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Análise por cristalografia de raios X de uma liga de Heusler (Co2ScSn) e de material biocerâmico através do Método de Rietveld.; X-Ray crystallography analysis of a heusler alloy (Co2ScSn) and bioceramic material by Rietveld method

Brinatti, André Mauricio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/11/1993 PT
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116.17%
Foram analisados, por difração de raios X, dois materiais policristalinos: uma liga de Heusler (C02ScSn), onde amostras originárias da mesma preparação foram submetidas a vários tratamentos térmicos distintos, e um material biocerâmico. Para o refinamento utilizou-se o Método de Rietveld. Na análise feita com a liga de Heusler (C02ScSn) tornou-se evidente uma segunda fase: C02Sn, e que não foi refinada por não haver um modelo de estrutura para a mesma. Assim, o refinamento foi efetuado, apenas para a estrutura conhecida, escolhendo algumas alternativas de função perfil, tais como as funções Gaussiana, pseudo-Voigt e Thompson¬-Cox-Hastings pseudo-Voigt modificada. A radiação de fundo também foi refinada utilizando o polinômio de quinta ordem. Os resultados obtidos foram equivalentes. Dos resultados obtidos nos refinamentos, conclui-se que as condições de preparação das amostras Fl17 (proveniente da amostra original, tratada a 600°C por 60 horas, em seguida moída, tratada a 200°C por 80 horas e submetida a resfriamento lento) e Al17 (proveniente da amostra original, tratada a 800°C por 48 horas e submetida a resfriamento lento), foram as mais satisfatórias. As amostras Fl17 e Al17 foram mais satisfatórias...

Uso de espectroscopias e difração de raios X aplicadas à caracterização mineralógica de solos; Spectroscopies and X-Ray Diffraction Applied to the Soils Mineralogical Characterization

Brinatti, André Mauricio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 03/08/2001 PT
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106.12%
Com a intenção de contribuir nas áreas de física aplicada a solos, agronomia e geologia, foi analisada a constituição mineralógica de três solos: Terra Roxa Estruturada Eutrófica da região de Piracicaba-SP, Cambissolo e Latossolo Vermelho-Escuro ambos da região de Ponta Grossa-PR, com a utilização da Difração de Raios X e o emprego do Método de Rietveld que é largamente utilizado na área de cristalografia de materiais policristalinos e recentemente, ainda com poucos trabalhos na literatura, utilizado em mineralogia. Estes solos foram coletados de vários horizontes. Cada horizonte foi fracionado em várias faixas de tamanhos de partículas, por peneiração foi obtida a fração areia grossa e por sedimentação as demais frações: areia fina, silte e argila, tendo sido obtidas 44 amostras. Devido à complexidade mineral de cada amostra, foram utilizadas também as seguintes técnicas espectroscópicas: Fluorescência de Raios, Emissão Atômica com Fonte de Plasma Induzido, lnfravermelho e Mossbauer, além de alguns testes preliminares com a Difração de Raios X que contribuíram de maneira significativa para o reconhecimento das fases presentes (minerais) permitindo que o Método de Rietveld pudesse fornecer, com segurança...

Determinação de estruturas moleculares cristalinas por difração de raios X e desenvolvimento de um sistema computacional para a comparação de fragmentos moleculares de configuração similar; Crystal molecular structure determination by X-ray diffraction and the development of a computational system of superposition of similar molecular fragments

