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Genetic diversity of Portuguese Arbutus unedo L. populations using leaf traits and molecular markers: an approach for conservation purposes

Lopes, Lucas; Sá, Olga; Pereira, J.A.; Baptista, Paula
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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The genetic diversity within and between four natural Arbutus unedo L. populations in Portugal was investigated using morphological characters, inter-simple sequence repeats (ISSR) and random amplified polymorphic (RAPD) markers, for a proper conservation of this resource. The results showed a high morphological variation between and within-populations. The dry-weight, length, width and peduncle length of the leaves were the most discriminating characters, being responsible for 52.6% of the total variation. The molecular analysis, based on both RAPD and ISSR, indicated moderate genetic diversity within populations, with values of Nei’s gene diversity ranging from 0.16 to 0.39 and the Shannon’s diversity from 0.24 to 0.57. The highest genetic diversity occurred within Braganc¸ a population. At the species level, the genetic variation was mainly within populations (75%), suggesting a low-moderate genetic differentiation among populations. The high level of gene flow estimated among populations (1.499) showed to be the main reason for their low differentiation. The cluster analysis showed that only one population formed a distinctive cluster. The remaining formed a second cluster due to their geographical approach, which has been showed to affect significantly the genetic distances among populations. No correlation between RAPD and ISSR markers...

Diversidade genética e sistema de cruzamento em populações naturais de duas espécies pioneiras arbóreas. ; Genetic diversity and mating systems in natural populations of two pioneers tree species.

Ribas, Luciano Arruda
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/09/2003 PT
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66.14%
O conhecimento sobre o sistema de cruzamento e a forma como a diversidade genética está distribuída em populações de espécies arbóreas é de fundamental importância para se planejar seu manejo e conservação. Espécies arbóreas pioneiras estão cada vez mais freqüentes dentro e fora dos fragmentos florestais remanescentes. Trema micrantha é uma das primeiras espécies a se estabelecer em áreas abandonadas e Cecropia pachystachya é uma espécie pioneira dióica e seletivamente higrófita. Ambas são polinizadas pelo vento e produzem muitas sementes que são dispersas por animais. Estudou-se a diversidade e estrutura genética e o sistema de cruzamento em populações de ambas espécies e, para T. micrantha, avaliou-se também o banco de sementes como um potencial tampão gênico para a espécie. As populações foram amostradas na Estação Ecológica dos Caetetus (Gália-S.P.) e na Reserva Florestal de Santa Genebra (Campinas-S.P.), onde se amostrou 177 indivíduos de T. micrantha, distribuídos em 6 e 5 subpopulações, e 178 indivíduos de C. pachystachya, em 2 e 3 subpopulações, nos respectivos fragmentos. Os sistemas de cruzamento foram avaliados com base em 24 progênies de 10 indivíduos por progênie de cada espécie. As estimativas para os parâmetros de diversidade genética nas populações de plantas do dossel foram obtidas a partir do polimorfismo de oito locos isoenzimáticos...

Efeito do manejo na diversidade genética de populações naturais de Tabebuia cassinoides LAM (DC), por marcadores isoenzimáticos.; Management effects on caxeta [Tabebuia cassinoides lam. (dc)] natural populations genetic diversity by molecular markers.

Cavallari Neto, Mario
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 01/10/2004 PT
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66.21%
Populações naturais de Tabebuia cassinoides Lam (DC) vem sedo intensivamente exploradas a mais de 70 anos, sendo que atualmente restam poucas populações em condições de exploração comercial. Contudo, a pressão para a contínua exploração das populações remanescentes permanece, embora estudos recentes venham indicando que a intensidade de exploração adotada está causando forte perda de diversidade genética. Assim, o objetivo deste trabalho foi estudar os impactos do manejo nos níveis de diversidade genética de populações naturais de T. cassinoides, usando dados de isoenzimas de amostras de árvores adultas de sete populações, sendo quatro naturais e três manejadas, procedentes do Vale do Ribeira-SP. Foram amostradas aproximadamente 60 árvores por populações, com exceção de uma população, onde foram amostradas 100 árvores e medido o diâmetro a altura do peito (DAP) de cada árvore. Os efeitos do manejo foram avaliados simulando-se diferentes intensidades de desbaste em função de classes de DAP e retenção de diferentes tamanhos populacionais por hectare (20, 30, 50, 75 e 100 genótipos). Os diferentes cenários foram avaliados comparando-se os índices porcentagem de locos polimórficos (), número médio de alelos por locos ()...

