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The Thyroid Hormone Receptor (TR) beta-Selective Agonist GC-1 Inhibits Proliferation But Induces Differentiation and TR beta mRNA Expression in Mouse and Rat Osteoblast-Like Cells

BEBER, Eduardo H.; CAPELO, Luciane P.; FONSECA, Tatiana L.; COSTA, Cristiane C.; LOTFI, Claudimara F.; SCANLAN, Thomas S.; GOUVEIA, Cecilia H. A.
Fonte: SPRINGER Publicador: SPRINGER
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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36.7%
Previous studies showed anabolic effects of GC-1, a triiodothyronine (T3) analogue that is selective for both binding and activation functions of thyroid hormone receptor (TR) beta 1 over TR alpha 1, on bone tissue in vivo. The aim of this study was to investigate the responsiveness of rat (ROS17/2.8) and mouse (MC3T3-E1) osteoblast-like cells to GC-1. As expected, T3 inhibited cellular proliferation and stimulated mRNA expression of osteocalcin or alkaline phosphatase in both cell lineages. Whereas equimolar doses of T3 and GC-1 equally affected these parameters in ROS17/2.8 cells, the effects of GC-1 were more modest compared to those of T3 in MC3T3-E1 cells. Interestingly, we showed that there is higher expression of TR alpha 1 than TR beta 1 mRNA in rat (similar to 20-90%) and mouse (similar to 90-98%) cell lineages and that this difference is even higher in mouse cells, which highlights the importance of TR alpha 1 to bone physiology and may partially explain the modest effects of GC-1 in comparison with T3 in MC3T3-E1 cells. Nevertheless, we showed that TR beta 1 mRNA expression increases (similar to 2.8- to 4.3-fold) as osteoblastic cells undergo maturation, suggesting a key role of TR beta 1 in mediating T3 effects in the bone forming cells...

"Desenvolvimento, otimização e validação da técnica HS-SPME-GC/MS para análise de amostras obtidas do Rio Atibaia através da aplicação de uma sistemática "ISO" para diagnóstico ambiental de áreas contaminadas"; "Development, optimization and validation of HS-SPME-GC/MS method for analysis of samples gotten from Atibaia River through the application of systematic "ISO" for environmental diagnosis of contamined areas"

Olivares, Igor Renato Bertoni
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 18/12/2006 PT
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36.63%
Neste trabalho foi desenvolvida, otimizada, e validada, uma metodologia para análise de 15 pesticidas organoclorados em sedimento através de HS/SPME-GC/MS. Esta metodologia foi aplicada para análise de amostras reais visando à realização de um diagnóstico da contaminação por pesticidas organoclorados do Rio Atibaia, principalmente em sua região próxima a contaminação oriunda da empresa Shell Brasil S.A. unidade de Paulínia. Para realização deste diagnóstico, também foi desenvolvida uma metodologia padronizada para diagnóstico ambiental de áreas contaminadas, embasada principalmente em conceitos de Gestão de Qualidade e Meio Ambiente abordadas nas normas ISO 17025, ISO 14001 e GLP. Finalmente, aplicando a metodologia analítica validada, e a metodologia para realização de um diagnóstico ambiental, foi realizado o diagnóstico da presença de pesticidas organoclorados no Rio Atibaia, indicando a existência de diferentes pesticidas organoclorados em sedimento, com destaque para os compostos DDE e BHC que se encontraram em valores acima dos recomendados pela legislação canadense. Os resultados encontrados também demonstraram que as metodologias desenvolvidas foram adequadas para análise de uma contaminação real.; In this work a methodology was developed...

Efeito da triiodotironina e do GC-1, um tireomimético seletivo pela isoforma b do receptor de hormônio tireoideano, sobre parâmetros histomorfométricos e biomecânicos do tecido ósseo de roedores adultos.; Effect of triiodothyronine and GC-1, a thyroid hormone receptor b-selective thyromimetic, on histomorphometric and biomechanical parameters of bone tissue of adult rodents.

