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Recent Developments in Molecular Dynamics Simulations of Fluorescent Membrane Probes

Loura, Luís M. S.; Ramalho, J. P. Prates
Fonte: MDPI Publicador: MDPI
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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85.82%
Due to their sensitivity and versatility, the use of fluorescence techniques in membrane biophysics is widespread. Because membrane lipids are non-fluorescent, extrinsic membrane probes are widely used. However, the behaviour of these probes when inserted in the bilayer is often poorly understood, and it can be hard to distinguish between legitimate membrane properties and perturbation resulting from probe incorporation. Atomistic molecular dynamics simulations present a convenient way to address these issues and have been increasingly used in recent years in this context. This article reviews the application of molecular dynamics to the study of fluorescent membrane probes, focusing on recent work with complex design fluorophores and ordered bilayer systems.

Study of the antimicrobial peptide indolicidin and mutants in eukaryotic modelled membrane by molecular dynamics simulations

FUZO, Carlos Alessandro; DEGREVE, Leo
Fonte: TAYLOR & FRANCIS LTD Publicador: TAYLOR & FRANCIS LTD
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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85.83%
In this work the interaction of the antimicrobial peptide indolicidin (IND) and its mutants CP10A and CP11 with a eukaryotic membrane model was examined by molecular dynamics simulations. The aim was to analyse the behaviour of these antimicrobial peptides when they interact with a eukaryotic modelled membrane, thereby obtaining atomic detailed observations that are not experimentally available. In the simulations, the widely studied dipalmitoylphosphatidylcholine hydrated bilayer was used as a eukaryotic membrane model. In agreement with experimental observations, the peptides IND, CP10A, and CP11 insert into the bilayer differently; the peptides that insert more deeply present the major hemolytic activities. The hydrophobic residues are responsible for the insertion, but some Trp residues of the peptides remain at the bilayer/water interface because they interact with the bilayer choline groups by cation-pi interactions that should be important for recognition of eukaryotic membrane by the three studied peptides.; Fundacao de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo (Fapesp); Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq); Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)

PACKMOL: A Package for Building Initial Configurations for Molecular Dynamics Simulations

MARTINEZ, L.; ANDRADE, R.; BIRGIN, E. G.; MARTINEZ, J. M.
Fonte: JOHN WILEY & SONS INC Publicador: JOHN WILEY & SONS INC
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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85.87%
Adequate initial configurations for molecular dynamics simulations consist of arrangements of molecules distributed in space in such a way to approximately represent the system`s overall structure. In order that the simulations are not disrupted by large van der Waals repulsive interactions, atoms from different molecules Must keep safe pairwise distances. Obtaining Such a molecular arrangement can be considered it packing problem: Each type molecule must satisfy spatial constraints related to the geometry of the system, and the distance between atoms of different molecules Must be greater than some specified tolerance. We have developed a code able to pack millions of atoms. grouped in arbitrarily complex molecules, inside a variety of three-dimensional regions. The regions may be intersections of spheres, ellipses, cylinders, planes, or boxes. The user must provide only the structure of one molecule of each type and the geometrical constraints that each type of molecule must satisfy. Building complex mixtures, interfaces, solvating biomolecules in water, other solvents, or mixtures of solvents, is straight forward. In addition. different atoms belonging to the same molecule may also be restricted to different spatial regions, in Such a way that more ordered molecular arrangements call be built...

Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I; Integrated experimental biophysics and molecular dynamics simulations of biomolecules in solution - the interaction of nuclear receptors with DNA response elements and the inter-domain dynamics of Cellobiohydrolase I

