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“Would you accept having your DNA profile inserted in the National Forensic DNA database? Why?” Results of a questionnaire applied in Portugal

Machado, Helena; Silva, Susana
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: Artigo de Revista Científica
ENG
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The creation and expansion of forensic DNA databases might involve potential threats to the protection of a range of human rights. At the same time, such databases have social benefits. Based on data collected through an online questionnaire applied to 628 individuals in Portugal, this paper aims to analyze the citizens’ willingness to donate voluntarily a sample for profiling and inclusion in the National Forensic DNA Database and the views underpinning such a decision. Nearly one-quarter of the respondents would indicate ‘no’, and this negative response increased significantly with age and education. The overriding willingness to accept the inclusion of the individual genetic profile indicates an acknowledgement of the investigative potential of forensic DNA technologies and a relegation of civil liberties and human rights to the background, owing to the perceived benefits of protecting both society and the individual from crime. This rationale is mostly expressed by the idea that all citizens should contribute to the expansion of the National Forensic DNA Database for reasons that range from the more abstract assumption that donating a sample for profiling would be helpful in fighting crime to the more concrete suggestion that everyone (criminals and non-criminals) should be in the database. The concerns with the risks of accepting the donation of a sample for genetic profiling and inclusion in the National Forensic DNA Database are mostly related to lack of control and insufficient or unclear regulations concerning safeguarding individuals’ data and supervising the access and uses of genetic data. By providing an empirically-grounded understanding of the attitudes regarding willingness to donate voluntary a sample for profiling and inclusion in a National Forensic DNA Database...

Vinculação determinística de Bancos de Dados sobre mortalidade por Aids; Deterministic record linkage in Aids mortality databases

BRONHARA, Bruna; CONDE, Wolney Lisboa; LICIARDI, Daniele Carli; FRANÇA-JUNIOR, Ivan
Fonte: Associação Brasileira de Pós -Graduação em Saúde Coletiva Publicador: Associação Brasileira de Pós -Graduação em Saúde Coletiva
Tipo: Artigo de Revista Científica
POR
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A vinculação determinística de bancos de dados sobre mortalidade por aids tem apresentado problemas causados por falhas nos arquivos. Assim, os objetivos deste estudo foram: avaliar o desempenho da vinculação determinística em bancos de óbito por aids do Programa de Aprimoramento das Informações de Mortalidade no Município de São Paulo (PRO-AIM) e da Fundação SEADE entre os anos de 2000 e 2004 e estimar a cobertura de cada banco. Utilizou-se a rotina merge de um software para vincular os bancos. A primeira etapa pareou os registros automaticamente e, na segunda etapa, cada banco foi conferido para localizar novos pares. Estimaram-se os óbitos pela soma entre casos pareados e não pareados para calcular a cobertura dos bancos. A primeira etapa da vinculação identificou 91,6% dos pares. A segunda etapa adicionou 457 pares. O total de óbitos foi estimado em 5.855, com cobertura de 97,1% do PRO-AIM e 96% do SEADE. O uso da vinculação determinística cobriu grande parte dos casos. O banco do PRO-AIM proporcionou a maior cobertura, com maior quantidade de informações completas e melhor localização geográfica dos casos.; Deterministic record linkage in AIDS mortality databases has presented problems caused by errors in files. Thus...

Usuário da Busca Informatizada: Avaliação do Curso MEDLINE/LILACS no Contexto Acadêmico; End-user searching: considerations for CD-ROM MEDLINE / LILACS databases course in the academic context.

Cuenca, Angela Maria Belloni
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 09/12/1997 PT
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Objetivo: Avaliar os resultados da capacitação de usuários de buscas informatizadas, através do Curso de Acesso às Bases em CD-ROM MEDLINE e LILACS, modalidade do Programa Educativo da Biblioteca da Faculdade de Saúde Publica da USP, oferecido a docentes e alunos da pós-graduação em saúde pública. Método: Questionário estruturado enviado aos 92 participantes dos Cursos, no período de 1993 e 1995. Resultados: Os resultados mostraram que após a participação no Curso 65,2% deles conseguiram autonomia no acesso às bases de dados, 15,2% solicitaram buscas intermediadas pelo bibliotecário, e 19,6% não realizaram forma alguma de busca nas bases da Biblioteca. O usuário que busca esse tipo de capacitação é principalmente o aluno de cursos de pós-graduação (79,3%), com formação básica na área de ciências biológicas (81,5%), para suas atividades acadêmicas (79,4%), com o objetivo de buscar autonomia no acesso à informação (72,8%). A intermediação dos bibliotecários foi solicitada por motivos como: pouca familiaridade com as bases, dificuldade em lidar com tecnologia, confiança na busca realizada pelo bibliotecário e falta de tempo para busca, evidenciando a necessidade do usuário contar também com os serviços de busca realizado pelo bibliotecário...