Costa, Cristiane Cabral
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 03/11/2008 PT
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36.78%
Ratas adultas foram tratadas com 2.5, 5, 10, 20 e 40x a dose fisiológica de triiodotironina (T3) por 10 semanas. Houve redução, dose-dependente, da massa óssea, volume e espessura trabecular (Tb.Th), e espessura de osso cortical. Até a dose de 10xT3, houve aumento na taxa de formação óssea (BFR). Doses maiores de T3 reduziram a BFR, e a reabsorção óssea. Esses dados mostram que, até um certo grau de tireotoxicose, a osteopenia é resultado de aumento da formação e reabsorção ósseas, com predomínio da última. Em graus mais elevados, a osteopenia é causada por redução no remodelamento ósseo, com predomínio da atividade reabsortiva. Em seguida, comparamos os efeitos do T3 e GC-1, um tireomimético seletivo pelo receptor b de T3 (TRb), no osso de camundongos fêmeas adultas. Na tíbia, o T3 reduziu a resistência, rigidez e resiliência, enquanto o GC-1 aumentou esses parâmetros e a Tb.Th, o que mostra que o GC-1 melhora a qualidade óssea. Considerando-se a seletividade do GC-1 pelo TRb, esses achados sugerem que o TRb medeia predominantemente ações positivas do T3 no osso.; Adult rats were treated with 2.5, 5, 10, 20 and 40x the physiological dose of triiodothyronine (T3) for 10 weeks. There was a dose-dependent reduction in bone mass...

Estudo do efeito de auto-aquecimento em transistores SOI com estrutura de canal gradual - GC SOI MOSFET.; Study os self-heating effect in SOI transistors with graded-channel structure- GC SOI MOSFET.

Oliveira, Sára Elizabeth Souza Brazão de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 10/08/2007 PT
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36.79%
Este trabalho apresenta o estudo do efeito de Auto-Aquecimento (Self-Heating SH) em transistores Silicon-On-Insulator (SOI) com estrutura de canal gradual (GC SOI MOSFET). São apresentadas as características da tecnologia SOI e em especial as características do transistor GC-SOI MOSFET. Foi realizada uma análise do SH usando uma comparação de dispositivos SOI convencionais com GC SOI nMOSFET. Esta análise compara dispositivos com o mesmo comprimento de máscara do canal e dispositivos com o mesmo comprimento efetivo de canal. Simulações numéricas bidimensionais foram efetuadas nas duas análises considerando o aquecimento da rede cristalina. Os modelos e a constante térmica usados nestas simulações também foram apresentados. É demonstrado que os dispositivos GC com o mesmo comprimento de máscara do canal apresentam uma ocorrência similar de SH independentemente do comprimento da região menos dopada apesar de uma maior corrente de dreno. Por outro lado, para mesmo comprimento efetivo de canal o SH é menos pronunciado em transistores GC uma vez que o comprimento de máscara do canal é aumentado para compensar a diferença de corrente. Esta análise é realizada também variando-se a temperatura de 200K a 400K e resultados análogos foram observados apesar do efeito ser mais intenso em baixas temperaturas.; This work presents the study of Self-Heating (SH) effect in Graded-Channel Silicon-On-Insulator (GC SOI) nMOSFETs. The SOI technology characteristics are described with special attention to the GC SOI nMOSFET characteristics. A Self-Heating (SH) analysis was performed using conventional Silicon-On-Insulator (SOI) in comparison to Graded-Channel (GC) SOI nMOSFETs devices. The analysis was performed comparing devices with the same mask channel length and with the same effective channel length. Two-dimensional numerical simulations were performed considering the lattice heating in both cases. The models and the thermal conductive constant used in these simulations are also presented. It has been demonstrated that conventional and GC devices with the same mask channel length present similar occurrence of SH independently of the length of lightly doped region despite the larger drain current. On the other hand...

