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Composition of the Ant Fauna (Hymenoptera: Formicidae) in Public Squares in Southern Brazil

MUNHAE, C. B.; BUENO, Z. A. F. N.; MORINI, M. S. C.; SILVA, R. R.
Fonte: CALIFORNIA STATE UNIV Publicador: CALIFORNIA STATE UNIV
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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The composition of the ant fauna was examined in public squares of three municipalities that compose the hydrographic basin of the Upper Tiete River: Biritiba Mirim, Salesopolis, and Mogi das Cruzes. Richness, frequency of occurrence, similarity, and influence of seasons on the species composition were examined. The method was standardized as sampling units consisted of a set of three baits arranged in a triangle with vertices two meters apart. Sardines in oil were used as attractant. A total of 86 species was collected. Myrmicinae and Pheidole were the richest subfamily and genus, respectively. Eighty species were collected in Mogi das Cruzes, 49 in Salesopolis, and 45 in Biritiba Mirim, with 34 species common to the three areas. The ordination analysis (NMDS) revealed the presence of two distinct communities: one in Mogi das Cruzes and another in Biritiba Mirim-Salesopolis. These data were supported by the dendogram based on the Bray-Curtis dissimilarity index. This result might be associated with the distinct geographic and demographic characteristics of the areas. Regarding seasonality, the composition of the fauna of Mogi das Cruzes is independent of the season of the year, unlike the observed in Biritiba Mirim and Salesopolis.; FAPESP[05/58556-8]; FAPESP; FAEP; FAEP

Métodos Bayesianos aplicados em taxonomia molecular; Bayesian methods applied in molecular taxonomy

Villanueva Talavera, Edwin Rafael
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 31/08/2007 PT
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Neste trabalho são apresentados dois métodos de agrupamento de dados visados para aplicações em taxonomia molecular. Estes métodos estão baseados em modelos probabilísticos, o que permite superar alguns problemas apresentados nos métodos não probabilísticos existentes, como a dificuldade na escolha da métrica de distância e a falta de tratamento e aproveitamento do conhecimento a priori disponível. Os métodos apresentados combinam por meio do teorema de Bayes a informação extraída dos dados com o conhecimento a priori que se dispõe, razão pela qual são denominados métodos Bayesianos. O primeiro método, método de agrupamento hierárquico Bayesiano, está baseado no algoritmo HBC (Hierarchical Bayesian Clustering). Este método constrói uma hierarquia de partições (dendrograma) baseado no critério da máxima probabilidade a posteriori de cada partição. O segundo método é baseado em um tipo de modelo gráfico probabilístico conhecido como redes Gaussianas condicionais, o qual foi adaptado para problemas de agrupamento. Ambos métodos foram avaliados em três bancos de dados donde se conhece a rótulo da classe. Os métodos foram usados também em um problema de aplicação real: a taxonomia de uma coleção brasileira de estirpes de bactérias do gênero Bradyrhizobium (conhecidas por sua capacidade de fixar o 'N IND.2' do ar no solo). Este banco de dados é composto por dados genotípicos resultantes da análise do RNA ribossômico. Os resultados mostraram que o método hierárquico Bayesiano gera dendrogramas de boa qualidade...

Uso do teste de Scott-Knott e da análise de agrupamentos, na obtenção de grupos de locais para experimentos com cana-de-açúcar; Scott-Knott test and cluster analysis use in the obtainment of placement groups for sugar cane experiments

Silva, Cristiane Mariana Rodrigues da
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 15/02/2008 PT
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O Centro de Tecnologia Canavieira (CTC), situado na cidade de Piracicaba, é uma associação civil de direito privado, criada em agosto de 2004, com o objetivo de realizar pesquisa e desenvolvimento em novas tecnologias para aplicação nas atividades agrícolas, logísticas e industriais dos setores canavieiro e sucroalcooleiro e desenvolver novas variedades de cana-de-açúcar. Há 30 anos, são feitos experimentos, principalmente no estado de São Paulo onde se concentra a maior parte dessas unidades produtoras associadas. No ano de 2004 foram instalados ensaios em 11 destas Unidades Experimentais dentro do estado de São Paulo, e há a necessidade de se saber se é possível a redução deste número, visando aos aspectos econômicos. Se se detectarem grupos de Unidades com dados muito similares, pode-se reduzir o número destas, reduzindo-se, conseqüentemente, o custo dessas pesquisas, e é através do teste estatístico de Scott-Knott e da Análise de Agrupamento, que essa similaridade será comprovada. Este trabalho tem por objetivo, aplicar as técnicas da Análise de Agrupamento ("Cluster Analisys") e o teste de Scott-Knott na identificação da existência de grupos de Unidades Industriais, visando à diminuição do número de experimentos do Centro de Tecnologia Canavieira (CTC) e...