Araujo, Alexandre Suman de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/03/2002 PT
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106.19%
O presente trabalho tem como dupla finalidade a determinação de algumas estruturas moleculares inéditas e o desenvolvimento de dois sistemas computacionais de uso em cristalografia. Primeiramente, determinamos quatro estruturas moleculares de complexos de ácido piridinacarboxílico ligados a íons metálicos (Co, Ni, Cu e Zn), os quais apresentam interesse farmacológico e se enquadram em uma das linhas de pesquisa do grupo de Cristalografia de São Carlos. Nesta Dissertação, a ênfase dada a esta parte do trabalho é a aprendizagem das técnicas relativamente complexas para a resolução e refinamento de estruturas moleculares obtidas através de difração de raios X, como uma motivação preliminar para o subseqüente trabalho computacional. Com relação ao desenvolvimento de sistemas computacionais, são apresentados dois programas que representam importantes ferramentas cristalográficas. O Xandrix realiza todos os cálculos matriciais necessários em transformações cristalográficas, tanto no espaço real como no recíproco, envolvendo tensores de até segunda ordem. O WinKabsch é uma implementação do algoritmo de Kabsch que melhor sobrepõe, utilizando mínimos quadrados, dois conjuntos de vetores e é usado para comparar moléculas inteiras ou fragmentos. Ambos foram desenvolvidos para ambiente Windows...

Cristalografia de alguns compostos organo-sintéticos e complexos de transições f e d por difração de raios X.; Crystallography of some organic-synthetic compounds and f and d transitions complex using X-ray diffraction.

Simone, Carlos Alberto de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 04/08/1989 PT
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A técnica de difração de raios X por monocristais foi utilizada na resolução dos problemas resumidos a seguir. 1) Complexos de lantanóides: 1.1) Estrutura cristalina e molecular do complexo de coordenação {(Nd(NCS)3(HMPA)3]}{(Nd(NCS)3(HMPA)4]}, (HMPA = hexametilfosforotriamida). O composto cristaliza no sistema trigonal, grupo espacial R3. com a=b= 19.947(3); c= 20.106(3)Å V= 6928(4)޵ Mr= 1891.4; Z= 3; Dx= 1.360g.cm-3; λ(MοKα)= 0.71073Å μ= 1.4mm-1; F(000)= 2922; R= 0.035 para 2168 reflexões observadas (I > 3ο) e 296 parâmetros refinados. Há dois íons Nd3+ independentes localizados sobre o eixo de ordem 3. A coordenação do poliedro em torno de um deles é a de um octaedro distorcido formado por três átomos de nitrogênio de três anions NCS- relacionados por simetria e três átomos de oxigênio de três grupos HMPA relacionados por simetria. Em torno do outro íon Nd3+ o poliedro de coordenação é um antiprisma trigonal encapuzado de simetria pontual C3v, formado por átomos de nitrogênio de três anions NCS- relacionados por simetria, três átomos de oxigênio de grupos HMPA relacionados por simetria e um átomo de oxigênio de um grupo HMPA localizado sobre o eixo de ordem 3. 1.2) Estrutura cristalina e molecular do complexo de coordenação La(NCS)3(HMPA)4. O composto cristaliza no sistema ortorrômbico...

Introdução aos métodos de determinação de estruturas cristalinas por difração de raios-X: complexos de Rutênio.; Introduction to crystal structure determination methods by X-ray diffraction: ruthenium complexes.

Fontes, Marcos Roberto de Mattos
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/03/1992 PT
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126.17%
Esta dissertação consiste de duas partes: Parte I: Descrição teórica suscinta dos fundamentos da cristalografia de raios-X. Parte II: Resolução de quatro estruturas cristalinas, três complexos de rutênio (capítulos V, VI, VII) e um ligante comumente encontrado em complexos de rutênio, o C28H28O2P2. As estruturas resolvidas foram: 1) C28H28O2P2, Mr= 458.48, triclínico, PI a= 5.826(1), b= 8.862(1), c= 12.517(2)Å, α= 100.29(1), β= 102.67(1), Υ= 104.22(1)°, V= 592.5(3)޵, Z=1, Dx=1.285g.cm-3, λ(MοKα)=0,71073Å, μ= 2.00cm-1, F(000)=242, T=296K, Rint=0.01, R=0.031, Rw=0.030 para 1390 reflexões independentes observadas [I> 3 ο (I)]. Os átomos P estão a 0.126(1)Å do plano formado pelo grupo (CH2)4-. Os anéis fenil são planares dentro da margem de erro experimental. Os átomos P têm uma configuração tetraédrica distorcida. 2) PyH[RuCl4(CO)Py], Mr=430.11, monoclínico, P21/n, a= 7.821(1), b= 10.337(3), c= 19.763(3)Å, β=93.07(1)°, V= 1595.5(5)޵, Z=4, Dx=1.791g.cm-3, λ(MοKα)=0,71073Å, μ= 14.86cm-1, F(000)=843.9, T=296K, Rint=0.03, R=0.062, Rw=0.063 para 1478 reflexões independentes observadas [I> 3ο (I)]. A estrutura é composta essencialmente por dois planos perpendiculares entre si; um formado pelos quatro átomos de cloro (com ângulo de aproximadamente 90° entre si)...

