes das amostras. O objetivo do estudo foi desenvolver um método simples e rápido, baseado na reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detectar Cryptosporidium em fezes preservadas. Oocistos foram concentrados das amostras fecais pela flutuação em gradiente de sacarose. Dos oocistos purificados foi extraído o DNA genômico através de incubação em tampão de lise contendo 70 mM -mercaptoetanol, digerido com proteinase K e extraído com fenol-clorofórmio-álcool isoamílico. A padronização foi iniciada com a PCR única para detectar Cryptosporidium spp usando um par de primer genérico (AWA). Para identificar C. parvum foi realizada a PCR única com o par de primer especifico (LAX). Para aumentar a sensibilidade do método, foi testada a nested-PCR, usando o primer externo XIA. Foram analisadas 39 amostras de DNA do bezerro padrão, 52 amostras de 17 pacientes e 45 amostras de 14 animais. Os resultados foram: 54,28% de positividade na PCR AWA...

Desenvolvimento de métodos para a quantificação direta de Salmonella sp. por PCR-tempo real e por transcriptase reversa-PCR-tempo real; Development of methods for the direct quantification of Salmonella sp. using real time-PCR and reverse transcriptase-PCR-real time

Froder, Hans
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 25/11/2008 PT
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36.42%
Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos...

Análise da cinética de replicação do parvovírus canino em cultivo de células CRFK através da PCR em tempo real; Evaluation of the replication kinetic of canine parvovirus in CRFK cell culture using real-time PCR

Silva, Alexandra Rosa da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 05/09/2011 PT
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No presente estudo, foi inicialmente padronizada uma PCR para detecção do DNA viral da semente de Parvovírus Canino utilizado na vacina brasileira Imunovet® (VR-953TM), tendo como alvo o gene VP2. O produto de PCR foi submetido ao seqüenciamento a fim de caracterizar geneticamente a semente vacinal. A seguir, foi padronizada uma reação de PCR em tempo real (RT-PCR) para detecção de um fragmento de 119 pb do gene VP2, a qual foi empregada para avaliar a cinética de replicação da amostra vacinal do CPV em diferentes métodos e tempos de cultivo celular. A correlação entre os resultados do título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi avaliado pelo Coeficiente de Correlação de Pearson. A PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 457 DICC50/mL. O seqüenciamento do produto de PCR revelou que a amostra vacinal é do tipo CPV-2. A RT-PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 1030 cópias de DNA/mL e uma boa especificidade analítica, pois não detectou o DNA de Adenovírus canino tipos 1 e 2 e Herpesvírus Equino tipo 1. A RT-PCR exibiu Coeficientes de Variação de triplicatas intra-ensaio de 0,43% e inter-ensaio de 0,29%. O Coeficiente de Correlação de Pearson entre o título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi de 0...

Uso de suabe conjuntival na detecção de Leishmaniose Visceral Canina por PCR; Use of conjunctival swab for detection Canine Visceral Leishmaniasis by PCR

Pereira, Vanessa Figueredo
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/05/2013 PT
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36.42%
A leishmaniose visceral canina é uma zoonose, no Brasil causado pelo protozoário Leishmania chagasi (syn. L. infantum). É endêmica em 88 países, os quais compreendem regiões tropicais e subtropicais do Velho e do Novo Mundo, com incidência estimada em 2 milhões de casos por ano. No ambiente urbano, o cão doméstico é considerado o principal reservatório do parasito. A transmissão da doença ocorre através da picada do vetor, díptero flebotomíneo, da espécie Lutzomyia longipalpis. O diagnóstico pode ser feito através de métodos diretos, como esfregaço preparado com os diferentes órgãos linfoides, Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), cultivo in vitro do parasito, ou por métodos sorológicos, como ELISA (Ensaio Imunoenzimático) e RIFI (Reação de Imunofluorescência Indireta). O controle epidemiológico da doença humana envolve o tratamento sistemático dos casos humanos, borrifação de inseticida em região domiciliar e peridomiciliar e eliminação de cães soropositivos, ponto mais controverso do programa de controle. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a técnica não invasiva do suabe conjuntival na identificação por PCR de leishmaniose canina. As amostras, de sangue e suabe conjuntival, foram coletadas durante inquérito epidemiológico realizado na cidade de Ilha Solteira - SP. A prevalência de animais positivos em pelo menos um dos três testes (RIFI...