Lima, Leonardo Henrique França de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 26/09/2011 PT
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85.92%
Movimentos coletivos prestam um papel fundamental na dinâmica e energética de biomoléculas em solução. Estes movimentos permitem o acoplamento de regiões significativamente distantes, apresentando considerável influência, por exemplo, no alosterismo para a formação de complexos macromoleculares e no funcionamento integrado de proteínas multidomínios como "máquinas moleculares". Neste trabalho de doutoramento, serão apresentados os resultados referentes à aplicação conjunta de técnicas experimentais biofísicas, de modelagem estrutural e de dinâmica molecular no estudo de dois sistemas para os quais estes movimentos coletivos demonstram considerável importância funcional. Para a interação do receptor nuclear do ácido 9-cis-retinóico com seu elemento responsivo específico no DNA (HRE), a comparação de estudos de dinâmica molecular com ensaios de afinidade por anisotropia de fluorescência sugere que a resistência inicial para a associação do monômero, seguida da acentuada colaboratividade na associação do dímero é regida por um impedimento da associação do domínio de ligação ao DNA (DBD) para o primeiro à sequência responsiva devido, em última análise, a uma não complementaridade dos modos coletivos mútuos. Este impedimento para a associação monomérica inicial é mais acentuado para o monômero 5' (para o qual a menor especificidade de ligação à seqüência específica já é bem documentada)...

Estudo do contato entre sólidos metálicos por meio de simulações de dinâmica molecular.; Study of contact in metal solids by means of molecular dynamics simulations.

Marques, Débora Maria Mitter
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/11/2011 PT
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85.81%
Neste trabalho, a relação entre a adesão e o grau de desordem de superfícies em contato é estudada por meio de simulações por dinâmica molecular. O sistema em estudo é composto por um indentador cilíndrico rígido e um bloco deformável. Um reservatório térmico é colocado logo abaixo do bloco, de forma a manter o sistema a temperatura ambiente. Os sólidos são feitos do mesmo material e são modelados por intermédio do potencial genérico de Lennard-Jones. A adesão entre as superfícies é variada gradualmente por meio da variação do raio de corte do potencial que descreve a interação entre as superfícies indentador-bloco. Cada simulação se inicia com um recozimento, após o qual são realizadas as simulações de contato propriamente ditas, até que ocorra penetração de 1,7 raios atômicos. A força normal, a energia potencial, a temperatura e a energia cinética são acompanhadas ao longo do processo. Os resultados reforçam a importância da adesão no jump-to-contact, estando este fenômeno relacionado à geração de defeitos cristalinos. Há indícios de que a distribuição da carga, bem como a dissipação de energia...

Mobilidade da hélice 12 de receptores nucleares: comparação entre simulações de dinâmica molecular e experimentos de anisotropia de fluorescência; Nucler receptor's helix 12 mobility: comparison between molecular dynamics simulations and fluorescence anisotropy experiments

Batista, Mariana Raquel Bunoro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 15/02/2013 PT
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85.93%
Receptores nucleares formam uma superfamília de proteínas responsáveis pela regulação da expressão de genes. Estruturalmente, são formados por três domínios: um domínio N-terminal bastante variável, um domínio altamente conservado de ligação com o DNA e um domínio C-terminal, menos conservado, denominado domínio de ligação com o ligante (LDB). Diversos experimentos mostram que a interação com o ligante afeta a estrutura e a mobilidade da hélice C-terminal dos receptores nucleares (hélice 12 do domínio de ligação com o ligante), sendo o principal mecanismo de ativação e repressão da transcrição. As primeiras estruturas de LBDs de receptores nucleares revelaram importantes diferenças entre estruturas contendo ligantes (holo) e estruturas apo, principalmente no que diz respeito a posição da hélice 12: em estruturas apo, foi observada a H12 em uma conformação aberta, expondo o sítio de ligação com o ligante, enquanto que em estruturas holo, foi observada a H12 em uma conformação fechada, dobrada sobre o corpo do LBD e envolvendo completamente o ligante. Essa diferença sugeriu um mecanismo para a entrada e saída de ligantes do sítio de ligação denominado modelo da ratoeira, entretanto, esse modelo apresenta diversas inconsistências e tem sido desacreditado. Estudos experimentais e teóricos recentes mostram que a hélice 12 é mais móvel na ausência de ligantes...