Arquitetura de um sistema para integração de bancos de dados com suporte a replicação utilizando tecnologia de grades computacionais.; A resource monitoring and parallel application cooperative scheduling environment on computing grids.

Brito, Mathias Santos de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 09/02/2009 PT
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Grades computacionais tem a finalidade de oferecer meios para o compartilhamento de recursos distribuídos geograficamente para o uso em aplicações que necessitem. A integração de Bancos de Dados distribuídos geograficamente pode ser obtida através do compartilhamento de recursos provido pela tecnologia de grades. Este trabalho utiliza middlewares de grade computacional, especificamente Globus e OGSA-DAI bem como outras tecnologias como LDAP e JDBC, especificando uma arquitetura distribuída para possibilitar a integração de Bancos de Dados, oferecendo também suporte a replicação. A arquitetura proposta possibilita a configuração de níveis hierárquicos de replicação. O presente trabalho apresenta a implementação de um protótipo desta arquitetura. Um driver JDBC é apresentado para possibilitar o uso dos bancos de dados expostos na grade. Tem-se como resultado deste trabalho, a definição da arquitetura e o desenvolvimento de ferramentas culminando em um protótipo funcional, bem como uma versão estável do driver JDBC. A possibilidade de integração de bancos de dados na grade com suporte a replicação, torna possível aplicações de alto desempenho e alta disponibilidade sem comprometer a autonomia local dos bancos de dados integrados.; Grid Computing have the goal of providing means to share resources to be used by applications that need these resources. The integration of geographically distributed databases can be obtained by sharing resources using grid computing technology. This work uses grid middlewares...

Aspectos técnicos, éticos e jurídicos relacionados com a criação de bancos de dados criminais de DNA no Brasil; Juridical, ethical and technical aspects related to DNA criminal databases creation in Brazil

Bonaccorso, Norma Sueli
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 09/04/2010 PT
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Pesquisa que analisa questões técnicas, éticas e jurídicas relacionadas com o uso informatizado de dados genéticos na persecução criminal que suscitam a elaboração de regulamentações técnicas legais para o desejável equilíbrio entre garantias e direitos individuais e os de interesse coletivo relacionados com segurança pública. A automatização de dados de caráter pessoal tem trazido preocupações aos governantes de diversos países, levando-os a adotar medidas legais sobre o tema. Os avanços da genética e da informática possibilitaram a criação de bancos de dados de DNA voltados à identificação criminal que, por serem eficazes no combate à criminalidade, tornaram-se aspiração para muitos Estados, como é o caso brasileiro. Sem que se olvidem ou que se exaltem as potenciais benesses sociais, na criação de bancos de dados de DNA devem ser valorados outros aspectos que também permeiam a questão e que podem ferir suscetibilidades, direitos e garantias individuais. Dentre estes se destacam os de vieses técnicos e éticos concernentes à possibilidade de uso indevido de informações genômicas contidas na molécula de DNA, além dos aspectos jurídicos relacionados com garantias e direitos individuais e coletivos. A presente investigação estuda elementos técnicos relacionados com a análise de polimorfismos do DNA que autorizam seu uso como método de identificação humana...

Elaboração de indicadores de produção cientifica com base na análise cientométrica das dissertações e teses do IPEN; Construction of scientific production indicators based on scientometrics analysis of ipen dissertations and theses

Igami, Mery Piedad Zamudio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/05/2011 PT
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A importância da elaboração de indicadores está amplamente difundida na sociedade atual. Observa-se seu uso rotineiro nos mais diversos segmentos da sociedade. Na área científica essa prática também já está consolidada, corrobora esta afirmação o número de trabalhos registrados nas principais bases de dados; prevalecem, no entanto, os estudos quantitativos, os quais fazem uso de dados obtidos a partir de bases de dados internacionais. Diante dessa constatação o objetivo deste trabalho foi obter indicadores científicos a partir da análise das dissertações e teses produzidas por um programa de pós-graduação no período de 1977 até 2009. Foram obtidos três tipos de indicadores bidimensionais, numéricos temáticos e de produtividade, para tanto foram utilizadas técnicas de bibliometria avançada. As dissertações e teses foram categorizadas tematicamente utilizando a Subject Categories and Scope Descriptions e o Tesauro do International Nuclear Information System (INIS). Por meio da técnica de análise de clusters e de trajetória, as dissertações e teses foram agrupadas em cinco grupos temáticos demonstrando o comportamento passado e a tendência de crescimento de cada grupo. Para a extração dos dados sobre a produtividade das teses...

