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Estudo genot??pico de isolados do HTLV-1 e caracteriza????o do envelope viral, correlacionando com o desenvolvimento de prot??tipos vacinais

Miranda, Aline Cristina Andrade Mota
Fonte: s. n Publicador: s. n
Tipo: Dissertação
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26.6%
Em 1980, a partir de um paciente com linfoma cut??neo de c??lulas T, foi isolado o v??rus linfotr??pico de c??lulas T humanas tipo 1, o HTLV-1, que ?? conhecido, principalmente, por ser o agente etiol??gico de uma s??ndrome neurol??gica denominada TSP/HAM. No Brasil, estima-se que 2,5 milh??es de indiv??duos estejam infectados pelo HTL V -1, sendo a maior preval??ncia encontrada na popula????o geral na cidade de Salvador, Bahia. Este estudo foi dividido em duas etapas: a primeira etapa refere-se a um estudo de caracteriza????o do envelope viral utilizando ferramentas de bioinform??tica; enquanto que a segunda etapa caracteriza-se por ser um estudo de soropreval??ncia e an??lise dos novos isolados virais. O estudo de caracteriza????o do envelope viral foi realizado para todas as seq????ncias nucleot??dicas do gene env (n=15), j?? publicadas no Banco Mundial de seq????ncias, dando suporte ao programa brasileiro de DST -AIDS. Este estudo de caracteriza????o se baseou na identifica????o de poss??veis ep??topos lineares, na caracteriza????o f??sico-qu??mica, na identifica????o de muta????es selecionadas positivamente, e por fim na procura por assinaturas correspondentes ??s modifica????es p??s-traducionais. Inicialmente, realizamos a triagem de pept??deos previamente identificados no envelope viral...

Lasp-HIV1-restool: desenvolvimento de uma ferramenta de bioinform??tica para an??lise de resist??ncia do HIV-1 aos antirretrovirais

Cunha, Domingos Ramon Moreau da
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Dissertação
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47.04%
As terapias antirretrovirais (TARV) trouxeram um grande benef??cio para os pacientes infectados pelo HIV, por??m n??o conseguem impedir totalmente o surgimento de formas virais resistentes, causadas principalmente pela elevada taxa mutacional do v??rus. O desenvolvimento de resist??ncia do HIV aos antirretrovirais ?? um fator limitante para o sucesso da TARV. Os portadores de v??rus resistentes, al??m de n??o responderem adequadamente ao tratamento, podem tamb??m transmitir estes v??rus mutantes, representando grave problema de sa??de p??blica. O ac??mulo de muta????es de resist??ncia aos antirretrovirais representa um desafio importante na melhoria do tratamento de pacientes com v??rus multirresistentes. Atualmente, dois tipos de m??todos est??o estabelecidos para avalia????o da resist??ncia ou sensibilidade do HIV aos antirretrovirais: os testes fenot??picos e genot??picos de resist??ncia. As an??lises de resist??ncia do HIV aos antirretrovirais, avan??aram muito nos ??ltimos anos com o desenvolvimento dos algoritmos para avalia????o de resist??ncia. Atualmente, uma s??rie de sistemas de interpreta????o de resist??ncia fenot??pica e genot??pica do HIV aos antirretrovirais est??o dispon??veis na Internet. Estes sistemas identificam respectivamente os n??veis de sensibilidade in vitro aos antirretrovirais e muta????es associadas ?? resist??ncia em sequ??cias virais...

Estudo Molecular dos V??rus B e C das Hepatites nas Regi??es Norte e Nordeste do Brasil

Silva Filho, Hermes Pedreira da
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Tese de Doutorado
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26.46%
Infec????es pelos v??rus B e C das hepatites constituem um significante problema de sa??de p??blica em todo mundo. Mais de 350 milh??es de pessoas est??o cronicamente infectadas pelo VHB e 170 milh??es pelo VHC. No Brasil, a preval??ncia de pessoas infectadas pelo VHB varia de baixa endemicidade (<2%) at?? alta, (>7%), e estima-se que 1,5% da popula????o esteja infectada pelo VHC (WHO). Estudos recentes tem demonstrado consider??veis varia????es entre os isolados do VHB, confirmando a diversidade de gen??tipos do v??rus circulantes e o surgimento de muta????es no genoma viral que podem ter impacto na resposta terap??utica e imune. Informa????es sobre a diversidade gen??tica do VHB ser??o de grande valor para determinar fatores de risco associados a dissemina????o do v??rus e auxiliar na ado????o de medidas de preven????o e terap??utica. A infec????o pelo VHC tornou-se um s??rio problema de saude p??blica desde que n??o existe uma vacina dispon??vel e o tratamento ?? extremamente caro para os ??rg??os p??blicos como desgastante para o paciente. Este trabalho utilizou as ferramentas moleculares e de epidemiologia no estudo destes v??rus para caracterizar molecularmente os v??rus B e C das hepatites nas Regi??es Norte e Nordeste...