Diversidade genética de populações de Cedro (Cedrela fissilis Vell. (Meliaceae)) no Centro-Sul do Brasil; Genetic diversity of populations of Cedro (Cedrela fissilis Vell. (Meliaceae)) in Southerncenter Brazil

Mendes, Flávio Bertin Gandara
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/10/2009 PT
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Cedrela fissilis Vell. é árvore alta (10 a 30 m) por 40 a 50 cm de diâmetro. Tronco retilíneo com sapopemas pouco desenvolvidas ou ausentes, mas quando atacado pela broca do ponteiro, Hypsipila grandela, é tortuoso. Casca grossa, dura, fissurada, de marrom a pardo - acinzentada. Folhas alternas com 8 a 24 pares de folíolos. Flores actinomorfas, unissexuadas, de 5 a 10 mm de comprimento reunidas em tirsos axilares. Os frutos são cápsulas lenhosas deiscentes de 3 a 10 cm de comprimento, que encerram de 30 a 300 sementes aladas, com até 35 mm de comprimento por 15 mm de largura. A polinização é realizada por insetos, possivelmente mariposas e abelhas e a dispersão de sementes é anemocórica. C. fissilis é uma das espécies arbóreas mais ameaçadas pelo corte seletivo e destruição da Mata Atlântica no centro-sul do Brasil, sua principal área de ocorrência, tornando a conservação dos seus recursos genéticos extremamente ameaçada pela redução populacional que vem sofrendo. Por outro lado, esta espécie tem um grande potencial para produção de madeira de alta qualidade, principalmente em plantios mistos, que estão se tornando economicamente viáveis pela escassez de madeira no mercado nacional e internacional...

Caracterização da diversidade genética de inhame (Dioscorea alata) utilizando marcadores microssatélites; Genetic diversity characterization of water yam (Dioscorea alata L.) with microsatellites markers

Siqueira, Marcos Vinicius Bohrer Monteiro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/07/2011 PT
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O gênero Dioscorea é o mais amplo da família Dioscoreaceae, apresentando cerca de 600 espécies distribuídas, sobretudo, nos trópicos, com grande importância na alimentação, principalmente na África Ocidental, na Sudeste Asiático, no Caríbe e em alguns países da América do Sul. No Brasil, algumas espécies de inhame (Dioscorea spp.), juntamente com a mandioca (Manihot esculenta Crantz), têm uma profunda importância na agricultura de subsistência, sendo utilizadas basicamente como fonte de carboidrato para alimentação humana. Pouco se conhece sobre a diversidade e estrutura genética dessas espécies, como evoluíram nos últimos anos, sobretudo pela escassez de avaliações moleculares. O presente estudo tem como objetivos: (i) apresentar dados sócio-econômicos e etnobotânicos relativos aos diferentes agricultores que cultivam a espécie; (ii) isolar primers de microssatélites usando uma biblioteca genômica enriquecida e testar sua amplificação entre outras espécies de Dioscorea; (iii) analisar a relação genética entre 73 variedades locais e 17 acessos comerciais de inhame coletados em cinco diferentes regiões do Brasil (Sul, Sudeste, Nordeste, Norte e Centro-oeste) usando um conjunto de 12 microssatélites. Túberas de inhame foram coletadas em 28 municípios proveniente de cinco regiões onde a espécie é comumente cultivada...

Desenvolvimento e uso de marcadores SSR E DArT para estudos de diversidade genética em macadâmia (Macadamia integrifolia); Development and use of SSR and DArT genetic markers to study genetic diversity in macadamia (Macadamia integrifolia)

Sobierajski, Graciela da Rocha
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 24/05/2012 PT
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A macadâmia (Macadamia integrifolia Maiden & Betche) é uma nogueira arbórea originária das florestas tropicais australianas. Sua distribuição natural ocorre por quase toda a costa leste da Austrália. No Brasil, foi introduzida em 1931, mas sua expansão aconteceu a partir da década de 70. As variedades comerciais são originadas de duas espécies, Macadamia integrifolia e M. tetraphylla, e seus híbridos. As informações sobre pedigree são geralmente incompletas e a identificação das variedades algumas vezes não é clara. O uso de técnicas moleculares auxilia em diversas fases dos programas de melhoramento, inclusive na caracterização do material genético e seleção de parentais envolvidos nos cruzamentos. A partir do uso de técnicas moleculares (microssatélites e diversity array technology), as 28 variedades que compõe o germoplasma brasileiro foram genotipadas com a finalidade de investigar a estrutura e a divergência genética entre estas. Foram utilizados 29 primers flanqueadores de locos microssatélites e 462 marcas de diversity array technology. A análise pelo programa Structure apresentou a formação de duas subpopulações: uma com a maioria das variedades desenvolvidas no Havaí/USA e Brasil, e outra composta pelas variedades desenvolvidas na Austrália e três variedades brasileiras. A análise da diversidade genética detectou valores medianos de heterozigosidade para o conjunto de variedades ( = 0...