Desenvolvimento e aplicação de técnicas miniaturizadas de preparo de amostras para análises ambientais via GC-MS; Development and application of miniaturized sample preparation techniques for environmental analysis via GC-MS

Grossi, Paula
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 17/07/2009 PT
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Este trabalho apresenta o desenvolvimento e aplicação de técnicas miniaturizadas de preparo de amostras para análises ambientais via GC-MS. Dentre elas aplicou-se a técnica de Extração em Fase Sólida (SPE) na análise do regulador de crescimento de plantas, paclobutrazol (PBZ), em amostras de solo. Um método foi desenvolvido, otimizado e validado para o emprego da técnica acoplada à cromatografia gasosa e espectrometria de massas (GC-MS) na análise de PBZ em solo. Foram desenvolvidas também barras in-house, para Extração por Sorção em Barras de Agitação (SBSE), preparadas com PDMS, otimizadas, validadas e aplicadas na extração de pesticidas organoclorados no modo headspace acoplado a GC-MS. Adicionalmente, novos recobrimentos para SBSE a partir da modificação do PDMS comumente utilizado visando mudanças nas características de polaridade das fases sortivas foram desenvolvidos. Seguindo a tendência de miniaturização desenvolveu-se um novo sistema nomeado de Extração Sortiva Refrigerada (RSE), a qual considera a teoria de equilíbrio da HSSE e da SPME refrigerada. A técnica foi otimizada e aplicada em amostras de água do rio de Atibaia, coletadas na região de Paulínia-SP.; This study describes the development and application of different miniaturized sample preparation techniques for environmental analysis via gas chromatography and mass spectrometry (GC-MS). Among those techniques...

Desenvolvimento e aplicação de método GC-MS/MS para análise simultânea de 17 HPAs em material particulado atmosférico

Cristale, J.; Silva, F. S.; Marchi, M. R. R.
Fonte: Editora Unesp Publicador: Editora Unesp
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 69-78
POR
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36.67%
Os hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) estão associados ao aumento da incidência de diversos tipos de cânceres no homem. Essas moléculas são formadas principalmente na queima incompleta de matéria orgânica, sendo encontradas em todos os compartimentos ambientais. Órgãos regulamentadores das áreas ambiental e de saúde ocupacional consideram 17 HPAs como contaminantes atmosféricos prioritários. Este trabalho apresenta um método para análise simultânea destes HPAs utilizando-se a cromatografia a gás acoplada à espectrometria de massas operando no modo tandem (GC-MS/MS). Os limites de detecção e quantificação do método mostraram-se até 5 vezes inferiores aos obtidos no método GC-MS (SCAN). O método mostrou-se seletivo para análise de HPAs em extratos de amostras de material particulado atmosférico. Uma análise comparativa de dois sistemas de solventes (diclorometano/metanol 4:1 v/v e hexano/acetona 1:1 v/v) para a extração de HPAs, utilizando amostras de material particulado atmosférico, revelou que ambas as misturas de solventes possuem poder de extração semelhante. Os resultados sugerem que é possível realizar extração de HPAs de material particulado atmosférico em ultra-som com a mistura hexano/acetona (1:1)...

Validação de método de análise de multiresíduos de defensivos agrícolas por GC-MS/MS e LC-MS/MS; Validation method of multiresidual analysis of agricultural pesticides bu GC-MS/MS and LC-MS/MS

Lígia Maria Miranda e Silva
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 28/09/2012 PT
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O crescente aumento populacional em escala mundial, tornou necessário um grande esforço por parte da agricultura para aumentar, a cada ano, a produção de alimentos para atender as necessidades do mercado externo e interno do Brasil. Recursos técnicos e científicos passaram então, a serem aplicados em busca da melhoria na produção dos cultivos,principalmente mediante o uso de fertilizantes e praguicidas. Com isso, a sociedade se deparou com problemas de ordem de equilíbrio ambiental e saúde pública, pois devido à contínua diversificação dos fitoparasitas, surgem, a todo momento, reduções do período de tempo entre aplicações consecutivas, e mais importante talvez, usos de doses mais altas e emprego simultâneo de diferentes pesticidas, por parte dos agricultores, objetivando complementar ações específicas ou alcançar efeitos sinérgicos para maiores rendimentos na produção. Tal situação traz como conseqüência óbvia e direta, o aumento, inaceitável, dos riscos de contaminação do meio ambiente com resíduos químicos de defensívos da área agropecuarista prejudiciais à saúde, o que leva a inúmeros problemas relativos à segurança alimentar dos produtos consumidos, e à uma preocupação de âmbito nacional evidenciada pela criação do Programa de Análise de Resíduos de Agrotóxicos em alimentos (PARA) da ANVISA. O aumento na necessidade de detecção e quantificação destes compostos...

