Página 1 dos resultados de 8806 itens digitais encontrados em 0.016 segundos

Malaria diagnosis from pooled blood samples: comparative analysis of real-time PCR, nested PCR and immunoassay as a platform for the molecular and serological diagnosis of malaria on a large-scale

LIMA, Giselle FMC; LEVI, José E; GERALDI, Marcelo P; SANCHEZ, Maria Carmen A; SEGURADO, Aluísio AC; HRISTOV, Angélica D; INOUE, Juliana; COSTA-NASCIMENTO, Maria de Jesus; DI SANTI, Silvia M
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
Relevância na Pesquisa
36.78%
Malaria diagnoses has traditionally been made using thick blood smears, but more sensitive and faster techniques are required to process large numbers of samples in clinical and epidemiological studies and in blood donor screening. Here, we evaluated molecular and serological tools to build a screening platform for pooled samples aimed at reducing both the time and the cost of these diagnoses. Positive and negative samples were analysed in individual and pooled experiments using real-time polymerase chain reaction (PCR), nested PCR and an immunochromatographic test. For the individual tests, 46/49 samples were positive by real-time PCR, 46/49 were positive by nested PCR and 32/46 were positive by immunochromatographic test. For the assays performed using pooled samples, 13/15 samples were positive by real-time PCR and nested PCR and 11/15 were positive by immunochromatographic test. These molecular methods demonstrated sensitivity and specificity for both the individual and pooled samples. Due to the advantages of the real-time PCR, such as the fast processing and the closed system, this method should be indicated as the first choice for use in large-scale diagnosis and the nested PCR should be used for species differentiation. However...

Avaliação de seqüências iniciadoras das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS pela Nested PCR, em amostras de soro e líquor de pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA) para o diagnóstico molecular da criptococose; Evaluation of primers 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions by Nested PCR in serum and cerebrospinal fluid samples from acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients for molecular diagnosis of cryptococcosis

Dantas, Katia Cristina
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 18/11/2010 PT
Relevância na Pesquisa
36.91%
Cryptococcus neoformans (C. neoformans), um fungo que se encontra disseminado em várias partes do mundo, inclusive no Brasil, é o responsável pela criptococose infecção oportunista mais comum em pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA). O caráter sistêmico da criptococose pode levar esses pacientes a óbito. A finalidade de se obter um diagnóstico laboratorial rápido e acurado de C. neoformans, principalmente para o seguimento dos pacientes HIV nos levou a investigar "seqüências iniciadoras" (Si) A, B e C das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS do Cryptococcus spp. Pela Nested PCR com estas seqüências, sugerimos a melhor delas para o desenvolvimento de um diagnóstico molecular em relação aos métodos usuais. Para tal, foram avaliadas amostras de soro e líquor de 39 pacientes, que já haviam recebido tratamento clínico. Todos os casos foram selecionados em grupos, como segue:7 com criptococose (GIII), 14 HIV positivos (GIV), 18 HIV positivos associados com a criptococose (GV) em relação a 10 controles - indivíduos sadios (GI) e amostras de culturas referência (GII). Os resultados obtidos pela Nested PCR com as "Sis" A, B e C foram comparados àqueles obtidos pelos métodos de diagnóstico convencionais. As análises desse estudo mostraram que as "Sis" A...

Investigação diagnóstica de doença concomitante babesiose e anaplasmose em rebanho eqüino, por técnicas de Nested PCR e c - ELISA ou ELISA indireto; Diagnostic investigation of concomitant disease babesiosis and anaplasmosis in equine herd by nested PCR e - ELISA or indirect ELISA

Parra, Andréa Cristina
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/12/2009 PT
Relevância na Pesquisa
36.95%
Em função da proximidade cada vez maior entre o cavalo e o homem, é de extrema importância ter conhecimentos das doenças que acometem os equinos, que por ventura, podem acometer seres humanos. Dentre muitas doenças, pode-se citar duas, que promovem grandes perdas econômicas aos rebanhos eqüinos, tanto no tratamento desses rebanhos, como com a morte dos mesmos, dificultando a importação e exportação de animais: a babesiose e a erliquiose (anaplasmose), que podem estar ou não associadas, acometendo um animal, concomitantemente. A presente pesquisa teve como objetivo investigar e diagnosticar doença concomitante babesiose (por Babesia equi ou Theileria equi) e Erliquiose (por Erliquia equi ou Anaplasma phagocytophilum), no estado de São Paulo, em rebanhos eqüinos, utilizando as técnicas de Nested PCR (Nested polymerase chain reaction reação em cadeia pela polimerase para diagnóstico de T. equi e A. phagocytophilum) e c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay para diagnóstico de T. equi) ou ELISA indireto (para diagnóstico de A. phagocytophilum) e comparar os resultados obtidos nas diferentes técnicas em 250 amostras de eqüino (sangue total e soro). Como resultado, obteve-se 38,4%, 46% e 36% de positividade...