From XML to relational view updates: applying old solutions to solve a new problem; De atualizações sobre visões XML para atualizações sobre visões relacionais: aplicando soluções antigas a um novo problema

Braganholo, Vanessa de Paula
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
ENG
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XML has become an important medium for data exchange, and is frequently used as an interface to - i.e. a view of - a relational database. Although lots of work have been done on querying relational databases through XML views, the problem of updating relational databases through XML views has not received much attention. In this work, we give the rst steps towards solving this problem. Using query trees to capture the notions of selection, projection, nesting, grouping, and heterogeneous sets found throughout most XML query languages, we show how XML views expressed using query trees can be mapped to a set of corresponding relational views. Thus, we transform the problem of updating relational databases through XML views into a classical problem of updating relational databases through relational views. We then show how updates on the XML view are mapped to updates on the corresponding relational views. Existing work on updating relational views can then be leveraged to determine whether or not the relational views are updatable with respect to the relational updates, and if so, to translate the updates to the underlying relational database. Since query trees are a formal characterization of view de nition queries, they are not well suited for end-users. We then investigate how a subset of XQuery can be used as a top level language...

Use of a semantically grained database system for distribution and control within design environments

Traina Jr., Caetano; Ferreira, João Eduardo; Biajiz, Mauro
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência Formato: 1130-1134
ENG
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This paper presents a technique to share the data stored in an object-oriented database aimed at designing environments. This technique shares data between two related databases, called the Original and Product databases, and is composed of three processes: data separation, evolution and integration. Whenever a block of data needs to be shared, it is spread into both databases, resulting in a block on the original database, and another into the Product database, with special links between them controlled by the Object Manager. These blocks do not need to be maintained identical during the evolution phase of the sharing process. Six types of links were defined, and by choosing one, the designer control the evolution and reintegration of the block in both databases. This process uses the composite object concept as the unit of control. The presented concepts can be applied to any data model with support to composite objects.

Knowledge discovery in spatial databases : the PADRÃO’s qualitative approach

Santos, Maribel Yasmina; Amaral, Luís
Fonte: Universidade do Minho Publicador: Universidade do Minho
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /11/2000 ENG
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Knowledge discovery in databases is a complex process concerned with the discovery of relationships and other descriptions from data. Knowledge discovery in spatial databases represents a particular case of discovery, allowing the discovery of relationships that exist between spatial and non-spatial data, and other data characteristics that aren’t explicitly stored in spatial databases. This paper describes the conception and implementation of PADRÃO, a system for knowledge discovery in spatial databases. PADRÃO presents a new approach to this process, which is based on qualitative spatial reasoning. The spatial semantic knowledge and the principles of qualitative spatial reasoning needed for the spatial reasoning process are available in the PADRÃO’s geographic database and PADRÃO’s spatial knowledge base, allowing the integration of the geo-spatial component, associated with the analysed non-geographic data, in the process of knowledge discovery.

Using ontologies in database preservation

Freitas, Ricardo André Pereira; Ramalho, José Carlos
Fonte: Alberto Simões Publicador: Alberto Simões
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 02/06/2011 ENG
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This paper addresses the problematic Digital Preservation and focuses on the conceptual model within a specific class of digital objects: Relational Databases. Previously, a neutral format was adopted to pursue the goal of platform independence and to achieve a standard format in the digital preservation of relational databases, both data and structure (logical model). Currently, in this project, we intend to address the preservation of relational databases by focusing on the conceptual model of the database, considering the database semantics as an impor- tant preservation ”property”. For the representation of this higher level of abstraction present in databases we use an ontology based approach. At this higher abstraction level exists inherent Knowledge associated to the database semantics that we tentatively represent using ”Web Ontol- ogy Language” (OWL). We developed a prototype (supported by case study) and define a mapping algorithm for the conversion between the database and OWL. The ontology approach is adopted to formalize the knowledge associated to the conceptual model of the database and also a methodology to create an abstract representation of it.