Planejamento de inibidores das enzimas diidroorotato desidrogenase de Trypanosoma cruzi e Leishmania major; Design of inhibitors for dihydroorotate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi and Leishmania major

Pinheiro, Matheus Pinto
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 25/04/2012 PT
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106.1%
A enzima diidroorotato desidrogenase (DHODH) catalisa a conversão de diidroorotato em orotato, a quarta e única reação redox da via metabólica da síntese de novo de nucleotídeos de pirimidina. DHODH tem sido explorada como alvo validado para terapias contra doenças proliferativas e parasitárias e, em particular, tem sido considerada um alvo atraente para o planejamento de fármacos com ação contra tripanossomatídeos, como parasitos dos gêneros Trypanosoma e Leishmania, que conjuntamente são responsáveis por doenças e mortes que acometem milhões de pessoas em todo o mundo. Neste trabalho, através da combinação de técnicas de DNA recombinante, termofluor, cristalografia de raios-X e ensaios de inibição in vitro e in silico, foi possível identificar sítios alvos na estrutura da DHODH para o desenvolvimento de ligantes, identificar inibidores potentes e seletivos contra as DHODHs de Leishmania major e Trypanosoma cruzi e, caracterizar seus mecanismos de inibição. Finalmente, o efeito leishmanicida observado em nossos ensaios anti-promastigota e os baixos níveis de citotoxicidade observados em células de mamíferos sugerem que alguns dos compostos identificados durante o desenvolvimento deste projeto como potentes inibidores da enzima DHODH poderão ser utilizados como protótipos para o desenvolvimento de fármacos com ação leishmanicida e tripanocida. Combinados...

Cristalografia estrutural aplicada a complexos organometálicos; Structural crystallography applied to organometallic complexes

Bonfadini, Marcos Roberto
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 17/04/1998 PT
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96.12%
No Capítulo 1, os fundamentos da cristalografia de raios X estão sucintamente descritos. No Capítulo 2, seis estruturas de pequenas moléculas contendo átomos pesados em sua constituição foram determinadas. As quais são resumidas a seguir: 1)[Ru2Cl5(CO)(PPh3)3], Mr = 1194,21, cristaliza-se no sistema monoclínico, grupo espacial P21/c com a =14,618(4)Å, b=18,043(7)Å, c=20,31(3)Å β=99,81(5)° V=5277(8)޵ Z=4; Dcalç =1,503g/cm-3; λ(MoKα) = 0,71073Å μ = 0,954 mm-1; F(000) = 2404; R=0,538 para 9281 reflexões independentes e 487 parâmetros refinados. Os átomos de Ru estão ligados em ponte através de três ânions Cl. Um átomo de Ru é coordenado a dois outros átomos de Cl e a um ligante PPh3, o outro átomo de Ru está coordenado a dois ligantes PPh3 e a uma molécula de CO. 2)[RuCl3(dppb)H2O], Mr = 651,88, cristaliza-se no sistema ortorrômbico, grupo espacial Pbca; com a=14,932(1) Å, b=18,133 (3)Å, c=20,59(3)Å V=5576,0(1)޵ Z=8; Dcalc =1,553g/cm-3; λ(MoKα) = 0,71073Å μ = 0,985 mm-1; F(000)=2648; R=0,0461 para 4892 reflexões independentes e 316 parâmetros refinados. O complexo é hexacoordenado. Os átomos P encontram-se em posição cis, um em relação ao outro...