Diagnóstico da raiva e das encefalites equinas do Leste e Oeste em equídeos pelo emprego da técnica de multiplex hemi-nested RT-PCR; Diagnosis of rabies and Eastern and Western Equine Viral Encephalitides in equids by multiplex hemi-nested RT-PCR technique

Iamamoto, Keila
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/10/2011 PT
Relevância na Pesquisa
37.06%
Várias zoonoses virais acometem equídeos causando quadros neurológicos, entre as quais a raiva e as encefalites equinas do Leste (EEE) e Oeste (WEE). O diagnóstico clínico geralmente não é conclusivo, o que torna imprescindível o diagnóstico laboratorial. Dados do Laboratório de Diagnóstico de Raiva do Instituto Pasteur de São Paulo, entre os anos 2000 e 2010, mostram que aproximadamente 75% das amostras enviadas foram negativas para raiva, ressaltando a relevância da realização de um diagnóstico diferencial para as encefalites equinas causadas por alfavírus. Os objetivos do estudo foram testar a adequação do uso de multiplex hemi-nested RT-PCR para o diagnóstico de raiva, EEE e WEE em amostras de sistema nervoso central de equídeos e realizar uma análise de custo das reações de cada técnica. Foram utilizados os primers 21G, 304 e 504 dirigidos ao gene N do vírus da raiva, e os primers cM3W, M2W, nEEE e nWEE dirigidos ao gene NSP1 dos vírus da EEE e WEE. Procedeu-se a um estudo preliminar dos primers e de seu uso em uma hemi-nested RT-PCR, avaliando a temperatura ótima de anelamento, a sensibilidade e especificidade analíticas e a reprodutibilidade da técnica em amostras de campo positivas para raiva e para EEE. A partir do protocolo estabelecido na reação de hemi-nested RT-PCR...

Species-specific nested PCR as a diagnostic tool for Brucella ovis infection in rams

Costa, L.F.; Nozaki, C.N.; Lira, N.S.C.; Antunes, J.M.A.P.; Xavier, M.N.; Costa, E.A.; Paixão, T.A.; Santos, R.L.; Megid, J.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 55-60
ENG
Relevância na Pesquisa
36.98%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); O presente estudo objetivou avaliar uma técnica de nested PCR espécie-específica delineada a partir de PCR espécie-específica descrita anteriormente para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros infectados experimentalmente. O desempenho da nested PCR espécie-específica foi comparado com os resultados de uma PCR gênero-específica. Quatorze carneiros foram infectados experimentalmente com Brucella ovis REO 198 e amostras de sêmen e de urina foram colhidas semanalmente até 180 dias após a infecção. de 83 amostras de sêmen, 42 (50,6%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, e 23 (27,7%) foram positivas pela PCR gênero-específica. de 75 amostras de urina, 49 (65,3%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, enquanto 11 (14,6%) foram positivas em PCR gênero-específica. A técnica de nested PCR espécie-específica foi significativamente mais sensível (P<0,001) do que a PCR gênero-específica no sêmen e na urina de carneiros infectados experimentalmente. em conclusão, a nested PCR espécie-específica desenvolvida neste estudo pode ser utilizada como ferramenta de diagnóstico para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros suspeitos.; The aim of the present study was to evaluate a species-specific nested PCR based on a previously described species-specific PCR for detection of B. ovis in semen and urine samples of experimentally infected rams. The performance of the species-specific nested PCR was compared with the results of a genus-specific PCR. Fourteen rams were experimentally infected with the Brucella ovis REO 198 strain and samples of semen and urine were collected every week up to 180 days post infection. Out of 83 semen samples collected...