Molecular Dynamics simulations of track formation at different ensembles

Moreira, Pedro A.F.P.; Guedes, Sandro; Tello Saenz, Carlos; Hadler, Julio C.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 68-72
ENG
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95.9%
A series of Molecular Dynamics simulations of thermal spikes has been run in zircon. For two different ensembles: microcanonical one and a combination of microcanonical one acting on the simulation core with Langevin one on the side walls of simulation. Depending on the used ensemble, different track-formation threshold energies were found. When the combined ensemble is carried out, the total energy of the simulations varies with the temperature which can influence how annealing fission-track models should deal with the lattice recovery. A fission-track annealing model is tested with the simulation results. © 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

On the unzipping mechanisms of carbon nanotubes: Insights from reactive molecular dynamics simulations

Dos Santos, Ricardo P.; Autreto, Pedro A.; Perim, Eric; Brunetto, Gustavo; Galvao, Douglas S.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência Formato: 3-8
ENG
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95.88%
Unzipping carbon nanotubes (CNTs) is considered one of the most promising approaches for the controlled and large-scale production of graphene nanoribbons (GNR). These structures are considered of great importance for the development of nanoelectronics because of its dimensions and intrinsic nonzero band gap value. Despite many years of investigations some details on the dynamics of the CNT fracture/unzipping processes remain unclear. In this work we have investigated some of these process through molecular dynamics simulations using reactive force fields (ReaxFF), as implemented in the Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) code. We considered multi-walled CNTs of different dimensions and chiralities and under induced mechanical stretching. Our preliminary results show that the unzipping mechanisms are highly dependent on CNT chirality. Well-defined and distinct fracture patterns were observed for the different chiralities. Armchair CNTs favor the creation of GNRs with well-defined armchair edges, while zigzag and chiral ones produce GNRs with less defined and defective edges. © 2012 Materials Research Society.

Controlled route to the fabrication of carbon and boron nitride nanoscrolls: A molecular dynamics investigation

Perim, Eric; Paupitz, Ricardo; Galvão, Douglas S.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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85.81%
Carbon nanoscrolls (graphene layers rolled up into papyrus-like tubular structures) are nanostructures with unique and interesting characteristics that could be exploited to build several new nanodevices. However, an efficient and controlled synthesis of these structures was not achieved yet, making its large scale production a challenge to materials scientists. Also, the formation process and detailed mechanisms that occur during its synthesis are not completely known. In this work, using fully atomistic molecular dynamics simulations, we discuss a possible route to nanoscrolls made from graphene layers deposited over silicon oxide substrates containing chambers/pits. The scrolling mechanism is triggered by carbon nanotubes deposited on the layers. The process is completely general and can be used to produce scrolls from other lamellar materials, like boron nitride, for instance. © 2013 American Institute of Physics.

Simulações de dinâmica molecular do receptor ativado de proliferadores de peroxissomos isoforma y; Molecular dynamics simulations of the peroxisome proliferator-activated receptor isoform y

Rodrigo Leandro Silveira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/07/2010 PT
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85.92%
O Receptor Ativado de Proliferadores de Peroxissomos Isoforma g (PPARg ) é uma proteína pertencente à superfamília dos Receptores Nucleares. Através da ligação de pequenas moléculas, o PPARg controla a transcrição de genes ligados à diferenciação de adipócitos e ao metabolismo de glicose e de lipídeos. O PPARg tem uma enorme cavidade de ligação que permite a ligação de várias moléculas estruturalmente distintas que geram respostas fisiológicas também distintas. O PPARg é o receptor de uma classe de drogas antidiabéticas cujo principal representante é a rosiglitazona. Além disso, diversos ligantes naturais ativam o receptor e, recentemente, foi descoberto que ácidos graxos de cadeia média podem se ligar e ativar o PPARg . A estrutura cristalográfica do PPARg na presença de ácido nonanóico mostrou que havia 3 ligantes simultaneamente ligados ao receptor. Neste trabalho, utilizamos simulações de dinâmica molecular para investigar a dinâmica do PPARg ligado à rosiglitazona e aos ácidos nonanóico, cáprico e láurico. Observamos que a rosiglitazona não ocupa todo o sítio de ligação, havendo uma complementaridade entre o ligante e o receptor na base do domínio de ligação. Os ácidos graxos, por outro lado...