New dimension in relational database preservation : raising the abstraction level

Freitas, Ricardo André Pereira; Ramalho, José Carlos
Fonte: Universidade do Minho Publicador: Universidade do Minho
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /11/2011 ENG
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The work addressed in this paper focuses on the preserva- tion of the conceptual model within a specific class of dig- ital objects: Relational Databases. Previously, a neutral format was adopted to pursue the goal of platform inde- pendence and to achieve a standard format in the digital preservation of relational databases, both data and struc- ture (logical model). Currently, in this project, we address the preservation of relational databases by focusing on the conceptual model of the database, considering the database semantics as an important preservation ”property”. For the representation of this higher layer of abstraction present in databases we use an ontology based approach. At this higher abstraction level exists inherent Knowledge associated to the database semantics that we tentatively represent using ”Web Ontology Language” (OWL). We developed a proto- type (supported by case study) and define a mapping algo- rithm for the conversion between the database and OWL. The ontology approach is adopted to formalize the knowl- edge associated to the conceptual model of the database and also a methodology to create an abstract representation of it.

Data mining languages for business intelligence

Azevedo, Ana Isabel Rojão Lourenço
Fonte: Universidade do Minho Publicador: Universidade do Minho
Tipo: Tese de Doutorado
Publicado em 10/10/2012 ENG
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Tese de doutoramento in Information Systems and Technologies (area of Engineering and Management Information Systems); Desde que Lunh usou, pela primeira vez, em 1958, o termo Business Intelligence (BI), grandes transformações se operaram na área dos sistemas e tecnologias de informação e, em especial, na área dos sistemas de apoio à decisão. Atualmente, os sistemas de BI são amplamente utilizados nas organizações e a sua importância estratégica é largamente reconhecida. Estes sistemas apresentam-se como essenciais para um completo conhecimento do negócio e como uma ferramenta insubstituível no apoio à tomada de decisão. A divulgação das ferramentas de Data Mining (DM) tem vindo a aumentar na área do BI, assim como o reconhecimento da relevância da sua utilização nos sistemas de BI empresariais. As ferramentas de BI são ferramentas amigáveis, iterativas e interativas, permitindo aos utilizadores finais um acesso fácil. Desta forma, é possível ao utilizador final manipular diretamente os dados, tendo assim a possibilidade de extrair todo o valor para o negócio neles contido. Um dos problemas apontados na utilização do DM na área do BI prende-se com o facto de os modelos de DM serem, em geral...

Mendel-GFDb and Mendel-ESTS: databases of plant gene families and ESTs annotated with gene family numbers and gene family names

Lonsdale, David; Crowe, Mark; Arnold, Benjamin; Arnold, Benedict C.
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/01/2001 EN
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There is no control over the information provided with sequences when they are deposited in the sequence databases. Consequently mistakes can seed the incorrect annotation of other sequences. Grouping genes into families and applying controlled annotation overcomes the problems of incorrect annotation associated with individual sequences. Two databases (http://www.mendel.ac.uk) were created to apply controlled annotation to plant genes and plant ESTs: Mendel-GFDb is a database of plant protein (gene) families based on gapped-BLAST analysis of all sequences in the SWISS-PROT family of databases. Sequences are aligned (ClustalW) and identical and similar residues shaded. The families are visually curated to ensure that one or more criteria, for example overall relatedness and/or domain similarity relate all sequences within a family. Sequence families are assigned a ‘Gene Family Number’ and a unified description is developed which best describes the family and its members. If authority exists the gene family is assigned a ‘Gene Family Name’. This information is placed in Mendel-GFDb. Mendel-ESTS is primarily a database of plant ESTs, which have been compared to Mendel-GFDb, completely sequenced genomes and domain databases. This approach associated ESTs with individual sequences and the controlled annotation of gene families and protein domains; the information being placed in Mendel-ESTS. The controlled annotation applied to genes and ESTs provides a basis from which a plant transcription database can be developed.