Introdução a cristalografia geométrica e determinação de estruturas de pequenas moléculas por difração de raios-X; Introduction to crystallographic symmetry and determination of small molecules structures by X-ray diffraction

Barberato, Claudio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 21/10/1992 PT
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106.03%
Foram determinadas quatro estruturas de complexos de Lantanóides utilizando a difração de raios-X. As intensidades dos feixes difratados foram medidas com um difratômetro automático de 4 ciclos CAD-4. As estruturas foram resolvidas utilizando o método de Patterson, sínteses de Fourier e Fourier Diferença e refinadas por métodos de mínimos quadrados com matriz bloqueada. Os poliedros de coordenação foram obtidos considerando as distâncias quadráticas médias mínimas entre os coordenantes e poliedros ideais. Y(C6H2N3O)3(6H18N3OP)2 e Ho(C6H2N3O)3(C6H18N3OP)2 são complexos isomorfos pertencentes ao sistema monoclínico, P21/n, tendo como parâmetros de rede para o complexo de Y: a = 17.104(2), b = 16.328(1), c = 17.671(6) Å, β = 95.40(1)°, Z = 4, Dc = 1.53 gcm-3, V = 4913(4) ޵ e para o complexo de Ho: a = 17.097(2), b = 16.299(1), c = 17.685(3) Å, β = 95.41(1)°, V = 4907(2) ޵, Dc = 1.63 gcm-3. O poliedro de coordenação para esses complexos é o dodecaedro, simetria D2d (42m). Ce(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, é uma estrutura pertencente ao sistema triclínico, P-1, a = 1.495(5), b = 11.815(5), c = 18.40(1)Å, α = 83.09(5)°, β = 76.7995)°, γ = 77.00(3)°, Z = 2, V = 4800(2)޵...

Determinação do modo de interação de inibidores reversíveis da cruzaína de Trypanosoma cruzi via cristalografia de raios X; Mode of Binding Determination for Reversible Inhibitors of T. cruzi Cruzain by X Ray Crystallography

Fernandes, William Borges
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 06/07/2015 PT
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116.28%
A cruzaína, principal cisteíno protease do Trypanosoma cruzi, é um alvo terapêutico validado para o tratamento da doença de Chagas. Grande parte dos inibidores desta enzima é constituída de peptídeo-miméticos do tipo covalente irreversível cujo desenvolvimento, entretanto, tem sido evitado devido ao potencial efeito off target e ao perfil farmacocinético indesejável. O grupo de química medicinal NEQUIMED/ IQSC/USP vêm utilizando métodos avançados em quimioinformática para a identificação de inibidores reversíveis da cruzaína e de outras cisteíno proteases. Contudo, para que estes inibidores se desenvolvam a compostos matrizes mais eficientes, informações computacionais e estruturais de seus Modos de Interação (MOB) com a proteína alvo tornam-se fundamentais. Neste trabalho, a cristalografia de raios X foi utilizada para descrever em detalhes o MOB de três importantes inibidores reversíveis da cruzaína identificados pelo NEQUIMED: a dipeptidil-nitrila Neq0409 e os dois fragmentos moleculares Neq0147 e Neq0176. De modo a evitar a auto-proteólise experimentada pela cruzaína nativa que torna desafiadora a cristalização com inibidores de baixa afinidade como os fragmentos reversíveis...