Bases moleculares da diminuição da capacidade funcional do receptor de androgênio mutado estudadas por simulações de dinâmica molecular; Molecular basis of functional impairment of androgen receptor mutants studied by molecular dynamics simulations

Julio Cesar Araujo da Silva
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 14/12/2012 PT
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85.88%
Receptores de androgênio (AR) são membros da superfamília de receptores nucleares que incluem os receptores de esteroides, entre outros. O AR liga os esteroides sexuais endógenos diidrotestosterona e testosterona. O desenvolvimento normal do fenótipo masculino e do sistema reprodutivo necessita de ações pré- e pósnatais promovidas pela interação do AR com esses hormônios. Mutações no gene do receptor de androgênio podem levar a várias doenças como o câncer de próstata e a síndrome de insensibilidade ao androgênio (AIS). Substituições diferentes no mesmo resíduo de aminoácido podem resultar em impactos variáveis na atividade do receptor levando a diferentes graus de AIS. Um grande número de mutações tem sido reportado para o AR envolvendo AIS e células tumorais de câncer de próstata e sua localização e função podem ajudar a entender como essas doenças devem ser tratadas. Entretanto, pouco se sabe sobre como as mutações mudam a estrutura e a dinâmica do AR, uma vez que apenas poucas estruturas cristalográficas de mutantes foram obtidas. Neste trabalho, apresentamos estudos de simulação de dinâmica molecular de algumas estruturas do AR humano com mutações localizadas no domínio de ligação do ligante (LBD) em comparação com a estrutura nativa complexadas com o ligante sintético metiltrienolona (R1881). Nosso objetivo é investigar as bases moleculares das mudanças sutis no receptor causadas pelas mutações que afetam sua afinidade pelo ligante R1881. Embora nenhum dos resíduos mutados deste estudo interajam diretamente com o ligante...

PACKMOL: A Package for Building Initial Configurations for Molecular Dynamics Simulations

MARTINEZ, L.; ANDRADE, R.; BIRGIN, E. G.; MARTINEZ, J. M.
Fonte: JOHN WILEY & SONS INC Publicador: JOHN WILEY & SONS INC
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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85.87%
Adequate initial configurations for molecular dynamics simulations consist of arrangements of molecules distributed in space in such a way to approximately represent the system`s overall structure. In order that the simulations are not disrupted by large van der Waals repulsive interactions, atoms from different molecules Must keep safe pairwise distances. Obtaining Such a molecular arrangement can be considered it packing problem: Each type molecule must satisfy spatial constraints related to the geometry of the system, and the distance between atoms of different molecules Must be greater than some specified tolerance. We have developed a code able to pack millions of atoms. grouped in arbitrarily complex molecules, inside a variety of three-dimensional regions. The regions may be intersections of spheres, ellipses, cylinders, planes, or boxes. The user must provide only the structure of one molecule of each type and the geometrical constraints that each type of molecule must satisfy. Building complex mixtures, interfaces, solvating biomolecules in water, other solvents, or mixtures of solvents, is straight forward. In addition. different atoms belonging to the same molecule may also be restricted to different spatial regions, in Such a way that more ordered molecular arrangements call be built...

Optimizing molecular dynamics simulations with product lines

Silva, Rui C.; Sobral, João Luís Ferreira
Fonte: ACM Publicador: ACM
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
Publicado em //2011 ENG
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95.88%
This paper presents a case study of using product-lines to address the variability of optimization methods and target platform mappings in high-performance molecular dynamics simulations. We use Feature Oriented Programming to incrementally extend the base algorithm by composing performance enhancement features with the core functionality. Developed features encapsulate common optimization methods in molecular dynamics simulations and target platform mappings. The main benefits of the approach are: 1) it promotes an incremental development, where optimizations and mappings are developed incrementally and simultaneously with the core functionality; 2) complex optimizations and mappings can be obtained by composing basic features. The performance of synthesized products is comparable to the performance of products developed with traditional parallel programming techniques. In this approach complex optimizations become easier to develop, by composing basic features, providing a performance advantage over traditional programming techniques.

