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Multisource epidemic data collector

Zamite, João Miguel Quintino de Morais, 1985-
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2010 ENG
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17.8%
Tese de mestrado. Biologia (Bioinformática e Biologia Computacional). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2010; Epidemic surveillance has recently been subject to the development of Web based information retrieval systems. The majority of these systems extract information directly from users, official epidemic reports or news sources. Others extract epidemic data fromInternet based social network services. The currently existing epidemic surveillance systems are mostly monolithic, not being designed for knowledge share or their integration with other applications such as epidemic forecasting tools. In this dissertation, an approach is presented to the creation of a data collection system which enables the integration of data from diverse sources. Based on the principles of interoperability and modularity, this system not only addresses the current needs for data integration but is also expansible to enable data extraction from future epidemic data sources. This system was developed as a module for the ”Epidemic Marketplace” under the EPIWORK project with the objective of becoming a valuable data source for epidemic modeling and forecasting tools. This document describes the requirements and development stages for this epidemic surveillance system and its evaluation.; Nos últimos anos...

O mediador do Epidemic Marketplace

Ferreira, Hugo Miguel Martins Brito
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2011 POR
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Trabalho de projecto de mestrado em Engenharia Informática (Sistemas de Informação), apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2011; Este relatório apresenta o trabalho centrado na construção de um Mediador para a plataforma Epidemic Marketplace, inserido no projecto europeu Epiwork. O projecto Epiwork visa a criação de um sistema de previsão, detecção e simulação da ocorrência de surtos epidémicos localizados temporal e espacialmente. A Epidemic Marketplace é a plataforma responsável pela manutenção e gestão dos dados. O Mediador disponibiliza um conjunto de serviços web, através de uma interface RESTful, responsáveis pela mediação entre o Repositório Digital Fedora Commons e os seus utilizadores, possibilitando a estes últimos a concretização de operações de leitura e de escrita sobre o primeiro. Os serviços de mediação disponibilizados podem ser utilizados directamente pelos Utilizadores autorizados e registados no Epidemic Marketplace, assim como por aplicações por estes concretizadas, desde que as credenciais sejam válidas. Entre os serviços web implementados há a destacar a concretização da abordagem OAI-ORE no serviço de upload que introduz o conceito de objectos digitais compostos...

A metadata model for the annotation of epidemiological data

Lopes, Luis Filipe Vieira da Silva
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2010 ENG
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Trabalho de projecto de mestrado em Tecnologias da Informação Aplicadas às Ciências Biológicas e Médicas, apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2010; Esta dissertação apresenta um modelo de metadados para integração, gestão e partilha de dados epidemiológicos. O modelo incorpora elementos do Dublin Core, um standard para anotação de metadados largamente usado na internet. São também incluídos outros elementos de forma a melhor estruturar os termos Dublin Core, além de novos elementos para a descrição de conceitos epidemiológicos, ou relacionados, de uma forma mais específica. O modelo foi desenvolvido para a Epidemic Marketplace, uma plataforma de gestão e integração de dados para sistemas de modelação epidemiológica em desenvolvimento no âmbito do projecto de investigação EPIWORK. O repositório digital da Epidemic Marketplace foi construído fazendo uso do modelo de metadados desenvolvido neste trabalho, sobre a plataforma Fedora Commons, usando o software Muradora como interface. A anotação de recursos é assistida através do uso de listas baseadas em vocabulários controlados, menus de ajuda e preenchimento automático de metadados. O uso de vocabulários controlados...

Epidemic marketplace: repositório e web services

Sousa, Carla Patrícia Freitas
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2012 POR
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Trabalho de projecto de mestrado em Engenharia Informática (Sistemas de Informação), apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2012; E cada vez mais recorrente o uso da Internet para armazenamento de dados científicos, dando primazia a uma melhor organização dos mesmos de forma estruturada e simples, permitindo a cooperação entre a comunidade científica e contribuindo para a melhoria da sua qualidade ao longo do tempo. O projeto aqui apresentado teve como objectivo a concepção e desenvolvimento de um repositório digital com web services para acesso e gestão do seu conteúdo. O trabalho decorreu no âmbito do projecto Europeu Epiwork, que visa a criação de um sistema de previsão, detecção e simulação de surtos epidémicos. Foi realizado com o objectivo de responder a necessidades sentidas com o desenvolvimento e utilização de uma primeira versão. O software do repositório foi construído sobre uma plataforma Fedora Commons com um sistema XACML de autenticação e autorização. O repositório pode ser acedido interactivamente através de um sistema de gestão de conteúdos Drupal. Este utiliza as funcionalidades que os web services desenvolvidos oferecem para aceder e manipular os recursos epidemiológicos do repositório. Os web services fazem a mediação entre os clientes e o repositório através de uma interface RESTful...

Access control system for the epidemic marketplace

Santos, Carlos André Galinha Jorge dos
Fonte: Universidade de Lisboa Publicador: Universidade de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2013 ENG
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Tese de mestrado em Engenharia Informática, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2013; A Epidemic Marketplace (EM) é uma plataforma de integração e partilha de dados epidemiológicos. As questões da privacidade constituem sempre um aspecto muito delicado nos repositórios de plataformas desta natureza, já que envolvem a partilha de dados sensíveis. Os utilizadores requerem que lhes seja assegurado o acesso aos seus dados de acordo com políticas de acesso bem definidas. Para suportar tal requisito, o modelo de controlo de acesso suportado pela EM é baseado em grupos (GBAC). Numa primeira versão da plataforma, os recursos apenas podiam ser partilhados com grupos estáticos, o que limitava a expressividade das especificações. Além disso, a plataforma tinha problemas de desempenho que derivavam de uma implementação inicial, não escalável, do sistema de controlo de acesso. Neste trabalho, apresentam-se as soluções desenvolvidas para aumento da escalabilidade da EM e fornecimento de mecanismos mais expressivos para a partilha de recursos através da especificação de grupos dinâmicos. Dada a popularidade das redes sociais, a utilização dos grupos dinâmicos foi estendida para possibilitar a sua integração com estas redes...