Diversidade genética de variedades tradicionais de mandioca (Manihot esculenta Crantz) cultivada em comunidades da Baixada Cuiabana em Mato Grosso por meio de microssatélites; Genetic diversity of traditional varieties of cassava (Manihot esculenta Crantz) grown in communities of Baixada Cuiabana in Mato Grosso through microsatellites

Carrasco, Nancy Farfán
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 03/07/2012 PT
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A mandioca (Manihot esculenta) é uma espécie tropical que se destaca como fonte de alimento para os países em desenvolvimento, devido à grande quantidade de amido contido em suas raízes. Estudos indicam que o centro de origem e de domesticação da mandioca é na Amazônia brasileira, mas grande parte da diversidade genética dessa cultura é desconhecida. Este estudo baseou-se na caracterização da diversidade genética no estado de Mato Grosso (MT), especificamente nos municípios de Cáceres, Porto Estrela e Santo Antônio do Leverger, na Baixada Cuiabana. Os genótipos foram provenientes de roças de agricultores tradicionais. Esses campos são considerados como unidades evolutivas para a mandioca. Neste estudo, fizemos uma caracterização de 211 genótipos coletados em 40 roças, em 10 comunidades, nos três municípios citados acima. Essa caracterização foi realizada utilizando 14 locos microssatélites. Encontramos um alto nível de heterozigosidade observada (Ho = 0,587) e diversidade gênica (He = 0,525), enquanto a maior parte da diversidade genética foi encontrada dentro dos campos de roça (92%). Houve uma separação entre o município de Santo Antônio do Leverger e os municípios de Cáceres e Porto Estrela...

Diversidade e estrutura genética de populações de Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl.; Genetic diversity and structure of Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. populations

Ueno, Sueme
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 28/06/2013 PT
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Originária da África, a orquídea terrestre Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. é considerada uma espécie invasora com potencial de colonizar grandes áreas. A espécie se desenvolve tanto em ambientes secos quanto úmidos e está presente em áreas perturbadas e não perturbadas, sendo a única espécie do gênero presente no continente americano. Embora apresente um mecanismo passivo de autofertilização, estudos apontam para ocorrência de cruzamento entre populações brasileiras, indicando existência de variação na biologia reprodutiva da espécie através da sua extensão geográfica. Considerando a falta de informações de genética de populações da espécie, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética de populações brasileiras de O. maculata e obter informações sobre o sistema reprodutivo da espécie. Para tanto, foram utilizados 13 iniciadores ISSR para avaliar a diversidade genética de 152 indivíduos de O. maculata distribuídos em cinco populações naturais provenientes de três estados brasileiros (São Paulo, Mato Grosso e Paraná). As populações avaliadas apresentaram baixos índices de diversidade intrapopulacional, com estimativas do índice de Shannon (I) variando de 0...

Diversidade e estrutura genética de Piptadenia gonoacantha (Mart.) J.F. Macbr. em áreas em processo de restauração florestal e remanescentes de Mata Atlântica; Genetic diversity and structure of Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. in areas under forest restoration process and natural remnants of the Atlantic rain forest

Bajay, Miklos Maximiliano
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/04/2014 PT
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66.16%
A Mata Atlântica é considerada mundialmente um dos biomas prioritários para conservação, devido à elevada riqueza de sua biodiversidade. A preservação da vegetação natural deve estar associada à restauração florestal, de modo que se possa assegurar a continuidade desta rica biota. No Brasil, grande parte dos projetos de restauração florestal realizados até agora tem se preocupado apenas em buscar diversidade florística, contemplando uma baixa diversidade genética em sua implantação, o que têm criado muitos problemas relativos à viabilidade biológica de suas comunidades. O presente trabalho se propôs a realizar um estudo comparando a diversidade genética (utilizando marcadores SSR, cpSSR e AFLP) da espécie arbórea Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. em duas áreas em processo de restauração florestal e dois remanescentes naturais de floresta estacional semidecidual da Mata Atlântica do estado de São Paulo, Brasil. A partir da biblioteca genômica construída, foram obtidos 12 locos SSR. A heterozigosidade média esperada no equilíbrio de Hardy Weinberg (HE = 0,494) foi maior do que a heterozigosidade observada (HO = 0,251) em todas as populações, indicando taxa relativamente alta de endogamia (FIS = 0...