Metal mobility in hydrothermal fluids: insights from ab initio molecular dynamics simulations.

Mei, Yuan
Fonte: Universidade de Adelaide Publicador: Universidade de Adelaide
Tipo: Tese de Doutorado
Publicado em //2013
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85.94%
Aqueous fluids are an important medium for transporting metals in the Earth’s crust, and are responsible for the formation of many ore deposits. The nature and thermodynamic properties of metal complexes in hydrothermal fluids plays a key role in controlling elemental mobility and mineral solubility in natural and man-made systems. The bulk of our knowledge on metal complexation in hydrothermal fluids originates from experimental studies. Experimental studies at extreme conditions (i.e. high temperature and pressure) are challenging; they can be carried on only over limited P-T-x conditions, and require an accurate speciation model for interpretation. Molecular dynamics (MD) simulations are coming of age for studying metals in hydrothermal processes; the simulations can support the interpretation of experiments; explore conditions beyond the range over which experiments are available; and provide a molecular-level understanding of hydrothermal metal mobility. In this thesis, ab initio (first principles) molecular dynamics (MD) simulations based on density functional theory were conducted to predict the stochiometries and geometries of Cu(I), Au(I) and Zn(II) complexes in solutions with different ligands (Cl⁻, H₂O/OH⁻, HS⁻/H₃S...

Molecular Dynamics Simulations of 2-(4-butyloxyphenyl)-5-octyloxypyrimidine and 5-(4-butyloxyphenyl)-2-octyloxypyrimidine Liquid Crystal Phases

Pecheanu, Rodica
Fonte: Quens University Publicador: Quens University
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 5561655 bytes; application/pdf
EN; EN
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95.94%
Molecular dynamics simulations of the liquid crystal phases of 2-(4-butyloxyphenyl)-5-octyloxypyrimidine (2PhP) and 5-(4-butyloxyphenyl)-2-octyloxy-pyrimidine (5PhP) are the focus of this thesis. The 2PhP and 5PhP mesogens display different liquid crystalline phase sequences, despite having very similar molecular structures. Specifically, both mesogens consist of aromatic phenyl and pyrimidine cores in between two flexible alkoxy tails, but they differ in the preferred core conformation. A multi-site coarse-grained model, in which the aromatic rings are represented by soft quadrupolar ellipsoids and the alkoxy chains are given a united atom representation, is proposed in this thesis. A parameterization route for the intra- and intermolecular potentials appropriate for liquid crystal simulations is developed. The ab initio based derivation of suitable molecular models for the two mesogens is discussed in detail, with particular emphasis on capturing proper phenyl-pyrimidine interactions which proved to be essential to correctly represent core-core interactions between neighboring molecules. A systematic determination of suitable Gay-Berne (GB) parameters has been adopted for the aromatic rings of 2PhP and 5PhP. To account for the pi-electron cloud below and above the ring plane...

Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o receptor ativador da proliferação de peroxissomo; Molecular dynamics simulations of the peroxisome proliferator-activated receptors

Clarisse Gravina Ricci
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 06/10/2014 PT
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85.92%
Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomo. O Receptor Nuclear conhecido como PPAR possui um papel central na regulação do metabolismo da glicose e dos ácidos graxos, e, por esta razão, está intimamente relacionado às chamadas ‘doenças modernas’ – tais como obesidade e diabetes tipo II. Este trabalho de doutorado teve como objetivo usar a dinâmica molecular, entre outras ferramentas computacionais, para estudar em nível molecular aspectos estruturais e dinâmicos dos PPARs, que possam fornecer informações relevantes para a compreensão dos seus mecanismos de ação. Neste contexto, foram abordados quatro problemas específicos: 1) Estudo dos movimentos correlacionados e da dinâmica essencial descrita pelo heterodímero intacto PPAR/RXR ancorado ao DNA, cuja estrutura foi apenas recentemente publicada. Este estudo revelou a existência de correlações mecânicas entre regiões distantes do complexo, que ajudam a explicar comunicações alostéricas demonstradas experimentalmente. 2) Estudo comparativo do efeito do estado oligomérico para a dinâmica do LBD do PPAR e para os caminhos de dissociação do ligante. Neste trabalho, mostramos que o estado complexado afeta a formação de pontes salinas importantes para o processo de dissociação do ligante. 3) Estudo da importância da ocupação do -pocket no PPAR subtipo...