Estudos estruturais por difração de raios X de fosfolipases A2 em presença de íons com importância funcional

Borges, Rafael Junqueira
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Trabalho de Conclusão de Curso
POR
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96.09%
Snakes from Bothrops genus are responsible for more than 90% of the ophidian accidents in Brazil. One of the main complications from this kind of accident is muscular necrosis, which is related to the action of phospholipases A2 and metalloproteases, two groups of enzymes found in the venom of these animals. Although this complication cannot be solved by serum therapy administration, a great number of studies have been performed with the attempt to know the pharmacological sites of these toxins aiming, in the future, the development of complementary treatments to serum therapy. This work proposes structural studies of bothropic phospholipases A2 (PLA2s) in the presence of ions relevant to their activity, using the X-ray crystallography technique. Recently, it was demonstrated ions, as manganese, calcium and others, interfere in the biological activity of the PLA2s. Particularly, Lys49-PLA2s in the presence of manganese ions have miotoxicity reduced. Asp49-PLA2s show catalytic activity dependent of calcium, although structural studies with a miotoxic Asp49-PLA2, BthTX-II, suggest a possible catalytic mechanism independent of calcium. Therefore, co-crystallization of BthTX-II in the presence of calcium ions and of PrTX-I in the presence of manganese ions were performed. Comparative structural studies among obtained results and others already published in the literature were performed aiming a better understanding of the structure-function relationship of these toxins. The BthTX-II with the presence of calcium do not show this ion in the loop of coordination of calcium...

Contribuição do efeito de tamanho de grão cristalino a largura de linha Raman e de difração de raios-x

Denise Ribeiro dos Santos
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/04/1992 PT
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96.11%
É bem sabido que a forma de linha de difração de raios-x está relacionada com a cristalinidade do material, e que podemos estimar o tamanho médio dos grãos cristalinos (L) em várias direções na rede analisando o pico de raios-x correspondente. Um efeito equivalente ocorre no espectro de espalhamento Raman de um semicondutor microcristalino, conforme pode ser observado em publicações de vários grupos experimentais e teóricos nos últimos anos. Com base na teoria proposta por Richter e outros [Ri1] para o espectro Raman devido a fônons semi-confinados no volume de pequenos grãos esféricos, obtemos uma expressão analítica para a forma de linha Raman de germânio microcristalino. Utilizando uma subrotina de ajuste de curvas baseada no método de mínimos quadrados, ajustamos a expressão obtida aos dados experimentais de vários filmes de mc-Ge, obtendo como resultado do ajuste o diâmetro médio dos grãos. Considerando que estes obedecem uma distribuição gaussiana de tamanhos, determinamos também a largura aL dessa distribuição para cada amostra, conseguindo uma concordância muito boa entre a expressão teórica e os dados experimentais. Comparando os valores encontrados com os resultados obtidos pela técnica usual de raios-x...

Estudos de espalhamento de Raios X a baixos ângulos por sistemas biológicos : teoria e aplicações

Cristiano Luis Pinto de Oliveira
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 28/04/2005 PT
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106.07%
Apresentamos nesta tese estudos relacionados à obtenção de parâmetros estruturais e modelagem ab initio para macromoléculas biológicas e sistemas densos de partículas elipsoidais a partir de dados de espalhamento de raios X a baixos ângulos. Aspectos teóricos e experimentais são discutidos, complementados por simulações computacionais e pela apresentação de resultados experimentais que exemplificam a aplicação dos métodos de cálculo revelando assim os alcances e limites da técnica. Progressos recentes em biologia molecular estrutural revelam que a correlação entre a forma e a função de macromoléculas biológicas é crucial para a compreensão dos processos biológicos. Além disso, diversos estudos associam várias doenças a defeitos estruturais em proteínas, aumentando ainda mais o interesse na determinação das estruturas protéicas. A técnica de espalhamento de raios X a baixos ângulos permite a obtenção de parâmetros estruturais de proteínas, apresentando diversas vantagens sobre a cristalografia de proteínas e a ressonância magnética nuclear, mesmo não atingindo alta resolução. Trataremos, portanto, dois assuntos principais: estudos de sistemas diluídos e estudos de sistemas densos. Para o estudo de sistemas diluídos o enfoque principal será na modelagem estrutural de proteínas em solução...