Utilização de técnicas de caracterização de superfícies em madeiras tratadas termicamente; Surface Characterization Techniques applied in heat-treated wood

Oliveira, Rodrigo Marques de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 30/06/2009 PT
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Este trabalho tem como objetivo estudar as mudanças das propriedades de superfícies e estruturais ocorridas em amostras de madeira termorretificadas. Duas espécies foram escolhidas para representar cada um dos grupos das madeiras: folhosas e coníferas. As amostras foram tratadas termicamente no intervalo de temperaturas entre 100 e 200 C, em atmosfera com ar. A variação da molhabilidade das espécies foi estudada a partir do ângulo de contato medido pelo método da gota séssil e monitorado no tempo ao longo de um ano. As amostras tratadas termicamente apresentaram ângulos de contato maiores, devido ao aumento nas suas características de hidrofobicidade. As técnicas de espectroscopia de infravermelho por refletância total atenuada e de espalhamento de raios-X foram utilizadas sendo possível detectar um aumento na cristalinidade da superfície das amostras, então responsável por esse aumento na hidrofobicidade. A técnica de FTIR permitiu distinguir os grupos funcionais das amostras de madeira (folhosas e coníferas), mesmo sendo obtidos espectros com baixa intensidade de sinal. Medidas de retratibilidade foram feitas nas amostras e as folhosas foram as que apresentaram maiores valores de retratibilidade volumétrica. Para tratamentos térmicos em mais altas temperaturas...

Tipagem molecular e caracterização do potencial patogênico de linhagens de Yersinia enterocolitica biotipo 1A de origens diversas; Molecular typing and pathogenic potential characterization of Yersinia enterocolitica biotype 1A strains of diverse origins.

Campioni, Fábio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/10/2009 PT
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Entre as 12 espécies do gênero Yersinia, Yersinia enterocolitica é a mais prevalente como causa de doença em humanos e animais. Sua patogenicidade é relacionada, entre outras características, a seis biotipos: o 1B e os biotipos 2 a 5 comprovadamente patogênicos e o biotipo 1A, considerado como não-patogênico. Entretanto, dados da literatura relatam linhagens do biotipo 1A como sendo os agentes causais de infecções em humanos e animais. O objetivo deste trabalho foi investigar o potencial patogênico e verificar a similaridade genômica de linhagens de Y. enterocolitica biotipo 1A, isoladas de material clínico e não-clínico. Foram estudadas 52 linhagens de Yersinia enterocolitica biotipo 1A isoladas de humanos (11), animais (11), alimentos (15) e ambiente (15), quanto a susceptibilidade a antimicrobianos, comportamento frente a testes fenotípicos relacionados à virulência, resistência a reativos intermediários do oxigênio, invasão a células HEp-2 e Caco-2, presença de genes de virulência por PCR e similaridade genômica por Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR) e Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Tanto as linhagens clínicas como as não-clínicas apresentaram resistência à ampicilina e à cefalotina. Não foi observada diferença entre linhagens de origem clínica e não-clínica frente aos testes de fermentação da salicina...

Variabilidade genética de cepas de Aspergillus flavus isoladas de amendoim.; Genetic variability of Aspergillus flavus strains isolated from peanut.