Genetic diversity in Mentha cervina based on morphological traits, essential oils profile and ISSRs markers

Rodrigues, Leandra; Póvoa, Orlanda; Berg, Cássio Van den; Figueiredo, Ana Cristina; Moldão-Martins, Margarida; Monteiro, Ana
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2013 ENG
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66.15%
Morphological, phytochemical and genetic differences were studied to evaluate the level and distribution of diversity in twelve populations of the Portuguese endangered medicinal plant Mentha cervina L. Morphological variation was correlated with ecological conditions at the site of origin. Pulegone was the major essential oils compound in all of the populations collected at full flowering (68–83%), in different growing conditions (51–82%), and for all the developmental stages studied (47–82%). Although clusters were defined, the analysis revealed a high chemical correlation among all populations (Scorr 0.95%). Intersimple sequence repeats markers were used to assess the population structure and genetic variation. Populations exhibited a relatively low genetic diversity (PPB ¼ 14.3–64.6%, He ¼ 0.051–0.222, I ¼ 0.076–0.332), with high structuring between them (GST ¼ 0.51). However, the genetic diversity at species level was relatively high (PPB ¼ 97.7%; He ¼ 0.320). The levels and patterns of genetic diversity were assumed to result largely from a combination of evolutionary history and its unique biological traits, such as breeding system, clonal growth, low capacity of dispersion and habitat fragmentation. The relatively low genetic diversity in the populations analyzed indicates that the maintenance of their evolutionary potential is at risk if population sizes are maintained and if there is no protection of the habitats.

Low genetic diversity and significant structuring in the endangered Mentha cervina populations and its implications for conservation

Rodrigues, Leandra; Berg, Cássio Van den; Póvoa, Orlanda; Monteiro, Ana
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2013 ENG
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66.16%
Eighteen populations of the endangered aromatic and medicinal plant Mentha cervina (Lamiaceae) were sampled across its natural range, in the western half of the Iberian Peninsula, and inter-simple sequence repeats (ISSRs) markers were used to assess genetic diversity and population structure. M. cervina populations exhibited a relatively low genetic diversity (percentage of polymorphic loci PPB ¼ 14.2–58.3%, Nei’s genetic diversity He ¼ 0.135–0.205, Shannon’s information index I ¼ 0.08 0.33). However, the genetic diversity at species level was relatively high (PPB ¼ 98.3%; He ¼ 0.325; I ¼ 0.23). The results of the analysis of molecular variance indicated very structured populations, with 50% of the variance within populations, 44% among populations and 6% between regions defined by hydrographic basins, in line with the gene differentiation coefficient (GST ¼ 0.532). A Mantel test did not find significant correlation between genetic and geographic distance matrices (r ¼ 0.064), indicating that isolation by distance is not shaping the present genetic structure. The levels and patterns of genetic diversity in M. cervina populations were assumed to result largely from a combination of evolutionary history and its unique biological traits...

Genetic diversity in rosewood saplings (Aniba rosaeodora ducke, Lauraceae): an ecological approach

Santos,Ronaldo Pereira; Spironello,Wilson Roberto; Sampaio,Paulo de Tarso Barbosa
Fonte: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia Publicador: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2008 EN
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This article takes an ecological approach to the genetic diversity of Rosewood (Aniba rosaeodora Ducke) in a central Amazonian terra firme forest north of Manaus. Planted Rosewood setting, under partial shaded canopy, were assessed in terms of fruiting production, frugivory, and seed dispersal. Using RAPD molecular analysis procedures, the influence of the spatial distribution of adult trees on the genetic diversity (polymorphism) of saplings was assessed with genetic samples from 34 reproductive trees and 60 saplings. The density and distribution patterns the reproductive trees did not modify the sapling"s diversity (1.86%, AMOVA). Two types of adult tree dispersion were identified; i) clumped and ii) more widely dispersed. Polymorphism (77.5%) and gene flow were high between these. Although more sapling genetic variability in areas with a higher density of mature plants was not as high as expected, density did not affect the genetic diversity of samplings, indicating a high incidence of gene flow amongst trees. In planted Rosewood population (surrounded by low disturbed forest), fruiting trees experienced a high level of removal of seeds by toucans (Rhamphastidae), about of 50%. The high gene flow found among native trees suggested that toucans...