Uso de ferramentas de bioinform??tica para estudos de epidemiologia molecular, filogeografia e filodin??mica viral

Santos, Luciane Amorim
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Dissertação
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47.09%
As ferramentas de bioinform??tica tem sido amplamente utilizada para o melhor entendimento de diversos microorganismos. Neste trabalho foram realizados tr??s estudos utilizando estas ferramentas para avaliar diferentes quest??es biol??gicas. No primeiro estudo realizou-se uma caracteriza????o molecular de 57 sequ??ncias do gene pol, provenientes de pacientes infectados pelo HIV-1 de Salvador, Bahia, Brasil. Para identificar os subtipos e formas recombinantes do HIV-1 circulante na cidade de Salvador foi realizado an??lises filogen??ticas, e atrav??s do algoritmo do banco de dados Stanford HIV resistance as muta????es associadas ?? resist??ncia aos ARVs foram detectadas. Entre as 57 sequ??ncias analisadas foram identificados neste estudo 45 (77,2%) pertencem ao subtipo B, 11 (21,0%) recombinantes BF e uma (1,8%) do subtipo F1. Al??m disto, uma alta frequ??ncia de eventos de recombina????o entre os subtipos B e F foram detectados com 5 padr??es de recombina????o, duas interg??nicas e tr??s intrag??nicas, mostrando uma alta diversidade. As muta????es encontradas com uma maior preval??ncia foram: I54V (PI) em 7,0%; M184V (NRTI) em 14,0% e K103N (NNRTI) em 10,5% das sequ??ncias analisadas. Estes resultados contribuem para tra??ar o perfil da epidemiologia molecular e diversidade do HIV-1 em Salvador. O segundo estudo avaliou a filodin??mica do HIV-1 em pares de m??e e filho infectados...

Investiga????o de muta????es nos genes da CCR5 e langerina e suas associa????es com a infec????o pelo HIV-1

Costa, Giselle Calasans de Souza
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Tese de Doutorado
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26.46%
O HIV-1 ?? o agente etiol??gico da AIDS. Sabe-se que fatores virais e do hospedeiro podem influenciar na susceptibilidade ?? infec????o pelo v??rus e na progress??o para a AIDS. Em rela????o aos fatores intr??nsecos ao hospedeiro, tem sido demonstrado que algumas altera????es na CCR5 podem afetar sua liga????o com a gp120 do HIV-1, influenciando na infec????o pelo v??rus. Al??m disso, a prote??na Langerina, encontrada na superf??cie das C??lulas de Langerhans (LCs), apresenta um papel importante em rela????o ?? infec????o pelo HIV-1, por ter a capacidade de se ligar ?? gp120 viral atrav??s de seu Dom??nio de Reconhecimento de Carboidrato (CRD). Esta intera????o permite que as LCs internalizem o v??rus em Gr??nulos de Birbeck, os quais degradam a part??cula viral, inibindo a apresenta????o do HIV-1 para os linf??citos T. Desta forma, diferen??as na fun????o da langerina, devido a muta????es no promotor do gene Langerina e na regi??o codificante do CRD, por exemplo, podem influenciar a susceptibilidade ?? infec????o pelo HIV-1. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi verificar a exist??ncia de muta????es nas regi??es do gene CCR5 que codificam para os dom??nios N e Cterminal da prote??na, no promotor do gene da Langerina e na regi??o codificante do CRD...