Determinação de pesticidas por cromatografia gasosa com deteção por captura electrónica (GC-ECD) e por cromatografia líquida associada a espectrometria de massa (LC-MS/MS)

Avó, Romeu Ventura Martinho de
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2015 POR
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36.72%
Tese de mestrado em Química Tecnológica, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2015; Este trabalho enquadra-se na necessidade de desenvolver métodos analíticos por parte da EPAL para o controlo de substâncias prioritários segundo a Diretiva Europeia do Quadro da Água, bem como satisfazer pedidos de entidades privadas para o controlo de alguns pesticidas. Neste contexto o objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de técnicas analíticas para a monitorização de 14 pesticidas em água superficial, subterrânea e para consumo humano. A técnica analítica utilizada foi a cromatografia líquida de ultra eficiência associada à espectrometria de massa (UPLC-MS/MS), com ionização por electrospray, tendo-se recorrido à técnica de cromatografia gasosa com deteção por captura eletrónica (GC-ECD) para desenvolver o método para os pesticidas que não foi possível validar pela técnica de UPLC-MS/MS. No final validaram-se métodos analíticos para a monitorização de 10 dos 14 pesticidas. O método de UPLC-MS/MS foi validado para 6 pesticidas, por injeção direta, com um passo de diluição da amostra, e o método de GC-ECD foi validado para 4 pesticidas com um passo de extração dos analitos por extração em fase sólida (SPE). Palavras-chave: Água...

Comparison between GC-MS-SIM and GC-ECD for the determination of residues of organochlorine and organophosphorus pesticides in Brazilian citrus essential oils

Alves,Andréa A. R.; Rezende,Michelle J. C.; Hovell,Ana M. C.; Bizzo,Humberto R.; Oliveira,Ana Carolina L.; Rodrigues,Silvana V.; Rezende,Claudia M.
Fonte: Sociedade Brasileira de Química Publicador: Sociedade Brasileira de Química
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/02/2012 EN
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36.74%
Brazilian citrus essential oils (mandarin, orange, lemon, bergamot and tangerine) were analyzed for the determination of pesticides residues of organochlorine (aldrin, chlordane, dieldrin and dicofol) and organophosphorus (methyl chlorpyrifos, dimethoate, methidathion and methyl parathion) . A comparative study between gas chromatography-mass spectrometry in selective ion monitoring mode (GC-MS-SIM) and gas chromatography-electron capture detector (GC-ECD) was performed using solid phase extraction (SPE) with Florisil® cartridge for the pre-concentration of pesticides. The average recovery of pesticides was from 71 to 83% as determined by GC-MS-SIM analysis and 99 to 104% by GC-ECD. The limit of quantification was from 0.93 to 3.93 mg L-1 in GC-MS-SIM and 0.09 to 0.12 mg L-1 in GC-ECD. Fifteen samples of commercial Brazilian citrus essential oils were analyzed and six samples showed contamination with values above the maximum residue limit (MRL) allowed by the Codex Alimentarius.

The thyroid hormone receptor β-selective agonist GC-1 does not affect tolerance to exercise in hypothyroid rats

Gonçalves,Alexandre; Tolentino,Chineyder Corrêa; Souza,Fernanda Rodrigues de; Huss,Juliana Carla da Costa; Zinato,Karolinne de Lourdes; Lopes,Leandro Teixeira Paranhos; Furlanetto Júnior,Roberto; Neves,Francisco de Assis Rocha
Fonte: Sociedade Brasileira de Endocrinologia e Metabologia Publicador: Sociedade Brasileira de Endocrinologia e Metabologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2015 EN
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36.76%
Objective Investigate the effect of GC-1 on tolerance to exercise in rats with experimental hypothyroidism. Materials and methods Hypothyroidism was induced with methimazole sodium and perchlorate treatment. Six groups with eight animals were studied: control group (C), hypothyroid group without treatment (HYPO); hypothyroidism treated with physiological doses of tetraiodothyronine (T4) or 10 times higher (10×T4); hypothyroidism treated with equal molar doses of GC-1 (GC-1) or 10 times higher (10×GC-1). After eight weeks, each animal underwent an exercise tolerance test by measuring the time (seconds), in which the rats were swimming with a load attached to their tails without being submerging for more than 10 sec. After the test, the animals were killed, and blood samples were collected for biochemical analysis, and the heart and soleus muscle were removed for weighing and morphometric analysis of the cardiomyocyte. Results Hypothyroidism significantly reduced tolerance to exercise and, treatment with GC-1 1× or T4 in physiological doses recover tolerance test to normal parameters. However, high doses of T4 also decreased tolerance to physical exercise. Conversely, ten times higher doses of GC-1 did not impair tolerance to exercise. Interestingly...