Projeto, construção e ensaio de um gerador de raios-X de laboratorio

Lourival Lino de Albuquerque
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 16/04/1986 PT
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106.11%
O presente trabalho tem corno objetivo principal o projeto e a construção de um gerador de raios-X de laboratório para uso industrial. A construção e o estudo feitos tem a sua justificativa no fato de haver grandes dificuldades para importação de equipamentos similares, pela necessidade do uso de aparelhos de difração de raios-X, relativamente simples e robustos na indústria brasileira. Finalmente, pela constatação feita neste estudo de que esses aparelhos Podem, com exceção do tubo de raios-X, serem construídos inteiramente no Brasil com meios relativamente modestos. Os testes foram satisfatórios. O equipamento foi projetado, construído e testado no Laboratório de Cristalografia do Instituto de Física Gleb Wataghin da Unicamp, operando sob tensão de 40 KV, corrente de 20 mA.. A avaliação de seu desempenho foi feita pela técnica de Laue, empregando-se um diagrama de difração de um cristal de silício orientado na direção [111]. Foi feito, também, um diagrama de difração de raios-X do mesmo cristal, pelo método de retro-reflexão, utilizando-se filme Polaroid; The present work has as the main objective the design and the construction of a laboratory X-ray generator for industrial purposes. The construction and the study done has its justification on the fact that there are many difficulties for the importation of similar equipments...

Projeto ótico de linha de luz de raios-X duros para cristalografia de proteínas; Optical design of a hard X-ray beamline to protein crystallography

Walan Cesar Grizolli
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 14/07/2010 PT
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96.31%
Diversas áreas da ciência moderna têm sido beneficiadas pelo uso da radiação síncrotron. As técnicas disponveis em laboratórios deste tipo abrangem pesquisas em ciências básicas como Física, Química e Biologia bem como em áreas como engenharia de materiais e farmacologia. Em particular, o uso do espectro de raios-x duros (8-20keV) das fontes síncrotron atuais e crucial para técnicas estruturais como difração e cristalografia. Estas técnicas estão disponíveis para a comunidade científica brasileira no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), cujas linhas de luz estão abertas a usuários externos desde 1997. As instalações do LNLS vem sendo constantemente aperfeiçoadas, permitindo o estudo de novos casos científicos como consequência destas melhorias. Neste trabalho estudamos as propriedades da fonte de radiação síncrotron do LNLS e realizamos um projeto óptico para uma linha de luz direcionada a cristalografia de proteínas. Com uso de simulações computacionais propomos opções para melhoria do fluxo de flotons nas linhas de cristalografia de proteínas já existentes. Nossos estudos apontam para a viabilidade de construção de uma linha lateral a linha de luz MX2, utilizando a mesma fonte Wiggler já instalada...

Estudos de macromoleculas biologicas parcialmente desestruturadas usando espalhamento de raios-X; Study of partially unstructured macromolecules using X-ray scattering

Júlio César da Silva
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 25/02/2010 PT
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106.07%
As técnicas de caracterização estrutural de macromoléculas tradicionais se baseiam no fato de uma macromolécula possuir uma conformação compacta e estruturada. Partes flexíveis ou regiões desordenadas têm sido sempre consideradas como grandes obstáculos para técnicas como a cristalografia de raios-X e a ressonância magnética nuclear (RMN). A necessidade de entender a atividade funcional de proteínas nativamente desenoveladas e de proteínas flexíveis com múltiplos domínios tem adquirido grande importância recentemente, mesmo porque essas proteínas desafiam o paradigma de que uma proteína precisa de uma estrutura bem definida para ser funcional. É bem nesse ponto que a técnica de espalhamento de raios-X a baixos ângulos (SAXS) surge oferecendo ferramentas únicas para realizar estudos de macromoléculas flexíveis ou parcialmente desestruturadas, com aplicações muito bem sucedidas em polímeros, matéria mole e macromoléculas em solução. Neste trabalho de tese decidimos enfrentar o desafio de caracterizar proteínas que não possuem uma estrutura bem definida. A teoria do espalhamento mereceu especial cuidado para se adequar tanto aos métodos experimentais da técnica quanto aos tratamentos matemáticos em cálculos usados para estudar esse tipo de proteínas. Apresentamos aqui o estudo de duas proteínas pertencentes à classe das proteínas nativamente desenoveladas: (1) a proteína FEZ1...