Genetic diversity and geographical differentiation of cultivated six-rowed naked barley landraces from the Qinghai-Tibet plateau of China detected by SSR analysis

Feng,Zong-Yun; Zhang,Li-Li; Zhang,Yi-Zheng; Ling,Hong-Qing
Fonte: Sociedade Brasileira de Genética Publicador: Sociedade Brasileira de Genética
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2006 EN
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66.15%
Cultivated six-rowed naked barley (Hordeum vulgare ssp. hexastichon var. nudum Hsü) is the oldest cultivated barley in China. We used 35 simple sequence repeat (SSR) markers selected from seven barley linkage groups to study the genetic diversity, geographical differentiation and evolutionary relationships among 65 H. vulgare ssp. hexastichon landrace accessions collected from the Qinghai-Tibet plateau of China, 25 accessions from Tibet (TB), 20 from Qinghai (QH) and 20 from Ganzi (GZ) prefecture in Sichuan province. At the 35 SSR loci we identified 248 alleles among the 65 accessions, 119 (47.98%) of the alleles being common alleles. We also found that the TB accessions possessed 47 private alleles, about 1.5 times more than the 31 private alleles found in the QH accessions and about 5 times more than 9 private alleles found in the GZ accessions. Generally, the TB accessions showed significantly higher genetic diversity than either the QH or GZ accessions whereas no significant difference in genetic diversity was found between the QH and GZ accessions. Partitioning analysis of genetic diversity showed that about 81% of the total variation was due to within-subgroup diversity and about 19% was clearly accounted for by geographical differentiation among the three subgroups. The distributions of alleles for most loci (71.4%) were significantly different among the three subgroups and geographical differentiation could be found according to the distribution of SSR alleles. Cluster analysis indicated that most of the accessions could be clustered into groups which basically coincided with their geographical distribution. These results suggest that Tibet might be a center of genetic diversity for cultivated barley...

Genetic diversity of a Coffea germplasm collection assessed by RAPD markers.

SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; SILVAROLLA, M. B.; GUERREIRO-FILHO, O.; MEDINA-FILHO, H. P.; VANINI, M. M. T.; OLIVEIRA, A. S.; GAPARI-PEZZOPANE, C. de; FAZUOLI, L. C.
Fonte: GENETIC RESOURCE CROP EVOLUTION, v.55, n.6, p.901-910, 2008. Publicador: GENETIC RESOURCE CROP EVOLUTION, v.55, n.6, p.901-910, 2008.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Formato: 901-910
EN
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66.16%
Genetic diversity and relationships within and among nine species of Coffea, one species of Psilanthus and the Piata? hybrid from the Coffee Germplasm Collection of Instituto Agronômico de Campinas (IAC), Brazil were assessed using RAPD markers. Genetic diversity and relationships were evaluated by proportion of polymorphic loci (P), Shannon?s genetic index (H0 and G0 ST) and clustering analysis. The overall RAPD variation among all accessions was mostly partitioned between rather than within species. However, C. canephora and C. liberica showed a high genetic diversity within the species (H0 sp = 0.414 and H0 sp = 0.380, espectively) and this was highly structured (high G0 ST). Genetic diversity from C. congensis and C. arabica was also structured, but with lower levels of genetic diversity (H0 sp = 0.218 and H0 sp = 0.126, respectively). The results were consistent with agronomic and molecular studies and demonstrated that the IAC Coffea Collection is representative of the phylogenetic structure observed in the genera. This study devises sampling strategies for coffee germplasm collections and provides genetic diversity parameters for future comparisons among them.; 2008

Genetic diversity of a Coffea germplasm collection assessed by RAPD markers.

SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; SILVAROLLA, M. B.; GUERREIRO-FILHO, O.; MEDINA-FILHO, H. P.; VANINI, M. M. T.; OLIVEIRA, A. S.; GAPARI-PEZZOPANE, C. de; FAZUOLI, L. C.
Fonte: GENETIC RESOURCE CROP EVOLUTION, v.55, n.6, p.901-910, 2008. Publicador: GENETIC RESOURCE CROP EVOLUTION, v.55, n.6, p.901-910, 2008.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Formato: 901-910
EN
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66.16%
Genetic diversity and relationships within and among nine species of Coffea, one species of Psilanthus and the Piata? hybrid from the Coffee Germplasm Collection of Instituto Agronômico de Campinas (IAC), Brazil were assessed using RAPD markers. Genetic diversity and relationships were evaluated by proportion of polymorphic loci (P), Shannon?s genetic index (H0 and G0 ST) and clustering analysis. The overall RAPD variation among all accessions was mostly partitioned between rather than within species. However, C. canephora and C. liberica showed a high genetic diversity within the species (H0 sp = 0.414 and H0 sp = 0.380, espectively) and this was highly structured (high G0 ST). Genetic diversity from C. congensis and C. arabica was also structured, but with lower levels of genetic diversity (H0 sp = 0.218 and H0 sp = 0.126, respectively). The results were consistent with agronomic and molecular studies and demonstrated that the IAC Coffea Collection is representative of the phylogenetic structure observed in the genera. This study devises sampling strategies for coffee germplasm collections and provides genetic diversity parameters for future comparisons among them.; 2008

Comparison of levels of genetic diversity detected with AFLP and microsatellite markers within and among mixed Q-petraea (MATT.) LIEBL. and Q-robur L. stands

Mariette, S.; Cottrell, J.; Csaikl, U.; Goikoechea, P.; Konig, A.; Lowe, A.; van Dam, B.; Barreneche, T.; Bodenes, C.; Streiff, R.; Burg, K.; Groppe, K.; Munro, R.; Tabbener, H.; Kremer, A.
Fonte: Sauerlanders Verlag Publicador: Sauerlanders Verlag
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2002 EN
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66.16%
The aim of this study was to compare genetic diversity within and among Quercus spp. populations based on two contrasting types of nuclear markers. Seven mixed stands of Quercus petraea and Quercus robur were analysed using six highly polymorphic and codominantly inherited microsatellite markers as well as 155 dominant AFLP markers. Genetic differentiation and genetic diversity within each population were assessed. The intra- and inter-locus variances were calculated, and the results were used to compare the genetic diversity between populations. Both classes of markers revealed similar results: the genetic diversity within population and the genetic differentiation among populations is greater in Q. petraea than in Q. robur The genetic differentiation is generally higher when AFLP markers were used in comparison to microsatellites. For AFLPs, the inter-locus variance is always much higher than the intra-locus variance, and explains why it was not possible to distinguish populations using this marker system. Finally, no significant positive correlation was found between the level of within- population diversity assessed with the two markers.; http://www.bfafh.de/inst2/sg51pdf.htm#target23; S. Mariette, J. Cottrell, U. M. Csaikl, P. Goikoechea...

Seasonal changes in the genetic diversity of two rodent populations, Midday Gerbil (Meriones meridianus) and Northern Three-Toed Jerboa (Dipus sagitta), detected by ISSR

Zhou, Rong; Li, You; Li, Jia-Qi; Liu, Nai-Fa
Fonte: Springer Publicador: Springer
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2012 EN
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66.15%
Seasonal changes in genetic diversity of Meriones meridianus and Dipus sagitta populations in the Ningxia Hui Autonomous Region were monitored using inter-simple sequence repeats. There were 45 discernible DNA fragments isolated from 33 samples of M. meridianus, and 25 from 40 samples of D. sagitta. The differences in gene frequencies are statistically significant for some alleles. Nei’s index revealed that the greatest genetic differentiation was distributed within the seasonal groups. Nei’s and Shannon’s indexes exhibited similar seasonal trends, indicating that the spring group has the highest level of genetic diversity and that genetic diversity changes with the seasons. Correlation analysis found no statistically significant correlation between genetic diversity and population density. The results suggest that the seasonal changes in genetic diversity of the two species depend mainly on reproduction and dispersal.; Rong Zhou, You Li, Jia-Qi Li and Nai-Fa Liu

Eelgrass restoration by seed maintains genetic diversity: case study from a coastal bay system