The Surprising Negative Correlation of Gene Length and Optimal Codon Use - Disentangling Translational Selection From GC-biased Gene Conversion in Yeast

Stoletzki, Nina
Fonte: BioMed Central Publicador: BioMed Central
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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36.78%
Background: Surprisingly, in several multi-cellular eukaryotes optimal codon use correlates negatively with gene length. This contrasts with the expectation under selection for translational accuracy. While suggested explanations focus on variation in strength and efficiency of translational selection, it has rarely been noticed that the negative correlation is reported only in organisms whose optimal codons are biased towards codons that end with G or C (-GC). This raises the question whether forces that affect base composition - such as GC-biased gene conversion - contribute to the negative correlation between optimal codon use and gene length. Results: Yeast is a good organism to study this as equal numbers of optimal codons end in -GC and -AT and one may hence compare frequencies of optimal GC- with optimal AT-ending codons to disentangle the forces. Results of this study demonstrate in yeast frequencies of GC-ending (optimal AND non-optimal) codons decrease with gene length and increase with recombination. A decrease of GC-ending codons along genes contributes to the negative correlation with gene length. Correlations with recombination and gene expression differentiate between GC-ending and optimal codons, and also substitution patterns support effects of GC-biased gene conversion. Conclusion: While the general effect of GC-biased gene conversion is well known...

ROS-GC interlocked Ca2+-sensor S100B protein signaling in cone photoreceptors: review

Sharma, Rameshwar K.; Makino, Clint L.; Hicks, David; Duda, Teresa
Fonte: Frontiers Media S.A. Publicador: Frontiers Media S.A.
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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36.72%
Photoreceptor rod outer segment membrane guanylate cyclase (ROS-GC) is central to visual transduction; it generates cyclic GMP, the second messenger of the photon signal. Photoexcited rhodopsin initiates a biochemical cascade that leads to a drop in the intracellular level of cyclic GMP and closure of cyclic nucleotide gated ion channels. Recovery of the photoresponse requires resynthesis of cyclic GMP, typically by a pair of ROS-GCs, 1 and 2. In rods, ROS-GCs exist as complexes with guanylate cyclase activating proteins (GCAPs), which are Ca2+-sensing elements. There is a light-induced fall in intracellular Ca2+. As Ca2+ dissociates from GCAPs in the 20–200 nM range, ROS-GC activity rises to quicken the photoresponse recovery. GCAPs then progressively turn down ROS-GC activity as Ca2+ and cyclic GMP levels return to baseline. To date, GCAPs mediate the only known mechanism of ROS-GC regulation in the photoreceptors. However, in mammalian cone outer segments, cone synapses and ON bipolar cells, another Ca2+ sensor protein, S100B, complexes with ROS-GC1 and senses the Ca2+ signal with a K1/2 of 400 nM. Unlike GCAPs, S100B stimulates ROS-GC activity when Ca2+ is bound. Thus, the ROS-GC system in cones functions as a Ca2+ bimodal switch; with rising intracellular Ca2+...

Bestimmung der Laktatkonzentration in Plasma und Vollblut. Ein Methodenvergleich der enzymatischen und ionenselektiven Messung mit der GC-MS Referenzmethode; Analysis of the lactate concentration in plasma and whole blood. A comparison of the enzymatic and ion-selective method with the GC-MS method as a reference