Determinação e Análise da Estrutura da Desulfoferrodoxina Isolada de Desulfovibrio desulfuricans ATC 27774

Coelho, Ana Maria de Jesus Bispo Varela
Fonte: Universidade de Évora Publicador: Universidade de Évora
Tipo: Tese de Doutorado
POR
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96.17%
"Sem resumo feito pelo autor"; - Da grande variedade de metaloproteínas que tem sido isolada de bactérias redutoras de sulfato várias têm já as suas estruturas tridimensionais conhecidas, nalguns casos tendo sido encontrados centros metálicos com novas características, noutros combinações invulgares de centros metálicos numa mesma molécula de proteína. O esclarecimento da relação estrutura-função para uma determinada proteína e, em particular, o estabelecimento do envolvimento do seu centro metálico na actividade biológica contribuem para a elucidação do metabolismo particular das bactérias redutoras de sulfato. Adicionalmente é possível prever da actividade funcional e do mecanismo de actuação de proteínas com características estruturais semellhantes. A cristalografia de raios-X por monocristal é utilizada na determinação de estruturas moleculares, em particular de proteínas, com resolução e rigor suficientes para permitir uma análise detalhada da estrutura molecular encontrada. Por isso, é amplamente utilizada em estudos deste tipo. Esta dissertação é iniciada com uma introdução onde se expõem os conhecimentos já adquiridos e o interesse subjacente aos estudos do metabolismo de bactérias redutoras de sulfato...

Estudos estruturais de interacções proteína-ligando: aldeído oxidorredutase e tripsina

Correia, Hugo David Cancela
Fonte: Faculdade de Ciências e Tecnologia Publicador: Faculdade de Ciências e Tecnologia
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2012 POR
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106.06%
Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Bioquímica Estrutural e Funcional; O conhecimento e compreensão das interacções entre proteínas e ligandos é muitas vezes a base para a resolução de questões complexas a nível biológico. Na presente dissertação são estudadas as proteínas Aldeído Oxidorredutase de Desulfovibrio gigas (DgAOR) e a tripsina de Bos taurus com vários ligandos por Cristalografia de Raios-X. A DgAOR é uma enzima de molibdénio da família da Xantina Oxidase que apresenta a função de catalisar a hidroxilação oxidativa de aldeídos a ácidos carboxílicos. Com o objectivo de se perceber qual a diferença entre as formas activa e inactiva desta enzima, foram realizados estudos cinéticos com ditionito de sódio e sulfureto de sódio, reagentes utilizados na activação de proteínas da mesma família. Os resultados mostraram uma activação inicial seguida de uma inactivação. O modelo cristalográfico determinado nas mesmas condições sugere uma molécula de peróxido de hidrogénio ligada ao átomo de molibdénio do centro activo. Quando comparada com a estrutura obtida usando apenas peróxido de hidrogénio, as semelhanças são notórias reforçando a presença desta espécie a bloquear o centro activo. De modo a elucidar o mecanismo de reacção da enzima...

Caracterização estrutural de enzimas de molibdénio e suas chaperonas

Cardoso, Ana Rita Castro Otrelo
Fonte: Faculdade de Ciências e Tecnologia Publicador: Faculdade de Ciências e Tecnologia
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em //2012 POR
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Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia; O molibdénio encontra-se no centro activo de diversas enzimas, presentes em todas as formas de vida. O passo final da produção destas proteínas é a inserção do cofactor modificado (Moco) e requer a acção de proteínas específicas, identificadas como chaperonas. O objectivo deste trabalho é compreender o funcionamento das chaperonas na inserção do Moco nas apoenzimas, utilizando várias técnicas como a Cristalografia de raios X, Small-Angle X-ray Scattering (SAXS) e Ressonância Plasmónica de Superfície (SPR). Assim pretende-se estudar a enzima de molibdénio aldeído oxidoredutase periplasmática ABC de Escherichia coli (PaoABC), a sua chaperona PaoD, bem como outras chaperonas da mesma família: a YqeB, também de E. coli e a XdhC de Rhodobacter capsulatus. Na presente dissertação descreve-se a resolução da primeira estrutura da PaoABC por cristalografia de raios X e SAXS. Usando polietilenoglicol (PEG), como agente precipitante, foi possível obter cristais desta proteína que permitiram a determinação da sua estrutura tridimensional a uma resolução de 1,87 Å. Recorrendo à técnica de SAXS foi possível obter um modelo a baixa resolução da PaoABC em solução. Em relação à chaperona PaoD...