Helicobacter pylori em pacientes com ulcera peptica e gastrite cronica : : detecção pela Nested PCR e pela PCR e genotipagem pelos genes Urease C e Urease B; Helicobacter pylori in patients with peptic ulcer and chronic gastritis: detection by nested PCR and by PCR and genotyping by genes Urease C and Urease B

Bruna Maria Roesler
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/08/2006 PT
Relevância na Pesquisa
36.93%
O Helicobacter pylori é uma bactéria gram-negativa que está estritamente relacionada com o desenvolvimento de doenças gástricas, inclusive malignas, sendo classificada como carcinógeno do grupo I pela Agência Internacional para Pesquisa do Câncer. Apesar de grande parte da população mundial estar contaminada pela bactéria, a maioria dos indivíduos permanece assintomática. Muitas abordagens são sugeridas para diferenciar os isolados de H. pylori e diversas técnicas de biologia molecular têm sido aplicadas para caracterizar as amostras clínicas de diferentes pacientes. A análise de restrição (RFLP) usada em conjunto com a PCR tem sido amplamente utilizada para a tipagem de isolados clínicos, utilizando vários genes do genoma do H. pylori como alvos para esse método. Padrões de eletroforese da nested PCR e da PCR para as regiões dos genes urease C e urease B do H. pylori foram obtidos com enzimas de restrição e comparados entre pacientes com úlcera péptica e gastrite crônica. Os produtos da nested PCR para urease C foram digeridos com a enzima Mbo I e os produtos da PCR para urease B com a enzima Hae III, sendo os fragmentos obtidos analisados por eletroforese em gel de agarose. Foram encontrados 7 padrões de genotipagem para urease B e 17 padrões para urease C. O grupo prevalente para gastrite crônica obtido com essa última genotipagem foi o denominado grupo ureC MboI G...

Diagnose de infecções pelo protozoário Theileria equi em cavalos nos Açores por cELISA e nested-PCR

Baptista, Cláudio Monteiro
Fonte: Universidade dos Açores Publicador: Universidade dos Açores
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em 27/06/2011 POR
Relevância na Pesquisa
36.86%
Dissertação de Mestrado em Engenharia Zootécnica.; Este estudo teve como objectivo averiguar a presença de cavalos portadores de T. equi em duas ilhas do arquipélago dos Açores. Para tal foram utilizados o cELISA e o nested-PCR. Foram colhidas 26 amostras na ilha Graciosa e 53 na ilha Terceira. Das amostras colhidas na ilha Terceira, 21 pertencem à população do Pónei da ilha Terceira, sendo que as restantes amostras colhidas nas duas ilhas são de cavalos importados do exterior do arquipélago ou descendentes destes. Foram ainda colhidas 162 amostras no continente português. Analisando a totalidade das amostras colhidas nos Açores, 7,6% dos animais apresentaram resultado positivo unicamente para o cELISA e 15,2% foram apenas positivos para o nested-PCR, 3,8% foram positivas para ambos os testes e 73,4% foram negativas para ambos os testes. Verificou-se ainda que todos os animais da população do Pónei da Terceira apresentaram resultados negativos para ambos os testes. Das amostras colhidas no continente português, 7,4% foram positivas unicamente para cELISA e 11,7% positivas apenas para nested-PCR, 18,5% foram positivas para ambos os métodos e 62,4% foram negativas para ambos os métodos. Este é o primeiro estudo a utilizar técnicas moleculares na diagnose de infecções por T. equi em cavalos nos Açores e o primeiro a registar cavalos portadores do parasita no arquipélago.; ABSTRACT: The objective of this study was to investigate the presence of carrier horses with T. equi in two islands of the Azorean archipelago. For such...

Nested-PCR do gene que codifica o antígeno b aplicada ao diagnóstico da tuberculose pulmonar

Lima,Karla Valéria Batista; Lopes,Maria Luíza; Loureiro,Edvaldo Carlos Brito; Costa,Maurimélia Mesquita; Cardoso,Ninarosa Calzavara; Lima,George Leandro Ferreira; Sousa,Maísa Silva
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2007 PT
Relevância na Pesquisa
36.78%
A reação em cadeia da polimerase usada para amplificação de uma seqüência interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos álcool ácido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laboratório de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Belém, no período de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poderá ser uma ferramenta complementar para o diagnóstico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente à cultura, no entanto, necessita de maiores avaliações visando minimizar o número de resultados falso-positivos.