Diagnóstico da raiva e das encefalites equinas do Leste e Oeste em equídeos pelo emprego da técnica de multiplex hemi-nested RT-PCR; Diagnosis of rabies and Eastern and Western Equine Viral Encephalitides in equids by multiplex hemi-nested RT-PCR technique

Iamamoto, Keila
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/10/2011 PT
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Várias zoonoses virais acometem equídeos causando quadros neurológicos, entre as quais a raiva e as encefalites equinas do Leste (EEE) e Oeste (WEE). O diagnóstico clínico geralmente não é conclusivo, o que torna imprescindível o diagnóstico laboratorial. Dados do Laboratório de Diagnóstico de Raiva do Instituto Pasteur de São Paulo, entre os anos 2000 e 2010, mostram que aproximadamente 75% das amostras enviadas foram negativas para raiva, ressaltando a relevância da realização de um diagnóstico diferencial para as encefalites equinas causadas por alfavírus. Os objetivos do estudo foram testar a adequação do uso de multiplex hemi-nested RT-PCR para o diagnóstico de raiva, EEE e WEE em amostras de sistema nervoso central de equídeos e realizar uma análise de custo das reações de cada técnica. Foram utilizados os primers 21G, 304 e 504 dirigidos ao gene N do vírus da raiva, e os primers cM3W, M2W, nEEE e nWEE dirigidos ao gene NSP1 dos vírus da EEE e WEE. Procedeu-se a um estudo preliminar dos primers e de seu uso em uma hemi-nested RT-PCR, avaliando a temperatura ótima de anelamento, a sensibilidade e especificidade analíticas e a reprodutibilidade da técnica em amostras de campo positivas para raiva e para EEE. A partir do protocolo estabelecido na reação de hemi-nested RT-PCR...

Desenvolvimento de um método de PCR em tempo real para o diagnóstico de rotavírus suíno do grupo A; Development of a real time PCR method for porcine rotavirus group A diagnosis

Marconi, Elizabeth Cristina Mota
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 26/07/2013 PT
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Os rotavírus são um dos principais agentes causadores de doenças entéricas em várias espécies animais, com ocorrência generalizada na suinocultura do Brasil. O seu diagnóstico é um componente essencial para estudos epidemiológicos e delimitação de medidas profiláticas visando o controle da doença. Apesar da relevância, não existem testes, tais como PCR em tempo real desenvolvido para detectar a diversidade genética de rotavírus suíno do grupo A (RVA). Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma PCR em tempo real com SYBR® Green, para a detecção de rotavírus suíno e os seus resultados comparados com a PCR convencional e ELISA. Foram desenhados primers visando o segmento codificador da proteína NSP5 (137pb) e também foram utilizados primers visando o mRNA do gene mitocondrial bovino NADH5 (191pb) para o controle interno exógeno. Amostras de fezes de suínos de até 60 dias de idade de suínos do estado de São Paulo foram usadas para compor um painel de teste. Foram utilizadas como amostras de referencia o isolado 32/00 (controle positivo de rotavírus suíno do grupo A), concentrado de células MDBK (controle positivo do controle interno exógeno) e água tratada com DEPC (controle negativo). A extração do RNA total foi realizado com Trizol a partir de suspensões fecais contendo MDBK e o cDNA foi sintetizado utilizando primers aleatórios e M-MLV. Para as reações de PCR em tempo real utilizou-se o reagente MaximaTM SYBR Green qPCR Master Mix (Fermentas Life Science). Durante a padronização da PCR convencional...