Deutsch, Julia
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
DE_DE
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36.84%
In der Überwachung kritisch kranker Patienten kann der Blutlaktatwert eine Schlüsselrolle spielen. Heute sind die meisten Blutgasanalysatoren deshalb zusätzlich mit ionenselektiven Elektroden für die Messung von Elektrolyten und Metaboliten wie Glukose und Laktat ausgestattet. In der vorliegenden Arbeit wurde das Radiometer ABL 700 (Radiometer, Kopenhagen), das mit ionenselektiven Elektroden arbeitet, am Beispiel der Laktatbestimmung evaluiert. Die ABL-700-Methode beruht auf einer ionenselektiven Elektrode mit Laktatoxidase als Enzym. Der Methodenvergleich erfolgte mit der Laktatoxidase-Peroxidase-Methode des Hitachi 917 (Roche Diagnostics, Mannheim) und der GC/MS-Analyse als Referenz. Die GC/MS-Analyse basiert auf dem Derivat n-Propylamid-heptafluorobutyrat und 13C3-markiertem Laktat als internem Standard. Das Radiometer ABL 700 ist hinsichtlich der Präzision mit dem Hitachi 917 und der GC/MS-Methode vergleichbar. Der Variationskoeffizient (VK) in der Serie (n=10) lag in Plasma bei 0,1 bis 2,1% in einem Laktatbereich von 1,2 bis 8,7 mmol/l und in Vollblut bei 0,9 bis 2,9% in einem Laktatbereich von 1,4 bis 9,5 mmol/l. Der VK von Tag zu Tag ergab Werte von 1,3% im Laktatbereich von 4 mmol/l und 1,6% im Laktatbereich von 9 mmol/l. Beim Methodenvergleich zeigte sich...

Avalia??o do vi?s GC em plataformas de sequenciamento de nova gera??o

PINHEIRO, Kenny da Costa
Fonte: Universidade Federal do Pará Publicador: Universidade Federal do Pará
Tipo: Dissertação de Mestrado
POR
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36.81%
O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova gera??o (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando poss?vel a obten??o de genomas completos. Apesar das vantagens alcan?adas com estas plataformas, s?o observadas regi?es de elevada ou baixa cobertura, em rela??o ? m?dia, associadas diretamente ao conte?do GC. Este vi?s GC pode afetar an?lises gen?micas e dificultar a montagem de genomas atrav?s da abordagem de novo, al?m de afetar as an?lises baseadas em refer?ncia. Al?m do que, as maneiras de avaliar o vi?s GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de rela??o/associa??o entre GC e cobertura, tais como linear e quadr?tico. Desta forma, este trabalho prop?e o uso do Coeficiente de Correla??o de Pearson (r) para analisar a correla??o entre conte?do GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correla??o linear e detectar associa??es n?o-lineares, al?m de identificar a rela??o entre vi?s GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r tamb?m permitem inferir rela??es diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da esp?cie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas atrav?s de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se h? rela??o do vi?s GC com as plataformas utilizadas.; ABSTRACT: The emergence of high throughput sequencing (HTS) platforms increased the amount of data making feasible to obtaining complete genomes. Despite the advantages and the throughput produced by these platforms...

Structural basis of GC-1 selectivity for thyroid hormone receptor isoforms

BLEICHER, Lucas; APARICIO, Ricardo; NUNES, Fabio M.; MARTINEZ, Leandro; DIAS, Sandra M. Gomes; FIGUEIRA, Ana Carolina Migliorini; SANTOS, Maria Auxiliadora Morim; VENTURELLI, Walter H.; SILVA, Rosangela da; DONATE, Paulo Marcos; NEVES, Francisco A. R.; SI
Fonte: BIOMED CENTRAL LTD Publicador: BIOMED CENTRAL LTD
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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36.72%
Background: Thyroid receptors, TRa and TR beta, are involved in important physiological functions such as metabolism, cholesterol level and heart activities. Whereas metabolism increase and cholesterol level lowering could be achieved by TR beta isoform activation, TRa activation affects heart rates. Therefore, beta-selective thyromimetics have been developed as promising drug-candidates for treatment of obesity and elevated cholesterol level. GC-1 [ 3,5-dimethyl-4-(4'-hydroxy- 3'-isopropylbenzyl)-phenoxy acetic acid] has ability to lower LDL cholesterol with 600-to 1400-fold more potency and approximately two-to threefold more efficacy than atorvastatin (Lipitor(C)) in studies in rats, mice and monkeys. Results: To investigate GC-1 specificity, we solved crystal structures and performed molecular dynamics simulations of both isoforms complexed with GC-1. Crystal structures reveal that, in TRa Arg228 is observed in multiple conformations, an effect triggered by the differences in the interactions between GC-1 and Ser277 or the corresponding asparagine (Asn331) of TR beta. The corresponding Arg282 of TR beta is observed in only one single stable conformation, interacting effectively with the ligand. Molecular dynamics support this model: our simulations show that the multiple conformations can be observed for the Arg228 in TR alpha...