Caracterização de filmes finos por difração de raios-X com baixo ângulo de incidência

Leide Passos Cavalcanti
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/03/1995 PT
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Este trabalho apresenta um estudo de filmes finos e ultrafinos por difração de raios-X com reflexão as simétrica e baixo ângulo de incidência através da utilização do Goniômetro de Guinier. O objetivo principal deste trabalho foi estudar de maneira geral as propriedades da difração por reflexão as simétrica com o intuito de mostrar as possibilidades da técnica na aplicação ao estudo de filmes finos. São apresentados resultados da caracterização de filmes finos de Ge nanocristalino crescidos por sputtering sobre lâmina monocristalina do mesmo material. As análises permitem identificar um perfil de profundidade com relação à textura. Tanto nestas amostras como também em filmes de Au sobre Si monocristalino foi possível subtrair completamente as reflexões do substrato. Outro aspecto interessante desta técnica abordado neste estudo é mostrado com os resultados de uma amostra de GaAs não dopado crescido epitaxialmente sobre substrato de Si monocristalino. Foi obtida uma caracterização da epitaxia sob diferentes ângulos azimutais. Além de mostrar a aplicação desta geometria no estudo dos filmes mencionados, uma grande contribuição desta tese foi, sem dúvida, a implementação da técnica no Laboratório de Cristalografia Aplicada e Raios-X do IFGW onde será usado como importante instrumento de pesquisa; In this work we present a study of thin and ultrathin3 films by X-Ray diffraction with asymmetric ref1ection and small incidence angle using a Guinier goniometer. The main purpose of this work was to study...

Complexos Organometálicos: caracterização preliminar de compostos de vanádio e de moléculas libertadoras de CO como potenciais fármacos

Oliveira, Ana Rita Martins Lourenço de
Fonte: Universidade Nova de Lisboa Publicador: Universidade Nova de Lisboa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em /09/2015 POR
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Vários complexos metálicos têm sido explorados visando uma melhoria de atuais tratamentos das mais variadas doenças. Os compostos de vanádio apresentam uma capacidade de mimetizar a ação da insulina, insurgindo-se assim como uma aposta no tratamento da doença Diabetes mellitus. O monóxido de carbono (CO), outrora visto como apenas um agente tóxico, atualmente é explorado pelas suas capacidades anti-inflamatórias, tendo-se desenvolvido moléculas libertadoras de CO, os CORMs, de modo a tirar partido dos seus efeitos biológicos. Com vista a determinar a formação de aductos entre os complexos organometálicos de vanádio e diferentes proteínas e caracterizar o tipo de interação estabelecida recorreu-se à Cristalografia de raios-X. A estrutura cristalográfica do aducto VOIV(picolinato)2–tripsina bovina foi obtida a 1,09 Å de resolução, mostrando o complexo VOIV(pic)2 no centro ativo da enzima, coordenado à cadeia lateral da serina catalítica (Ser195), numa geometria octaédrica. Ensaios cinéticos preliminares realizados com o complexo VO(pic)2 foram efetuados para determinar potenciais efeitos inibitórios na atividade das enzimas lisozima da clara do ovo (HEWL) e tripsina. O potencial terapêutico dos CORMs associado à Nanotecnologia foi explorado para o [Ru(CO)3Cl(glicinato)] (CORM-3)...