Reis, Gabriela Martins
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/12/2009 PT
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O trabalho objetivou construir um dendograma filogenético das cepas de Aspergillus flavus isoladas de amendoim recém-colhido de quatro regiões de São Paulo (Cafelândia, Jaboticabal, Rosália e Tupã), avaliar o potencial toxigênico e agrupar as cepas quanto à produção de esclerócios. A técnica de AFLP foi utilizada para caracterização genotípica. O potencial aflatoxigênico foi avaliado pelo cultivo das cepas em meio de ágar coco, extração das aflatoxinas por clorofórmio, separação por CCD e quantificação por espectrodenditômetro CS-9000. A indução da produção de esclerócios foi feita pela incubação dos isolados em meio ágar Czapeck-DOX. AFLP gerou 78 fragmentos de 27 pb a 365 pb, sendo 13% não polimórficos. O perfil genotípico revelou 31 haplótipos e de 12 grupos no dendograma. A similaridade entre os isolados variou de 37 a 90 %. O potencial aflatoxigênico revelou 91,7 % de cepas produtoras, com níveis entre 39,27 mg/Kg e 28689,61 mg/Kg para AFB1 e 1,50 mg/Kg a 9781,09 mg/Kg para AFB2. Quanto aos esclerócios, 83,9% das cepas foram produtoras, sendo todas tipo S.; This study aimed to draw a phylogenetic dendogram of Aspergillus flavus strains isolated from fresh harvested peanut from four regions of São Paulo state (Cafelândia...

Análise exploratória multivariada empregando o perfil cromatográfico de compostos carbonílicos na atmosfera da cidade de São Paulo; Multivariate analysis using the entire chromatographic profile of carbonyl compounds in the air of São Paulo city

Souza, André Marcelo de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/02/2010 PT
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Na última década, a utilização de misturas de gasolina e etanol em qualquer proporção como combustível em veículos do tipo “flex” aumentou de forma significativa no Brasil. Compostos Carbonílicos (CC) pertencem a uma importante classe de poluentes emitidos pela frota veicular. A cidade de São Paulo, Brasil, tem 9,2 milhões de veículos, os quais afetam diretamente a qualidade do ar. Neste trabalho, foi determinada a concentração de quatorze CC na atmosfera, em três diferentes sítios de amostragem localizados na zona oeste da cidade de São Paulo, dois nos campus da Cidade Universitária: Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas (IAG) e Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) e um em Cerqueira César, Faculdade de Saúde Pública (FSP), no período de 2008/2009. Os CC foram coletados em cartucho de sílicagel, impregnada com 2,4-dinitrofenilhidrazina e analisados por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAE) com detecção UV-visível. O conjunto de dados gerado foi caracterizado aplicando Análise de Componentes Principais (PCA) e Análise de Agrupamentos Hierárquicos (HCA). Foi utilizado o cromatograma completo, uma abordagem quimiométrica ainda não utilizada para avaliação de CC na atmosfera. Os cromatogramas das amostras foram alinhados utilizando os algoritmos Peakmatch e Optim_COW...

Representações hierárquicas de vocábulos de línguas indígenas brasileiras: modelos baseados em mistura de Gaussianas; Hierarchical representations of words of brazilian indigenous languages: models based on Gaussian mixture

Sepúlveda Torres, Lianet
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/12/2010 PT
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Apesar da ampla diversidade de línguas indígenas no Brasil, poucas pesquisas estudam estas línguas e suas relações. Inúmeros esforços têm sido dedicados a procurar similaridades entre as palavras das línguas indígenas e classificá-las em famílias de línguas. Seguindo a classificação mais aceita das línguas indígenas do Brasil, esta pesquisa propõe comparar palavras de 10 línguas indígenas brasileiras. Para isso, considera-se que estas palavras são sinais de fala e estima-se a função de distribuição de probabilidade (PDF) de cada palavra, usando um modelo de mistura de gaussianas (GMM). A PDF foi considerada um modelo para representar as palavras. Os modelos foram comparados utilizando medidas de distância para construir estruturas hierárquicas que evidenciaram possíveis relações entre as palavras. Seguindo esta linha, a hipótese levantada nesta pesquisa é que as PDFs baseadas em GMM conseguem caracterizar as palavras das línguas indígenas, permitindo o emprego de medidas de distância entre elas para estabelecer relações entre as palavras, de forma que tais relações confirmem algumas das classificações. Os parâmetros do GMM foram calculados utilizando o algoritmo Maximização da Expectância (em inglês...