GC-Content of Synonymous Codons Profoundly Influences Amino Acid Usage

Li, Jing; Zhou, Jun; Wu, Ying; Yang, Sihai; Tian, Dacheng
Fonte: Genetics Society of America Publicador: Genetics Society of America
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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36.78%
Amino acids typically are encoded by multiple synonymous codons that are not used with the same frequency. Codon usage bias has drawn considerable attention, and several explanations have been offered, including variation in GC-content between species. Focusing on a simple parameter—combined GC proportion of all the synonymous codons for a particular amino acid, termed GCsyn—we try to deepen our understanding of the relationship between GC-content and amino acid/codon usage in more details. We analyzed 65 widely distributed representative species and found a close association between GCsyn, GC-content, and amino acids usage. The overall usages of the four amino acids with the greatest GCsyn and the five amino acids with the lowest GCsyn both vary with the regional GC-content, whereas the usage of the remaining 11 amino acids with intermediate GCsyn is less variable. More interesting, we discovered that codon usage frequencies are nearly constant in regions with similar GC-content. We further quantified the effects of regional GC-content variation (low to high) on amino acid usage and found that GC-content determines the usage variation of amino acids, especially those with extremely high GCsyn, which accounts for 76.7% of the changed GC-content for those regions. Our results suggest that GCsyn correlates with GC-content and has impact on codon/amino acid usage. These findings suggest a novel approach to understanding the role of codon and amino acid usage in shaping genomic architecture and evolutionary patterns of organisms.

GC-Content of Synonymous Codons Profoundly Influences Amino Acid Usage

Li, Jing; Zhou, Jun; Wu, Ying; Yang, Sihai; Tian, Dacheng
Fonte: Genetics Society of America Publicador: Genetics Society of America
Tipo: Artigo de Revista Científica
EN_US
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36.78%
Amino acids typically are encoded by multiple synonymous codons that are not used with the same frequency. Codon usage bias has drawn considerable attention, and several explanations have been offered, including variation in GC-content between species. Focusing on a simple parameter—combined GC proportion of all the synonymous codons for a particular amino acid, termed GCsyn—we try to deepen our understanding of the relationship between GC-content and amino acid/codon usage in more details. We analyzed 65 widely distributed representative species and found a close association between GCsyn, GC-content, and amino acids usage. The overall usages of the four amino acids with the greatest GCsyn and the five amino acids with the lowest GCsyn both vary with the regional GC-content, whereas the usage of the remaining 11 amino acids with intermediate GCsyn is less variable. More interesting, we discovered that codon usage frequencies are nearly constant in regions with similar GC-content. We further quantified the effects of regional GC-content variation (low to high) on amino acid usage and found that GC-content determines the usage variation of amino acids, especially those with extremely high GCsyn, which accounts for 76.7% of the changed GC-content for those regions. Our results suggest that GCsyn correlates with GC-content and has impact on codon/amino acid usage. These findings suggest a novel approach to understanding the role of codon and amino acid usage in shaping genomic architecture and evolutionary patterns of organisms.

Recently developed GC/MS and LC/MS methods for determining NSAIDs in water samples