Explora????o da diversidade de policet??deo sintases (PKSs) ambientais

Cuadrat, Rafael Ricardo de Castro
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Dissertação
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26.46%
O uso abusivo de antibi??ticos nos ??ltimos tempos tem causado o surgimento de cepas multi-resistentes, inclusive em rela????o ??s mol??culas de ??ltima gera????o, como por exemplo as cepas de Staphylococcus aureusresistentes ?? Vancomicina. Isto torna importante abusca por novas mol??culas com a????o antimicrobiana. A ind??stria farmac??utica, durante d??cadas, tem trabalhado com a modifica????o qu??mica dos produtos naturais (produzidos a partir de microorganismos cultivados) na tentativa de aumentar a pot??ncia destes compostos, para torn??-los eficazes contra as cepas resistentes aos atuais f??rmacos. Por??m, a descoberta de novos compostos naturais se mostra mais eficiente emenos onerosa do que a modifica????o de compostos j?? conhecidos. Entretanto, estudos v??m demonstrando que somente uma pequena porcentagem (1%-10%) dos microrganismos presentes na natureza pode ser isolada e mantida em meios de cultura artificiais, fazendo com que estes isolados e suas respectivas mol??culas sejam sempre ???redescobertos???, limitando o desenvolvimento de novos f??rmacos. Contudo, abordagens moleculares como a metagen??mica e ferramentas de bioinform??tica t??m sido utilizadas combinadamente para o acesso direto ao DNA dos microrganismos n??o cultiv??veis. Atrav??s da clonagem de fragmentos de DNA ambiental e posterior triagem por hibridiza????o...

Caracteriza????o in silico de microssat??lites no genoma do arroz e an??lise comparativa com outras esp??cies vegetais.; In silico characterization of microsatellites in the rice genome and comparative analysis to other plant species.

MAIA, Luciano Carlos da
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Agronomia; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Agronomia; UFPel; BR
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
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46.78%
Molecular markers have been successfuly applied in genetic mapping and marker assisted selection as an auxiliary tool for plant breeding and transfer of genetic information among related species. In this sense, the understanding of genome elements occurring in important crop species such as wheat, rice and maize can be used towards the improvement of basic knowledge in orphan grass species. Rice, after the completion of its genome sequence, has been proposed as a genetic model in the grasses. Among the different types of molecular markers, microsatellites have been indicated as the preferred class for such studies. In general, the strategy of transposing molecular markers between species still poses some questions/difficulties regarding the most conserved microsatellite patterns among plant species, genera and families. This study had as objective to use bioinformatic tools to characterize microsatellites from rice and other Grass species of economical importance, enabling the prediction of microsatellite patterns that are most promising in transfer strategies. Three studies were performed. The first was concerned about developping and validating a microsatellite searching tool plus primer design and PCR simulation. A database containing 28...

Gen??mica comparativa em gram??neas.; Comparative genomics in grasses.

Bervald, Clauber Mateus Priebe
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Agronomia; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Agronomia; UFPel; BR
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
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47.13%
The use of sequences of DNA has been the base of comparative genomics for evolutionary studies. The transfer of information from model species to agricultural species has been revolutionizing the molecular genetics and strategies of crop improvement. The combination of classic methods of genetics and breeding with molecular technologies of genomic analysis opens a new perspective for the increase of the understanding of the genetic basis and the acceleration of breeding programs. Bioinformatics is becoming a tool that will be an essential part of the plant scientific research contributing to this challenge, and allowing inferences of function, structure and evolution of genes and genomes, search of markers, primers design, among other possibilities. In this sense, three studies of comparative genomics in grasses were accomplished, using bioinformatics tools. In the first work, the objective was to analyze the microsatellite abundance in genome fractions of 13 species of the genus Oryza, describing the rates, frequencies and pattern of distribution of the different microsatellites. The microsatellite frequency varies inversely proportional to the size of the genome of the specie of the genus Oryza. The A genome species presented the highest occurrences and frequencies for all types and total microsatellites. The trimers composed by cytosines and guanines presented the percentile largest of occurrence among the species...

Valida????o de marcadores microssat??lites derivados de regi??es funcionais do genoma de aveia; Validation of microsatellite markers derived from functional regions of the oat genome

SANTOS, Fabiana Fonseca dos
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Biotecnologia; Programa de P??s-Gradua????o em Biotecnologia; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Biotecnologia; Programa de P??s-Gradua????o em Biotecnologia; UFPel; BR
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
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46.92%
The understanding of the genetic structure of the oat species can be obtained with the use of microsatellite molecular markers which represent powerful tools in the investigation of genetic parameters. This study aimed to search the identification and characterization of microsatellite markers occurrence in oat through bioinformatics, describing the possible role of individual genes based on the genome of rice and Arabidopsis thaliana. For the development and validation of EST (Expressed Sequence Tags) primers, sequences were obtained from a public database. A total of 7632 oat contigs were obtained after eliminating the redundancy. To characterize SSR (simple sequence repeats) loci, the SSRLocator program was used. For the design of primers, the module containing the program Primer3 was used. A total of 58 primers were found, from which ten were selected for validation by polymerase chain reaction. Ten genotypes were used to assess polymorphism detection ability of primers. Polymorphism was observed in 80% of primers, whereas the rest showed monomorphic bands. The high genetic diversity revealed by microsatellite markers in this study may reflect a high genetic diversity within the germplasm of Avena sativa.; O conhecimento da estrutura gen??tica de diversas esp??cies de aveia pode ser obtido com o uso de marcadores moleculares microssat??lites...