Perfil de crianças com transtorno do desenvolvimento da coordenação em tarefas de timing; Profile of children with developmental coordination disorder in timing tasks

Dantas, Luiz Eduardo Pinto Basto Tourinho
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 20/04/2006 PT
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Esse trabalho tem como foco a condição mencionada acima, nomeada como Transtorno do Desenvolvimento da Coordenação (TDC) pela AMERICAN PSYCHIATRIC ASSOCIATION DSM IV (2002) e Transtorno específico do desenvolvimento motor, pela ORGANIZAÇÃO MUNDIAL DA SAÚDE - CID-10 (1993). Foi discutido que a base da classificação usada nas pesquisas acerca desse transtorno tem como finalidade primária o diagnóstico clínico, e também apontado as conseqüências desse tipo de definição para orientação de pesquisas. A heterogeneidade das amostras de TDC utilizadas em pesquisas prévias pode ser vista como um obstáculo à própria investigação do fenômeno. Foi explorada uma possibilidade de superar esse problema através de uma abordagem diferencial, na qual se buscou diferença na capacidade de organização temporal do movimento (timing) dentro da própria população que sofre desse transtorno, na tentativa de caracterizar grupos com maior homogeneidade. Para isso 44 sujeitos, entre 9 e 11 anos, foram selecionados com base no seu desempenho do teste MABC (HENDERSON & SUGDEN, 1992), sendo 20 sujeitos com TDC e 24 normais. Esses sujeitos foram submetidos a uma bateria de tarefas de timing para caracterizá-los. As variáveis foram analisadas conjuntamente através de uma análise de clusters. O exame do coeficiente de fusão e observação do dendograma sugeriu a partição em dois clusters. Os resultados mostraram que os sujeitos uma dos clusters podem ser caracterizados com relação apenas ao timing sincronizório. As demais variáveis de timing não discriminam os dois subgrupos; The focus of this study was the condition above mentioned...

Diversidade genética em cultivares de mandioca (Manihot esculenta) da Região Amazônica, padrões de atividade amilolítica e expressão gênica de α-amilase; Genetic diversity in cassava varieties from Amazon, amylolitic activity and gene expression of α-amylase

Barros, Natália Eudes Fagundes de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 12/09/2011 PT
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A mandioca (Manihot esculenta Crantz), apesar de ser muito cultivada e consumida no país, é uma planta da qual se conhece pouco sobre características intrínsecas do vegetal e as transformações bioquímicas que ocorrem em suas raízes tuberosas. Os traços fenotípicos das raízes foram usados para classificações empíricas, mas o emprego de técnicas de biologia molecular ainda é pouco utilizado para mostrar novos marcadores moleculares que poderiam identificar, além de traços agronômicos, fatores nutricionais, sensoriais e de qualidade que afetam essas raízes comestíveis. A participação de enzimas endógenas, como a α-amilase, pode estar relacionada com o processo de deterioração pós-colheita, no caso, fornecendo energia para o desenvolvimento microbiano. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar a diversidade genética entre cultivares de mandioca, as expressões gênicas de α-amilase e da amido-sintase ligada ao grânulo, e a atividade amilolítica total. Amostras de variedades de mandioca, consideradas doce, foram coletadas nas reservas indígenas de Juruti e Caxiuanã, PA, e mantidas na Embrapa Agrobiologia (Seropédica, RJ). Para as análises de diversidade genética, foi extraído o DNA de folhas de 30 amostras e utilizado como molde em PCR-RAPD...

Macrófitas aquáticas do rio Paraíba do Sul: correlação entre diversidade vegetal e algumas caracteristícas físicas da água e do sedimento; Aquatic macrophytes of the Paraíba do Sul river: correlation between plant diversity and the physical and chemical characteristics of water and sediment

Leandro, Daví da Silva
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 11/04/2014 PT
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A qualidade da água do rio Paraíba do Sul se encontra bastante comprometida, principalmente, devido ao despejo de efluentes domésticos contendo nutrientes, que em excesso, favorecem o crescimento desordenado de macrófitas aquáticas. Logo, este trabalho teve por objetivo iniciar um levantamento florístico para caracterizar a comunidade de macrófitas aquáticas no rio Paraíba do Sul, relacionando a diversidade dessas espécies com os níveis de nutrientes na água e no sedimento. As coletas foram realizadas em oito pontos inseridos no trecho médio superior desse rio, sendo uma no período de seca e outra no período chuvoso. Amostras de água foram analisadas quanto ao pH, condutividade, oxigênio dissolvido, demanda bioquímica de oxigênio (DBO), sólidos totais, fósforo total e coliformes termotolerantes. E as amostras de sedimento, quanto ao fósforo total, ao teor de nitrogênio orgânico total e de matéria orgânica. A Análise de Componentes Principais (ACP), assim como, a Análise de Clusters (Dendograma), foram utilizadas, através do software Palaeontological Statistics (PAST-2.17), para indicar os parâmetros físicos e químicos, que melhor explicassem a variação da diversidade de espécies de macrófitas entre os pontos de coleta. Os pontos que apresentaram os menores níveis de nutrientes e de matéria orgânica nas amostras de água e sedimento foram os que apresentaram os maiores níveis de oxigênio dissolvido na água e a maior diversidade de macrófitas aquáticas. Nos oito pontos amostrados...