Detection of human herpesvirus-7 by qualitative nested-PCR: comparison between healthy individuals and liver transplant recipients

Thomasini,Ronaldo Luis; Martins,Juliana de Moraes; Parola,Daniela Corte; Bonon,Sandra Helena Alves; Boin,Ilka de Fátima Santana Ferreira; Leonardi,Luis Sérgio; Leonardi,Marília; Costa,Sandra Cecília Botelho
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2008 EN
Relevância na Pesquisa
36.78%
Diagnosis of human herpesvirus-7 active infection in transplant patients has proved difficult, because this virus is ubiquitous and can cause persistent infections in the host. The significance of viral DNA detected in leukocytes by PCR is unclear and cross-reaction in serological tests may occur. This study aimed to evaluate nested-PCR to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients compared to healthy individuals. human herpesvirus-7 nested-PCR was performed on leukocytes and sera of 53 healthy volunteers and sera of 29 liver transplant recipients. In healthy volunteers, human herpesvirus-7 was detected in 28.3% of leukocytes and 0% of serum. human herpesvirus-7 was detected in sera of 48.2% of the liver transplant recipients. Nested-PCR on DNA extracted from leukocytes detected latent infection and the study suggests that nested-PCR performed on serum could be useful to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients.

A semi-nested PCR assay for molecular detection of Paracoccidioides brasiliensis in tissue samples

Koishi,Andrea Cristine; Vituri,Débora Fonseca; Dionízio Filho,Pedro Sebastião Raimundo; Sasaki,Alexandre Augusto; Felipe,Maria Sueli Soares; Venancio,Emerson José
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2010 EN
Relevância na Pesquisa
36.78%
INTRODUCTION: Paracoccidioidomycosis is a systemic infection caused by Paracoccidioides brasiliensis. METHODS: In this study, a semi-nested PCR for paracoccidioidomycosis diagnosis was developed. The primers ITS1 and ITS4 were used in the first reaction, while the primers MJ03 and ITS1 primer were used in the second reaction. The semi-nested PCR was used to investigate biopsies of five patients with oral lesions that resembled paracoccidioidomycosis. RESULTS: The semi-nested PCR was positive for four samples and negative for a sample from a patient later diagnosed with leishmaniasis. CONCLUSIONS: The new semi-nested PCR describe is useful for paracoccidioidomycosis diagnosis.

The performance of an in-house nested-PCR technique for pleural tuberculosis diagnoses

Montenegro,Lilian Maria Lapa; Silva,Bruno Cesar da; Lima,Juliana Figueiredo da Costa; Cruz,Heidi Lacerda Alves da; Montenegro,Rosana de Albuquerque; Lundgren,Fernando Luiz Cavalcanti; Albuquerque Filho,Alfredo Pereira Leite de; Schindler,Haiana Charifker
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2013 EN
Relevância na Pesquisa
36.78%
Introduction This study evaluated the performance of an in-house nested-PCR system for the detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in pleural fluid, blood and urine samples from pleural effusion tuberculosis patients by health services physicians in Pernambuco, Brazil. Methods A prospective double-blind study with 37 hospitalized patients of both sexes, aged over 15, was used to investigate the diagnosis of pleural effusion. The criteria used to define the cases included the demonstration of bacillus in biological samples by smear or culture or by a granulomatous finding in the histopathological examination, associated with an evident response to specific treatments to each clinical situation. Pleural fluid, blood and urine samples were collected and subjected to routine tests and the nested PCR technique to assess for M. tuberculosis amplification. Results In total, 37 pleural effusion patients took part in the study, of whom 19 (51.3%) had tubercular etiologies and 18 (48.7%) had etiologies from other causes. When the pleural fluid, blood and/or urine sample in-house nested-PCR sensitivities were evaluated simultaneously, the results were positive regardless of the biological specimen (the sensitivity was 84.2%); however...