An??lise in silico e de express??o da fam??lia g??nica ETHYLENE RESPONSE FACTORS (ERF) no g??nero Malus.; In silico and expression analysis of the ETHYLENE RESPONSE FACTORS (ERF) gene family in the genus Malus.

CERO, Joceani Dal
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Ci??ncia e Tecnologia Agroindustrial; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Ci??ncia e Tecnologia Agroindustrial; UFPel; BR
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
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26.55%
Regulatory molecules, such as transcription factors, have been thoroughly investigated, especially in hormone-mediated responses that involve gene expression modulation. Frequently, the main determinant of gene expression is its transcriptional rate. Thus, molecular mechanisms underlying transcription regulation have become an important topic in genetic studies of ethylene signaling. The present work aimed to investigate the ERF (Ethylene Response Factor) family employing bioinformatic tools, integrating publicly available datasets from the model species Arabidopsis thaliana and phylogenetic analyses to help elucidating the biological roles of the family in apple. The preliminary survey of the ERF sequences in Malus has provided basic information to be incorporated in further studies of the functional role of ERFs in this perennial species. Expression analyses of MdERF1 and MdERF in apple fruits suggest that other factors, besides ethylene, are involved in their transcriptional regulation in Malus. The second chapter reports the investigation of the transcriptional profiling of those ERF genes in response to pathogen attack, using a biological assay of in vitro propagated plants inoculated with the fungus Venturia inaequalis (apple scab disease). The study has provided evidences of the involvement of MdERF1 in eliciting the plant response; whereas...

An??lise in s??lico de prote??nas relacionadas a sementes e identifica????o de microssat??lites atrav??s da bioinform??tica; In silico analysis of proteins present in seeds stocked at the swiss-prot database

MENEGHELLO, Geri Eduardo
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-gradua????o em Ci??ncia e Tecnologia de Sementes; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-gradua????o em Ci??ncia e Tecnologia de Sementes; UFPel; BR
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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67.04%
The main reserve components in seeds are carbohydrates, lipids and proteins. Aside from their nutritious role, proteins have several important functions in seeds, being essential to the molecular biology of the plant. The detailed knowledge of proteins makes it possible to outline strategies of genetic improvement aimed at increasing production and tolerance to different pathologies, among other traits. Progress in the molecular biology, genomics and proteomics impelled the creation of a great volume of data on proteins of several vegetable species, with information about their functionality in the several tissues and organs they are part of. To use this information, it is necessary to rely on computational tools. This need impelled the appearance and development of bioinformatics, e.g. the use of computational tools for the study of biological data. The objective of this work was to quantify the proteins related to the seeds described already and available in the Swiss- Prot database, and to verify the similarity and hydrophobic pattern of the proteins with same function in different species. A detailed consultation was performed in the Swiss-Prot database, in search of proteins found in seeds, seedlings and their component tissues. The sequences found were grouped and analyzed according to the tissue in which they were expressed...

Desenvolvimento de ferramentas de bioinform??tica para montagem e prospec????o de genomas selvagens visando o melhoramento de arroz; Development of bioinformatics tools for genome assembly and prospection of wild genomes aiming the rice breeding

FARIAS, Daniel da Rosa
Fonte: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Fitomelhoramento; UFPel; BR Publicador: Universidade Federal de Pelotas; Agronomia; Programa de P??s-Gradua????o em Fitomelhoramento; UFPel; BR
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
POR
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46.78%
Rice is the most important grain in terms of economic value in the world, this crop has a significance to developing countries, both the culture aspect, as social and economic point. Rice is considered one of the best foods, with better nutritional balancing, extremely versatile, it is adapted in different soils and climates, this specie has greatest potential to increase the food production to control the world hunger. Despite the contribution that molecular markers gave for plant breeding, the increase of genome and transcriptome sequence data, the plant breeding approaches have greatly advanced. With this fact Bioinformatic becomes an essential tool for studies with genomic data. The principal aim of this study is to generate a tool that can contribute with assembly researches, and the assembly of Oryza glumaepatula genome. The first chapter is a review of rice, both on the cultivated species such as wilds. The second chapter presents the AEROS, a tool that aim provides the evaluation and comparison of genome assemblers, providing inferences about the results of these programs. The third chapter presents de assembly of the wild rice specie Oryza glumaepatula. With this study, we development AREOS program, that simulates a reference sequence and reads from Illumina platform. The draw assembly of Oryza glumaepatula genome has 292...