Molecular Dynamics Simulations of Type-sII Hydrogen Clathrate Hydrate Close to Equilibrium Conditions

Frankcombe, Terry; Kroes, G
Fonte: American Chemical Society Publicador: American Chemical Society
Tipo: Artigo de Revista Científica
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95.87%
Molecular dynamics simulations of hydrogen-containing type-sll clathrate hydrate slabs have been performed. A range of water-water interaction potentials were tested. Three potentials that yield water ice melting points close to 273 K gave very different

Molecular Dynamics Simulations of Human Prion Protein: Importance of Correct Treatment of Electrostatic Interactions

Zuegg, J.; Gready, Jill
Fonte: American Chemical Society Publicador: American Chemical Society
Tipo: Artigo de Revista Científica
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95.91%
Molecular dynamics simulations have been used to investigate the dynamical and structural behavior of a homology model of human prion protein HuPrP(90-230) generated from the NMR structure of the Syrian hamster prion protein ShPrP(90-231) and of ShPrP(90-231) itself. These PrPs have a large number of charged residues on the protein surface. At the simulation pH 7, HuPrP(90-230) has a net charge of - 1 eu from 15 positively and 14 negatively charged residues. Simulations for both PrPs, using the AMBER94 force field in a periodic box model with explicit water molecules, showed high sensitivity to the correct treatment of the electrostatic interactions. Highly unstable behavior of the structured region of the PrPs (127-230) was found using the truncation method, and stable trajectories could be achieved only by including all the long-range electrostatic interactions using the particle mesh Ewald (PME) method. The instability using the truncation method could not be reduced by adding sodium and chloride ions nor by replacing some of the sodium ions with calcium ions. The PME simulations showed, in accordance with NMR experiments with ShPrP and mouse PrP, a flexibly disordered N- terminal part, PrP(90-126), and a structured C-terminal part...

Molecular Dynamics Simulations of the Solubility of H2S and CO2 in Water

López-Rendón,Roberto; Alejandre,José
Fonte: Sociedad Química de México A.C. Publicador: Sociedad Química de México A.C.
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2008 EN
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95.81%
We have performed molecular dynamics simulations at constant temperature and pressure to calculate the solubility of carbon dioxide (CO2) and hydrogen sulfide (H2S) in water. The solubility of gases in water is important in several technological problems, in particular in the petroleum industry. The calculated liquid densities as function of temperature are in good agreement with experimental data. The results at the liquid-vapor equilibrium show that at low temperatures there is an important amount of gases at the interface. The adsorption of gases in the liquid phase decreases as temperatures increases.

On the centre of mass velocity in molecular dynamics simulations

Méndez-Maldonado,G.A.; González-Melchor,M; Alejandre,J; Chapela,G.A.
Fonte: Sociedad Mexicana de Física Publicador: Sociedad Mexicana de Física
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/02/2012 EN
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85.84%
Molecular dynamics simulations are performed on a fluid at supercritical conditions to analyze the effect that the velocity of centre of mass (VCOM) of the system has on temperature and phase stability. Standard rescaling velocities and Nosé-Hoover chains of thermostats methods are used to carry out simulations on Square Well, Lennard-Jones and Soft Primitive potential models. Removing the VCOM at the beginning or during the simulation is not required for the Nosé-Hoover chain of thermostats to keep the correct temperature of the system, however, it is fundamental to keep null the VCOM when the traditional rescaling velocity scheme is used. It is shown that if the VCOM is removed only at the beginning of the simulation the internal and external temperatures are not the same for very long simulations and the fluid becomes a solid. The temperatures and physical properties obtained using the Nosé-Hoover chain method are the same as those obtained by removing the VCOM during the simulation in the rescaling velocity procedure.