Detecção do vírus da raiva em órgãos de morcegos do gênero Artibeus (Leach, 1821) por meio de RT-PCR, Hemi-Nested RT-PCR e Real Time RT-PCR; Detection of rabies virus in organs of bats of the genus Artibeus (Leach, 1821) using RT-PCR, Hemi- Nested RT-PCR and Real Time RT-PCR

Ferreira, Karin Correa Scheffer
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 30/08/2011 PT
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36.43%
Este estudo teve como objetivo detectar a presença do vírus da raiva em diferentes órgãos de morcegos do gênero Artibeus empregando as técnicas moleculares como RT-PCR, hnRT-PCR e Real Time RT-PCR. De aproximadamente 4000 espécimes de morcegos recebidas no Instituto Pasteur para o diagnóstico da raiva, foram selecionados 30 morcegos do gênero Artibeus, com resultados positivos para raiva pelas técnicas tradicionais de IFD e inoculação em células N2A utilizando suspensões feitas a partir do SNC. Para as técnicas moleculares, foram retirados glândulas salivares, bexigas urinárias, rins, pulmões e conteúdos fecais e ainda foram lavadas as calotas cranianas dos espécimes. Os órgãos e conteúdos fecais foram diluídos a 1:10 (P/V) e as bexigas urinárias a 1:20 (P/V). As suspensões foram inoculadas em células N2A para o isolamento viral. Foi realizada a extração do RNA total usando o TRIzol®, foram realizadas a transcrição reversa seguida da PCR e hnRT-PCR com utilização de primers específicos para o gene codificante da proteína N. A partir do produto da transcrição reversa foi realizada a técnica de Real Time RT-PCR, utilizando primers e sonda específicos para variante antigênica 3. Das 30 suspensões de lavado cerebral...

Avaliação da técnica de PCR in house no diagnóstico de tuberculose pulmonar

Scherer, Luciene Cardoso
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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36.43%
Objetivos: Avaliar o desempenho e o custo-efetividade de duas técnicas de PCR (Polymerase Chain Reaction) in house: PCR dot-blot e o PCR utilizando a eletroforese em gel de agarose (PCR-AG) no diagnóstico de Tuberculose Pulmonar em pacientes infectados ou não pelo HIV . Material e Métodos: Um estudo prospectivo foi conduzido (de Maio de 2003 a Maio de 2004) em um Hospital de Referência para TB/HIV. Escarros de 277 indivíduos com suspeita de Tuberculose Pulmonar (PTB) foram testados pelas técnicas de microscopia direta pela coloração de Ziehl-Neelsen (ZN), cultura e pelas metodologias de PCR in house (PCR dot-blot e PCR-AG). A acurácia dos testes foi avaliada de acordo com o status de HIV, com o status de tratamento prévio ou não, e com a estimativa de probabilidade pré-teste feita pelos pneumologistas. O padrão ouro utilizado foi a cultura positiva combinada com a definição clínica de PTB (usando sintomas, fatores de risco e Raios-X). O custo efetividade foi expresso por: a) custo por correto caso diagnosticado de Tuberculose; b) custo por correto caso diagnosticado de Tuberculose e tratado incluindo tratamento de casos falsamente diagnosticados; c) custo por casos incorretamente diagnosticados e não tratados. Resultados: Prevalência de PTB foi 46...