Fusion of knowledge towards the identification of genetic profiles in the systemic inflammation problem

Rubio Escudero, Cristina
Fonte: Granada: Universidad de Granada Publicador: Granada: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
EN
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46.92%
El cap??tulo Conceptos de Biolog??a y Bioinform??tica est?? escrito en espa??ol

Extracci??n de conocimiento de microarrays y literatura biom??dica para el estudio de la regulaci??n gen??tica

Cano Guti??rrez, Carlos
Fonte: Granada: Universidad de Granada Publicador: Granada: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
ES
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36.55%
Incluye Conclusiones y trabajo futuro en ingl??s y espa??ol

Algoritmos heur??sticos en bioinform??tica

Pelta, David Alejandro
Fonte: Universidad de Granada Publicador: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
SPA
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47.2%
Dada la importancia de los problemas que surgen en Bioinform??tica, la necesidad de resolverlos mediante t??cnicas heur??sticas (debido a su complejidad computacional), y la adecuaci??n de los conjuntos difusos para modelizar ideas subjetivas o conceptos vagos, en esta tesis se propone combinar un m??todo simple de optimizaci??n con ideas b??sicas de la l??gica difusa, para dar lugar a una herramienta robusta y flexible que resulte ??til en el ??rea de la Bioinform??tica. El m??todo desarrollado se denomina Fuzzy Adaptive Neighborhodd Search (FANS) y es esencialmente una herramienta de optimizaci??n basada en b??squeda por entornos que incorpora como elementos novedosos, la utilizaci??n de una "valoraci??n difusa" de las soluciones y la utilizaci??n de varios operadores en el proceso de b??squeda. En primer lugar se describen los componentes de FANS, sus caracter??sticas y se presenta el esquema del algoritmo. Posteriormente se muestra la utilidad de los dos elementos novedosos. Respecto a la valoraci??n difusa, se muestra que su manipulaci??n hace que FANS se comporte de forma similar (cualitativamente) a otros m??todos de b??squeda por entornos lo que permite plantear que FANS es un (cualitativamente) a otros m??todos de b??squeda por entornos lo que permite plantear que FANS es un "framework" de m??todos simples de b??squeda local. En segundo lugar se realizan experimentos comparativos entre FANS...

Bioinform??tica

Oliver, Jos?? Luis
Fonte: Colegio Oficial de Bi??logos de Andaluc??a Publicador: Colegio Oficial de Bi??logos de Andaluc??a
Tipo: Artigo de Revista Científica
SPA
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67.14%
La variedad y complejidad de los datos moleculares a que hoy se enfrenta el bi??logo, generados no solamente por la gen??mica, sino tambi??n por disciplinas m??s cl??sicas como la biolog??a estructural, la fisiolog??a o la biolog??a de sistemas, hace de la bioinform??tica una herramienta que todo bi??logo, tanto investigador como docente, necesita tener a mano. En menos de una d??cada hemos pasado de analizar el efecto de los genes tomados de uno en uno (ignorando as?? al 99.99% restante...), a disponer de la colecci??n completa de los genes de una especie. Antes se hac??a una tesis con un gen, hoy cuesta conformarse con menos de un genoma. Alguien podr??a pensar que es solo una diferencia cuantitativa, pero el reto es mucho m??s importante que eso: los datos de genomas y proteomas completos est??n provocando un cambio profundo en toda la Biolog??a. Las preguntas que podemos plantearnos ahora son cualitativamente distintas a las de hace unos a??os. Ello se debe en buena medida a la facilidad de acceso a la informaci??n gen??mica, propiciada por herramientas bioinform??ticas cada vez m??s potentes.