The KEGG databases at GenomeNet

Kanehisa, Minoru; Goto, Susumu; Kawashima, Shuichi; Nakaya, Akihiro
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/01/2002 EN
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The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) is the primary database resource of the Japanese GenomeNet service (http://www.genome.ad.jp/) for understanding higher order functional meanings and utilities of the cell or the organism from its genome information. KEGG consists of the PATHWAY database for the computerized knowledge on molecular interaction networks such as pathways and complexes, the GENES database for the information about genes and proteins generated by genome sequencing projects, and the LIGAND database for the information about chemical compounds and chemical reactions that are relevant to cellular processes. In addition to these three main databases, limited amounts of experimental data for microarray gene expression profiles and yeast two-hybrid systems are stored in the EXPRESSION and BRITE databases, respectively. Furthermore, a new database, named SSDB, is available for exploring the universe of all protein coding genes in the complete genomes and for identifying functional links and ortholog groups. The data objects in the KEGG databases are all represented as graphs and various computational methods are developed to detect graph features that can be related to biological functions. For example, the correlated clusters are graph similarities which can be used to predict a set of genes coding for a pathway or a complex...

FlyNets and GIF-DB, two internet databases for molecular interactions in Drosophila melanogaster.

Mohr, E; Horn, F; Janody, F; Sanchez, C; Pillet, V; Bellon, B; Röder, L; Jacq, B
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/01/1998 EN
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GIF-DB and FlyNets are two WWW databases describing molecular (protein-DNA, protein-RNA and protein-protein) interactions occuring in the fly Drosophila melanogaster (http://gifts.univ-mrs.fr/GIFTS_home_page.html ). GIF-DB is a specialised database which focuses on molecular interactions involved in the process of embryonic pattern formation, whereas FlyNets is a new and more general database, the long-term goal of which is to report on any published molecular interaction occuring in the fly. The information content of both databases is distributed in specific lines arranged into an EMBL- (or GenBank-) like format. These databases achieve a high level of integration with other databases such as FlyBase, EMBL, GenBank and SWISS-PROT through numerous hyperlinks. In addition, we also describe SOS-DGDB, a new collection of annotated Drosophila gene sequences, in which binding sites for regulatory proteins are directly visible on the DNA primary sequence and hyperlinked both to GIF-DB and TRANSFAC database entries.

Databases on transcriptional regulation: TRANSFAC, TRRD and COMPEL.

Heinemeyer, T; Wingender, E; Reuter, I; Hermjakob, H; Kel, A E; Kel, O V; Ignatieva, E V; Ananko, E A; Podkolodnaya, O A; Kolpakov, F A; Podkolodny, N L; Kolchanov, N A
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/01/1998 EN
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TRANSFAC, TRRD (Transcription Regulatory Region Database) and COMPEL are databases which store information about transcriptional regulation in eukaryotic cells. The three databases provide distinct views on the components involved in transcription: transcription factors and their binding sites and binding profiles (TRANSFAC), the regulatory hierarchy of whole genes (TRRD), and the structural and functional properties of composite elements (COMPEL). The quantitative and qualitative changes of all three databases and connected programs are described. The databases are accessible via WWW:http://transfac.gbf.de/TRANSFAC orhttp://www.bionet.nsc.ru/TRRD

Comparative study of journal selection criteria used by MEDLINE and EMBASE, and their application to Spanish biomedical journals

Primo Peña, Elena; Vázquez Valero, Manuela; García Sicilia, José
Fonte: Conselho Superior de Investigações Científicas Publicador: Conselho Superior de Investigações Científicas
Tipo: Comunicación de congreso Formato: 48380 bytes; application/pdf
ENG
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Journal selection criteria are studied for international databases MEDLINE and EMBASE and also LILACS, which covers only Latin-american and Caribbean biomedical production but follows exhaustive selection criteria that are widely reported. The three databases consider subject suitablility, quality of contents, quality of editorial work, production quality, selection methods of proposed articles, type of contributions, language and geographic coverage and other additional requirements included by some of them and not specified by others. The selection criteria of international databases are compared applied to the Spanish biomedical journals indexed by MEDLINE, EMBASE or both. Presently, 41 Spanish journals are indexed by MEDLINE, and 111 by EMBASE, being 28 titles common to both. Regarding the number of journals indexed in both databases, we can assume that the criteria used by MEDLINE are more restrictive than those used by EMBASE. Special consideration is given to the 13 Spanish journals indexed by MEDLINE and not by EMBASE. Finally, after studying journals indexed by the Spanish databases IBECS (Indice Bibliográfico Español de Ciencias de la Salud) and IME (Indice médico Español), conclusions are shown implying that their selection criteria must be based in those applied by MEDLINE or EMBASE.; Peer reviewed

Cerca de relacions gèniques per un tòpic d'interès a bases de dades biomèdiques remotes