Real time-pcr e nested-pcr no diagnóstico da tuberculose pulmonar; Real Time -PCR and NESTED-PCR to detect Mycobacterium tuberculosis in pulmonary samples

Rozales, Franciéli Pedrotti
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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36.4%
A tuberculose (TB) é um importante problema de saúde pública, portanto, é necessário o desenvolvimento de novas ferramentas para a detecção rápida e confiável do Mycobacterium tuberculosis, prevenindo a transmissão da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar dois testes moleculares para detecção de bactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) diretamente de amostras clínicas. Foi realizado um estudo transversal, no qual foram selecionadas 124 amostras respiratórias. As amostras foram avaliadas por dois testes moleculares “in house” para detecção do MTBC: NESTED-PCR (NPCR) e Real Time PCR (RT-PCR) ambos com primers para o IS6110. As amostras também foram avaliadas por um teste direto (pesquisa de BAAR). Os resultados foram comparados com a cultura para M.tuberculosis e também com os resultados da cultura juntamente com dados clínicos. Uma amostra comercial com quantificação de DNA conhecida foi utilizada para determinação do Limite de Detecção (LOD) dos testes moleculares. O LOD foi de 1 cópia/μL para o RT-PCR e de 25 cópias/μL para o NPCR. O BAAR apresentou baixa sensibilidade - SE - (40%) e alta especificidade - SP - (94%). Ambos os ensaios moleculares, apresentaram elevada SE e SP (RT-PCR 98% e 91%...

Sensitivity evaluation of a single-step PCR assay using Ehrlichia canis p28 gene as a target and its application in diagnosis of canine ehrlichiosis

Nakaghi, Andrea Cristina Higa; Machado, Rosangela Zacarias; Ferro, Jesus Aparecido; Labruna, Marcelo Bahia; Chryssafidis, Andreas Lazaros; André, Marcos Rogério; Baldani, Cristiane Divan
Fonte: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária Publicador: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 75-79
ENG
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36.4%
O objetivo deste estudo foi aperfeiçoar um ensaio de PCR que amplificasse um fragmento de 843 pares de bases do gene p28 da Ehrlichia canis e compará-lo com outros dois métodos de PCR utilizados para amplificar partes do gene 16S rRNA e dsb do gênero Ehrlichia. Amostras sanguíneas foram colhidas de cães com diagnóstico clínico de erliquiose. A amplificação do gene p28 pela PCR produziu um fragmento de 843pb e esse ensaio permitiu a detecção do DNA de um parasita dentre 1 bilhão de células. Todas as amostras positivas detectadas pela PCR baseada no gene p28 foram também positivas pela nested PCR para detecção do gene 16S rRNA e também pela PCR dsb. Dentre as amostras negativas para a PCR p28, 55,3% foram co-negativas, mas 27,6% foram positivas pela PCR baseada nos genes 16S rRNA e dsb. A PCR p28 parece ser um teste útil para detecção molecular de E. canis, entretanto otimizações na sensibilidade nesta PCR são necessárias, para que esta técnica se torne uma importante alternativa no diagnóstico da erliquiose canina.; The aim of this study was to optimize a PCR assay that amplifies an 843 pb fragment from the p28 gene of Ehrlichia canis and compare it with two other PCR methods used to amplify portions of the 16S rRNA and dsb genes of Ehrlichia. Blood samples were collected from dogs suspected of having a positive diagnosis for canine ehrlichiosis. Amplification of the p28 gene by PCR produced an 843-bp fragment and this assay could detect DNA from one gene copy among 1 billion cells. All positive samples detected by the p28-based PCR were also positive by the 16S rRNA nested-PCR and also by the dsb-based PCR. Among the p28-based PCR negative samples...

Species-specific nested PCR as a diagnostic tool for Brucella ovis infection in rams