Usefulness of a Nested-polymerase chain reaction for molecular diagnosis of human T-cell lymphotropic virus type I/II

Gallego,Sandra; Mangano,Andrea; Gastaldello,René; Sen,Luisa; Medeot,Silvia
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2004 EN
Relevância na Pesquisa
36.83%
This study aimed at implementing a Nested-polymerase chain reaction (Nested-PCR) for the molecular diagnosis of human T-cell lymphotropic virus type I/II (HTLV-I and HTLV-II) infections in peripheral blood mononuclear cells of infected subjects in Argentina. The sensitivity and specificity of the assay for the detection of regional strains were assessed by comparing them with the molecular assay of reference PCR-hybridization. The Nested-PCR detected 1 MT-2 cell (³ 8 proviral copies)/1x106 non-infected cells showing high sensitivity for provirus detection. While both molecular assays showed high specificity (100%) for HTLV-I and HTLV-II detection, the sensitivity values differed: 100% for Nested-PCR and 67% for PCR-hybridization assay. Moreover, this technique showed less sensitivity for the detection of DNA sequences of HTLV-II (33%) than for the detection of DNA sequences of HTLV-I (75%). The high sensitivity and specificity of the Nested-PCR for regional strains and its low costs indicate that this assay could replace the PCR-hybridization assay for the molecular diagnosis of HTLV-I/II infections. It will be interesting to assess the usefulness of this assay as a tool for the molecular diagnosis of HTLV-I/II infections in other developing countries. Other studies that include a greater number of samples should be conducted.

Species-specific nested PCR as a diagnostic tool for Brucella ovis infection in rams

Costa,L.F.; Nozaki,C.N.; Lira,N.S.C.; Antunes,J.M.A.P.; Xavier,M.N.; Costa,E.A.; Paixão,T.A.; Santos,R.L.; Megid,J.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/02/2013 EN
Relevância na Pesquisa
36.86%
The aim of the present study was to evaluate a species-specific nested PCR based on a previously described species-specific PCR for detection of B. ovis in semen and urine samples of experimentally infected rams. The performance of the species-specific nested PCR was compared with the results of a genus-specific PCR. Fourteen rams were experimentally infected with the Brucella ovis REO 198 strain and samples of semen and urine were collected every week up to 180 days post infection. Out of 83 semen samples collected, 42 (50.6%) were positive for the species-specific nested PCR, and 23 (27.7%) were positive for the genus-specific PCR. Out of 75 urine samples, 49 (65.3%) were positive for the species-specific nested PCR, whereas 11 (14.6%) were genus-specific PCR positive. Species-specific nested PCR was significantly more sensitive (P<0.001) than the genus-specific PCR in semen and urine from experimentally infected rams. In conclusion, the species-specific nested PCR developed in this study may be used as a diagnostic tool for the detection of B. ovis in semen and urine samples from suspected rams.

Evaluation of a nested-pcr for Mycobacterium tuberculosis detection in blood and urine samples

Cruz,Heidi Lacerda Alves da; Montenegro,Rosana de Albuquerque; Lima,Juliana Falcão de Araújo; Poroca,Diogo da Rocha; Lima,Juliana Figueirêdo da Costa; Montenegro,Lílian Maria Lapa; Crovella,Sergio; Schindler,Haiana Charifker
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2011 EN
Relevância na Pesquisa
36.83%
The polymerase chain reaction (PCR) and its variations, such as the nested-PCR, have been described as promising techniques for rapid diagnosis of tuberculosis (TB). With the aim of evaluating the usefulness of a nested-PCR method on samples of blood and urine of patients suspected of tuberculosis we analyzed 192 clinical samples, using as a molecular target the insertion element IS6110 specific of M. tuberculosis genome. Nested-PCR method showed higher sensitivity in patients with extrapulmonary tuberculosis (47.8% and 52% in blood and urine) when compared to patients with the pulmonary form of the disease (sensitivity of 29% and 26.9% in blood and urine), regardless of the type of biological sample used. The nested-PCR is a rapid technique that, even if not showing a good sensitivity, should be considered as a helpful tool especially in the extrapulmonary cases or in cases where confirmatory diagnosis is quite difficult to be achieved by routine methods. The performance of PCR-based techniques should be considered and tested in future works on other types of biological specimens besides sputum, like blood and urine, readily obtainable in most cases. The improving of M. tuberculosis nested-PCR detection in TB affected patients will give the possibility of an earlier detection of bacilli thus interrupting the transmission chain of the disease.