Farré i Casals, Sergi
Fonte: Universidade Autônoma de Barcelona Publicador: Universidade Autônoma de Barcelona
Tipo: info:eu-repo/semantics/bachelorThesis; Text Formato: application/pdf
Publicado em 13/02/2015 CAT
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Els gens al expressar-se duen a terme les funcions de la cèl·lula. Així doncs modificant la seva expressió provoquen un canvi cel·lular que ens pot portar de l'estat sà o la patologia. Actualment hi ha bases de dades biomèdiques internacionals en les quals s'emmagatzema informació sobre si dos gens tenen cap tipus de relació. L'IBB, Centre d'Investigació de la UAB, té una línia de recerca per a l'anàlisi de matrius d'expressió gènica per Data Mining via web. Una d'aquestes eines web ens mostra les relacions d'expressió entre tots els gens d'una matriu d'expressió i també les relacions a partir de la informació de les bases de dades biomèdiques citades. No obstant, la cerca d'aquestes relacions té fortes limitacions, en part per la gran quantitat de dades que s'han de creuar i en part perquè no permet dirigir la cerca d'aquestes relacions als tòpics d'interès per l'investigador/a. Combinant l'ús de bases de dades locals amb part de la informació remota, crides selectives a les bases de dades biomèdiques remotes per obtenir informació respecte els tòpics d'interès de l'usuari, i taules auxiliars i fitxers temporals, aconseguim: Proporcionar unes relacions gèniques centrades amb els tòpics d'interès dels investigadors/res i poder treballar amb la gran quantitat de dades contingudes a les bases de dades biomèdiques que emmagatzemen tot el coneixement biomèdic de la humanitat. Com a resultat disposem d'una eina molt potent...

Heterogeneous Relational Databases for a Grid-enabled Analysis Environment

Ali, Arshad; Anjum, Ashiq; Azim, Tahir; Bunn, Julian; Iqbal, Saima; McClatchey, Richard; Newman, Harvey; Shah, S. Yousaf; Solomonides, Tony; Steenberg, Conrad; Thomas, Michael; van Lingen, Frank; Willers, Ian
Fonte: Instituto de Tecnologia da Califórnia Publicador: Instituto de Tecnologia da Califórnia
Tipo: Conference or Workshop Item; PeerReviewed Formato: application/pdf
Publicado em //2005
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Grid based systems require a database access mechanism that can provide seamless homogeneous access to the requested data through a virtual data access system, i.e. a system which can take care of tracking the data that is stored in geographically distributed heterogeneous databases. This system should provide an integrated view of the data that is stored in the different repositories by using a virtual data access mechanism, i.e. a mechanism which can hide the heterogeneity of the backend databases from the client applications. This paper focuses on accessing data stored in disparate relational databases through a web service interface, and exploits the features of a Data Warehouse and Data Marts. We present a middleware that enables applications to access data stored in geographically distributed relational databases without being aware of their physical locations and underlying schema. A web service interface is provided to enable applications to access this middleware in a language and platform independent way. A prototype implementation was created based on Clarens [4], Unity [7] and POOL [8]. This ability to access the data stored in the distributed relational databases transparently is likely to be a very powerful one for Grid users...

The LAILAPS Search Engine: A Feature Model for Relevance Ranking in Life Science Databases

Matthias Lange; Karl Spies; Christian Colmsee; Steffen Flemming; Matthias Klapperstück; Uwe Scholz
Fonte: Nature Preceedings Publicador: Nature Preceedings
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
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Efficient and effective information retrieval in life sciences is one of the most pressing challenge in bioinformatics. The incredible growth of life science databases to a vast network of interconnected information systems is to the same extent a big challenge and a great chance for life science research. The knowledge found in the Web, in particular in life-science databases, are a valuable major resource. In order to bring it to the scientist desktop, it is essential to have well performing search engines. Thereby, not the response time nor the number of results is important. The most crucial factor for millions of query results is the relevance ranking. In this paper, we present a feature model for relevance ranking in life science databases and its implementation in the LAILAPS search engine. Motivated by the observation of user behavior during their inspection of search engine result, we condensed a set of 9 relevance discriminating features. These features are intuitively used by scientists, who briefly screen database entries for potential relevance. The features are both sufficient to estimate the potential relevance, and efficiently quantifiable. The derivation of a relevance prediction function that computes the relevance from this features constitutes a regression problem. To solve this problem...