Reynolds, L.; Waycott, M.; McGlathery, K.; Orth, R.; Zieman, J.
Fonte: Inter-research Publicador: Inter-research
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2012 EN
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66.16%
Genetic diversity is positively associated with plant fitness, stability, and the provision of ecosystem services. Preserving genetic diversity is therefore considered an important component of ecosystem restoration as well as a measure of its success. We examined the genetic diversity of restored Zostera marina meadows in a coastal bay system along the USA mid-Atlantic coast using microsatellite markers to compare donor and recipient meadows. We show that donor meadows in Chesapeake Bay have high genetic diversity and that this diversity is maintained in meadows restored with seeds in the Virginia coastal bays. No evidence of inbreeding depression was detected (FIS −0.2 to 0) in either donor or recipient meadows, which is surprising because high levels of inbreeding were expected following the population contractions that occurred in Chesapeake Bay populations due to disease and heat stress. Additionally, there was no evidence for selection of genotypes at the restoration sites, suggesting that as long as donor sites are chosen carefully, issues that diminish fitness and survival such as heterosis or out-breeding depression can be avoided. A cluster analysis showed that, in addition to the Chesapeake Bay populations that acted as donors...

Use of Brazilian genetic diversity in cassava breeding program.

FUKUDA, W. M. G.
Fonte: In: MARIANTE, A. da S.; SAMPAIO, M. J. A.; INGLIS, M. C. V. (Ed.). The State of Brazil´s plant genetic resources: second national report : conservation and sustainable utilization for food and agriculture. Brasília, DF : Embrapa Technological Information, 2009. p.116-119 il. Publicador: In: MARIANTE, A. da S.; SAMPAIO, M. J. A.; INGLIS, M. C. V. (Ed.). The State of Brazil´s plant genetic resources: second national report : conservation and sustainable utilization for food and agriculture. Brasília, DF : Embrapa Technological Information, 2009. p.116-119 il.
Tipo: Capítulo em livro técnico-científico (ALICE)
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In Brazil, Cassava has a wide genetic diversity chiefly represented by landraces, and the country is considered as the possible center of origin and diversification of cultivated cassava. About 4,132 cassava accessions have already been catalogued in Brazil, and they are stored in collections and germplasm banks disseminated over the national territory. Brazilian diversity constitutes a wide genetic base for cassava breeding programs in ali tropical areas in the world, as it includes resistance genes to main pests and diseases affecting this crop. Furthermore, these genes allow adaptation to different edapho-climatic conditions. Indeed, genetic variability had already been identified for almost ali features, including morphological, agronomic, as well as nutritional quality and technological features. Variations for physiological features are more seldom studied, but there is evidence indicating high variability as a consequence of temperature, photosynthesis and sensitivity of stomata to relative humidity of the air. Although Brazil's cassava genetic resources are not very much exploited relative to the collections' size, its use is extremely successful in our country.; 2009

Diversidad genética en girasol cultivado: análisis de una colección de germoplasma local para su aplicación en programas de mejoramiento; Genetic diversity in sunflower: analysis of a local germplasm collection as a tool to assist management and breeding programs

Moreno, María Valeria
Fonte: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires Publicador: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Tipo: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis; tesis doctoral; info:eu-repo/semantics/publishedVersion Formato: application/pdf
Publicado em //2010 SPA
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Los bancos de semillas ofrecen una valiosa fuente de diversidad para el mejoramiento genético de los cultivos. Para un aprovechamiento óptimo de los recursos genéticos, la caracterización fenotípica de los materiales conservados (resistencia a estreses bióticos y abióticos, índices de calidad química, nutricional y rendimiento, entre otros) debe ser acompañada por la caracterización genética de los mismos. De este modo, la diversidad alélica evaluada a través de marcadores moleculares es uno de los mejores indicadores del potencial genético de las entradas (accessions) de un banco. Los objetivos de este trabajo fueron: a) estudiar la diversidad genética en un conjunto de entradas de girasol cultivado preservadas en el Banco Activo de Germoplasma de INTA Manfredi (BAG-IM), b) estudiar la distribución de los polimorfismos detectados y la estructura poblacional, c) evaluar la consistencia entre metodologías de fenotipificación para el carácter de tolerancia a sequía, comparando ensayos de campo con ensayos en condiciones controladas, y d) analizar los patrones de variación nucleotídica en regiones candidatas asociadas al carácter tolerancia a déficit hídrico en líneas endocriadas pertenecientes al programa de mejoramiento de tolerancia a sequía del BAGIM. A fin de cuantificar los niveles de variabilidad se genotipificaron 337 individuos pertenecientes a 21 entradas representativas de las distintas categorías conservadas en el banco (líneas...