Contribuição ao estudo do fluoreto nas águas subterrâneas da Bacia do Médio-Tiête (região de Piracicaba) - caracterização e metodologias propostas para sua extração; Not available.

Ribeiro, Regina Aparecida
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 13/04/1993 PT
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A bacia do Médio Tietê engloba vários municípios que utilizam-se de água subterrânea para seu abastecimento. Como vários poços apresentaram águas com teores anormalmente altos, de fluoreto, procurou-se através deste trabalho, definir a distribuição de fluoreto nas águas dos poços localizados ao longo da bacia. Para tanto, desenvolveu-se um sistema de monitoramento na região onde feitas 216 análises específicas de água para detectar o fluoreto e 56 análises de água do tipo físico-química e bacteriológicas completas. As análises de água foram listadas e separou-se os elementos que apresentaram teores acima dos limites de portabilidade estabelecidos pela Organização mundial de Saúde(1978) e conselho Nacional de Meio Ambiente (1986), através de histogramas. Através dos dados obtidos nos histogramas, que foram distribuídos num dendograma, estabeleceu-se as correlações de excesso existentes entre os íons sódio e fluoreto. As correlações encontradas foram devidamente evidenciadas quando encontrou-se águas bicarbonatadas sódicas na maioria dos casos, comprovando que as águas portadoras de fluoreto são pobres em cálcio. Os teores de íon fluoreto encontrados nas águas subterrâneas variaram de 1,5 a 5...

Progresso genético e caracterização fenótipica e molecular em híbridos de milho provenientes de diferentes programas de melhoramento genético; Genetic progress and characterization phenotypic and molecular in hybrids of maize prooceding from different breeding programs

Bispo, Noryam Bervian
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
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O milho é uma das culturas que mais evoluiu nos últimos anos. A estimativa do progresso genético que a cultura obteve é importante para a análise de programas de melhoramento. O objetivo deste trabalho foi analisar o progresso genético do milho e a amplitude da variabilidade genética em 15 híbridos lançados em diferentes épocas, provenientes de três diferentes empresas de sementes. Desta forma, foi realizada a caracterização fenotípica e molecular dos híbridos em quatro ambientes e em duas densidades de semeadura. A avaliação fenotípica revelou um ligeiro progresso apenas para o caráter número total de espigas por parcela. Para os demais caracteres avaliados, não foi observado progresso genético evidente. A análise molecular, através de marcadores microssatélites, mostrou que os programas de melhoramento de milho exploram uma grande amplitude de variabilidade genética e que as empresas estão empregando germoplasma distinto, uma vez que o dendograma mostrou um agrupamento conforme as empresas. Os programas de melhoramento observados neste trabalho foram eficientes em produzir híbridos com características agronômicas superiores, como elevado rendimento de grãos, baixa estatura e baixa altura de inserção de espigas.; The maize is one of the cultures that more evolved in recent years. The estimate of the genetic progress in the culture is important for the analysis of breeding programs. The objective of this work was to analyze the genetic progress in maize and the amplitude of the genetic variability in 15 hybrids released at different times...

Analise da variação intra-especifica em linhagens brasileiras de Schistosoma mansoni (Sambon, 1907) atraves de RAPD-PCR e RAP-PCR

Claudia Moura de Melo
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/08/2001 PT
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17.27%
Variações fenotípicas intra e inter-populacionais de Schistosoma mansoni ocorrem em várias áreas geográficas. A heterogeneidade genética do parasita contribui para a observada variação fenotípica na interação parasita-hospedeiro, desempenhando um importante papel na epidemiologia da doença. A diferença fenotípica mais estudada, no entanto, é a resposta a quimioterapia, visto que ela é bastante relevante para o controle da esquistossomose. Com o objetivo de observar e avaliar a variabilidade genética entre linhagens brasileiras com características distintas e inferir relações filogenéticas entre elas, o DNA foi isolado de um " pool " de vermes das linhagens BH, SJ1, SJ2, 000, LE e MAP. O RAPD foi processado com 5 iniciadores com seqüências de nucleotídeos aleatórias. O RAP-PCR , por sua vez, foi realizado com o intuito de observar a variabilidade em regiões codificadoras do genoma. Os dois métodos se mostraram capazes de distinguir linhagens gerando marcadores moleculares intra-específicos. Um desses marcadores foi seqüenciado e mostrou alta homologia de nucleotídeo (99%) com uma sequência humana e 89% com gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase humana, proteína já correlacionada com a indução de resistência a reinfecção com S. mansoni e S. haematobium. O marcador G400-9 mostrou alta homologia de nuc1eotídeo...