Costa, L.F.; Nozaki, C.N.; Lira, N.S.C.; Antunes, J.M.A.P.; Xavier, M.N.; Costa, E.A.; Paixão, T.A.; Santos, R.L.; Megid, J.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 55-60
ENG
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36.4%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); O presente estudo objetivou avaliar uma técnica de nested PCR espécie-específica delineada a partir de PCR espécie-específica descrita anteriormente para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros infectados experimentalmente. O desempenho da nested PCR espécie-específica foi comparado com os resultados de uma PCR gênero-específica. Quatorze carneiros foram infectados experimentalmente com Brucella ovis REO 198 e amostras de sêmen e de urina foram colhidas semanalmente até 180 dias após a infecção. de 83 amostras de sêmen, 42 (50,6%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, e 23 (27,7%) foram positivas pela PCR gênero-específica. de 75 amostras de urina, 49 (65,3%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, enquanto 11 (14,6%) foram positivas em PCR gênero-específica. A técnica de nested PCR espécie-específica foi significativamente mais sensível (P<0,001) do que a PCR gênero-específica no sêmen e na urina de carneiros infectados experimentalmente. em conclusão, a nested PCR espécie-específica desenvolvida neste estudo pode ser utilizada como ferramenta de diagnóstico para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros suspeitos.; The aim of the present study was to evaluate a species-specific nested PCR based on a previously described species-specific PCR for detection of B. ovis in semen and urine samples of experimentally infected rams. The performance of the species-specific nested PCR was compared with the results of a genus-specific PCR. Fourteen rams were experimentally infected with the Brucella ovis REO 198 strain and samples of semen and urine were collected every week up to 180 days post infection. Out of 83 semen samples collected...

Avaliação da reação em cadeia pela polimerase (PCR) para a detecção do vírus rábico em amostras animais armazenadas por diferentes períodos e submetidas à decomposição

Araujo, Danielle Bastos
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 74 f.
POR
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36.41%
Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ; A utilização de métodos sensíveis e específicos para o diagnóstico da raiva constitui uma importante ferramenta para o controle e profilaxia dessa enfermidade. A Reação em Cadeia pela Polimerase através de Transcriptase-Reversa (RT-PCR) tem sido utilizada com bons resultados no diagnóstico do vírus rábico, mesmo quando as amostras estão em estágio de decomposição. Adicionalmente as técnicas moleculares têm sido utilizadas para estudos epidemiológicos possibilitando um melhor conhecimento da epidemiologia viral. O presente trabalho teve como objetivo avaliar as técnicas de RT-PCR e hnRT-PCR para a detecção do vírus rábico em estudos retrospectivos, para isso foram avaliadas 101 amostras cerebrais de diferentes espécies animais armazenadas por diferentes períodos, recém-descongeladas e mantidas em temperatura ambiente por 72 horas para decomposição. Os resultados das técnicas de RT-PCR e hnRT-PCR foram comparados com resultados prévios da Imunofluorescência Direta (IFD) e Inoculação Intracerebral em Camundongos (IC). Das 50 amostras positivas testadas, 26 (52%) apresentaram resultados positivos para a RT-PCR e 45 (90%) com a associação da hnRT-PCR quando realizadas em amostras recentemente descongeladas. Das amostras em decomposição foram analisadas 48 previamente positivas; onde 17 (34...

Helicobacter pylori em pacientes com ulcera peptica e gastrite cronica : : detecção pela Nested PCR e pela PCR e genotipagem pelos genes Urease C e Urease B; Helicobacter pylori in patients with peptic ulcer and chronic gastritis: detection by nested PCR and by PCR and genotyping by genes Urease C and Urease B

Bruna Maria Roesler
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/08/2006 PT
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36.39%
O Helicobacter pylori é uma bactéria gram-negativa que está estritamente relacionada com o desenvolvimento de doenças gástricas, inclusive malignas, sendo classificada como carcinógeno do grupo I pela Agência Internacional para Pesquisa do Câncer. Apesar de grande parte da população mundial estar contaminada pela bactéria, a maioria dos indivíduos permanece assintomática. Muitas abordagens são sugeridas para diferenciar os isolados de H. pylori e diversas técnicas de biologia molecular têm sido aplicadas para caracterizar as amostras clínicas de diferentes pacientes. A análise de restrição (RFLP) usada em conjunto com a PCR tem sido amplamente utilizada para a tipagem de isolados clínicos, utilizando vários genes do genoma do H. pylori como alvos para esse método. Padrões de eletroforese da nested PCR e da PCR para as regiões dos genes urease C e urease B do H. pylori foram obtidos com enzimas de restrição e comparados entre pacientes com úlcera péptica e gastrite crônica. Os produtos da nested PCR para urease C foram digeridos com a enzima Mbo I e os produtos da PCR para urease B com a enzima Hae III, sendo os fragmentos obtidos analisados por eletroforese em gel de agarose. Foram encontrados 7 padrões de genotipagem para urease B e 17 padrões para urease C. O grupo prevalente para gastrite crônica obtido com essa última genotipagem foi o denominado grupo ureC MboI G...