Farré Urgell, Marinel.la; Petrovic, Mira; Barceló, Damià
Fonte: Springer Publicador: Springer
Tipo: Artículo Formato: 162 bytes; application/msword
ENG
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36.67%
12 pages, 5 tables, 1 figure.-- PMID: 17203255 [PubMed].-- Printed version published Feb 2007.; Pharmaceuticals have become major targets in environmental chemistry due to their presence in aquatic environments (following incomplete removal in wastewater treatment or point-source contaminations), threat to drinking water sources and concern about their possible effects to wildlife and humans. Recently several methods have been developed for the determination of drugs and their metabolites in the lower nanogram per litre range, most of them using solid-phase extraction (SPE) or solid-phase microextraction (SPME), derivatisation and finally gas chromatography mass spectrometry (GC-MS), gas chromatography tandem mass spectrometry (GC-MS/MS) and liquid chromatography electrospray tandem mass spectrometry (LC-ES/MS/MS). Due to the elevated polarity of non-steroidal anti-inflamatory drugs (NSAIDs), analytical techniques based on either liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC-MS) and gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) after a previous derivatisation step are essential. The most advanced aspects of current GC-MS, GC-MS/MS and LC-MS/MS methodologies for NSAID analysis are presented.; This work has been supported by the EU through the project NORMAN (Contract No. 018486). Marinella Farré thanks the support from the Ministerio de Educación y Ciencia through the Juan de la Cierva program.; Peer reviewed

Positiviness criteria for analysis of anabolic steroids by GC/MS in the urine of athletes; Aspectos analíticos do controle da dopagem de agentes anabolizantes em urina de atletas: avaliação de critérios de positividade

Castilho, Eliane Granuzzio; Nascimento, Elizabeth de Souza
Fonte: Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas Publicador: Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; Artigo Avaliado pelos Pares Formato: application/pdf
Publicado em 01/03/2003 POR
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The use of anabolic androgenic steroids (AAS) in sports is in a constant increase among professionals athlets and amateurs. These substances were banned by the International Olimpic Committee and the doping control of this steroids are to be performed analysing biological samples taken from this athletes using gas cromatography coupled with mass spectrometry (GC/MS). This paper evaluates 15 AAS by means of liquid extration and subsequent GC/MS identification. Three of these AAS were also quantified. Correlation criteria among the AAS most characteristic ions were stablished for the evidence of positive samples: when comparing these ions to theose in the reference spectrum, the ion with the highest abundance is set as 100%. The relative intensity, compared to the same ion in the reference spectrum, higher than 20%, can alter up to 30%; between 10 e 20%, can alter up to 50% and lower than 10% can alter up to 90%. By using these criteria, it was possible to confirm the presence of AAE in eight urine samples taken from athletes who claimed the use of these compounds. It was also evident the importance of applaying positiviness criteria when analysing the presence of these substances in biological samples.; O abuso dos esteróides anabólicos androgênicos (EAA) está em constante ascensão...

Cyclic Voltammetric Investigation on the Catalysis of Electrodeposited Manganese Oxide on the Electrochemical Reduction of Oxygen (ORR) in Room Temperature Ionic Liquids (RTILs) of 1-Ethyl-3-Methylimidazolium Tetrafluorobroate (EMIBF4) on Glass Carbon (GC) Electrode

Ding,K.; Wang,Q.; Zhao,M.
Fonte: Sociedade Portuguesa de Electroquímica Publicador: Sociedade Portuguesa de Electroquímica
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2007 EN
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In this preliminary work, for the first time, the electrochemical oxygen reduction reaction (ORR) was investigated using cyclic voltammetry (CV) on the electrodeposited manganese oxide (MnOx)-modified glass carbon electrode (MnOx-GC) at room temperature ionic liquids (RTILs) of EMIBF4, i.e., 1-ethyl-3-methylimidazolium tetrafluorobroate (EMIBF4). The results demonstrated that, after being modified by MnOx on GC, the reduction peak current of oxygen was increased to some extent, while the oxidation peak current, corresponding to the oxidation of superoxide anion, O2-, was attenuated in some degree, suggesting that MnOx catalyzed ORR in RTILs of EMIBF4, which is consistent with the results obtained in aqueous solution. To accelerate the electron transfer rate, multi-walled carbon nanotubes (MWCNTs) were modified on GC, and then MnOx was electrodeposited onto the MWCNTs-modified GC electrode to give rise to the MnOx /MWCNTs-modified GC electrode; consequently, the improved standard rate constant, κs,originated from the modified MWCNTs, along with the modification of electrodeposited MnOx, showed us a satisfactory electrocatalysis for ORR in RTILs of EMIBF4. In addition, not only for the MnOx-modified GC but also for the MnOx/ MWCNTs-modified GC...