Arbitrarily primed PCR fingerprinting of RNA and DNA in Entamoeba histolytica

VALLE,Paulo Renato; SOUZA,Maria Betânia G.; PIRES,Edna M.; SILVA,Edward F.; GOMES,Maria A.
Fonte: Instituto de Medicina Tropical Publicador: Instituto de Medicina Tropical
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2000 EN
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17.27%
Differences were detected in the gene expression of strains of E. histolytica using RNA (RAP-PCR) and DNA fingerprinting (RAPD). Analysis of the electrophoretic profiles of the gels revealed some polymorphic markers that could be used in the individual characterization of the strains. The 260 bands generated by using five different primers for RAP-PCR, as well as RAPD, were employed in the construction of dendograms. The dendogram obtained based on the RAPD products permitted the distinction of symptomatic and asymptomatic isolates, as well the correlation between the polymorphism exhibited and the virulence of the strains. The dendogram obtained for the RAP-PCR products did not show a correlation with the virulence of the strains but revealed a high degree of intraspecific transcriptional variability that could be related to other biological features, whether or not these are involved in the pathogenesis of amebiasis.

Application of RAPD-PCR for Determining the Clonality of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Different Hospitals

Idil,Neslihan; Bilkay,Isil Seyis
Fonte: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar Publicador: Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/08/2014 EN
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17.27%
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was applied with ten random 10-mer primers to examine the molecular diversity among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains in the hospitals and to investigate the epidemiological spread of these strains between different hospitals. The main objective of the study was to identify appropriate primers, which successfully established the clonality of MRSA. Three of the primers yielded particularly discriminatory patterns and they were used to perform the RAPD analysis which revealed different bands ranging from 200 to 1500 bp. Dendogram was created by the un-weighted pair group method using arithmetic (UPGMA) average clustering and it was constructed based on the combination results of the new primers (S224, S232 and S395) which represented a novel approach for rapid screening of the strains and also provided the opportunity for monitoring the emergence and determining clonal dissemination of MRSA strains between the hospitals. Dendogram generated two main groups (Group I and II) with three clusters (A, B and C) and indicated that the strains isolated from the same hospital were closely related and they placed together in the same group. This technique could be of attractive use in controlling the sources and routes of transmission...

Filogenia molecular de fungos gasteroides das ordens Phallales e Geastrales (Phallomycetidae); Molecular phylogeny of gasteroid fungi from phallales And geastrales orders (phallomycetidae)

Cabral, Tiara Sousa
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BR; UFRN; Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas; Biodiversidade; Biologia Estrutural e Funcional. Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BR; UFRN; Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas; Biodiversidade; Biologia Estrutural e Funcional.
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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17.27%
Gasteroids fungi are characterized by the basidiospores maturation inside the basidioma, from which spores liberation occurs in a passive manner. These fungi were once seen as a well definite class of Basidiomycota, but nowadays they are considered an artificial assemblage, because the organisms have independent evolutionary histories forming a polyphyletic group with a vast morphological variety. Despite their diversity, studies with this group in the tropics are incipient, and the phylogenetic relationships of the species from temperate climate remain unknown. Thus, this work aimed to elucidate the phylogenetic relationships of gasteroids fungi from the Geastrales and Phallales orders, with the inclusion of tropical and temperate species, and with these analyses suggest a systematic position of species like Aseroë floriformis and Phallus roseus, as well as to verify if the lignicolous habit can indicate parental relationship in the Geastrum genus. For this, basidiomata were collected at Atlantic rain forest areas, during the rainy season, and the specimen identification followed specific literature for gasteroid fungi. The phylogenetic analyses were performed with Maximum Parsimony and Bayesian Analysis, making use of RPB2 and 28S nuclear genes and atp6 mitochondrial gene. It could be observed on the Phallales dendogram...