Detecção da carga viral dos herpesvirus HHV-5 (citomegalovirus) e HHV-6 pela reação em cadeia da polimerase em tempo real e transcrição reversa acoplada a nested-PCR em pacientes receptores de transplante de celulas tronco hematopoieticas; Detection of herpesvirus HHV-5 (cytomegalovirus) and HHV-6 viral load by real time polymerase chain reaction and reverse transcription nested polymerase chain reaction in hematopoietic stem cell transplantation recipients

Claudia Raquel Cantarelli Costa
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/08/2009 PT
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36.39%
O cytomegalovirus humano (HCMV) e o herpesvirus humano 6 (HHV-6) são β-herpesvirus com homologia superior a 67% e alta soroprevalência na população adulta. A infecção primaria por estes herpesvirus ocorre comumente na infância e é normalmente subclinica, ou pode causar mononucleose (HCMV) ou exantema súbito (HHV-6) sendo resolvidos na maioria dos casos sem complicações. Após a infecção primária os vírus permanecem no hospedeiro por toda vida podendo ser reativado de seu estado de latência em indivíduos adultos imunocomprometidos como os receptores de células tronco hematopoiéticas (TCTH). A reativação ou reinfecção por estes vírus causam serias complicações em pacientes submetidos ao transplante de células tronco hematopoiéticas como pneumonia intersticial, febre, gastroenterite, mielossupressão, encefalite e doença do enxerto contra o hospedeiro (GVHD). A reativação do HHV-6 após o transplante é associada com o desenvolvimento de infecções oportunistas, doença causada pelo citomegalovírus humano e possíveis episódios de rejeição aguda. Com efetivos tratamentos antivirais disponíveis, um monitoramento adequado destes vírus distinguindo entre latência e reativação é critico para estes pacientes. Monitoramos 30 pacientes submetidos à TCTH quanto a infecção ativa por HCMV e HHV-6 pelas técnicas de nested-PCR em soro e células...

Evaluation of PCR and multiplex PCR in relation to nested PCR for diagnosing Theileria equi

Leal,Danielle C.; Madruga,Cláudio R.; Matos,Paulo F. de; Souza,Bárbara M. P. da S.; Franke,Carlos R.
Fonte: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Publicador: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/07/2011 EN
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36.39%
Conventional PCR (PCRTeq) for diagnosing Theileria equi and multiplex PCR (M/PCRTeq-Bc) for diagnosing T. equi and Babesia caballi were comparatively evaluated with nested PCR (N/PCR-Teq) for diagnosing equine piroplasmosis. In DNA sensitivity determinations, in multiple dilutions of equine blood that had tested positive for T. equi, PCR-Teq and N/PCR-Teq detected hemoparasite DNA in the larger dilutions (1:128), but did not differ significantly from the M/PCRTeq-Bc (1:64). In analyses on equine serum tested by ELISA, there was high agreement between this serological test and PCR-Teq (k = 0.780) and moderate agreement with N/PCR-Teq (k = 0.562) and M/PCRTeq-Bc (k = 0.488). PCR-Teq found a higher frequency of T. equi both in extensively and intensively reared horses, but this was not significant in relation to N/PCR-Teq (P>0.05), and both PCRs indicated that there was an endemic situation regarding T. equi in the population of horses of this sample. PCR-Teq was only significantly different from M/PCR-Teq-Bc (P<0.05). PCR-Teq presented high sensitivity and specificity, comparable to N/PCR-Teq, but with the advantage of higher speed in obtaining results and lower costs and risks of laboratory contamination. This accredits PCR-Teq for epidemiological studies and for determinations on affected horses.