The Evolution and Functional Significance of Nested Gene Structures in Drosophila melanogaster

Lee, Yuh Chwen G.; Chang, Hsiao-Han
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
Relevância na Pesquisa
36.96%
Nearly ten percent of the genes in the genome of Drosophila melanogaster are in nested structures, in which one gene is completely nested within the intron of another gene (nested and including gene, respectively). Even though the coding sequences and UTRs of these nested/including gene pairs do not overlap, their intimate structures and the possibility of shared regulatory sequences raise questions about the evolutionary forces governing the origination, and subsequent functional and evolutionary impacts of these structures. In this study, we show that nested genes experience weaker evolutionary constraint, have faster rates of protein evolution and are expressed in fewer tissues than other genes, while including genes show the opposite patterns. Surprisingly, despite completely overlapping with each other, nested and including genes are less likely to display correlated gene expression and biological function than the nearby yet non-overlapping genes. Interestingly, significantly fewer nested genes are transcribed from the same strand as the including gene. We found that same-strand nested genes are more likely to be single-exon genes. In addition, same-strand including genes are less likely to have known lethal or sterile phenotypes than opposite-strand including genes only when the corresponding nested genes have introns. These results support our hypothesis that selection against potential erroneous mRNA splicing when nested and including genes are on the same strand plays an important role in the evolution of nested gene structures.

Safe Open-Nested Transactions Through Ownership

Agrawal, Kunal; Lee, I-Ting Angelina; Sukha, Jim
Fonte: MIT - Massachusetts Institute of Technology Publicador: MIT - Massachusetts Institute of Technology
Formato: 36 p.
Relevância na Pesquisa
36.83%
Researchers in transactional memory (TM) have proposed open nesting asa methodology for increasing the concurrency of a program. The ideais to ignore certain "low-level" memory operations of anopen-nested transaction when detecting conflicts for its parenttransaction, and instead perform abstract concurrency control for the"high-level" operation that nested transaction represents. Tosupport this methodology, TM systems use an open-nested commitmechanism that commits all changes performed by an open-nestedtransaction directly to memory, thereby avoiding low-levelconflicts. Unfortunately, because the TM runtime is unaware of thedifferent levels of memory, an unconstrained use of open-nestedcommits can lead to anomalous program behavior.In this paper, we describe a framework of ownership-awaretransactional memory which incorporates the notion of modules into theTM system and requires that transactions and data be associated withspecific transactional modules or Xmodules. We propose a newownership-aware commit mechanism, a hybrid between anopen-nested and closed-nested commit which commits a piece of datadifferently depending on whether the current Xmodule owns the data ornot. Moreover, we give a set of precise constraints on interactionsand sharing of data among the Xmodules based on familiar notions ofabstraction. We prove that ownership-aware TM has has cleanmemory-level semantics and can guarantee serializability bymodules...

Nested-PCR do gene que codifica o ant?geno b aplicada ao diagn?stico da tuberculose pulmonar

LIMA, Karla Val?ria Batista; LOPES, Maria Lu?za; LOUREIRO, Edvaldo Carlos Brito; COSTA, Maurim?lia Mesquita; CARDOSO, Ninarosa Calzavara; LIMA, George Leandro Ferreira; SOUSA, Ma?sa Silva de
Fonte: Universidade Federal do Pará Publicador: Universidade Federal do Pará
Tipo: Artigo de Revista Científica
POR
Relevância na Pesquisa
36.91%
A rea??o em cadeia da polimerase usada para amplifica??o de uma seq??ncia interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos ?lcool ?cido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laborat?rio de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Bel?m, no per?odo de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poder? ser uma ferramenta complementar para o diagn?stico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente ? cultura, no entanto, necessita de maiores avalia??es visando minimizar o n?mero de resultados falso-positivos.; ABSTRACT: The polymerase chain reaction used for amplifying an internal sequence of a previously amplified fragment (nested-PCR) was investigated as a complementary alternative for searching for alcohol-acid resistant bacilli and Mycobacterium tuberculosis cultures in Lowenstein-Jensen medium. 144 sputum samples were investigated from patients with suspected tuberculosis that were sent to the Tuberculosis Laboratory of the Evandro Chagas Institute in Bel?m...