Diversidade, estrutura e rela????o gen??tica de porta-enxertos de Prunus avaliados pela an??lise de caracteres morfol??gicos e de loci SSR; Diversity, structure and genetic relationship of Prunus rootstocks evaluated by analysis of morphological characters and SSR loci

Arge, Luis Willian Pacheco
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Biologia; Programa de P??s-Gradua????o em Fisiologia Vegetal; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Biologia; Programa de P??s-Gradua????o em Fisiologia Vegetal; UFPel; BR
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
POR
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17.27%
This study aimed to assess the diversity, structure and the genetic relationship, evaluated by phenotypic and molecular of 75 Prunus rootstocks collection belonging to EMBRAPA Clima Temperado. The phenotypic analyzes were conducted by the evaluation of 21 qualitative and 26 quantitative traits of different plant organs and molecular analyzes were based on evaluation of 17 SSR loci. The data of quantitative traits were categorized by Scott & Knott method and submitted along with the qualitative data to statistical analysis (hierarchical by Jaccard coefficient) and clustering of phenotypic relationship. Molecular data were first converted to different formats and subjected to various statistical analyzes. The UPGMA dendogram obtained by genetic distance matrix calculated by Li & Nei coefficient, using the data of SSR loci evaluated was not able to distinguish between Tsukuba-1, Tsukuba-2 and Tsukuba-3 accesses, however, showed phenotypic effective to distinguish them. The dendograms of both analyzes together with the results of Bayesian approaches allowed the identification of three pools with high relation with the different groups that make up the collection. It was found that principal coordinates analysis based on phenotypic data...

Lassoing and corraling rooted phylogenetic trees

Huber, Katharina T.; Popescu, Andrei-Alin
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
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The construction of a dendogram on a set of individuals is a key component of a genomewide association study. However even with modern sequencing technologies the distances on the individuals required for the construction of such a structure may not always be reliable making it tempting to exclude them from an analysis. This, in turn, results in an input set for dendogram construction that consists of only partial distance information which raises the following fundamental question. For what subset of its leaf set can we reconstruct uniquely the dendogram from the distances that it induces on that subset. By formalizing a dendogram in terms of an edge-weighted, rooted phylogenetic tree on a pre-given finite set X with |X|>2 whose edge-weighting is equidistant and a set of partial distances on X in terms of a set L of 2-subsets of X, we investigate this problem in terms of when such a tree is lassoed, that is, uniquely determined by the elements in L. For this we consider four different formalizations of the idea of "uniquely determining" giving rise to four distinct types of lassos. We present characterizations for all of them in terms of the child-edge graphs of the interior vertices of such a tree. Our characterizations imply in particular that in case the tree in question is binary then all four types of lasso must coincide.

Impressões digitais de DNA e RNA através de AP-PCR em Entamoeba histolytica; Arbitrarily primed PCR fingerprinting of RNA and DNA in Entamoeba histolytica

VALLE, Paulo Renato; SOUZA, Maria Betânia G.; PIRES, Edna M.; SILVA, Edward F.; GOMES, Maria A.
Fonte: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo Publicador: Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/10/2000 ENG
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Diferenças na expressão gênica de cepas de E. histolytica foram obtidas pelo "fingerprinting" de RNA (RAP-PCR) e DNA (RAPD). A análise do perfil eletroforético do gel revelou alguns marcadores polimórficos que poderiam ser usados na caracterização individual das cepas. As 260 bandas geradas pela utilização de cinco primers diferentes, tanto no RAP-PCR, quanto no RAPD foram empregadas na construção de dendogramas. O dendograma obtido com os produtos do RAPD permitiu a distinção das cepas isoladas de pacientes sintomáticos e assintomáticos, além de correlacionar o polimorfismo exibido com a virulência das mesmas. O dendograma obtido com os produtos do RAP-PCR não apresentou correlação com a virulência das cepas, mas revelou uma exuberante variabilidade transcricional intra-específica, que pode estar relacionada a outros caracteres biológicos envolvidos, ou não, na patogênese da amebíase.; Differences were detected in the gene expression of strains of E. histolytica using RNA (RAP-PCR) and DNA fingerprinting (RAPD). Analysis of the electrophoretic profiles of the gels revealed some polymorphic markers that could be used in the individual characterization of the strains. The 260 bands generated by using five different primers for RAP-PCR...