Validação de protocolo para detecção de Guignardia citricarpa em citros por PCR convencional e PCR em tempo real; Validation of protocol of detection for Guignardia citricarpa in citrus by conventional PCR and real time PCR

Faganello, Fernanda de Sillos
Fonte: Universidade Federal de Goiás; Brasil; UFG; Programa de Pós-graduação em Agronomia (EAEA); Escola de Agronomia e Engenharia de Alimentos - EAEA (RG) Publicador: Universidade Federal de Goiás; Brasil; UFG; Programa de Pós-graduação em Agronomia (EAEA); Escola de Agronomia e Engenharia de Alimentos - EAEA (RG)
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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Citrus Black Spot (CBS) caused by Guignardia citricarpa is classified as quarantine disease, imposing restrictions to fresh fruits shipping to the European Union countries. In the state of Goiás, despite systematic phytosanitary surveys, its distribution and occurrence are unknown due to lack of available technologies for diagnosis. The occurrence of latent infections, the presence of an endophytic species morphologically similar to G. citricarpa, as well as time consuming for diagnosis through conventional methods require the validation of fast, efficient, reproducible, safe and sensitive methods of diagnosis to provide reliability of diagnosis and disease surveys for its detection and delimitation. Modifications of the “Cationic hexadecyl trimethyl ammonium bromide” method (CTAB) to extract DNA of G. citricarpafrom symptomatic tissues with validation of chemical purity, structural integrity, and absence of DNA inhibiting substances, for further use in diagnosis by PCR were tested. There was no difference in the average of DNA extracted for hygienized and non-hygienized tissues (328.62 ng µL -1 and 322.79 ng µL -1 ...

Vergleich von konventionellen PCR Methoden mit den Aspergillus fumigatus spezifischen Primern TS2 und AfLC2 und dem Panfungal-Primer für die Aspergillus fumigatus Diagnostik bei Risikopatienten; A comparative study of three conventional pcr detection procedures for aspergillus specific diagnosis of invasive aspergillosis in high risk patients

Fischer, Sandra Elena
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
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Invasive Aspergillose ist eine schwierig zu diagnostizierende Erkrankung mit steigender Inzidensrate und hoher Mortalität. Drei unterschiedliche konventionelle PCR-Verfahren wurden in der vorliegenden Arbeit miteinander verglichen. Die verwendeten Primer waren der Panfugal-Primer, der TS2- und AfLC2-Primer. Die Panfugal-PCR wurde anhand einer etablierten ELISA-Untersuchung analysiert. Die TS2-PCR- und AfLC2-PCR-Verfahren wurden mittels Gelelektrophorese evaluiert. Insgesamt wurden 100 Blutproben untersucht. Die Proben stammen von 25 Hochrisikopatienten, davon 14 Frauen und 11 Männer. Alle Patienten erhielten eine Knochenmarkstransplantation. Nach den EORTC-Richtlinien hatten von den 25 Patienten 22 eine mögliche Aspergillose, zwei eine wahrscheinliche Aspergillose und einer eine gesicherte Aspergillose. Sämtliche Blutproben waren in einer vorherigen Studie mit dem Panfugal-Primer positiv auf Aspergillus-DNA getestet worden. Dieses Ergebnis konnte in der vorliegenden Studie mit gleichem Testvefahren nur für 39% der Blutproben reproduziert werden. Die TS2-PCR ergab für 39% der Proben ein positives Ergebnis. Die AfLC2-PCR ergab ausschließlich negative Ergebnisse. Proben des Patienten mit gesicherter Aspergillose wurden von der Panfugal-PCR erkannt...