Sensitivität von Färbemethoden und einer Nested-PCR zum Nachweis von Histoplasma capsulatum im Gewebe experimentell infizierter Mäuse; Sensitivity of staining methods and a nested PCR assay to detect histoplasma capsulatum in tissue sections of experimentally infected mice

Lerchner-Ernst, Friederike Ingeborg Charlotte
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
DE_DE
Relevância na Pesquisa
36.89%
Um die Diagnose einer Infektion mit Histoplasma capsulatum zu optimieren, wurden 30 Milzen von mit Histoplasma capsulatum infizierten Mäusen mit der HE-Färbung, der Grocott-Färbung, einer BCG-Antikörper-Färbung und einer Fluoreszenzfärbung mit Fungiqual A sowie einer Nested-PCR untersucht. Die Ergebnisse wurden mit den Erregerkonzentrationen pro Organ verglichen, die mit Hilfe einer quantitativen Kultivierung ermittelt worden waren. Mit Hilfe der logistischen Regression wurde die Nested-PCR als die sensitivste Methode ermittelt, allerdings stellte sich heraus, dass sie nicht signifikant sensitiver ist als die Grocott-Färbung. Die Fluoreszenzfärbung und die Grocott-Färbung waren ebenfalls nicht signifikant verschieden in Bezug auf die Sensitivität. Beide Färbungen waren signifikant sensitiver als die HE-Färbung und die Immunhistologie, die sich in Bezug auf Sensitivität nicht signifikant voneinander unterschieden. Die Nested-PCR war die einzige Methode, die eine spezies-spezifische Diagnose ermöglichte.; To optimize diagnosis of histoplasmosis in tissue sections, 30 spleen specimens from mice, infected with Histoplasma capsulatum, were examined by H&E , Grocott stain, anti-bacille antibody immunostain, Fungiqual A fluorochrome stain...

Non-nested Hypothesis Testing: An Overview

Pesaran, M. Hashem; Weeks, Melvyn
Fonte: Universidade de Cambridge Publicador: Universidade de Cambridge
Tipo: Trabalho em Andamento Formato: 559552 bytes; application/pdf; application/pdf
EN_GB
Relevância na Pesquisa
36.83%
In econometric analysis, non-nested models arise naturally when rival economic theories are used to explain the same phenomenon, such as unemployment, inflation or output growth. The authors examine the problem of hypothesis testing when the models under consideration are ?non-nested? or belong to ?separate? families of distributions in the sense that none of the individual models may be obtained form the remaining, either by imposition of parameter restrictions or through a limiting process. Although the primary focus is on non-nested hypothesis testing, the authors briefly discuss the problem of model selection and the differences and similarities between the two approaches. By using the linear regression model as a convenient framework, the authors examine three broad approaches to non-nested hypothesis testing: the modified (centred) long-likelihood ratio procedure, the comprehensive models approach, and the encompassing procedure. Finally, they consider a number of practical problems which arise in the application of non-nested tests to non-linear models such as the probit and logit qualitative response models.

Vírus da cinomose canina: detecção do RNA viral pelo Nested RT-PCR em cães com diagnóstico clínico; Canine distemper virus: detection of viral RNA by Nested RT-PCR in dogs with clinical diagnosis

Alcalde, Rosana; Kogika, Marcia Mery; Fortunato, Vera A. Batistini; Lopes, Luciano Rodrigo; Paiva, Paulo Bandeira; Durigon, Edison Luiz
Fonte: Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia Publicador: Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 22/02/2013 ENG
Relevância na Pesquisa
36.86%
O vírus da cinomose canina (CDV) é um patógeno que afeta cães, causando doença grave e que pode levar a morte. Os cães infectados pelo CDV podem ser diagnosticados pela detecção do RNA utilizando-se a técnica de Nested-PCR. O presente estudo teve como objetivo avaliar o RNA do CDV no sangue, urina e saliva em cães com diagnóstico clínico de cinomose. A técnica de Nested-PCR foi capaz de detectar o RNA em diferentes tipos de amostras biológicas. Obteve-se um maior número de resultados positivos em amostras de urina.; Canine distemper virus (CDV) is a pathogen which affects dogs and causes severe disease leading to death. Dogs infected with CDV can be diagnosed by RNA detection by Nested PCR technique. The following study proposed to valuate CDV RNA in blood, urine and saliva samples. The Nested-PCR technique was able to detect CDV RNA in different types of biologic samples. The higher number of positive results was obtained in urine samples.