Regiones Gen??micas implicadas en la metilaci??n diferencial del ADN

Barturen, Guillermo
Fonte: Universidad de Granada Publicador: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
SPA
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36.55%

Rnas inhibidores frente al virus de la inmunodeficiencia humana

S??nchez Luque, Francisco Jos??
Fonte: Universidad de Granada Publicador: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
SPA
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26.92%
En la presente tesis se describe la generaci??n de peque??as mol??culas de RNA con funci??n inhibidora frente al Virus de la Inmunodeficiencia Humana de Tipo 1 (VIH-1). Este virus es el agente causal del S??ndrome de Inmunodeficiencia Adquirida y perteneciente al g??nero Lentivirus de la familia Retroviridae. El virus presenta una alternancia en cuanto al tipo de material gen??tico en su ciclo de vida, siendo RNA en las part??culas virales y DNA en el provirus (durante la fase de latencia o en el proceso replicativo intracelular). La alta variabilidad gen??tica del virus hace que s??lo una terapia combinada de f??rmacos consiga reducir eficazmente la carga viral a costa de severos efectos secundarios en los estad??os avanzados del tratamiento y no llegando nunca a curar la enfermedad. Esto justifica la necesidad de desarrollar nuevos f??rmacos y estrategias que sean m??s efectivas y dificulten la aparici??n de resistencias, estando la intervenci??n directa sobre el genoma viral de RNA entre ellas. El RNA es un tipo de material gen??tico altamente vers??til. Se postula que en los momentos iniciales de la evoluci??n biol??gica, el RNA fue la materia de los primeros elementos replicativos. Como ??cido nucleico, tiene capacidad de almacenar informaci??n gen??tica...

Caracterizaci??n taxon??mica de Paenibacillus jamilae: estudio gen??tico y bioqu??mico de la bios??ntesis del exopolisac??rido

Aguilera G??mez, Margarita
Fonte: Universidad de Granada Publicador: Universidad de Granada
Tipo: Tese de Doutorado
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26.78%
El presente estudio se ha realizado con el objetivo de caracterizar bacterias con capacidad de subsistir y desarrollarse en los residuos t??xicos procedentes de la industria del aceite de oliva, como son el alpech??n y alpeorujo. La obtenci??n de aceite de oliva es un proceso de gran inter??s econ??mico en nuestro pa??s, y como alternativa biorremediadora de los residuos originados en dicho proceso, se seleccionaron cepas bacterianas con capacidad de producir recursos de inter??s biotecnol??gico como son los biopol??meros de tipo polisacar??dico. La caracterizaci??n taxon??mica polif??sica de estas bacterias nos ha llevado a la descripci??n de una nueva especie dentro del g??nero Paenibacillus denominada Paenibacillus jamilae ("jamila" palabra ??rabe que significa "el agua que corre de las aceitunas"). Dado el gran inter??s de los biopol??meros solubles en agua, nuestro estudio se ha centrado en la localizaci??n, identificaci??n y caracterizaci??n del oper??n de bios??ntesis del exopolisac??rido (EPS) producido por Paenibacillus jamilae. Dicha especie es productora de biopol??mero, que en estudios previos se hab??a analizado a nivel de composici??n qu??mica y actividad biol??gica. Los genes que codifican para las enzimas implicadas en la s??ntesis...

Desenvolvimento de uma abordagem computacional para a tradu????o in silico de variantes de splicing detectadas no transcriptoma humano

Silva, Raphael Tavares da
Fonte: Fundação Oswaldo Cruz Publicador: Fundação Oswaldo Cruz
Tipo: Dissertação
PT_BR
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26.78%
Um dos mecanismos capaz de aumentar a diversidade do proteoma de eucariotos ?? o splicing alternativo nos pr??-mRNAs. Este mecanismo celular ocorre durante a transcri????o dos genes, sendo ocasionado por um ou mais dos seguintes eventos: reten????o de ??ntrons, uso alternativo de s??tio de splice 5', uso alternativo de s??tio de splice 3' e uso alternativo de ??xons. An??lises recentes de Bioinform??tica utilizando experimentos de RNA-Seq mostram que aproximadamente 90% dos genes humanos produzem mais de um transcrito decorrente de eventos de splicing alternativo. O impacto do splicing alternativo no proteoma humano vem sendo alvo de algumas abordagens de Bioinform??tica, sendo esperado que uma grande por????o de tais transcritos alternativos possa alterar o conte??do da cadeia polipept??dica obtida ap??s a sua tradu????o. Devido ?? sua import??ncia, diversos trabalhos j?? foram desenvolvidos com o objetivo de facilitar a identifica????o de eventos de splicing alternativo a partir de dados provenientes de cDNA, bem como sua associa????o com a estrutura das prote??nas de suas isoformas. Entretanto, s??o poucas as abordagens que realizaram a tradu????o in silico do transcriptoma humano na busca por variantes de splicing e a utiliza????o de dados oriundos de sequenciadores de segunda gera????o (NGS) ainda ?? muito pouco explorada para tratar do tema. Desta maneira...