Evaluierung von PCR-Methoden zur Identifizierung und Differenzierung von Erregern der Zygomykose und Aspergillose; Evaluation of PCR methods for discrimination and identification of agents of mucormycosis and aspergillosis

Konrad, Franziska
Fonte: Universität Tübingen Publicador: Universität Tübingen
Tipo: Dissertation; info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
DE_DE
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Aspergillen und Mucormykosen sind ubiquitär verbreitete Fadenpilze, die bei immunsupprimierten Patienten schwere, oft tödliche, Infektionen hervorrufen können. Der frühzeitigen Diagnostik und Therapie kommt zur Senkung der Letalität eine große praktische Bedeutung zu, wobei die optimale antimykotische Therapie isolat- und speziesabhängig ist. Diese Pilzinfektionen sind mit den bislang zur Verfügung stehenden diagnostischen Mitteln nur unzureichend zu identifizieren und zu differenzieren. Ziel der vorliegenden Promotionsarbeit war die Evaluation zweier semi-nested PCR-Methoden zur Identifizierung und Differenzierung von Erregern der Mucormykosen und Aspergillosen in Paraffin eingebetteten Gewebeproben und nativen Biopsien. Methode Mucormykosen. Als Zielsequenz wurde die 18S rDNA gewählt. Das äußere Primerpaar ZM1: 5'-ATT ACC ATG AGC AAA TCA GA-3' und ZM 2: 5'-TCC GTC AAT TCC TTT AAG TTT C-3' amplifiziert ein 407 bis 408 bp langes Fragment. Bei der semi-nested PCR wird durch ZM 1 und ZM 3: 5'-CAA TCC AAG AAT TTC ACC TCT AG-3' ein 176 bis 177 bp langes Fragment des ersten Produktes begrenzt. Aspergillen. Diese PCR wurde in Anlehnung an die Arbeit von Bretagne et al. (1995) aufgebaut. Sie dient dem Nachweis mitochondrialer Aspergillus-DNA. Mit den Primern P 1: 5'-GAA AGG TCA GGT GTT CGA GTC AC-3' und P 2: 5'-CTT TGG TTG CGG GTT TAG GGA TT-3' wird ein 135 bp langes Fragment der mitochondrialen DNA von Aspergillus spp. amplifiziert. Zur Erhöhung der Sensitivität und Spezifität wurden P 1 und P 2 als semi-nested PCR-Primer verwendet und die Methode um einen äußeren Primer...

Identificação de Burkholderia pseudomallei baseada em PCR; PCR-based identification of Burkholderia pseudomallei

Merritt, Adam; Inglis, Timothy J.J.; Chidlow, Glenys; Harnett, Gerry
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/10/2006 ENG
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As técnicas de amplificação de DNA estão sendo cada vez mais utilizadas em laboratórios clínicos para a confirmação da identificação de bactérias que têm importância médica. Um método de identificação de Burkholderia pseudomallei baseado em PCR tem sido usado em nosso centro há 10 anos e foi utilizado para confirmar a identificação de bactérias isoladas de casos de melioidose no Ceará desde 2003. Este método particular tem sido usado como padrão ouro para métodos menos discriminatórios. Nesse estudo, avaliamos três métodos de identificação de B. pseudomallei baseados em PCR e usamos seqüenciamento de DNA para solucionar discrepâncias entre os resultados baseados em PCR e os métodos de identificação fenotípica. O estabelecido protocolo de PCR semi-nested para a região espacial 16-23s da B. pseudomallei produziu um consistente resultado negativo para um de nossos 100 isolados testados (BCC#99), mas identificou corretamente todos os outros 71 isolados de B. pseudomallei. Uma variação anômala da seqüência foi detectada na região interna do sítio de ligação do primer reverso para este método. Métodos de PCR foram desenvolvidos para a detecção de outros dois genes bacterianos metabólicos de B. pseudomallei. O protocolo de PCR IpxO convencional teve sensibilidade de 0...